genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71019865--71019889	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
71020979--71021181	44	4.7	43	84	7	243	25	19	25	30	1.98
71024991--71025213	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
71025145--71025222	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71032884--71033102	40	5.5	40	85	3	228	26	28	21	24	1.99
71033034--71033111	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71047301--71047523	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
71047455--71047532	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71055180--71055402	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
71055334--71055411	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71060831--71060857	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
71061951--71062070	44	2.7	44	89	2	179	22	19	28	30	1.98
71067507--71067537	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
71067525--71067560	5	7.8	5	87	12	51	61	0	0	38	0.96
71067751--71067828	25	3.4	25	64	20	69	39	12	7	39	1.72
71067731--71067828	44	2.2	44	98	0	187	39	12	8	39	1.72
71076647--71076770	47	2.7	46	82	9	155	28	19	28	24	1.98
71090835--71090870	18	2.1	17	89	5	54	22	30	36	11	1.89
71092108--71092140	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
71092119--71092172	26	2.2	24	83	12	65	44	0	5	50	1.25
71093501--71093526	11	2.4	11	100	0	52	46	23	0	30	1.53
71103093--71103178	43	2.0	43	81	4	102	26	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71122699--71122786	45	2.0	45	97	0	167	22	19	20	37	1.94
71160733--71160951	79	2.8	79	83	4	253	15	18	25	41	1.89
71160732--71160951	40	5.6	40	84	5	268	15	18	25	41	1.89
71160745--71160966	119	1.9	117	82	6	277	14	17	26	41	1.88
71161442--71161466	12	2.1	12	100	0	50	24	8	28	40	1.83
71170840--71170885	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
71176488--71176548	24	2.6	24	89	2	88	47	13	21	18	1.82
71176809--71176880	28	2.5	28	78	10	74	30	15	29	25	1.96
71176806--71176881	29	2.7	29	74	10	84	30	14	28	26	1.95
71189841--71189908	19	3.4	19	69	11	64	47	1	8	42	1.43
71189833--71189914	41	2.0	41	100	0	164	46	2	12	39	1.54
71190791--71190836	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
71196455--71196507	25	2.1	25	96	0	97	39	15	26	18	1.90
71203016--71203118	48	2.2	48	94	1	181	27	14	35	22	1.93
71206294--71206337	22	1.9	24	86	9	65	52	4	4	38	1.42
71209118--71209233	40	2.9	40	92	0	187	32	34	14	18	1.91
71209551--71209671	48	2.5	48	86	5	154	20	29	28	21	1.98
71209576--71209671	48	2.0	48	93	0	165	21	27	28	22	1.99
71215341--71215389	25	2.0	25	100	0	98	28	4	28	38	1.75
71216943--71217148	53	3.9	54	81	6	222	21	25	16	35	1.95
71217127--71217248	47	2.6	47	97	0	226	26	24	13	36	1.92
71218524--71218565	19	2.2	19	100	0	84	11	28	9	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71225780--71225804	12	2.1	12	100	0	50	28	32	8	32	1.86
71227707--71228090	126	3.0	126	99	0	750	38	18	15	27	1.91
71234656--71234698	11	4.0	11	81	3	52	72	16	4	6	1.24
71234658--71234698	22	1.9	21	90	5	64	73	17	2	7	1.17
71236106--71236150	21	2.2	20	84	4	54	62	13	0	24	1.31
71240813--71240837	8	3.1	8	100	0	50	48	16	0	36	1.46
71260724--71260951	46	5.0	46	92	1	341	39	14	23	22	1.91
71262791--71262849	18	3.2	18	75	17	59	49	11	16	22	1.78
71262800--71262897	31	3.2	31	83	0	124	47	13	17	21	1.81
71263047--71263148	27	3.8	26	85	5	123	38	21	22	17	1.93
71263307--71263371	22	3.0	22	84	8	87	35	21	21	21	1.96
71263826--71263992	27	6.2	27	88	0	217	25	18	19	36	1.94
71263797--71263992	54	3.6	54	83	0	232	25	19	19	35	1.95
71263950--71264371	27	15.7	26	81	6	382	30	8	21	39	1.84
71263977--71264371	54	7.3	54	87	0	484	31	8	21	39	1.82
71269136--71269453	49	6.6	48	76	8	213	23	26	20	29	1.99
