genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9324956--9324982	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
9329071--9329123	23	2.3	23	83	6	63	67	1	1	28	1.11
9351859--9351971	58	1.9	58	96	0	208	50	12	11	25	1.73
9366082--9366265	67	2.8	64	76	11	187	28	17	30	22	1.97
9378965--9379002	19	2.0	19	94	0	67	50	23	10	15	1.75
9381910--9382175	38	6.9	38	86	5	263	24	22	24	28	1.99
9381910--9382176	114	2.3	117	84	8	339	24	22	23	28	1.99
9386651--9386827	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
9386647--9386806	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
9386651--9386827	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
9400709--9400816	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
9401949--9401990	20	2.0	21	86	13	61	33	42	9	14	1.78
9405200--9405229	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
9411002--9411084	24	3.4	24	90	6	123	27	22	20	28	1.99
9411134--9411190	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
9411236--9411283	25	1.9	25	86	0	69	27	10	22	39	1.87
9418400--9418434	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
9428887--9429039	43	3.6	43	73	11	136	29	26	17	26	1.98
9436887--9437033	79	1.9	79	83	8	192	29	25	18	26	1.98
9436958--9437045	43	2.0	43	82	8	108	29	25	20	25	1.99
9437548--9437599	28	1.9	26	84	7	68	25	17	3	53	1.60
9437767--9437803	18	1.9	19	89	10	58	64	16	5	13	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9443974--9444020	25	2.0	23	100	0	76	51	8	19	21	1.73
9444568--9444683	30	3.8	29	76	14	90	74	2	4	18	1.11
9444618--9444662	8	5.9	8	87	10	58	82	0	0	17	0.68
9444624--9444676	5	10.4	5	80	11	54	83	0	1	15	0.74
9444619--9444676	16	3.8	15	80	11	64	82	0	1	15	0.74
9444583--9444685	31	3.4	30	75	15	86	76	1	2	18	1.00
9447735--9447777	14	3.1	14	86	3	61	72	0	11	16	1.13
9448032--9448154	39	3.1	39	65	11	106	44	3	18	33	1.66
9448022--9448192	79	2.2	79	94	0	306	42	4	18	34	1.71
9448066--9448186	40	3.0	40	65	11	113	39	4	19	36	1.71
9449525--9449713	45	4.2	45	90	0	279	19	21	20	39	1.93
9449911--9450181	18	14.6	18	75	14	176	34	12	16	36	1.86
9449899--9450181	54	5.1	54	73	12	205	35	12	15	36	1.85
9449899--9450181	36	7.6	36	72	12	196	35	12	15	36	1.85
9453128--9453195	21	3.3	20	78	15	68	67	2	4	25	1.23
9453995--9454194	100	2.0	100	96	1	366	34	14	19	31	1.92
9458284--9458363	12	6.6	12	72	20	60	35	3	0	61	1.14
9458246--9458378	7	20.0	7	65	20	54	36	2	1	59	1.19
9458363--9458433	22	3.1	23	77	4	72	29	5	4	60	1.38
9458497--9458585	10	8.9	9	75	19	63	32	3	1	62	1.19
9458496--9458558	13	4.4	14	71	25	51	30	1	1	66	1.10
9458480--9458529	24	2.1	23	85	3	64	32	4	4	60	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9458497--9458585	20	4.4	19	77	17	74	32	3	1	62	1.19
9458496--9458582	21	4.0	21	75	20	74	32	3	1	63	1.19
9458535--9458576	17	2.6	16	81	7	50	33	4	0	61	1.17
9458507--9458585	10	8.0	10	75	19	69	32	3	0	63	1.12
9468285--9468804	222	2.3	218	85	5	688	32	16	23	27	1.96
9468691--9468807	44	2.7	44	90	0	189	32	13	26	27	1.94
9470395--9470456	12	5.2	12	72	16	58	35	4	0	59	1.19
9470474--9470544	22	3.1	23	77	4	72	29	5	4	60	1.38
9470607--9470673	24	2.8	24	78	14	77	29	0	2	67	1.06
9470636--9470672	13	2.8	13	100	0	74	29	0	0	70	0.88
9470607--9470664	11	4.9	11	74	15	53	29	0	3	67	1.07
9479271--9479304	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
9479939--9481100	205	5.7	205	93	0	1888	29	21	18	30	1.97
9482044--9482115	8	8.6	8	76	14	74	2	12	0	84	0.72
9482052--9482117	6	11.7	6	78	13	61	3	12	0	84	0.72
9482044--9482114	16	4.3	16	81	15	83	2	12	0	84	0.73
