genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976232--976352	51	2.4	50	78	9	136	34	18	4	42	1.72
977085--977109	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
979263--979537	131	2.1	131	79	6	288	32	18	19	29	1.96
984045--984080	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
984032--984072	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
984711--984763	15	3.5	15	81	0	70	49	11	1	37	1.50
985495--985541	15	2.9	15	79	14	58	6	29	8	55	1.55
988452--988488	17	2.1	18	90	5	58	51	5	0	43	1.24
998906--998935	3	9.7	3	92	7	51	63	0	0	36	0.95
1004976--1005010	10	3.5	10	88	0	52	37	8	11	42	1.72
1015616--1015661	23	2.0	23	100	0	92	47	13	21	17	1.81
1018968--1019050	19	4.2	19	75	14	71	62	4	2	30	1.28
1018981--1019052	30	2.4	28	76	17	74	59	4	2	33	1.31
1037716--1037759	23	2.0	22	90	4	70	70	4	0	25	1.06
1046788--1046853	31	2.1	31	85	0	87	43	12	10	33	1.76
1050561--1050893	168	2.0	168	86	4	467	38	13	8	39	1.75
1052775--1052879	52	2.0	52	94	0	183	33	23	13	29	1.93
1057974--1058059	43	2.0	43	97	0	163	50	9	2	38	1.48
1062977--1063063	31	2.8	30	79	10	86	51	5	1	41	1.33
1063005--1063063	30	1.9	31	89	3	93	54	3	0	42	1.17
1063041--1063080	8	5.0	8	87	0	62	62	0	0	37	0.95
1071803--1071853	26	2.0	26	84	7	68	35	1	1	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1077319--1077465	59	2.5	58	79	9	156	21	15	11	51	1.74
1086915--1086989	37	2.0	37	100	0	150	41	2	18	37	1.65
1086918--1087006	37	2.4	37	92	0	142	39	2	17	40	1.63
1087906--1087960	12	4.8	12	71	13	53	50	0	1	47	1.11
1093753--1093867	59	1.9	59	80	3	133	23	20	15	40	1.90
1102134--1102189	21	2.7	20	79	15	60	60	0	1	37	1.07
1102516--1102547	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
1104988--1105031	19	2.4	19	81	7	56	63	0	0	36	0.95
1105838--1105884	3	15.3	3	91	4	76	63	0	2	34	1.06
1105838--1105884	22	2.2	22	92	3	78	63	0	2	34	1.06
1107555--1107675	39	3.1	39	100	0	242	61	2	9	25	1.39
1108475--1108513	19	2.1	19	100	0	78	51	15	0	33	1.44
1108895--1108942	25	2.0	24	83	4	60	72	8	0	18	1.08
1111481--1112450	75	13.0	75	81	5	891	29	25	18	25	1.98
1113885--1113914	15	2.0	15	100	0	60	53	6	0	40	1.27
1123656--1123971	174	1.8	174	82	4	413	27	21	15	35	1.93
1138521--1138562	20	2.2	20	82	4	50	23	2	14	59	1.47
1149782--1149811	9	3.4	9	95	4	53	26	0	0	73	0.84
1154610--1154717	44	2.4	45	82	3	119	29	22	13	34	1.93
1162003--1162110	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
1166056--1166148	46	2.0	46	95	0	168	37	18	16	27	1.92
1170142--1170182	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1175013--1175037	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
1186355--1186399	21	2.1	21	84	8	56	51	0	4	44	1.21
1186520--1186578	21	2.9	21	82	5	59	55	1	1	40	1.20
1191426--1191461	4	9.0	4	93	0	54	44	25	0	30	1.54
1192359--1192401	8	5.5	8	80	5	52	67	4	0	27	1.10
1192356--1192402	23	2.0	23	95	0	85	65	6	0	27	1.16
1193418--1193457	16	2.5	17	80	19	50	35	5	0	60	1.19
1193417--1193575	83	1.9	82	80	11	182	37	5	10	46	1.62
1202239--1202326	18	4.9	18	87	0	131	34	13	22	29	1.93
1202239--1202326	36	2.4	36	92	0	149	34	13	22	29	1.93
1205332--1205365	11	3.0	12	87	12	54	35	0	0	64	0.94
1205332--1205366	10	3.2	11	92	8	54	37	0	0	62	0.95
1205489--1205551	30	2.1	30	93	0	108	58	12	3	25	1.49
1205580--1205628	22	2.2	22	85	0	71	59	10	12	18	1.60
1206362--1206407	7	5.8	8	80	19	60	26	0	2	71	0.97
1206362--1206396	15	2.3	15	100	0	70	22	0	0	77	0.78
1209578--1209628	26	2.0	26	100	0	102	49	15	15	19	1.80
1212161--1212195	17	2.2	15	90	10	52	45	2	0	51	1.16
1214778--1215025	100	2.5	100	81	1	255	39	16	15	28	1.90
