genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16662268--16662418	68	2.2	68	93	0	257	25	15	26	31	1.96
16662372--16662642	28	9.7	28	90	0	382	26	14	30	28	1.95
16665147--16665180	18	2.0	17	88	11	52	44	8	0	47	1.34
16668862--16668903	21	2.0	21	81	9	50	38	7	23	30	1.82
16671879--16671936	30	1.9	30	92	0	98	31	12	25	31	1.92
16672281--16672644	49	7.7	48	75	11	272	28	19	28	23	1.98
16691941--16692001	28	2.1	28	82	11	70	11	13	19	55	1.67
16698100--16698142	12	3.6	12	100	0	86	34	16	23	25	1.95
16702124--16702175	26	2.0	26	92	0	86	28	13	15	42	1.85
16704354--16704403	13	3.8	13	75	19	50	68	0	6	26	1.13
16706195--16706233	19	2.1	19	95	0	69	35	10	23	30	1.88
16707394--16707438	8	5.5	8	82	15	56	8	6	0	84	0.78
16711655--16711701	21	2.3	19	80	20	51	34	6	8	51	1.58
16711679--16712107	18	24.8	18	72	15	205	44	11	13	30	1.79
16711720--16711859	73	1.9	71	85	5	192	45	12	11	30	1.78
16711900--16712110	35	6.0	34	72	17	137	43	11	14	30	1.81
16711967--16712110	55	2.7	53	82	3	180	45	11	13	29	1.78
16711679--16712110	17	25.0	18	71	14	234	45	11	13	29	1.79
16712173--16712213	8	5.0	8	83	16	57	14	0	0	85	0.60
16712174--16712214	9	4.8	9	80	19	52	12	0	0	87	0.53
16712174--16712214	17	2.4	17	88	11	66	12	0	0	87	0.53
16712174--16712214	18	2.4	17	87	4	64	12	0	0	87	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16712243--16712290	15	3.0	16	80	19	64	41	12	14	31	1.83
16712346--16712393	17	2.7	18	76	23	57	41	10	16	31	1.82
16712976--16713022	24	2.0	24	95	0	85	2	23	4	70	1.16
16713017--16713051	15	2.5	14	90	9	54	0	5	14	80	0.89
16713554--16713670	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
16713569--16713670	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
16713669--16713701	14	2.3	15	89	5	50	21	0	3	75	0.93
16713943--16714139	50	3.7	53	86	8	278	34	18	16	30	1.93
16713943--16714139	104	1.9	104	92	3	333	34	18	16	30	1.93
16714154--16714186	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
16714147--16714194	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
16714314--16714346	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
16714307--16714354	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
16714052--16714414	160	2.2	161	95	2	656	38	17	15	29	1.90
16714342--16714507	86	1.9	87	84	8	221	34	18	20	26	1.95
16714430--16715451	72	14.1	72	94	1	1688	33	18	17	31	1.94
16714430--16715439	217	4.6	217	95	0	1738	33	18	17	31	1.94
16714430--16715451	145	7.1	144	94	1	1681	33	18	17	31	1.94
16727461--16727501	18	2.3	18	91	0	64	39	9	14	36	1.79
16727568--16727654	16	5.2	16	73	10	75	58	10	9	21	1.59
16727644--16727691	23	2.2	21	92	7	78	52	8	2	37	1.44
16727641--16727698	23	2.7	20	82	12	71	51	8	1	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16727644--16727704	22	2.8	23	85	7	74	52	8	1	37	1.41
16727652--16727704	23	2.3	23	87	6	72	49	5	1	43	1.37
16727538--16727771	128	1.8	129	90	0	380	52	10	8	28	1.65
16727697--16727807	17	6.4	17	79	14	111	50	9	13	26	1.72
16727569--16727807	35	6.7	35	71	18	120	52	9	10	28	1.66
16727538--16727807	128	2.1	127	86	4	364	52	10	9	28	1.65
16728955--16729026	30	2.4	30	85	0	108	45	2	20	30	1.65
16729955--16729980	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
16731449--16731496	21	2.4	21	86	6	64	58	4	6	31	1.42
16731458--16731510	21	2.6	21	85	8	65	54	7	5	32	1.52
16731579--16731613	16	2.1	16	89	10	52	48	0	0	51	1.00
16731687--16731729	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
16731765--16731824	29	2.0	30	81	9	70	61	3	5	30	1.33
16733398--16733904	75	6.7	75	86	5	650	32	18	16	32	1.93
16733398--16734049	227	2.8	226	84	7	785	31	19	16	32	1.94
16733819--16733993	91	2.0	88	86	5	244	32	20	19	27	1.97
16733743--16734049	165	1.9	164	87	3	454	29	20	17	32	1.96
