Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  245  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81248365--81248435
8
8.6
8
75
14
56
0
8
7
84
0.78
81248350--81248440
39
2.3
40
83
12
116
0
12
5
82
0.83
81248365--81248443
19
4.1
19
86
13
117
0
8
7
83
0.81
81260200--81260232
11
3.1
11
86
8
50
63
0
27
9
1.24
81261887--81262108
46
4.8
46
89
1
320
41
14
24
19
1.88
81262931--81263062
46
2.8
47
87
3
178
21
23
25
30
1.99
81265850--81265897
25
1.9
25
83
8
62
35
0
8
56
1.30
81268576--81268610
3
11.7
3
87
0
52
28
2
2
65
1.21
81273292--81273318
13
2.1
13
100
0
54
22
44
0
33
1.53
81279802--81279890
44
2.0
44
89
4
135
29
30
20
20
1.97
81281744--81281787
18
2.5
17
77
3
52
13
38
27
20
1.90
81282974--81283025
24
2.2
25
82
6
63
44
13
0
42
1.44
81283405--81283440
16
2.2
16
100
0
72
58
0
0
41
0.98
81283405--81283446
16
2.6
16
92
3
57
59
0
0
40
0.97
81286765--81287154
131
3.0
130
82
2
440
30
18
16
34
1.94
81286807--81287154
132
2.6
131
83
1
410
28
20
16
34
1.95
81298809--81299298
44
11.1
44
83
4
589
29
14
29
26
1.95
81298810--81299298
88
5.6
88
89
0
717
29
14
29
26
1.95
81298810--81299298
132
3.7
132
86
2
687
29
14
29
26
1.95
81302080--81302464
131
2.9
130
83
1
455
29
18
17
34
1.94
81312494--81312531
18
2.1
18
85
9
51
71
2
7
18
1.23
81315027--81315055
14
2.1
14
100
0
58
34
6
6
51
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81315826--81315983
35
4.5
35
82
7
151
31
20
20
27
1.97
81315927--81315983
17
3.1
19
71
23
59
35
24
14
26
1.93
81317579--81317619
21
2.0
21
85
0
55
29
21
29
19
1.98
81319883--81319954
27
2.8
25
81
8
90
33
22
26
18
1.96
81319814--81319976
24
6.6
25
70
15
81
34
19
25
20
1.96
81333466--81334506
520
2.0
520
99
0
2073
27
20
18
33
1.96
81337376--81337417
21
2.0
20
86
4
57
40
9
2
47
1.49
81338279--81338322
21
2.1
21
95
0
79
20
18
52
9
1.72
81342797--81342919
43
2.9
43
85
8
171
27
17
26
28
1.97
81350165--81350189
10
2.5
10
100
0
50
32
0
8
60
1.26
81350495--81350578
43
2.0
43
87
0
123
29
17
26
26
1.98
81350502--81350597
43
2.2
43
83
0
111
34
17
25
22
1.96
81357841--81357879
10
3.8
10
86
3
51
71
5
2
20
1.17
81360491--81360532
4
10.8
4
80
14
52
71
4
0
23
1.05
81360491--81360527
19
2.0
18
89
5
56
72
5
0
21
1.04
81367598--81367649
17
3.1
17
72
10
52
30
0
3
65
1.10
81369491--81369672
46
4.0
46
89
1
231
40
14
23
21
1.90
81369958--81369990
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
81372706--81372776
31
2.3
31
85
0
97
23
9
21
45
1.82
81391507--81391548
16
2.6
17
81
11
52
40
0
0
59
0.97
81392382--81392430
25
1.9
26
83
4
64
46
2
0
51
1.12
81392447--81392494
20
2.5
19
83
6
60
37
0
6
56
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81392454--81392494
20
2.0
20
90
0
64
36
0
7
56
1.27
81392950--81392981
3
10.7
3
100
0
64
31
0
0
68
0.90
81396600--81396634
3
11.3
3
93
6
61
65
0
0
34
0.93
81397312--81397355
20
2.1
21
87
4
63
75
6
11
6
1.20
81398498--81398574
38
2.0
38
82
5
93
22
27
27
23
1.99
81401332--81401476
40
3.6
40
85
0
191
25
25
26
22
2.00
81403428--81403471
22
2.0
22
86
0
61
52
0
0
47
1.00
81403425--81403509
18
4.8
17
71
25
52
48
1
0
50
1.08
81403497--81403526
15
1.9
16
93
6
53
56
0
3
40
1.16
81403564--81403620
15
3.5
15
73
17
60
52
1
0
45
1.11
81403570--81403619
17
2.9
17
72
21
59
54
2
0
44
1.11
81421050--81421080
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
81433428--81433465
19
2.0
19
94
0
67
28
10
13
47
1.76
81434882--81434942
32
1.9
32
93
0
104
49
18
4
27
1.68
81434882--81434955
32
2.5
30
85
10
91
50
18
4
27
1.65
81434915--81434969
27
2.0
27
86
6
