genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84261862--84261893	8	4.0	8	91	0	55	25	34	37	3	1.72
84266249--84266447	27	7.4	27	84	0	245	35	17	20	26	1.95
84267194--84267253	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
84282495--84282715	39	5.7	40	84	9	246	24	22	27	24	2.00
84282495--84282715	116	1.9	117	82	9	281	24	22	27	24	2.00
84290481--84290738	40	6.5	40	89	4	353	25	20	27	26	1.99
84290477--84290770	119	2.5	118	82	6	335	25	20	27	25	1.99
84293010--84293082	22	3.2	22	86	7	85	28	21	28	20	1.98
84293043--84293092	22	2.3	22	82	0	64	32	22	28	18	1.97
84298118--84298289	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
84298111--84298286	46	3.8	46	80	14	209	30	29	19	20	1.97
84305663--84305834	46	3.7	46	77	14	192	29	29	19	20	1.97
84305670--84305841	93	1.8	93	93	2	301	28	29	21	20	1.98
84305666--84305857	46	4.2	46	73	15	155	29	28	20	21	1.98
84308986--84309029	23	1.9	23	90	0	70	15	47	20	15	1.82
84314259--84314309	19	2.7	19	100	0	102	11	45	27	15	1.81
84316075--84316388	50	6.6	48	75	12	172	24	30	17	27	1.97
84316173--84316348	45	4.0	41	72	17	138	23	30	15	30	1.95
84337695--84337752	29	2.0	29	96	0	107	17	15	22	44	1.86
84341053--84341127	38	2.0	38	91	0	123	21	22	26	29	1.99
84342529--84342753	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
84342529--84342753	40	5.7	40	86	6	296	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84350466--84350688	40	5.6	40	86	5	274	26	27	21	24	1.99
84350466--84350688	119	1.9	120	83	6	292	26	27	21	24	1.99
84352241--84352381	43	3.3	43	94	0	246	11	24	34	30	1.90
84371273--84371393	49	2.5	47	80	11	131	29	25	17	27	1.97
84377649--84377869	40	5.6	40	85	3	223	24	21	28	25	1.99
84377724--84377906	79	2.3	80	81	3	210	25	20	28	25	1.99
84384848--84385068	40	5.6	40	85	3	223	24	21	28	25	1.99
84384923--84385105	79	2.3	80	81	3	210	25	20	28	25	1.99
84387082--84387123	17	2.5	17	76	7	50	7	11	7	73	1.23
84407778--84407806	11	2.7	11	94	5	51	41	10	0	48	1.37
84411977--84412018	21	2.2	19	87	12	59	19	4	50	26	1.67
84412310--84412356	7	6.6	7	97	2	85	40	0	0	59	0.97
84412309--84412383	7	9.2	8	80	16	68	37	0	2	60	1.11
84413172--84413213	18	2.6	16	81	11	50	47	4	0	47	1.23
84413276--84413337	14	4.4	14	77	0	61	41	40	1	16	1.57
84413276--84413337	7	8.9	7	78	7	54	41	40	1	16	1.57
84413623--84413658	15	2.4	15	90	0	54	50	30	0	19	1.48
84413806--84413919	48	2.4	47	83	15	155	20	0	29	50	1.49
84413924--84414092	41	4.1	41	89	2	223	21	22	17	37	1.94
84413943--84414092	41	3.6	41	92	0	246	22	24	16	36	1.94
84414477--84414521	20	2.3	20	88	3	65	11	17	4	66	1.38
84417382--84417466	28	3.0	28	85	0	125	55	8	7	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84419787--84419918	48	2.8	48	75	8	142	26	18	27	28	1.98
84419846--84420011	90	1.8	90	83	2	217	28	18	25	27	1.98
84419844--84420035	90	2.1	90	79	1	206	27	18	26	28	1.98
84433750--84433911	42	3.8	42	87	1	216	25	23	17	32	1.97
84439490--84439563	29	2.5	30	82	12	100	28	14	28	28	1.96
84439521--84440022	174	2.9	174	97	0	932	30	14	24	30	1.95
84442879--84443046	40	4.2	40	86	2	205	25	27	22	24	1.99
84443031--84443108	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
84456015--84456191	27	6.5	26	81	3	138	25	16	28	29	1.97
84456069--84456191	55	2.3	54	84	1	147	24	17	29	29	1.97
84456015--84456170	82	1.9	81	82	3	197	25	16	28	29	1.97
84456011--84456191	82	2.2	81	79	2	193	25	16	27	29	1.97
84464027--84464204	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
84464028--84464183	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
84464024--84464204	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
84464109--84464215	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
84467708--84467969	39	6.7	39	88	2	368	20	20	29	29	1.98
84472854--84472966	43	2.7	41	76	10	111	29	25	13	31	1.93
