genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19349929--19350106	47	3.7	47	90	1	266	32	8	30	28	1.87
19350225--19350340	37	3.1	37	92	0	187	23	18	31	25	1.97
19355213--19355997	205	3.8	205	91	1	1171	30	18	21	29	1.97
19355960--19356042	43	1.9	44	85	2	114	28	16	28	25	1.97
19357278--19357385	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
19360682--19360834	20	7.7	19	75	19	127	34	5	0	59	1.25
19360676--19360797	26	4.6	26	72	18	85	35	4	0	60	1.16
19360683--19360834	7	21.9	7	68	26	85	34	5	0	59	1.25
19360768--19360833	18	3.8	18	77	15	59	31	4	1	62	1.25
19360761--19360839	41	1.9	41	82	7	97	30	3	2	63	1.25
19368691--19368775	25	3.3	25	83	11	84	47	36	4	11	1.61
19369902--19369962	30	2.0	29	81	12	70	36	3	3	57	1.31
19370000--19370045	14	3.5	13	78	16	51	26	4	2	67	1.21
19369989--19370061	24	2.7	27	72	20	64	34	2	1	61	1.19
19370030--19370071	21	2.0	22	90	4	68	38	0	0	61	0.96
19370296--19370338	20	2.3	19	88	8	61	30	0	2	67	1.03
19370466--19370503	12	3.2	12	85	7	51	34	2	0	63	1.09
19370572--19370613	22	1.9	22	85	9	59	28	7	0	64	1.20
19381430--19381462	15	2.2	15	100	0	66	45	15	18	21	1.85
19385158--19386000	205	4.1	206	92	2	1348	31	18	22	28	1.97
19385849--19386096	119	2.1	119	94	0	435	31	18	22	27	1.97
19386537--19386627	47	1.9	47	93	0	155	41	31	8	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19386660--19386718	25	2.4	25	91	5	93	49	33	6	10	1.63
19387843--19387908	30	2.2	29	81	10	71	36	3	3	57	1.29
19387928--19388001	27	2.7	27	69	22	73	33	2	1	62	1.18
19387969--19388011	22	2.0	22	86	9	61	37	0	0	62	0.95
19388371--19388427	24	2.4	23	80	13	62	38	5	1	54	1.33
19388463--19388504	22	1.9	22	85	9	59	28	7	0	64	1.20
19389297--19389340	13	3.5	12	78	9	52	70	2	9	18	1.24
19393682--19393780	43	2.3	43	85	0	135	28	33	19	19	1.96
19394331--19394391	30	2.1	29	90	3	95	44	14	18	22	1.86
19394682--19394733	21	2.5	21	87	0	59	44	15	23	17	1.86
19408758--19408935	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19408759--19408914	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19408755--19408935	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19425601--19425654	6	9.5	6	78	11	60	83	3	1	11	0.85
19425602--19425668	18	4.1	16	81	9	64	79	2	2	14	0.98
19430287--19430321	18	2.0	17	88	5	52	85	5	2	5	0.81
19431608--19431632	13	1.9	13	100	0	50	56	8	20	16	1.65
19434984--19435013	11	2.8	11	95	5	53	86	0	13	0	0.57
19434958--19435010	6	9.0	6	83	4	54	81	3	9	5	0.98
19434960--19435010	17	2.9	17	85	5	57	82	3	7	5	0.94
19443026--19443104	39	2.1	39	90	2	124	11	13	17	56	1.66
19450559--19450594	15	2.4	15	90	0	54	36	52	2	8	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19455244--19455513	50	5.7	47	78	7	244	27	19	29	24	1.98
19455331--19455513	98	1.9	100	88	2	280	25	20	31	22	1.98
19456468--19456531	32	2.0	32	93	0	110	37	12	14	35	1.83
19459184--19459356	43	4.0	43	76	9	165	31	24	15	28	1.96
19465034--19465077	18	2.4	18	88	0	61	50	13	18	18	1.79
19465407--19465666	27	9.7	27	81	9	259	40	16	14	28	1.87
19465435--19465657	79	2.8	80	80	7	258	40	16	13	29	1.86
19465407--19465657	106	2.4	107	80	4	283	41	16	13	28	1.87
19467889--19467915	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
19485986--19486038	24	2.2	24	96	0	97	50	20	5	22	1.69
19487908--19488154	40	6.2	40	84	3	268	24	22	27	25	2.00
19487947--19488131	79	2.3	80	90	0	282	23	22	27	26	1.99
19487948--19488154	79	2.6	79	84	5	267	24	22	27	26	2.00
19495305--19495335	5	6.2	5	100	0	62	41	0	0	58	0.98
19502921--19502956	18	2.0	18	100	0	72	11	5	16	66	1.40
19507274--19507334	9	6.8	9	96	0	95	22	9	27	39	1.86
19508116--19508153	19	2.0	19	100	0	76	31	5	42	21	1.75
