genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15295304--15295411	57	1.9	57	84	7	148	28	14	30	25	1.95
15299189--15299339	28	5.4	28	93	1	232	34	28	11	25	1.90
15307354--15307479	28	4.5	28	94	1	209	33	27	11	26	1.92
15309046--15309257	40	5.3	40	86	4	234	25	21	28	24	1.99
15308994--15309257	80	3.3	80	81	6	270	25	21	28	24	1.99
15309046--15309290	80	3.1	80	80	5	214	26	21	28	23	1.99
15316998--15317200	39	5.3	38	82	12	211	26	20	29	23	1.99
15316946--15317200	79	3.3	76	79	14	238	26	20	29	23	1.99
15327454--15327523	35	2.0	35	97	0	131	24	14	20	41	1.89
15330019--15330275	79	3.3	79	83	8	274	25	27	21	25	2.00
15330052--15330275	40	5.6	39	86	5	256	25	27	22	24	2.00
15338040--15338256	79	2.7	78	82	7	258	26	26	20	25	1.99
15338040--15338261	40	5.6	40	84	8	233	26	27	21	25	1.99
15348315--15348685	44	8.4	44	79	5	374	38	21	13	26	1.90
15348315--15348687	132	2.8	132	88	1	525	38	21	13	26	1.90
15348315--15348688	88	4.2	88	80	4	414	38	21	13	26	1.90
15348760--15348786	14	1.9	14	100	0	54	33	22	0	44	1.53
15349959--15350037	24	3.3	24	87	8	117	34	3	1	60	1.23
15349964--15350035	22	3.2	22	92	4	108	34	4	1	59	1.25
15350938--15351183	123	2.0	123	100	0	492	37	17	5	39	1.73
15352042--15352130	24	3.8	23	84	11	101	31	13	25	29	1.94
15352069--15352138	24	3.0	24	89	2	97	31	14	22	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15352290--15352314	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15355837--15356059	67	3.3	67	83	2	270	23	21	15	39	1.91
15356223--15356268	22	2.1	22	92	4	76	19	13	10	56	1.66
15358235--15358309	18	4.3	17	74	21	59	34	1	2	61	1.18
15358241--15358307	19	3.5	19	78	11	59	34	1	2	61	1.20
15360781--15360828	24	2.0	24	91	0	78	33	14	16	35	1.89
15361317--15361341	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
15363309--15363343	3	11.3	3	87	6	52	31	2	0	65	1.07
15363311--15363343	16	2.1	16	94	0	57	30	3	0	66	1.06
15366370--15366405	15	2.4	15	95	0	63	44	16	30	8	1.77
15366355--15366393	20	2.0	20	94	0	69	48	15	30	5	1.66
15368209--15368381	85	2.0	85	98	0	337	34	5	11	49	1.61
15371038--15371082	22	2.1	22	87	4	65	22	31	0	46	1.52
15372314--15372353	15	2.7	15	96	3	73	70	20	0	10	1.16
15372327--15372367	21	2.0	21	85	0	55	65	21	0	12	1.25
15373018--15373093	38	2.0	38	82	10	93	31	14	14	39	1.86
15377734--15377783	26	2.0	25	84	4	64	36	8	26	30	1.85
15378925--15378968	13	3.3	13	78	15	54	54	0	0	45	0.99
15381808--15381837	13	2.3	13	100	0	60	60	0	6	33	1.23
15381961--15382008	11	4.5	11	84	5	64	18	0	6	75	1.01
15382033--15382094	30	2.1	30	87	0	88	24	1	11	62	1.37
15382078--15382128	15	3.2	15	75	20	50	25	1	15	56	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15383903--15383960	23	2.5	22	78	8	62	37	1	3	56	1.26
15386971--15387014	19	2.3	20	80	11	56	52	4	0	43	1.22
15387044--15387095	17	2.8	18	78	18	54	69	3	1	25	1.16
15391267--15391293	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
15396191--15396270	39	2.1	39	85	0	106	16	15	30	38	1.89
15405260--15405295	16	2.1	17	90	10	56	47	2	13	36	1.58
15409943--15409982	16	2.5	16	91	0	71	37	27	12	22	1.90
15411273--15411317	20	2.2	20	85	14	58	35	0	26	37	1.57
15414127--15414285	45	3.5	45	80	0	183	18	21	14	45	1.85
15417683--15417782	44	2.3	45	81	8	116	29	24	17	30	1.97
15417789--15417926	44	3.1	44	68	12	111	26	21	23	28	1.99
15417945--15418423	88	5.5	88	91	0	703	24	25	22	27	2.00
15436946--15436978	17	1.9	17	88	11	50	42	9	3	45	1.51
15437366--15437599	115	2.0	116	84	0	299	33	17	15	33	1.91
15438762--15438892	31	4.3	30	74	5	102	29	12	16	41	1.85
15438827--15438892	29	2.2	31	83	5	82	28	15	15	40	1.87
15439050--15439081	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