16733990--16734117	61	2.1	61	82	0	157	30	24	16	28	1.96
16744208--16744351	18	8.1	18	83	7	177	45	11	13	29	1.78
16744413--16744454	8	5.0	8	83	11	57	16	0	0	83	0.65
16744414--16744456	10	4.2	10	82	11	52	13	0	0	86	0.58
16744414--16744456	18	2.4	18	88	0	68	13	0	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16744447--16744486	20	2.0	21	95	5	73	32	10	12	45	1.75
16744485--16744532	15	3.0	16	80	19	64	41	12	14	31	1.83
16744588--16744635	17	2.7	18	76	23	57	41	10	16	31	1.82
16745223--16745270	24	2.0	24	95	0	87	2	22	4	70	1.15
16745264--16745296	14	2.5	13	90	9	50	0	6	12	81	0.85
16745804--16745920	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
16745819--16745920	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
16745916--16745953	16	2.4	17	91	8	62	23	0	2	73	0.95
16750286--16750315	7	4.3	7	95	0	51	56	3	0	40	1.16
16758868--16758904	6	5.4	7	81	18	51	70	2	0	27	1.01
16758868--16758904	13	2.7	14	84	15	51	70	2	0	27	1.01
16772646--16772692	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
16774332--16774374	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
16774811--16774840	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
16774803--16774857	25	2.2	24	87	3	74	65	0	0	34	0.93
16779576--16779602	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
16782356--16782390	18	2.1	17	89	10	54	42	0	8	48	1.33
16783390--16783426	6	6.2	6	87	0	56	18	18	16	45	1.85
16787245--16787343	48	2.1	48	100	0	198	27	21	12	39	1.88
16790509--16790604	28	3.4	28	92	1	147	25	13	33	28	1.93
16802128--16802184	23	2.5	23	83	11	64	26	17	21	35	1.95
16803784--16803809	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16807273--16807322	4	12.5	4	100	0	100	50	26	0	24	1.50
16808341--16808391	27	1.9	27	84	4	68	49	13	11	25	1.76
16811146--16811192	23	2.0	25	83	8	62	36	21	4	38	1.73
16815719--16815785	22	3.1	21	71	14	64	22	11	7	58	1.58
16819217--16819392	46	3.8	46	76	12	198	21	21	28	28	1.98
16819214--16819385	93	1.8	93	94	0	308	21	22	29	27	1.99
16822312--16822380	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
16822303--16822390	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
16824779--16824951	46	3.7	46	76	10	181	21	20	28	28	1.98
16824773--16824944	93	1.8	93	91	0	281	22	20	28	28	1.99
16827430--16827496	33	2.0	33	100	0	134	34	20	17	26	1.96
16827513--16827645	39	3.4	39	93	1	223	24	31	25	18	1.98
16827543--16827741	39	5.1	39	91	2	226	25	30	23	20	1.98
16827513--16827741	78	2.9	77	83	5	250	25	31	23	19	1.98
16830502--16830594	41	2.2	43	86	5	127	34	24	15	25	1.94
16831526--16831559	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
16835506--16835556	23	2.4	22	84	15	72	45	7	3	43	1.51
16847985--16848223	125	1.9	125	88	0	361	36	12	12	37	1.82
16853214--16853375	86	1.9	87	82	11	208	29	18	24	27	1.98
16865865--16866087	47	4.8	46	75	17	203	22	19	28	29	1.98
16865861--16866087	93	2.4	93	95	0	409	22	19	28	29	1.98
16865911--16866080	47	3.6	47	78	13	215	22	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16868119--16868166	19	2.5	19	96	0	87	20	25	31	22	1.98
16875260--16876079	272	3.0	273	96	0	1471	28	25	12	33	1.93
16881065--16881106	20	2.1	20	100	0	84	50	4	0	45	1.23
16889121--16889168	23	2.1	23	96	0	87	18	29	12	39	1.88
16903020--16903191	46	3.7	45	78	7	166	24	29	15	30	1.96
16906504--16906552	22	2.2	21	82	10	62	24	8	2	65	1.31
16906534--16906583	20	2.4	21	86	6	66	40	4	6	50	1.46
16912773--16912805	17	1.9	17	93	0	57	54	12	3	30	1.52
16914092--16914119	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
16919827--16920318	174	2.8	174	88	4	670	29	12	16	41	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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