19510594--19510696	47	2.2	47	80	3	127	40	21	12	25	1.88
19512036--19512165	64	2.0	64	95	0	233	42	9	8	40	1.67
19514760--19514817	28	2.1	27	87	6	82	60	0	5	34	1.19
19521616--19521677	25	2.5	24	71	5	61	41	17	22	17	1.90
19525124--19525387	4	66.0	4	89	0	375	43	25	5	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19531799--19531939	43	3.3	43	79	13	155	24	14	24	36	1.93
19554284--19554320	17	2.2	17	90	0	56	45	13	16	24	1.83
19556301--19556326	9	2.9	9	100	0	52	23	19	34	23	1.96
19558680--19558717	10	3.8	10	80	13	51	18	10	5	65	1.41
19558678--19558717	20	2.0	20	90	9	64	20	10	5	65	1.42
19566435--19566468	17	1.9	18	88	5	52	52	5	20	20	1.67
19566605--19566662	26	2.2	27	82	14	68	37	0	10	51	1.36
19566664--19566702	10	3.9	10	86	10	53	25	7	2	64	1.33
19569400--19569435	17	2.1	17	89	0	54	16	22	41	19	1.90
19570037--19570093	24	2.3	26	79	8	66	66	7	0	26	1.17
19576092--19576159	8	9.0	8	72	15	56	23	1	2	72	1.07
19577689--19577717	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
19582338--19582447	51	2.2	51	100	0	220	46	1	10	41	1.48
19587508--19587560	22	2.3	23	87	3	72	24	26	0	49	1.51
19590594--19590646	21	2.5	21	87	0	70	22	16	26	33	1.96
19590613--19590654	21	2.0	21	81	9	50	28	14	23	33	1.94
19592569--19592610	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
19592573--19592609	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
19592642--19592698	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
19593156--19593194	14	2.8	14	92	0	60	33	15	7	43	1.75
19593617--19593656	16	2.6	16	96	4	73	70	0	0	30	0.88
19594022--19594055	16	2.1	17	88	5	52	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19596194--19596264	31	2.2	33	83	14	96	26	15	15	42	1.87
19597400--19597443	18	2.5	18	85	10	56	40	0	0	59	0.98
19597570--19597610	13	2.9	15	79	20	52	58	0	0	41	0.98
19597643--19597699	15	3.5	15	71	17	51	50	3	0	45	1.18
19598068--19598139	33	2.2	34	80	9	87	51	11	4	33	1.57
19600283--19600315	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
19600949--19600982	17	2.0	17	100	0	68	47	0	0	52	1.00
19600945--19600969	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
19603571--19603610	20	2.0	20	90	0	62	40	20	0	40	1.52
19603843--19604043	108	1.8	110	89	2	316	22	24	17	35	1.95
19603796--19604050	55	4.8	52	79	8	223	21	23	17	36	1.94
19604780--19604832	22	2.4	22	96	0	97	16	16	32	33	1.92
19607338--19607399	29	2.1	30	88	8	92	24	4	11	59	1.51
19608780--19608823	6	7.2	6	84	5	61	54	13	13	18	1.71
19611075--19611109	16	2.2	16	90	10	54	31	14	8	45	1.75
19614084--19614129	19	2.4	19	77	0	56	63	2	0	34	1.07
19614604--19614646	20	2.2	19	81	18	61	32	0	0	67	0.91
19614605--19614646	21	2.0	21	95	4	77	30	0	0	69	0.89
19614695--19614738	11	3.9	11	82	5	52	31	2	2	63	1.19
19614695--19614740	23	2.0	23	91	0	74	32	2	2	63	1.19
19617551--19617668	58	2.0	58	100	0	236	33	20	16	28	1.95
19633816--19633854	13	3.1	13	81	7	53	35	2	20	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19634381--19634688	153	2.0	152	83	3	386	35	14	20	30	1.92
19636035--19636142	23	4.6	24	76	13	100	22	17	19	40	1.91
19636070--19636157	25	3.6	25	79	11	110	22	14	19	43	1.87
19636059--19636157	48	2.1	48	88	0	144	24	16	17	42	1.88
19636076--19636151	23	3.2	23	76	20	84	21	15	19	43	1.88
19636143--19636179	19	1.9	19	88	0	56	24	13	18	43	1.86
19641374--19641436	25	2.6	25	82	7	67	34	3	0	61	1.12
19641396--19641442	25	1.9	26	87	12	73	31	0	0	68	0.90
19641403--19641456	26	2.1	25	82	3	63	27	3	1	66	1.19
19650824--19650882	27	2.2	27	93	0	100	18	20	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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