genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48718989--48719040	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
48721809--48721867	31	1.9	30	83	10	75	47	3	20	28	1.66
48722137--48722161	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
48727446--48727500	26	2.1	26	100	0	110	29	10	3	56	1.51
48727542--48727582	17	2.3	18	87	4	57	24	24	0	51	1.49
48740020--48740059	18	2.2	19	95	4	73	65	5	0	30	1.14
48753625--48753831	53	3.8	54	78	1	227	21	23	16	37	1.93
48756670--48756831	81	2.0	81	95	0	288	31	16	11	40	1.85
48762095--48762173	28	2.8	28	80	0	86	36	11	22	29	1.89
48762583--48762623	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
48765164--48765306	55	2.6	55	75	7	137	13	27	28	30	1.95
48781417--48781494	28	2.8	28	84	7	104	34	14	24	26	1.93
48795892--48795977	43	2.0	43	82	13	106	26	30	19	23	1.98
48798856--48798922	35	1.9	35	100	0	134	50	11	8	28	1.69
48799058--48799188	53	2.4	53	80	7	140	19	25	19	35	1.96
48800852--48800958	42	2.5	42	80	0	115	30	27	14	28	1.95
48807583--48807620	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
48808391--48808450	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
48815124--48815161	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
48815386--48815558	46	3.7	46	76	11	174	30	26	19	23	1.98
48815391--48815561	93	1.8	93	88	2	263	29	27	19	22	1.98
48815981--48816040	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48817936--48818115	96	1.9	96	88	0	270	35	16	33	14	1.89
48819540--48819578	21	2.0	20	90	10	62	33	5	0	61	1.18
48819558--48819594	9	4.1	9	89	0	56	43	2	0	54	1.14
48820945--48820998	6	8.7	6	88	8	81	83	0	0	16	0.65
48824077--48824132	18	3.1	18	94	0	103	21	28	23	26	1.99
48829059--48829100	20	2.0	21	86	13	61	30	2	2	64	1.19
48829825--48829877	26	2.0	26	100	0	106	37	15	7	39	1.75
48829935--48829976	13	3.2	13	83	9	50	73	4	4	16	1.17
48832345--48832382	18	2.1	18	85	9	51	44	21	5	28	1.73
48832679--48832731	24	2.2	24	82	0	61	37	15	16	30	1.90
48832696--48832733	6	6.3	6	85	11	51	34	15	13	36	1.87
48833958--48834088	55	2.4	55	90	0	199	29	30	18	21	1.97
48834849--48835167	49	6.7	46	74	13	222	21	27	21	29	1.99
48834993--48835166	95	1.8	94	90	3	278	21	28	21	29	1.98
48843079--48843212	40	3.4	40	91	3	200	25	22	27	24	2.00
48844592--48844722	55	2.4	55	90	0	208	27	29	20	22	1.98
48845480--48845796	47	6.7	46	75	9	246	21	29	20	28	1.98
48845589--48845799	95	2.3	91	84	5	280	23	31	19	26	1.98
48850202--48850378	49	3.6	49	81	5	171	27	19	28	24	1.99
48856954--48857016	15	4.2	15	74	6	56	20	14	12	52	1.74
48858995--48859059	31	2.1	31	100	0	130	21	9	12	56	1.63
48859937--48860158	49	4.6	49	74	6	150	27	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48860835--48861044	40	5.3	40	91	0	305	25	28	21	24	1.99
48860840--48861097	80	3.2	80	85	2	234	25	27	21	24	1.99
48860840--48861097	120	2.2	119	80	3	286	25	27	21	24	1.99
48868078--48868287	40	5.3	40	90	0	296	25	28	21	24	1.99
48868081--48868340	80	3.3	80	84	2	247	24	28	22	24	1.99
48868076--48868340	120	2.2	118	79	4	289	25	28	21	24	1.99
48871830--48871855	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
48885560--48885658	42	2.3	42	81	5	110	32	25	18	24	1.97
48887015--48887120	23	4.6	23	98	0	203	24	31	33	10	1.89
48888969--48889006	19	2.0	19	85	10	51	23	44	18	13	1.85
48889367--48889545	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
48891728--48892216	47	10.1	47	87	5	627	31	12	29	26	1.93
48891728--48892216	147	3.3	145	88	5	627	31	12	29	26	1.93
48891728--48892183	198	2.3	194	90	3	734	30	12	29	26	1.93
48892026--48892100	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
48892190--48892280	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
48892425--48892569	37	3.9	37	95	0	245	24	19	30	25	1.98
