genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24725573--24725613	22	1.9	22	85	5	57	21	31	39	7	1.81
24729655--24729734	25	3.2	25	68	10	65	32	20	27	20	1.97
24741287--24741372	39	2.2	39	89	2	136	62	8	5	23	1.44
24741286--24741373	40	2.2	41	85	6	135	63	7	5	22	1.43
24744722--24744794	37	2.0	37	83	0	92	38	2	26	32	1.71
24745853--24745899	23	2.0	23	100	0	94	38	17	4	40	1.69
24746685--24746987	159	1.9	159	91	0	498	35	8	16	39	1.79
24748040--24748114	22	3.5	22	71	8	73	21	26	17	34	1.95
24753652--24753684	12	2.8	12	95	0	57	24	48	18	9	1.76
24764065--24764175	25	4.4	25	71	7	91	19	12	27	39	1.88
24764042--24764148	50	2.1	50	86	3	144	18	13	25	42	1.86
24764069--24764175	50	2.1	50	82	3	135	20	11	28	39	1.87
24771743--24771874	40	3.3	40	85	3	151	25	28	21	25	1.99
24779914--24780098	40	4.7	40	81	6	207	24	28	22	24	1.99
24794788--24794924	50	2.7	50	90	0	211	26	17	27	29	1.98
24798833--24798877	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
24801845--24802128	40	7.1	40	87	4	405	26	27	21	24	1.99
24805474--24805526	21	2.5	20	84	6	61	35	41	7	15	1.75
24806133--24806158	6	4.3	6	100	0	52	80	0	19	0	0.71
24806097--24806178	36	2.3	36	81	6	96	69	1	24	4	1.15
24806442--24806535	47	2.0	47	87	0	134	29	24	9	36	1.87
24807725--24807784	23	2.6	23	76	12	59	5	23	0	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24808157--24808188	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
24808154--24808187	9	3.7	9	92	7	59	20	0	0	79	0.73
24812607--24812638	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
24812607--24812637	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
24825416--24825492	34	2.2	35	90	4	120	38	19	7	33	1.81
24860321--24860468	42	3.5	42	79	1	154	30	24	14	30	1.95
24860302--24860456	84	1.8	84	87	0	220	29	26	15	28	1.96
24864559--24864653	46	2.1	45	84	5	120	26	14	17	41	1.89
24869132--24869231	26	4.0	25	73	13	73	59	3	4	34	1.32
24869146--24869292	27	5.8	25	73	10	95	62	5	4	27	1.37
24869310--24869446	50	2.8	50	73	14	133	56	4	7	32	1.47
24869300--24869481	47	3.7	47	75	11	136	57	4	7	31	1.46
24871054--24871137	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
24871006--24871228	49	4.5	49	88	2	302	25	17	27	29	1.97
24879747--24879889	50	2.9	50	95	0	250	29	26	18	25	1.98
24881010--24881051	18	2.4	18	80	4	50	38	9	14	38	1.78
24888866--24888898	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
24889429--24889642	45	4.9	44	85	6	197	28	28	21	21	1.99
24889467--24889642	45	3.9	45	86	4	239	28	28	22	20	1.98
24905441--24905542	27	3.8	27	74	10	82	25	26	11	36	1.90
24905929--24905991	27	2.3	27	83	5	74	36	22	7	33	1.83
24920328--24920360	17	2.0	17	88	5	50	54	0	9	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24923394--24923454	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
24923846--24924035	95	2.0	95	100	0	380	33	4	17	44	1.69
24926969--24927009	16	2.4	16	88	8	55	60	2	4	31	1.30
24927731--24927772	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
24934068--24934142	35	2.1	34	97	0	123	40	17	5	37	1.72
24936036--24936176	40	3.6	40	81	1	106	24	26	22	26	2.00
24936036--24936257	41	5.6	40	82	1	196	24	25	23	26	2.00
24936072--24936257	41	4.6	41	83	4	200	24	24	24	26	2.00
24937446--24937521	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
24952418--24952603	41	4.6	41	89	0	232	23	25	24	25	2.00
24952418--24952601	81	2.3	82	81	7	223	23	26	25	25	2.00
24953792--24953867	38	2.0	38	97	0	143	32	23	11	31	1.91
24970218--24970290	36	2.0	37	84	12	98	41	9	20	28	1.84
24977541--24977682	48	3.0	48	84	1	196	28	20	21	28	1.98
24982795--24982950	40	3.9	40	85	6	226	24	28	22	24	1.99
24991971--24992124	40	3.8	40	85	6	222	24	28	22	24	1.99