71269233--71269453	46	4.7	48	79	5	227	24	26	19	28	1.99
71269233--71269451	94	2.3	94	83	3	271	24	26	19	29	1.99
71270751--71270849	35	2.9	35	95	1	182	36	30	13	20	1.90
71273859--71273894	17	2.1	17	94	0	63	52	11	0	36	1.37
71273474--71274261	262	3.0	267	90	3	1232	38	15	4	40	1.69
71277503--71277533	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71279146--71279221	37	2.1	36	83	11	93	40	0	2	56	1.13
71286003--71286069	27	2.5	27	87	4	91	28	26	13	31	1.94
71289637--71289903	47	5.7	48	71	12	189	23	31	19	25	1.98
71292315--71292342	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
71295798--71295905	26	4.2	26	93	0	189	37	25	6	31	1.81
71296613--71296657	23	2.0	23	100	0	90	44	24	8	22	1.81
71299146--71299175	15	2.0	15	100	0	60	66	6	20	6	1.38
71316457--71316563	26	4.2	26	91	2	171	34	24	7	33	1.83
71316457--71316563	51	2.1	52	92	1	180	34	24	7	33	1.83
71330340--71330561	40	5.6	40	92	1	349	27	26	22	22	1.99
71339095--71339184	9	9.8	9	69	17	51	10	7	3	78	1.05
71339084--71339156	36	2.0	36	86	10	103	5	12	5	76	1.12
71339116--71339168	26	2.0	26	89	7	81	5	11	3	79	1.03
71339099--71339165	26	2.6	25	81	13	73	5	10	4	79	1.05
71339359--71339404	23	2.0	23	87	4	67	78	0	10	10	0.97
71342348--71342421	30	2.5	30	86	0	103	24	22	20	32	1.98
71355158--71355384	50	4.5	50	83	2	278	29	20	26	22	1.99
71355158--71355384	100	2.3	100	86	1	312	29	20	26	22	1.99
71362342--71362388	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
71362662--71362913	46	5.7	46	86	8	333	22	24	14	38	1.91
71362828--71362903	38	2.0	38	97	0	143	23	25	18	32	1.97
71366380--71366700	50	6.5	50	82	2	362	27	19	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71368617--71368877	48	5.5	48	78	4	264	21	27	21	29	1.98
71368617--71368877	142	1.9	140	86	4	373	21	27	21	29	1.98
71368662--71368876	94	2.3	92	88	4	315	20	28	20	30	1.98
71373772--71373807	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
71378585--71378697	49	2.3	49	79	11	124	24	27	17	30	1.97
71378715--71378929	46	4.6	48	75	5	181	23	27	20	28	1.99
71378715--71378928	94	2.3	93	82	4	243	23	27	21	28	1.99
71382346--71382394	20	2.4	21	80	13	57	57	2	0	40	1.10
71382292--71382385	35	2.8	34	74	17	97	52	4	3	40	1.37
71382457--71382534	22	3.5	23	74	10	65	62	0	1	35	1.03
71382487--71382517	10	3.2	10	90	9	55	61	0	0	38	0.96
71382514--71382553	14	2.9	14	88	0	62	80	0	5	15	0.88
71383533--71383560	8	3.5	8	100	0	56	28	14	35	21	1.92
71387340--71387384	23	2.0	23	82	8	56	35	22	2	40	1.66
71387708--71387847	39	3.6	39	96	0	235	36	23	27	12	1.91
71390904--71390937	17	2.0	17	88	0	50	8	20	38	32	1.84
71393244--71393326	41	2.0	41	95	0	148	31	16	9	42	1.81
71411445--71411469	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
71422412--71422747	170	2.0	170	98	0	645	35	22	11	31	1.89
71424938--71424962	11	2.3	11	100	0	50	48	8	8	36	1.62
71425002--71425036	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
71428239--71428290	24	2.2	24	100	0	104	42	44	5	7	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71431477--71431511	17	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
71431639--71431712	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
71434637--71434665	15	2.0	15	93	6	51	10	13	27	48	1.75
71436593--71436711	15	8.3	15	74	15	83	15	0	40	42	1.53
71436596--71436727	7	18.6	7	72	16	58	18	1	38	41	1.60
71436659--71436712	22	2.5	22	84	6	65	16	0	40	42	1.48
71436622--71436711	29	3.1	29	82	9	112	14	1	42	42	1.53
71436677--71436725	22	2.2	22	81	0	62	18	2	40	38	1.62
71436663--71436726	15	4.4	15	80	3	51	18	1	42	37	1.60
71436918--71436967	21	2.4	21	90	3	75	24	0	36	40	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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