15445624--15445662	15	2.4	16	87	8	53	23	10	0	66	1.22
15446795--15446866	37	1.9	37	83	10	94	43	16	0	40	1.48
15447780--15447839	3	20.3	3	86	3	77	58	3	1	36	1.25
15448390--15449115	365	2.0	366	98	0	1418	30	9	18	41	1.82
15454541--15454683	71	2.0	71	100	0	286	39	20	18	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15458937--15459059	55	2.2	55	78	2	131	20	34	25	20	1.96
15461777--15461807	12	2.6	12	100	0	62	22	16	9	51	1.73
15468041--15468196	44	3.7	41	78	10	154	31	28	16	23	1.96
15487915--15488011	21	4.6	21	80	0	104	47	15	18	18	1.83
15487917--15487999	42	2.0	42	95	0	148	48	16	15	19	1.82
15489280--15489353	31	2.3	32	82	13	82	39	1	2	56	1.22
15491482--15491658	46	3.8	46	87	1	221	41	15	23	19	1.90
15491919--15491965	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
15496612--15496873	39	6.7	39	89	1	373	30	30	21	17	1.96
15496945--15497027	28	3.0	28	85	0	112	27	25	12	34	1.91
15503159--15503342	39	4.7	39	91	2	271	31	29	20	17	1.96
15503415--15503496	28	2.9	28	85	0	110	28	24	12	35	1.91
15506698--15506818	46	2.6	46	90	2	181	42	15	23	18	1.88
15515228--15515271	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
15515295--15515331	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
15515876--15515914	14	2.8	14	84	0	51	30	17	10	41	1.83
15517808--15517852	22	2.0	22	100	0	90	22	17	4	55	1.60
15538197--15538368	93	1.8	93	92	0	290	27	28	22	22	1.99
15538189--15538365	46	3.8	46	78	10	198	28	28	21	22	1.99
15540760--15540815	15	3.7	15	83	9	78	60	10	14	14	1.58
15543733--15543912	46	3.8	49	78	13	191	27	27	21	22	1.99
15543740--15543911	93	1.8	93	91	0	281	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15550052--15550410	47	7.4	47	87	6	493	31	8	30	29	1.87
15550529--15550607	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
15556643--15556712	29	2.3	31	81	13	85	42	7	8	41	1.63
15557078--15557128	26	2.0	25	88	3	75	52	0	1	45	1.12
15558104--15558143	19	2.1	19	90	0	62	40	17	0	42	1.49
15570667--15570696	16	1.9	15	93	6	51	46	0	6	46	1.29
15576356--15576455	39	2.6	39	83	1	121	49	8	6	37	1.57
15578668--15578708	21	2.0	21	90	0	64	29	12	19	39	1.88
15588359--15588443	33	2.6	31	84	15	111	56	2	2	38	1.25
15591079--15591117	18	2.1	19	90	4	62	23	0	23	53	1.46
15593459--15593517	28	2.1	29	83	3	75	10	23	20	45	1.81
15593592--15593672	41	2.0	42	87	2	119	16	22	25	35	1.94
15594821--15594851	15	2.1	15	93	0	53	12	22	3	61	1.46
15597899--15598121	40	5.6	39	79	7	180	25	21	27	26	1.99
15597982--15598129	79	1.9	80	84	1	199	25	20	29	25	1.99
15597982--15598146	79	2.1	80	80	2	190	25	20	28	25	1.99
15605293--15605464	79	2.2	79	81	3	202	23	21	28	26	1.99
15605240--15605462	40	5.6	39	81	7	198	24	21	27	26	1.99
15605320--15605497	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
15615995--15616032	18	2.1	18	90	0	58	63	0	15	21	1.31
15620382--15620576	38	5.1	38	86	0	264	36	23	19	21	1.95
15620349--15620576	76	3.0	76	81	2	269	36	24	19	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15629091--15629140	25	1.9	25	84	8	64	22	16	6	56	1.62
15629765--15629817	25	2.1	24	83	13	63	47	0	0	52	1.00
15633312--15633379	28	2.8	24	78	20	77	19	2	32	45	1.65
15633285--15633368	28	3.0	28	87	5	116	20	2	30	46	1.63
15633585--15633721	21	6.5	21	93	2	186	10	24	27	36	1.89
15633585--15633708	42	2.9	42	95	2	212	11	26	28	33	1.91
15633585--15633708	63	1.9	64	93	3	214	11	26	28	33	1.91
15634786--15634951	46	3.5	46	73	16	140	25	15	28	30	1.96
15641484--15641551	7	9.6	7	80	15	59	51	32	0	16	1.45
15641480--15641551	21	3.4	21	82	3	90	50	34	0	15	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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