genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103071825--103071890	27	2.7	24	76	19	64	40	6	4	48	1.48
103084097--103084263	75	2.3	72	83	8	196	28	16	18	36	1.92
103084115--103084752	163	3.8	161	74	19	526	28	16	19	35	1.94
103084171--103084817	88	7.6	85	73	19	460	27	15	19	37	1.92
103084276--103084727	161	2.8	161	85	11	529	27	16	20	35	1.94
103084495--103084523	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
103084863--103084956	45	2.1	45	83	0	116	27	21	26	24	1.99
103085890--103085990	28	3.4	27	70	23	71	25	27	21	24	1.99
103089006--103089052	22	2.2	21	84	3	58	36	21	6	36	1.79
103089023--103089118	17	5.2	19	86	9	128	35	16	10	37	1.83
103089043--103089112	36	2.0	34	91	5	113	35	14	12	37	1.84
103089871--103089902	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
103090402--103090438	17	2.2	17	100	0	74	24	54	16	5	1.63
103091389--103091422	17	2.1	17	94	5	61	29	5	0	64	1.17
103091392--103091434	21	2.1	19	83	12	50	30	2	0	67	1.03
103091966--103092031	27	2.5	26	80	11	73	34	6	6	53	1.51
103091966--103092049	25	3.2	27	76	17	79	35	5	5	52	1.50
103093745--103093778	16	2.1	17	88	5	52	38	0	2	58	1.13
103093745--103093833	17	5.1	16	72	24	65	35	2	1	60	1.16
103093733--103093830	20	4.8	20	73	17	69	35	2	1	61	1.15
103093684--103093832	54	2.8	55	75	15	134	32	3	1	63	1.19
103093754--103093813	3	19.0	3	74	16	50	35	1	1	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103093780--103093893	44	2.7	44	74	18	116	35	6	0	58	1.23
103094558--103094593	16	2.2	17	90	5	56	22	11	8	58	1.59
103095248--103095288	21	2.0	21	95	4	75	34	7	4	53	1.50
103096488--103096546	15	3.9	14	80	12	64	10	1	59	28	1.40
103096488--103096546	30	2.0	30	89	0	91	10	1	59	28	1.40
103096508--103096549	21	2.0	21	85	0	57	11	0	61	26	1.30
103097304--103097348	24	2.0	22	91	8	72	44	0	0	55	0.99
103097342--103097375	12	2.8	12	91	8	52	76	2	0	20	0.92
103097342--103097379	17	2.3	17	90	4	60	78	2	0	18	0.86
103098184--103098210	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
103099459--103099483	6	4.2	6	100	0	50	16	0	64	20	1.30
103099463--103099528	15	4.6	14	82	12	73	10	3	62	24	1.42
103099470--103099528	30	2.0	30	93	0	100	10	3	61	25	1.44
103100585--103100616	17	1.9	16	93	6	55	3	9	6	81	0.97
103101422--103101576	24	6.2	24	74	11	116	32	4	3	58	1.36
103101431--103101579	50	3.0	48	75	9	140	32	4	4	58	1.37
103101455--103101636	74	2.5	74	80	12	189	30	4	4	59	1.38
103101421--103101701	24	11.2	25	68	15	100	29	5	6	58	1.44
103101394--103101601	24	8.5	24	70	15	95	31	5	5	58	1.43
103101853--103101913	26	2.3	26	86	10	81	32	4	4	57	1.41
103101898--103101956	27	2.2	27	85	11	77	28	6	5	59	1.45
103101915--103101973	24	2.4	24	81	16	59	27	10	6	55	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103103040--103103106	32	2.1	32	88	0	98	31	5	17	44	1.73
103103741--103103785	21	2.1	21	84	8	56	6	22	0	71	1.09
103104396--103104455	30	1.9	32	86	6	88	18	1	15	65	1.36
103104996--103105064	32	2.2	31	87	5	95	47	21	13	17	1.81
103105262--103105336	38	2.0	38	94	0	132	34	18	16	30	1.93
103106693--103106766	18	3.6	18	69	30	58	36	10	5	47	1.62
103106686--103106783	46	2.1	46	100	0	196	37	13	6	42	1.69
103108457--103108534	27	2.9	26	86	7	95	33	21	24	20	1.97
103110129--103110210	26	3.2	26	92	0	146	35	24	7	32	1.83
103132884--103133022	71	2.0	71	88	0	206	30	17	21	30	1.96
103133032--103133248	56	4.0	55	88	4	298	30	15	17	36	1.91
103135550--103135668	23	5.2	22	71	19	84	34	5	1	57	1.33
103135549--103135664	21	5.3	21	73	16	85	33	6	1	58	1.33
103137242--103137310	32	2.2	32	89	0	102	63	1	34	0	1.03
103144013--103144043	15	2.1	15	93	0	53	22	6	19	51	1.69
103144371--103144533	44	3.6	42	71	19	121	31	19	18	31	1.95
103144402--103144665	50	5.5	49	66	19	157	31	20	17	31	1.95