84473251--84473356	54	2.0	54	94	0	185	40	20	6	32	1.78
84479822--84479997	46	3.8	46	79	8	196	21	18	28	30	1.97
84479818--84479989	93	1.8	93	91	2	283	21	19	29	29	1.97
84485322--84485449	46	2.8	46	93	0	220	20	19	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84487091--84487295	40	5.1	40	86	4	245	25	26	21	25	2.00
84492461--84492645	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
84492462--84492645	40	4.6	40	82	9	207	24	22	27	25	2.00
84492514--84492678	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
84494147--84494371	40	5.7	40	88	3	285	28	28	19	22	1.98
84503557--84503779	40	5.6	40	86	7	271	24	22	27	25	2.00
84503556--84503779	79	2.8	80	84	8	287	25	22	27	25	2.00
84503556--84503813	79	3.3	79	81	9	208	26	22	27	24	2.00
84506590--84506615	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
84516470--84516512	21	2.0	21	86	9	59	25	0	18	55	1.42
84524925--84525053	44	3.0	43	76	11	138	23	16	28	31	1.96
84530498--84530578	41	2.0	41	85	7	112	29	30	13	25	1.94
84547349--84547515	40	4.2	40	89	5	234	25	23	26	24	2.00
84547349--84547515	79	2.1	79	86	6	232	25	23	26	24	2.00
84550060--84550099	21	1.9	21	85	10	55	30	27	17	25	1.97
84554292--84554352	29	2.1	29	93	0	104	31	16	21	31	1.95
84561514--84561573	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
84564251--84564363	56	2.0	56	96	0	208	26	25	20	27	1.99
84569013--84569072	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
84573481--84573515	12	3.0	12	87	8	54	80	0	14	5	0.89
84574753--84574954	40	5.1	40	90	0	305	25	22	29	23	1.99
84582746--84583024	40	7.0	40	91	0	432	24	22	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84586576--84586647	28	2.6	28	84	0	90	26	37	12	23	1.90
84607759--84607832	37	2.0	37	82	15	91	40	24	9	25	1.85
84613484--84613594	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
84613507--84613651	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
84618121--84618345	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
84618121--84618351	119	1.9	119	81	6	270	25	21	28	25	1.99
84635582--84635692	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
84635605--84635749	40	3.6	40	86	0	200	22	26	24	26	2.00
84639810--84639874	32	2.0	32	96	0	121	29	26	9	35	1.87
84640002--84640103	28	3.6	28	76	10	100	24	30	18	26	1.98
84639969--84640103	56	2.4	56	85	1	173	23	28	20	28	1.99
84646079--84646171	32	2.9	32	91	0	141	29	24	10	35	1.89
84646273--84646374	28	3.6	28	78	10	118	24	31	17	26	1.97
84646240--84646374	56	2.4	56	87	1	191	23	28	19	28	1.98
84648019--84648121	28	3.7	28	83	5	136	28	33	13	25	1.94
84648335--84648369	16	2.2	16	89	0	52	8	14	20	57	1.63
84648627--84648666	21	1.9	21	84	0	53	37	22	10	30	1.87
84651641--84651721	34	2.4	34	85	4	101	24	27	23	24	2.00
84658050--84658079	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
84659176--84659257	25	3.3	25	72	16	80	30	20	23	25	1.99
84664690--84664777	41	2.1	41	91	0	140	47	1	17	34	1.55
84664693--84664762	28	2.6	27	74	14	81	51	1	12	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84664694--84664813	13	9.0	13	72	15	84	45	0	15	38	1.53
84669254--84669309	3	19.0	3	96	3	105	33	0	0	66	0.92
84678200--84678240	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
84691511--84691636	25	5.3	25	66	24	92	34	11	26	26	1.91
84691536--84691611	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
84691496--84691701	94	2.2	94	87	3	290	33	12	29	24	1.91
84691468--84691661	47	4.1	47	93	0	307	34	10	28	26	1.89
84692927--84693389	47	9.6	47	94	1	701	29	28	8	33	1.86
84695000--84695024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
84697698--84697731	13	2.6	13	80	0	50	5	20	32	41	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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