genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60230957--60231458	47	10.6	47	90	3	756	33	8	29	28	1.87
60230957--60231458	96	5.3	94	91	3	756	33	8	29	28	1.87
60233218--60233331	41	2.7	42	80	10	110	27	28	19	25	1.99
60236004--60236029	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
60236510--60236687	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60236511--60236666	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60236507--60236687	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60248120--60248327	85	2.4	84	88	1	299	25	18	23	32	1.97
60248081--60248322	43	5.7	43	72	7	197	26	18	23	31	1.97
60249146--60249171	12	2.2	12	100	0	52	23	15	26	34	1.94
60253655--60253829	47	3.7	46	78	11	178	19	29	24	27	1.98
60262936--60262960	13	1.9	13	100	0	50	8	36	32	24	1.84
60263670--60263791	44	2.7	46	83	6	151	22	29	19	27	1.98
60271536--60271710	40	4.4	40	93	0	296	21	18	29	30	1.97
60279684--60279819	40	3.4	40	92	2	227	21	19	29	29	1.98
60287792--60287887	41	2.4	40	92	3	165	18	19	31	30	1.96
60294106--60294276	90	1.9	90	85	2	236	27	28	19	25	1.99
60294199--60294291	42	2.2	44	77	14	106	23	31	19	25	1.98
60294841--60294873	16	2.1	16	94	0	57	21	18	6	54	1.64
60301624--60301796	46	3.7	46	77	13	192	29	28	20	21	1.98
60301629--60301799	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
60302212--60302271	30	2.0	30	93	0	102	31	25	8	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60316709--60316931	53	4.2	54	76	6	204	17	25	18	38	1.92
60319851--60319893	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
60320370--60320546	27	6.5	27	83	3	203	27	15	27	29	1.96
60320371--60320526	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60320367--60320546	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
60327883--60327918	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
60328402--60328527	53	2.3	55	84	6	168	27	15	27	28	1.96
60328403--60328554	27	5.8	26	81	8	159	26	15	28	28	1.96
60328402--60328574	26	6.5	26	80	9	122	26	15	28	29	1.96
60344728--60344760	17	1.9	18	88	11	52	30	9	21	39	1.84
60345346--60345404	30	2.0	30	86	0	82	44	6	22	27	1.78
60346035--60346521	50	9.7	50	76	1	427	27	17	25	30	1.97
60346039--60346220	101	1.8	101	88	0	283	24	19	26	29	1.99
60346034--60346423	151	2.6	151	88	0	555	26	17	25	30	1.98
60349045--60349354	47	6.5	47	92	2	512	32	8	28	30	1.86
60349045--60349512	96	4.8	96	85	8	577	32	8	29	29	1.87
60349340--60349369	15	2.0	15	100	0	60	33	0	20	46	1.51
60349284--60349415	62	2.1	63	97	1	248	34	6	26	33	1.81
60349248--60349459	109	1.9	109	97	0	397	32	7	27	32	1.85
60349300--60349398	31	3.2	31	69	25	100	33	8	27	31	1.86
60349347--60349512	47	3.6	47	85	0	217	31	9	30	28	1.88
60349187--60349510	156	2.1	158	88	1	481	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60351279--60351310	16	2.0	16	93	0	55	46	3	18	31	1.65
60354288--60354331	20	2.2	20	100	0	88	47	9	29	13	1.74
60355255--60355326	36	2.0	36	91	0	117	33	6	20	38	1.80
60369198--60369261	34	1.9	33	84	9	85	26	18	26	28	1.98
60371931--60372038	27	4.0	26	83	8	126	37	21	23	18	1.95
60371931--60372038	54	2.0	54	85	3	146	37	21	23	18	1.95
60379098--60379149	27	2.0	26	84	3	68	17	26	19	36	1.94
60381552--60381603	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
60384344--60384415	24	3.0	24	87	0	117	36	6	6	50	1.57
60391710--60391870	87	1.9	87	88	2	243	32	9	14	42	1.79
60393013--60393058	20	2.3	20	85	7	58	78	4	8	8	1.09
60396973--60397150	27	6.6	27	82	7	191	28	28	15	27	1.96
60396994--60397149	82	1.9	81	85	6	217	28	28	15	27	1.96
60405083--60405260	27	6.6	27	82	5	180	29	28	15	26	1.96
60405104--60405259	82	1.9	81	84	6	208	28	28	15	26	1.96
60407052--60407204	40	3.8	39	83	7	175	26	28	21	23	1.99