103144601--103144833	50	4.9	48	66	19	114	30	19	19	30	1.96
103144376--103144839	94	4.9	93	86	1	604	31	19	18	31	1.96
103148400--103148466	7	9.6	7	90	0	107	52	0	14	32	1.43
103148394--103148506	14	8.0	14	75	9	68	48	0	22	29	1.51
103149289--103149317	7	4.1	7	100	0	58	13	0	44	41	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103149958--103150003	24	2.0	23	83	12	58	60	4	0	34	1.16
103151841--103151871	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
103154699--103154749	13	3.9	13	80	16	61	78	0	21	0	0.75
103155517--103155566	21	2.3	22	83	13	59	70	0	30	0	0.88
103160675--103160796	38	3.2	37	86	4	172	22	22	22	31	1.98
103160687--103160828	38	3.7	38	83	4	169	21	23	23	31	1.98
103162205--103162372	33	5.1	33	86	2	230	29	11	42	16	1.83
103165054--103165078	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
103165331--103165381	17	3.0	17	78	16	61	49	0	0	50	1.00
103165834--103165944	16	7.7	15	68	19	76	14	0	35	50	1.43
103165842--103165941	22	4.4	22	73	20	98	15	0	37	48	1.45
103165829--103165922	31	3.0	31	80	3	98	15	0	37	46	1.47
103165957--103166020	26	2.5	26	94	0	110	45	1	14	39	1.54
103166150--103166538	126	3.1	126	83	2	478	36	16	16	30	1.92
103169617--103169750	57	2.4	56	93	1	223	52	6	3	37	1.46
103169634--103169732	27	3.6	27	67	20	78	56	5	5	33	1.43
103170170--103170204	18	1.9	18	94	0	61	40	2	28	28	1.71
103170822--103170882	7	8.7	7	88	0	86	52	13	3	31	1.56
103171826--103171924	48	2.0	49	90	1	155	57	3	6	33	1.38
103172081--103172136	20	2.7	21	73	15	53	41	1	26	30	1.66
103172074--103172138	22	3.0	22	78	8	73	38	1	26	33	1.66
103185937--103186197	46	5.5	46	74	13	144	29	17	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103186032--103186197	48	3.5	48	80	11	150	28	16	27	26	1.97
103195770--103195895	37	3.4	37	75	5	112	31	17	17	33	1.93
103199729--103199796	34	2.0	34	85	5	93	30	23	25	20	1.98
103202508--103202544	12	2.9	12	92	8	56	24	2	0	72	0.97
103206900--103206996	19	5.1	19	85	7	135	37	14	10	38	1.80
103206900--103206991	36	2.4	37	89	7	132	36	14	10	38	1.81
103206900--103207007	36	2.9	35	79	20	121	37	13	10	38	1.79
103216401--103216559	43	3.7	43	74	7	153	30	22	19	27	1.98
103216396--103216557	85	1.9	85	82	6	202	32	22	18	27	1.97
103221534--103221583	19	2.7	18	80	14	66	54	0	0	46	1.00
103221954--103222003	26	1.9	26	87	0	73	44	4	4	48	1.40
103230504--103230551	6	7.7	6	77	9	51	75	0	2	22	0.91
103243922--103243962	19	2.2	19	86	8	57	31	19	7	41	1.79
103249152--103249322	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
103249147--103249319	46	3.7	46	79	13	210	28	27	21	21	1.99
103255282--103255536	45	5.7	44	73	8	183	32	16	22	28	1.96
103255234--103255535	134	2.3	134	90	1	471	32	16	22	28	1.96
103255234--103255575	134	2.6	134	84	2	384	31	17	22	28	1.96
103258749--103258868	64	1.9	64	87	3	179	30	17	15	37	1.90
103258937--103259545	176	3.5	173	82	5	592	33	21	23	21	1.97
103258921--103259562	86	7.5	86	80	6	552	33	20	23	21	1.97
103259288--103259429	44	3.3	44	62	11	112	31	23	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103259619--103259752	68	2.0	68	88	2	198	22	23	23	29	1.99
103259742--103260063	44	7.3	44	74	7	258	30	20	21	27	1.98
103268428--103268474	20	2.3	21	74	3	51	61	4	10	23	1.46
103271738--103271894	24	6.5	24	73	10	72	35	19	26	19	1.95
103271792--103271845	23	2.3	23	84	9	74	37	22	24	16	1.94
103271807--103271854	23	2.1	23	84	0	60	37	18	27	16	1.92
103271972--103272038	25	2.8	24	72	17	66	41	20	22	14	1.89
103273256--103273379	64	1.9	64	86	3	178	29	18	15	36	1.92
103273447--103274071	86	7.3	86	82	5	552	33	21	24	21	1.97
103273432--103274071	176	3.7	171	80	7	462	33	20	23	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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