24996485--24996539	27	2.0	27	96	0	101	12	10	21	54	1.68
25000428--25000474	24	2.0	24	84	16	62	34	0	14	51	1.43
25008323--25008494	40	4.3	40	83	6	190	28	26	20	25	1.99
25029568--25029600	11	3.1	11	95	4	59	15	9	9	66	1.43
25034494--25034597	25	4.2	25	71	10	79	30	21	25	23	1.99
25034464--25034597	50	2.7	48	81	6	135	31	18	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25034540--25034622	25	3.4	24	82	12	89	33	20	27	18	1.96
25034541--25034675	49	2.7	50	78	10	134	37	20	24	18	1.94
25034615--25034673	24	2.4	24	88	8	84	37	20	23	18	1.94
25044705--25044874	46	3.7	46	76	14	188	22	19	28	30	1.98
25044699--25044869	93	1.8	93	92	2	290	21	19	28	29	1.98
25049356--25049415	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
25056811--25056870	30	2.0	30	90	0	93	40	5	26	28	1.77
25061223--25061330	43	2.5	43	73	11	121	31	25	15	27	1.96
25068370--25068470	43	2.3	43	79	3	114	32	21	17	27	1.96
25071693--25071785	25	3.8	25	75	16	95	24	22	19	33	1.97
25076790--25076873	42	2.0	42	95	0	150	48	14	9	27	1.74
25076792--25076886	42	2.3	42	88	1	138	50	14	6	28	1.67
25080550--25080589	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
25092100--25092175	38	2.0	38	97	0	143	36	18	17	27	1.93
25094119--25094201	41	2.0	41	100	0	166	42	28	2	26	1.68
25103009--25103068	29	2.1	29	100	0	120	35	13	13	38	1.84
25104103--25104186	41	2.0	41	100	0	168	29	22	14	33	1.93
25104410--25104464	27	2.0	27	100	0	110	67	7	18	7	1.38
25108433--25108475	18	2.2	20	88	12	72	32	0	6	60	1.23
25108433--25108477	19	2.4	19	92	7	74	35	0	6	57	1.25
25109509--25109542	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
25109758--25109800	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25109765--25109805	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
25114623--25114676	19	2.8	18	75	10	54	55	1	1	40	1.21
25114663--25114744	37	2.2	37	82	0	110	63	3	1	31	1.19
25122328--25122382	5	10.4	5	81	18	51	18	1	0	80	0.81
25122352--25122386	8	4.4	8	89	10	54	25	0	0	74	0.82
25122344--25122385	13	3.2	13	87	12	59	21	0	0	78	0.75
25122339--25122386	16	2.9	16	82	14	62	22	0	0	77	0.78
25137659--25137704	20	2.3	22	75	21	55	47	2	0	50	1.13
25137666--25137703	10	3.9	10	82	3	51	55	2	0	42	1.14
25145186--25145504	46	7.0	46	88	1	399	39	15	24	21	1.91
25145186--25145527	137	2.5	138	84	2	422	40	15	23	21	1.91
25150883--25150934	20	2.6	20	74	17	54	13	17	25	44	1.85
25155684--25155869	93	2.0	93	97	0	354	38	2	16	43	1.62
25156964--25157114	41	3.9	39	75	17	129	14	31	22	31	1.94
25157006--25157066	20	3.0	21	83	7	81	16	32	21	29	1.95
25157035--25157101	34	1.9	35	87	3	100	13	32	23	29	1.93
25163888--25164058	44	3.9	44	77	9	161	32	23	16	27	1.96
25170144--25170266	51	2.4	51	77	5	124	30	14	26	28	1.95
25177191--25177228	18	2.2	18	90	4	60	28	2	7	60	1.38
25178725--25178766	20	2.1	20	86	8	59	52	9	9	28	1.65
25179495--25179566	32	2.2	32	85	4	92	34	37	19	8	1.82
25184240--25184314	39	1.9	39	86	5	107	29	14	25	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25200331--25200600	95	2.8	97	81	8	284	24	29	19	26	1.98
25200331--25200609	145	1.9	147	86	5	395	24	29	18	26	1.98
25200331--25200611	50	5.8	49	81	9	306	24	29	18	26	1.98
25204564--25204607	22	2.0	23	86	4	63	47	0	6	45	1.29
25204782--25204838	28	2.0	28	83	6	71	56	5	0	38	1.22
25207811--25207917	45	2.3	45	84	6	135	34	12	28	25	1.91
25207845--25208057	92	2.3	94	78	8	238	29	14	31	23	1.94
25207892--25208189	47	6.3	49	72	9	172	28	17	31	21	1.96
25207614--25208143	94	5.8	94	71	9	292	29	16	29	23	1.96
25210888--25211034	72	2.0	72	96	0	267	52	6	4	36	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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