genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  261  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86899327--86899376	23	2.2	22	89	3	73	30	2	30	38	1.69
86899985--86900138	39	3.9	40	93	0	240	47	2	19	30	1.63
86899985--86900138	79	2.0	80	89	2	240	47	2	19	30	1.63
86900928--86900960	17	1.9	17	93	0	57	33	15	3	48	1.60
86906959--86907042	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
86908567--86908608	19	2.2	19	95	0	75	45	33	7	14	1.72
86910971--86911222	131	1.9	132	83	0	326	27	16	19	36	1.93
86910972--86911250	131	2.1	132	80	2	299	28	17	17	36	1.93
86926833--86926950	20	5.6	21	78	17	95	53	1	0	44	1.16
86926853--86926912	9	6.7	9	78	12	61	55	1	0	43	1.10
86926853--86926907	19	2.9	19	89	10	78	56	1	0	41	1.10
86926871--86926959	45	1.9	45	82	13	110	50	2	1	46	1.21
86931269--86931304	13	2.6	14	86	13	56	52	5	0	41	1.24
86933640--86933720	41	2.0	42	87	2	119	39	8	12	39	1.74
86936475--86936513	19	2.1	19	100	0	78	48	25	15	10	1.76
86938814--86938890	28	2.7	27	79	16	77	41	0	2	55	1.13
86938827--86938906	28	2.8	26	77	21	65	38	0	2	58	1.11
86938854--86938906	29	1.9	29	85	11	76	37	0	1	60	1.08
86944168--86944194	2	13.5	2	100	0	54	0	0	51	48	1.00
86944194--86944221	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
86949170--86949216	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
86949729--86949789	3	20.7	3	83	6	72	32	3	1	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86953566--86953652	43	2.0	43	95	0	156	19	19	10	50	1.76
86954409--86954518	26	4.2	26	95	0	175	32	5	25	36	1.79
86956134--86956249	27	4.3	26	81	7	124	17	21	22	38	1.93
86956134--86956249	54	2.1	54	84	3	144	17	21	22	38	1.93
86956310--86956349	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
86963133--86963307	4	43.8	4	97	0	332	50	24	0	25	1.50
86965487--86965524	7	5.4	7	93	0	67	47	10	0	42	1.38
86967610--86967645	17	2.1	17	89	0	54	22	11	5	61	1.50
86967831--86967881	20	2.7	18	74	11	57	31	3	3	60	1.33
86981213--86981296	43	2.0	43	100	0	168	29	19	22	28	1.98
86984917--86984943	14	1.9	14	100	0	54	51	0	18	29	1.46
86985704--86985900	98	2.0	99	83	4	247	29	12	16	41	1.84
87012731--87012845	51	2.3	51	98	0	221	26	23	17	33	1.96
87015403--87015435	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
87015716--87016039	46	7.0	46	91	1	445	22	23	13	39	1.90
87032763--87032869	42	2.5	42	77	3	117	22	28	31	16	1.96
87038453--87038609	43	3.7	43	78	7	169	28	14	26	29	1.95
87048735--87049006	47	5.8	47	78	10	233	27	18	29	23	1.98
87048740--87049003	140	1.9	141	84	7	358	27	18	29	24	1.98
87071206--87071321	47	2.5	47	81	6	121	25	16	31	26	1.96
87100796--87100854	30	2.0	30	83	12	77	55	0	1	42	1.09
87101045--87101088	19	2.3	19	88	0	61	29	2	2	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87102173--87102226	28	2.0	27	82	17	67	57	3	0	38	1.17
87104560--87104633	33	2.2	33	90	0	112	36	1	5	56	1.31
87106410--87106447	3	13.3	3	89	10	62	31	0	0	68	0.90
87106537--87106563	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
87106542--87106590	25	2.0	25	88	8	73	38	2	0	59	1.09
87106542--87106589	14	3.6	14	76	21	50	39	2	0	58	1.10
87106555--87106604	16	3.2	14	79	20	55	34	0	0	66	0.92
87113913--87114174	39	6.6	39	85	6	302	26	22	26	24	2.00
87113965--87114199	78	3.0	79	85	6	257	27	22	25	24	2.00
87122050--87122127	39	2.0	39	97	2	149	25	19	24	30	1.98
87123205--87123429	80	2.8	80	83	4	258	24	20	27	27	1.99
87123205--87123427	40	5.6	40	85	3	227	24	21	27	26	1.99
87123280--87123462	79	2.3	80	82	3	219	25	20	27	26	1.99
87125082--87125343	39	6.6	39	85	6	311	25	22	27	24	2.00
87132791--87132866	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
