genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  191  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63769922--63770259	186	1.8	186	83	1	453	33	18	17	30	1.94
63774040--63775008	241	4.0	241	98	0	1859	34	17	15	33	1.91
63775188--63775354	9	17.6	9	76	10	154	46	21	0	31	1.56
63775205--63775321	39	3.0	39	98	0	225	46	22	0	31	1.52
63775199--63775354	48	3.3	47	80	3	186	45	22	0	31	1.57
63775188--63775352	57	2.9	57	83	7	192	46	21	0	30	1.56
63775188--63775339	39	4.1	37	90	6	202	46	21	0	30	1.56
63779877--63779916	21	1.9	21	94	0	71	22	17	57	2	1.52
63781557--63781678	55	2.2	55	83	2	156	25	31	25	17	1.97
63792814--63793016	47	4.3	47	87	3	286	33	9	29	27	1.88
63793088--63793171	40	2.1	39	86	2	114	17	21	32	28	1.96
63807522--63807583	27	2.3	27	86	5	81	32	20	24	22	1.98
63808920--63808959	21	1.9	21	84	0	53	37	27	7	27	1.84
63812376--63812513	52	2.6	53	82	6	165	29	26	17	26	1.97
63822365--63822432	33	2.1	33	81	10	77	41	7	23	27	1.81
63826710--63826796	43	2.0	43	84	8	115	24	19	28	27	1.98
63834458--63834614	86	1.8	85	87	4	235	24	20	27	27	1.99
63834458--63834609	42	3.5	42	77	7	130	25	20	26	27	1.99
63835065--63835096	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
63837877--63838020	53	2.7	53	84	3	193	29	27	15	27	1.96
63839805--63839829	6	4.2	6	100	0	50	16	48	0	36	1.46
63841143--63841299	27	5.9	27	64	16	69	40	14	1	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63841069--63841593	105	5.1	102	81	6	513	40	13	1	44	1.51
63841069--63841593	204	2.5	202	83	6	599	40	13	1	44	1.51
63841522--63841674	26	5.8	26	73	11	98	37	13	1	47	1.52
63841522--63841649	52	2.4	53	76	14	131	38	12	1	47	1.51
63841517--63841669	78	2.0	78	81	5	184	37	13	1	47	1.51
63846852--63846899	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
63846916--63847004	42	2.1	42	91	0	142	28	6	14	50	1.68
63850809--63850862	19	2.8	19	100	0	108	37	3	16	42	1.66
63850887--63850975	42	2.1	42	89	0	133	29	6	13	50	1.67
63854139--63854180	20	2.0	21	86	4	59	52	16	9	21	1.72
63858100--63858354	46	5.1	51	81	12	289	35	14	22	27	1.93
63858086--63858354	98	2.7	97	91	2	430	34	15	22	27	1.94
63858318--63858463	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
63862995--63863044	21	2.4	21	96	0	91	56	14	4	26	1.56
63864930--63865069	49	2.8	49	87	5	158	34	17	22	25	1.96
63864985--63865069	24	3.5	24	70	3	89	35	20	20	24	1.96
63864975--63865071	49	2.0	49	97	0	185	34	18	21	25	1.96
63864980--63865102	49	2.5	49	85	3	133	34	20	21	23	1.96
63871497--63871546	21	2.4	21	96	0	91	26	4	14	56	1.56
63877362--63877403	20	2.0	21	86	4	59	21	9	16	52	1.72
63888806--63888838	15	2.2	15	89	10	50	27	0	12	60	1.32
63891367--63891726	130	2.7	130	86	3	472	36	18	18	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63891431--63891835	131	3.1	129	84	3	409	37	18	18	26	1.93
63902219--63902256	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
63908066--63908100	17	2.0	18	88	5	54	22	40	17	20	1.92
63909862--63909895	17	2.1	17	88	5	52	76	8	0	14	1.01
63912602--63912851	40	6.3	40	90	1	312	23	22	27	26	2.00
63912602--63912851	80	3.2	80	88	3	346	23	22	27	26	2.00
63915145--63915182	19	2.1	18	85	9	51	39	21	2	36	1.67
63916571--63916727	43	3.7	42	76	6	154	33	25	14	26	1.95
63919898--63919945	24	2.0	24	95	0	87	25	14	25	35	1.94
63927399--63927469	35	2.0	35	97	0	133	38	22	9	29	1.86
63932708--63932811	38	2.7	38	78	0	118	34	34	17	13	1.89
63935229--63935314	43	2.0	43	90	0	136	27	31	20	19	1.97
63937272--63937311	15	2.7	15	84	7	55	80	20	0	0	0.72
63938935--63938976	17	2.5	17	80	7	50	57	2	2	38	1.25
63942369--63942440	30	2.4	31	81	11	87	31	8	12	47	1.71
63952520--63952647	47	2.7	46	84	4	148	32	26	17	23	1.97