1215581--1215641	21	2.9	21	87	0	95	34	49	16	0	1.46
1220563--1220598	18	1.9	18	88	5	54	72	8	0	19	1.10
1226025--1226126	34	3.1	34	75	12	104	42	1	2	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1227215--1227272	30	1.9	31	83	16	77	68	3	1	25	1.14
1230580--1230644	29	2.2	31	83	10	82	29	4	7	58	1.46
1233865--1234777	228	4.0	229	84	1	1005	20	24	26	28	1.99
1244654--1244747	35	2.7	35	80	6	100	44	25	9	20	1.81
1250938--1250977	13	2.7	16	85	14	59	35	0	0	65	0.93
1254789--1254827	20	1.9	21	84	5	53	56	2	2	38	1.27
1256783--1256840	29	1.9	29	86	6	80	37	10	3	48	1.54
1257839--1257904	29	2.2	30	84	12	84	30	0	7	62	1.23
1263439--1263479	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1266818--1266850	15	2.2	15	100	0	66	30	6	27	36	1.81
1267059--1267115	28	2.0	28	100	0	114	57	7	10	24	1.56
1271216--1271251	16	2.2	16	90	9	56	25	0	11	63	1.27
1272164--1272208	21	2.2	21	92	4	74	24	0	0	75	0.80
1274284--1274328	23	2.0	23	91	8	74	40	6	2	51	1.41
1275537--1275595	27	2.1	28	81	9	68	64	1	3	30	1.20
1287625--1287693	18	3.8	18	80	0	75	33	24	10	31	1.89
1287625--1287694	36	1.9	36	91	0	113	34	24	10	31	1.88
1295300--1295324	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
1296233--1297104	450	1.9	450	90	1	1399	29	18	20	31	1.96
1301109--1301149	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1305071--1305179	49	2.2	49	96	1	200	48	3	0	47	1.19
1305090--1305177	26	3.5	26	73	14	94	45	4	0	50	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1305163--1305241	38	2.1	39	83	7	99	49	1	1	48	1.17
1305324--1305380	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
1306515--1306545	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
1308128--1308196	33	2.1	33	100	0	138	33	11	13	42	1.80
1313409--1313456	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
1314344--1314383	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
1316171--1317498	447	3.0	447	94	1	2227	29	19	19	30	1.97
1324052--1324128	31	2.5	31	93	4	131	35	2	6	55	1.39
1324052--1324148	31	3.2	31	87	7	103	34	3	7	55	1.43
1329044--1329094	26	2.0	26	88	0	75	37	9	3	49	1.55
1330007--1330068	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
1331555--1331653	48	2.1	48	100	0	198	28	16	22	33	1.95
1332185--1332217	11	2.8	12	86	13	50	51	0	3	45	1.16
1336566--1336594	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
1339790--1339831	17	2.5	17	84	0	57	66	0	2	30	1.04
1340020--1340057	16	2.3	17	90	4	60	63	0	7	28	1.23
1340067--1340140	3	24.3	3	81	8	87	62	2	4	31	1.28
1340067--1340139	20	3.9	19	82	10	89	63	2	4	30	1.27
1345930--1345979	14	3.5	15	77	17	54	74	0	0	26	0.83
1348798--1348886	30	2.8	30	84	6	97	28	14	7	49	1.71
1349319--1349472	60	2.6	61	80	6	181	45	15	16	22	1.85
1349746--1349838	46	2.0	47	95	2	170	29	4	17	49	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1349752--1349825	24	3.2	24	62	14	64	27	5	17	50	1.68
1352200--1352250	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
1352212--1352260	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
1359053--1359087	18	1.9	18	94	0	61	34	17	22	25	1.96
1364151--1364185	17	2.1	17	100	0	70	40	11	0	48	1.39
1364154--1364190	17	2.2	17	90	4	58	48	10	0	40	1.38
1366752--1366813	31	2.0	31	96	0	115	51	8	6	33	1.57
1366986--1367014	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
1374176--1374216	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1387702--1387731	15	2.0	15	100	0	60	26	26	0	46	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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