60407037--60407204	80	2.1	80	83	8	209	27	27	20	23	1.99
60414970--60415115	40	3.7	38	81	10	152	28	27	21	23	1.99
60414936--60415115	80	2.3	79	78	12	183	27	27	21	23	1.99
60418662--60418787	28	4.5	28	93	1	209	31	28	13	26	1.94
60433230--60433486	41	6.2	41	88	1	291	24	25	20	29	1.99
60433460--60433513	27	2.0	27	92	0	90	25	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60433418--60433554	69	2.0	68	88	1	202	24	23	23	29	1.99
60433336--60433621	151	1.9	150	83	2	376	24	23	22	29	1.99
60433295--60433645	192	1.8	192	83	1	470	23	23	21	30	1.99
60433491--60433672	41	4.5	41	86	3	224	20	23	22	34	1.97
60437707--60437886	51	3.6	50	80	6	188	30	26	18	23	1.98
60437703--60437888	101	1.9	98	93	1	291	30	26	19	24	1.98
60441022--60441199	51	3.6	48	76	10	160	30	26	18	23	1.98
60441018--60441143	49	2.5	49	83	7	148	30	27	19	23	1.98
60441018--60441202	100	1.9	100	88	2	282	30	26	19	23	1.98
60447128--60447452	56	5.8	56	78	5	361	28	14	23	34	1.93
60447129--60447452	112	2.9	113	84	3	406	28	14	22	34	1.93
60447128--60447452	168	1.9	167	84	3	429	28	14	23	34	1.93
60451704--60451751	22	2.2	22	92	0	78	29	16	18	35	1.93
60453370--60453637	56	4.8	56	85	0	356	26	14	25	33	1.94
60466522--60466691	47	3.6	47	90	1	250	32	8	30	28	1.86
60473457--60473540	28	3.0	28	80	3	96	29	30	11	27	1.92
60484844--60485000	43	3.7	43	78	5	158	31	22	19	26	1.98
60491807--60491966	43	3.7	43	77	8	155	30	25	18	25	1.98
60497592--60497707	45	2.5	48	78	12	134	30	26	18	24	1.98
60497537--60497707	92	1.8	93	87	3	256	29	27	19	22	1.98
60500048--60500097	15	3.4	16	81	10	54	60	10	18	12	1.59
60500057--60500097	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60500059--60500106	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
60503019--60503147	46	2.8	46	87	0	186	28	27	23	20	1.99
60505260--60505297	19	2.0	19	100	0	76	63	0	5	31	1.17
60514600--60514707	31	3.5	31	87	5	132	27	25	18	28	1.98
60514731--60514822	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
60514975--60515064	25	3.6	25	89	0	135	26	22	23	27	1.99
60514970--60515064	50	1.9	50	93	0	163	27	21	23	28	1.99
60515874--60515938	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
60515992--60516075	27	3.0	27	74	17	82	33	8	15	42	1.77
60516084--60516208	27	4.6	27	88	2	180	29	8	20	42	1.80
60516084--60516238	27	5.7	27	83	3	179	29	10	19	40	1.84
60516084--60516238	81	1.9	81	82	5	197	29	10	19	40	1.84
60516227--60516286	27	2.3	27	82	2	68	38	6	21	33	1.80
60516237--60516428	81	2.4	81	88	0	276	40	7	22	29	1.81
60516237--60516422	27	6.9	27	86	2	239	39	6	23	30	1.81
60516280--60516454	81	2.2	81	84	0	215	38	8	22	30	1.84
60517238--60517280	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
60517284--60517324	21	2.0	21	100	0	82	39	9	17	34	1.82
60520718--60520757	5	7.8	5	94	5	71	57	0	0	42	0.98
60524857--60525095	47	5.1	47	91	0	370	33	9	29	27	1.89
60525214--60525292	37	2.1	37	86	4	106	26	17	30	25	1.97
60527155--60527300	43	3.4	43	100	0	292	22	15	35	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60527282--60527355	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60531181--60531278	28	3.5	28	91	1	153	32	27	11	28	1.91
60533150--60533222	36	2.0	36	91	0	119	47	9	9	32	1.68
60533269--60533401	43	3.3	42	77	11	118	42	11	13	32	1.80
60533336--60533408	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
60533144--60533828	182	3.7	182	96	1	1208	41	12	12	33	1.81
60533451--60533583	43	3.3	42	77	11	118	42	11	13	32	1.80
60533518--60533590	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
60533632--60533768	43	3.4	41	78	9	122	43	10	13	32	1.78
60533700--60533772	36	2.0	36	89	0	110	47	10	9	31	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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