63955949--63956001	20	2.8	19	78	16	58	35	1	1	60	1.19
63956014--63956079	21	3.2	20	76	17	64	33	4	3	59	1.33
63956348--63956380	16	2.1	16	88	5	50	27	0	6	66	1.15
63973311--63973416	53	2.0	53	85	3	142	23	25	15	35	1.94
63973389--63973510	47	2.6	47	92	0	208	25	25	13	36	1.92
63973650--63973734	44	1.9	44	87	0	125	25	23	12	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63974273--63974330	30	1.9	30	85	3	80	31	25	6	36	1.83
63979902--63980104	55	3.8	53	83	7	239	22	24	17	35	1.95
63980243--63980326	44	1.9	44	80	4	98	26	26	10	36	1.89
63980845--63980902	30	1.9	30	85	3	80	29	25	8	36	1.86
63987058--63987190	46	2.8	46	75	13	121	31	17	27	23	1.97
63987205--63987266	31	2.0	31	90	0	97	32	20	22	24	1.98
63987271--63987400	47	2.8	47	96	0	233	26	18	31	23	1.97
64011100--64011127	13	2.2	13	100	0	56	14	35	32	17	1.90
64014159--64014251	46	2.0	46	100	0	186	23	32	17	26	1.96
64050997--64051045	25	2.0	25	84	8	64	26	18	18	36	1.94
64052692--64052794	20	5.2	20	59	0	53	19	30	18	32	1.96
64052676--64052884	40	5.2	40	89	0	319	22	26	19	31	1.98
64053607--64053671	31	2.1	31	100	0	130	30	6	26	36	1.81
64066052--64066126	30	2.5	29	85	12	98	20	32	33	14	1.92
64066221--64066274	21	2.6	21	90	0	81	27	29	20	22	1.98
64066237--64066287	21	2.4	21	93	0	84	21	25	21	31	1.98
64070994--64071049	26	2.2	26	87	6	78	60	17	0	21	1.36
64071225--64071259	18	1.9	18	94	0	61	45	5	0	48	1.26
64071908--64071941	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
64076547--64076580	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
64077142--64077175	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
64084174--64084214	21	2.0	21	85	0	55	21	58	2	17	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64085358--64085509	79	1.9	79	81	7	184	26	13	19	40	1.89
64094020--64094052	14	2.5	13	90	9	50	60	0	6	33	1.21
64095544--64095727	88	2.1	88	87	7	266	27	25	16	30	1.97
64095583--64095748	88	1.9	88	88	2	253	25	25	18	30	1.98
64095583--64095727	44	3.3	44	98	1	274	26	25	17	30	1.97
64095671--64096183	176	2.9	177	86	1	760	29	20	19	31	1.97
64096094--64096182	45	2.0	45	88	4	135	29	21	17	31	1.96
64096253--64096305	23	2.3	22	78	15	54	39	18	16	24	1.91
64103499--64103552	19	2.8	20	83	5	67	42	11	18	27	1.84
64110539--64110579	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
64113959--64114037	41	1.9	41	92	0	131	29	6	16	48	1.71
64120212--64120239	9	3.1	9	100	0	56	10	21	10	57	1.63
64133573--64133701	46	2.8	46	96	0	231	30	29	20	19	1.97
64143561--64143590	15	2.0	15	93	0	51	50	0	16	33	1.46
64143977--64144041	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
64145522--64145574	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
64151599--64151787	43	4.5	43	80	5	197	32	25	16	24	1.96
64160630--64160671	21	2.0	21	85	0	57	40	4	30	23	1.75
64163119--64163166	25	1.9	25	83	8	62	52	6	20	20	1.68
64164902--64164937	9	4.1	9	85	7	56	72	0	27	0	0.85
64164902--64164935	4	8.0	4	87	12	50	73	0	26	0	0.83
64164902--64164937	13	2.8	13	91	0	63	72	0	27	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64165160--64165216	30	2.0	28	86	13	80	42	1	19	36	1.62
64169310--64169365	27	2.0	28	93	6	96	33	7	28	30	1.84
64169339--64169699	49	7.5	48	87	3	496	31	8	31	28	1.88
64169339--64169699	96	3.8	96	94	1	546	31	8	31	28	1.88
64169339--64169695	145	2.5	143	89	2	529	30	8	31	28	1.88
64175888--64175912	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
64181336--64181384	25	2.0	25	84	8	64	46	4	24	24	1.69
64189320--64189377	29	2.0	30	83	10	75	46	12	8	32	1.71
64192448--64192555	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
64202880--64202948	17	4.0	17	73	12	52	24	8	20	46	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344