87132783--87133317	47	11.4	47	95	0	890	33	8	29	28	1.86
87133073--87133195	22	5.3	22	63	18	70	33	9	30	26	1.89
87134995--87135346	40	8.8	40	90	1	517	25	20	27	26	1.99
87139102--87139636	47	11.4	47	94	0	854	33	8	29	28	1.86
87139392--87139514	22	5.3	22	62	21	63	32	9	30	27	1.89
87142845--87143111	88	3.0	87	64	18	226	32	18	20	28	1.97
87142760--87143299	176	3.1	175	90	1	814	33	19	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87145208--87145341	5	27.2	5	68	20	52	34	5	0	58	1.27
87145277--87145356	32	2.6	31	80	13	85	32	3	0	63	1.12
87145307--87145356	16	3.2	14	79	20	55	34	0	0	66	0.92
87145434--87145793	180	2.0	180	99	0	711	26	8	11	53	1.64
87151128--87151157	15	2.1	14	93	6	51	23	0	33	43	1.54
87154546--87154596	14	3.5	14	80	15	59	37	9	0	52	1.34
87156456--87156545	45	2.0	46	84	2	119	43	8	17	30	1.80
87158524--87158581	28	2.1	28	96	0	107	43	12	10	34	1.76
87164692--87164868	46	3.8	46	87	1	230	20	23	13	41	1.88
87167011--87167049	11	3.5	11	96	0	69	66	0	5	28	1.12
87167023--87167098	20	3.7	21	77	10	68	59	5	1	34	1.28
87168430--87168480	25	1.9	25	84	11	66	25	1	7	64	1.31
87168474--87168548	27	2.8	28	76	17	77	34	4	2	58	1.31
87171762--87171787	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
87174508--87174642	35	3.7	37	78	10	143	33	21	12	32	1.91
87174587--87174654	35	1.9	35	88	5	102	30	26	11	30	1.92
87184253--87184336	26	3.2	26	94	0	141	36	23	4	34	1.76
87192665--87192723	32	1.9	31	86	13	86	16	11	1	69	1.26
87192780--87192804	13	1.9	13	100	0	50	20	0	24	56	1.43
87193145--87193184	13	3.0	13	89	10	55	52	2	0	45	1.14
87193187--87193251	29	2.2	29	78	10	71	64	1	1	32	1.12
87193179--87193254	30	2.6	27	82	14	73	63	2	1	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87204572--87204623	24	2.2	24	85	0	68	55	7	1	34	1.39
87207655--87207693	21	1.9	20	84	5	51	41	0	0	58	0.98
87210290--87210323	15	2.3	15	100	0	68	11	23	5	58	1.55
87215308--87215359	10	5.0	10	81	9	50	61	7	0	30	1.24
87216049--87216077	13	2.1	14	93	6	51	0	10	0	89	0.48
87223877--87223906	6	5.0	6	91	0	51	80	0	3	16	0.85
87225221--87225277	26	2.2	26	100	0	114	38	12	3	45	1.59
87226994--87227026	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
87232375--87232465	6	15.5	6	85	6	80	16	2	6	74	1.12
87232418--87232487	18	3.9	18	75	9	63	18	4	2	74	1.11
87247526--87247564	7	5.4	7	87	6	51	20	0	38	41	1.53
87249509--87249549	22	2.0	21	86	13	59	24	2	24	48	1.63
87254245--87254334	45	2.0	45	93	0	153	27	21	23	27	1.99
87255052--87255325	95	2.9	96	81	4	329	23	29	19	27	1.98
87255057--87255338	143	2.0	144	87	4	410	24	29	19	26	1.98
87255054--87255338	48	6.0	48	80	6	292	24	29	19	26	1.98
87265798--87265917	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
87266852--87267195	47	7.3	47	90	2	514	33	9	29	26	1.89
87267046--87267167	22	5.3	22	62	14	57	34	11	28	25	1.91
87266838--87267174	141	2.4	141	92	5	588	33	10	29	26	1.89
87269518--87269548	15	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
87271593--87271629	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87274560--87274663	51	2.0	51	100	0	208	42	17	17	23	1.89
87278226--87278266	5	8.2	5	100	0	82	0	19	0	80	0.71
87288845--87288875	16	2.0	15	93	6	53	58	0	0	41	0.98
87290981--87291162	48	3.8	46	75	9	152	25	29	17	28	1.97
87296537--87296637	31	3.3	30	78	13	125	53	2	0	42	1.22
87296536--87296662	61	2.1	61	90	0	200	51	3	2	42	1.33
87296671--87296704	17	2.1	16	89	10	52	44	5	2	47	1.42
87297000--87297040	21	1.9	21	85	14	57	19	26	41	12	1.87
87298182--87298296	46	2.5	45	80	8	135	21	30	17	30	1.96
87300703--87300745	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344