genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97050669--97050740	26	2.8	26	95	0	126	30	5	25	38	1.78
97050946--97051235	41	7.1	40	88	5	404	37	23	21	17	1.93
97050946--97051235	123	2.4	122	90	2	447	37	23	21	17	1.93
97051385--97051478	14	6.7	14	69	18	52	27	1	26	44	1.61
97051561--97051604	21	2.1	21	86	0	61	22	2	36	38	1.67
97052263--97052291	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
97059395--97059441	16	3.0	15	84	12	51	46	0	0	53	1.00
97062021--97062055	13	2.7	13	90	0	52	65	0	0	34	0.93
97063945--97064004	16	3.7	16	72	14	52	30	3	10	56	1.48
97064327--97064359	9	3.8	9	88	4	50	54	0	0	45	0.99
97064328--97064370	18	2.4	18	88	11	63	58	0	0	41	0.98
97066989--97067044	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
97068667--97068804	27	5.1	27	84	8	183	18	23	23	35	1.95
97068667--97068804	54	2.6	54	95	2	242	18	23	23	35	1.95
97068674--97068822	27	5.5	26	83	9	135	19	23	20	36	1.95
97074089--97074196	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
97076570--97076624	27	2.1	26	86	3	74	20	47	23	9	1.78
97087883--97087932	20	2.6	19	81	6	64	30	2	34	34	1.69
97094869--97094907	19	2.1	18	85	4	51	51	0	2	46	1.14
97094867--97094928	30	2.0	31	90	3	99	48	0	3	48	1.17
97099729--97099769	21	2.0	21	90	0	64	39	0	0	60	0.96
97099729--97099770	5	8.2	5	84	5	57	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97099898--97099947	14	3.6	13	83	5	55	64	2	0	34	1.05
97099915--97099953	20	1.9	20	94	5	69	66	0	0	33	0.92
97099875--97099952	14	5.3	14	72	15	52	64	3	0	32	1.12
97101103--97101158	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
97104639--97104778	71	2.0	71	88	4	212	30	9	16	44	1.79
97105217--97105254	17	2.4	17	86	8	53	63	2	2	31	1.22
97105217--97105261	16	2.9	15	81	12	54	64	2	2	31	1.18
97109841--97109953	46	2.4	46	98	1	217	50	1	5	42	1.35
97115472--97115509	19	2.0	20	89	5	60	39	18	13	28	1.88
97115933--97116083	70	2.2	70	92	2	250	21	36	22	19	1.95
97116072--97116096	13	1.9	13	100	0	50	12	24	32	32	1.91
97121059--97121120	20	3.1	18	76	17	52	32	1	6	59	1.32
97121219--97121243	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
97122623--97122671	25	1.9	26	87	4	73	24	38	8	28	1.84
97123810--97123853	21	2.1	21	91	4	72	34	4	0	61	1.16
97129271--97129309	19	2.0	20	90	5	62	0	20	0	79	0.73
97129869--97129923	9	6.1	9	93	0	92	47	10	10	30	1.73
97130278--97130308	16	1.9	16	93	0	53	29	35	0	35	1.58
97134044--97134087	16	2.7	16	80	13	54	70	2	0	27	0.99
97136393--97136430	19	2.0	19	100	0	76	31	0	0	68	0.90
97142421--97142475	19	2.9	19	97	0	101	38	18	10	32	1.85
97142396--97142475	38	2.2	36	86	4	106	36	18	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97142795--97143547	82	9.2	82	93	0	1229	24	23	21	30	1.99
97143280--97143403	35	3.2	35	66	27	88	22	22	24	30	1.99
97143290--97143420	37	3.3	37	66	25	97	20	22	23	32	1.98
97144510--97144558	8	6.2	8	86	9	66	10	28	0	61	1.29
97144524--97144556	7	4.6	7	96	3	57	12	24	0	63	1.28
97144510--97144556	14	3.1	15	87	9	60	10	27	0	61	1.29
97150893--97150972	19	4.3	19	87	6	110	38	16	8	36	1.79
97152096--97152177	32	2.6	30	84	11	94	41	3	6	48	1.45
97153550--97153609	21	2.9	21	84	0	84	13	16	26	43	1.85
97156581--97156781	72	2.8	71	81	5	226	37	16	11	34	1.85
97156500--97156782	18	15.3	18	73	10	158	38	15	10	34	1.83
97156956--97157207	45	5.5	45	85	5	306	41	21	18	18	1.91
97156956--97157197	96	2.6	94	84	5	323	40	21	18	18	1.91
97157610--97157651	5	8.2	5	89	5	57	38	23	0	38	1.55
97162551--97162711	73	2.2	73	78	6	168	36	12	3	47	1.57
97162860--97162897	17	2.3	17	86	13	53	34	0	2	63	1.09
97163270--97163304	13	2.5	14	90	9	54	65	5	8	20	1.40
97163446--97163499	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