48893825--48894256	40	10.8	40	92	0	675	22	21	29	25	1.99
48894468--48894576	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
48896065--48896196	39	3.1	41	62	25	94	40	6	25	28	1.79
48896026--48896205	85	2.1	86	96	1	335	37	7	28	26	1.84
48898386--48898814	47	9.1	47	85	7	566	30	12	29	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48898386--48898814	98	4.5	94	87	7	575	30	12	29	26	1.93
48898387--48898811	145	3.0	144	89	5	609	30	12	29	26	1.93
48898788--48898878	46	2.0	46	82	0	110	32	10	31	24	1.90
48899025--48899167	37	3.9	37	96	0	250	24	18	31	25	1.98
48903534--48903592	12	4.9	12	85	0	73	33	11	16	37	1.86
48903531--48903594	6	10.7	6	86	0	65	32	10	15	40	1.82
48903534--48903594	24	2.5	24	91	0	95	34	11	16	37	1.85
48903531--48903592	18	3.4	18	81	0	79	32	11	16	40	1.83
48905715--48905773	19	3.1	19	73	4	64	42	18	27	11	1.85
48906749--48906778	14	2.1	14	93	0	51	26	0	3	70	1.03
48908962--48909165	40	5.1	40	88	4	261	23	22	28	25	1.99
48916999--48917162	40	4.1	41	87	6	221	23	23	28	24	2.00
48918555--48918589	18	1.9	18	88	0	52	54	8	2	34	1.46
48922182--48922209	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
48923713--48923871	27	5.8	27	89	2	219	29	23	8	38	1.83
48923668--48924017	27	12.9	27	79	6	161	36	21	8	34	1.84
48923689--48923900	54	3.9	54	81	2	226	32	22	8	36	1.83
48923864--48924102	54	4.4	53	72	11	187	40	19	9	30	1.84
48923850--48924102	27	9.3	27	75	10	149	39	20	9	30	1.84
48923832--48924073	108	2.2	108	78	5	247	39	20	8	31	1.83
48925002--48925071	25	2.8	25	88	0	104	27	22	22	27	1.99
48925291--48925373	31	2.7	30	89	7	132	28	14	26	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48929073--48929109	17	2.2	17	95	0	65	16	2	2	78	0.98
48931251--48931295	22	2.0	22	95	0	81	33	13	24	28	1.93
48931632--48931691	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
48931732--48931783	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
48932354--48932407	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
48932408--48932522	27	4.3	26	75	12	99	25	19	19	36	1.94
48932408--48932526	54	2.2	54	87	3	177	25	20	18	36	1.95
48932427--48932526	27	3.7	27	84	5	139	24	20	19	37	1.94
48932684--48932924	27	8.9	27	90	1	367	25	20	19	34	1.96
48932688--48932951	54	4.9	54	90	0	395	25	18	20	35	1.95
48932688--48932978	27	10.8	27	88	1	325	26	17	20	36	1.94
48932908--48933033	27	4.7	27	89	4	148	25	6	25	42	1.78
48932879--48933033	54	2.9	53	82	5	159	25	9	24	41	1.84
48936891--48936927	13	2.8	13	87	0	56	40	0	24	35	1.55
48939248--48939274	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
48939878--48939928	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
48945117--48945219	54	1.9	54	82	4	127	27	20	20	32	1.97
48945128--48945219	27	3.4	27	83	0	121	25	21	18	34	1.96
48951149--48951366	40	5.5	40	87	3	273	25	27	23	23	2.00
48961804--48961854	25	2.0	25	85	7	68	31	19	17	31	1.95
48961898--48961932	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
48961893--48961932	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48961892--48961944	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
48964933--48965052	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
48966687--48967273	47	12.4	48	92	2	820	32	9	30	27	1.89
48967005--48967129	25	5.2	25	62	24	72	28	9	32	29	1.89
48969557--48969866	40	7.7	41	88	3	169	24	22	27	25	2.00
48969556--48969911	80	4.4	80	86	3	416	24	21	27	25	1.99
48969556--48969911	120	3.0	120	85	4	443	24	21	27	25	1.99
48969637--48969911	40	6.9	40	91	0	406	24	22	28	25	1.99
48970197--48970302	43	2.5	43	95	3	187	25	14	32	28	1.94
48971220--48971339	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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