76
49
18
5
27
1.69
81440119--81440224
55
2.0
53
84
3
140
45
6
32
16
1.73
81440153--81440193
22
2.0
22
85
9
59
53
0
31
14
1.41
81464638--81464671
1
34.0
1
100
0
68
100
0
0
0
0.00
81465309--81465414
55
2.0
53
84
3
140
45
6
32
16
1.73
81465343--81465383
22
2.0
22
85
9
59
53
0
31
14
1.41
81479146--81479318
46
3.7
46
75
13
183
22
21
26
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81479143--81479313
93
1.8
93
92
0
288
22
22
27
28
1.99
81481208--81481232
13
1.9
13
100
0
50
0
12
0
88
0.53
81481811--81481851
6
6.8
6
85
0
55
2
34
12
51
1.52
81485692--81485864
46
3.7
46
77
15
203
21
20
27
29
1.98
81485689--81485858
93
1.8
93
94
0
304
21
20
28
28
1.98
81490759--81490908
60
2.5
60
81
13
175
27
26
19
26
1.99
81492985--81493013
12
2.3
13
94
5
51
72
0
3
24
1.00
81496006--81496191
41
4.5
41
79
4
169
29
14
24
31
1.94
81497954--81498048
47
2.0
47
95
0
172
34
21
8
35
1.83
81500464--81500495
13
2.4
14
85
15
50
75
0
6
18
1.01
81515459--81515543
37
2.3
37
87
0
116
30
20
23
25
1.98
81515525--81515703
48
3.7
48
87
3
254
26
18
26
28
1.98
81519579--81519658
42
1.9
42
84
0
106
30
15
21
33
1.94
81521001--81521186
41
4.6
40
83
4
194
26
13
25
33
1.93
81529807--81529967
80
2.0
80
100
0
322
38
19
20
21
1.94
81531076--81531156
37
2.2
37
84
4
101
32
18
9
39
1.84
81534800--81534857
20
2.9
19
71
14
55
62
0
3
34
1.12
81534836--81534881
23
2.0
23
86
0
65
67
0
0
32
0.91
81541205--81541276
35
2.1
35
91
0
117
66
4
2
26
1.23
81552069--81552252
72
2.6
72
98
0
350
41
23
7
27
1.80
81552253--81552287
3
11.7
3
100
0
70
68
0
0
31
0.90
81556506--81556761
72
3.6
72
99
0
503
42
24
6
27
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81556762--81556793
3
10.7
3
100
0
64
68
0
0
31
0.90
81559166--81559209
21
2.0
22
82
4
54
56
0
0
43
0.99
81560213--81560250
16
2.3
17
90
4
60
44
7
0
47
1.32
81560474--81560502
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
81561495--81561527
17
1.9
18
88
11
52
69
6
0
24
1.10
81561593--81561646
18
3.0
17
80
20
65
66
1
0
31
1.02
81561595--81561645
9
5.7
9
75
15
52
68
1
0
29
1.00
81562146--81562189
22
2.0
22
86
8
63
61
0
2
36
1.09
81570519--81570601
24
3.4
25
73
17
77
24
24
20
31
1.98
81579614--81579654
16
2.6
16
84
0
64
46
14
0
39
1.45
81588935--81588997
30
2.1
30
96
0
117
36
6
3
53
1.42
81594687--81594740
27
2.1
26
89
6
83
37
22
11
29
1.89
81596246--81596289
22
2.0
22
81
4
52
22
20
2
54
1.56
81596854--81596885
17
1.9
17
93
6
57
56
9
3
31
1.47
81603244--81603342
40
2.4
41
81
11
112
29
18
25
27
1.98
81604725--81604804
39
2.1
39
82
0
97
30
10
20
40
1.85
81608720--81608759
21
1.9
21
85
10
55
25
17
20
37
1.94
81608946--81608991
21
2.1
22
88
4
67
60
13
6
19
1.54
81615095--81615129
16
2.2
16
90
10
54
57
0
0
42
0.99
81615515--81615553
21
2.0
21
85
10
55
46
5
0
48
1.24
81619065--81619142
39
2.0
39
100
0
156
38
7
17
35
1.79
81630147--81630181
13
2.5
14
90
9
54
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81631686--81631836
75
2.0
75
100
0
302
25
15
17
41
1.89
81635673--81635725
20
2.7
20
97
2
99
60
3
11
24
1.47
81640474--81640635
43
3.8
43
84
1
182
27
9
21
41
1.84
81641953--81641998
24
1.9
24
90
0
74
17
32
19
30
1.95
81642129--81642179
26
2.0
26
84
0
66
19
21
21
37
1.95
81643716--81643775
26
2.3
26
88
5
86
35
15
8
41
1.77
81646527--81646735
47
4.5
47
84
3
208
22
15
30
30
1.95
81654217--81654276
30
2.0
30
93
0
102
38
6
25
30
1.81
81654699--81654871
46
3.7
46
76
14
185
22
20
27
29
1.98
81654696--81654866
93
1.8
93
91
2
281
22
20
28
28
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344