97163526--97163562	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
97163587--97163630	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
97165164--97165235	12	5.6	12	80	9	72	2	11	2	83	0.86
97165163--97165238	37	2.1	36	83	11	93	2	13	2	81	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97165189--97165227	20	2.0	20	89	0	60	0	7	5	87	0.68
97171190--97171242	26	2.0	26	82	13	65	62	1	0	35	1.06
97172105--97172188	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
97179116--97179199	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
97183918--97183942	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
97184192--97184219	12	2.3	12	100	0	56	42	0	7	50	1.30
97186248--97186541	37	8.0	37	93	0	493	24	21	16	37	1.94
97186505--97186721	52	4.2	52	84	8	284	27	23	14	35	1.93
97186555--97186727	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
97186504--97186727	98	2.3	98	91	0	358	28	23	14	34	1.93
97189850--97190053	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
97189934--97190052	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
97189943--97190033	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
97191307--97191526	37	6.0	37	94	1	372	24	21	16	37	1.93
97191490--97191706	52	4.2	52	84	8	284	27	23	14	35	1.93
97191540--97191712	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
97191489--97191712	98	2.3	98	91	0	358	28	23	14	34	1.93
97197646--97197721	40	2.0	40	84	7	104	25	14	21	39	1.91
97199334--97199389	28	2.0	28	96	0	103	44	0	5	50	1.25
97218117--97218165	22	2.2	23	79	17	59	44	16	20	18	1.86
97218124--97218166	22	2.0	22	86	9	61	41	16	20	20	1.90
97218350--97218383	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97219546--97219597	24	2.0	27	85	10	74	73	0	23	3	1.00
97220469--97220501	12	2.6	13	85	9	50	27	21	33	18	1.96
97221334--97221495	41	4.0	41	67	6	103	33	27	20	17	1.96
97223802--97223835	14	2.2	16	90	10	54	41	11	17	29	1.85
97224372--97224413	14	3.2	13	77	16	50	38	9	0	52	1.34
97224943--97224987	17	2.6	17	78	0	63	2	28	0	68	1.01
97236933--97236964	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
97237014--97237043	5	5.8	5	96	4	51	76	0	0	23	0.78
97250106--97250140	17	2.1	17	100	0	70	11	28	5	54	1.59
97251354--97251393	10	4.1	9	87	12	53	55	2	2	40	1.27
97258486--97258520	18	1.9	18	88	0	52	5	22	8	62	1.45
97263748--97263800	17	3.1	17	76	17	56	71	3	13	11	1.26
97264360--97264675	151	2.1	152	93	0	535	31	6	4	58	1.43
97266553--97266601	23	2.1	23	96	0	89	30	30	14	24	1.94
97267890--97267982	18	5.2	18	86	0	132	29	24	13	32	1.94
97276092--97276148	20	2.8	20	78	2	60	49	1	0	49	1.11
97276129--97276168	19	2.0	20	85	4	55	37	0	0	62	0.95
97278947--97279134	48	3.9	48	82	2	243	25	30	19	23	1.98
97278835--97279073	129	1.9	129	87	0	352	23	28	20	28	1.98
97278947--97279121	96	1.8	96	93	0	305	24	30	20	24	1.98
97279451--97279507	30	1.9	30	89	10	91	33	21	8	36	1.84
97280436--97280460	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97285311--97285359	22	2.2	23	81	3	55	55	4	6	34	1.44
97288871--97288905	18	1.9	18	88	0	52	37	8	8	45	1.65
97302651--97302706	17	3.5	17	76	18	75	12	8	1	76	1.08
97302645--97302719	30	2.5	29	87	6	105	12	8	2	77	1.08
97302957--97302983	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
97302841--97302983	37	4.0	37	76	9	129	39	1	2	56	1.20
97302942--97302983	21	1.9	23	85	9	61	45	0	0	54	0.99
97303035--97303081	20	2.4	19	86	13	60	23	6	0	70	1.10
97303173--97303213	18	2.3	18	86	0	55	14	7	2	75	1.12
97303192--97303265	36	2.1	36	85	10	98	20	4	2	72	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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