9482044--9482114	26	2.8	25	80	19	85	2	12	0	84	0.73
9482045--9482117	9	6.9	11	76	17	59	2	12	0	84	0.71
9482044--9482117	17	4.6	16	80	14	82	2	12	0	85	0.71
9487457--9487510	28	1.9	28	100	0	108	57	5	11	25	1.55
9491805--9491847	23	1.9	22	85	4	59	60	2	6	30	1.35
9491938--9492014	27	2.7	29	82	10	86	53	10	11	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9491943--9492014	31	2.5	27	84	8	81	52	9	11	26	1.67
9492760--9492822	32	2.0	32	90	0	99	34	12	15	36	1.86
9493979--9494110	38	3.5	38	84	0	174	30	19	14	35	1.92
9498916--9498990	35	2.1	35	85	0	96	28	6	20	45	1.76
9498931--9498982	16	3.1	16	69	15	50	23	5	25	46	1.74
9503686--9503842	27	5.8	27	80	12	162	34	20	24	20	1.96
9503704--9503842	54	2.6	54	91	3	217	34	21	24	19	1.96
9506521--9506743	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
9506519--9506743	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
9513461--9513490	16	1.9	16	93	6	53	26	3	10	60	1.45
9514454--9514610	27	5.8	27	78	12	153	35	20	24	20	1.96
9514472--9514610	54	2.6	54	89	3	208	35	21	23	19	1.96
9518593--9518647	22	2.5	22	90	0	83	23	27	36	12	1.91
9531695--9531756	23	2.8	23	74	13	58	25	16	14	43	1.86
9531738--9531896	44	3.6	44	86	5	205	27	23	17	31	1.97
9531738--9531852	23	5.2	23	75	8	121	26	24	16	32	1.96
9531754--9531880	21	5.9	21	72	7	92	25	24	19	29	1.98
9536627--9536685	13	4.7	12	78	14	57	42	1	6	49	1.39
9541438--9541464	14	1.9	14	100	0	54	14	3	7	74	1.18
9545358--9545418	21	3.0	21	75	18	65	29	1	3	65	1.18
9545377--9545445	24	2.8	25	78	12	72	24	4	7	63	1.38
9547083--9547117	5	6.6	5	90	6	52	17	0	2	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9551364--9551419	26	2.2	26	93	6	96	32	7	23	37	1.82
9553038--9553177	27	5.2	25	83	10	145	18	25	21	35	1.96
9553038--9553153	53	2.2	54	95	1	207	17	24	23	35	1.95
9566429--9566461	6	5.5	6	92	0	57	78	0	0	21	0.75
9574296--9574358	24	2.6	24	89	0	90	19	14	34	31	1.91
9574298--9574368	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
9587864--9588047	40	4.7	40	81	6	198	24	21	28	25	1.99
9587916--9588080	79	2.1	79	80	6	183	26	20	28	25	1.99
9595675--9595779	27	3.9	27	82	9	117	20	23	20	35	1.96
9599051--9599206	43	3.6	43	75	11	140	29	26	18	25	1.98
9600627--9600728	37	2.8	37	92	0	159	27	29	17	25	1.98
9600851--9601445	47	12.5	47	92	2	974	29	29	8	32	1.87
9600851--9601445	96	6.3	96	95	1	1013	29	29	8	32	1.87
9600851--9601445	143	4.2	141	92	2	974	29	29	8	32	1.87
9604692--9604720	15	2.0	15	93	6	51	48	20	6	24	1.74
9604717--9604741	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
9605451--9605563	43	2.6	42	82	8	113	29	23	19	28	1.98
9605493--9605603	44	2.6	43	83	7	127	32	27	17	23	1.96
9611086--9611150	32	2.0	32	93	0	112	35	21	9	33	1.85
9612063--9612164	42	2.4	43	79	9	111	33	25	14	26	1.95
9612044--9612206	43	3.8	43	76	9	145	32	28	15	23	1.95
9623813--9623873	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9636837--9636941	27	3.9	27	81	9	117	35	20	23	20	1.96
9643167--9643258	23	4.0	23	78	4	87	32	18	26	22	1.97
9659659--9659707	24	2.0	24	100	0	98	20	20	8	51	1.73
9665908--9666343	47	9.3	47	89	0	674	34	8	29	27	1.87
9673240--9673299	29	2.1	29	84	6	77	38	23	6	31	1.81
9675945--9676010	11	5.7	11	74	13	53	68	1	0	30	0.99
9675966--9675994	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
9677715--9677824	30	3.7	30	87	2	150	31	42	0	24	1.61
9690999--9691060	27	2.3	28	81	13	76	30	20	8	40	1.82
9695831--9695982	78	1.9	78	85	2	207	30	21	15	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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