genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.336.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109092193--109092254	20	3.2	20	86	4	90	46	8	4	40	1.55
109092313--109092403	19	5.1	18	68	17	64	50	20	0	28	1.49
109092293--109092578	26	11.2	26	91	1	454	47	20	0	31	1.56
109092350--109092480	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
109092297--109092578	77	3.7	76	95	1	483	47	20	0	31	1.56
109092519--109092606	18	4.4	18	70	25	61	44	20	1	34	1.59
109092544--109092609	18	3.6	18	82	10	80	45	18	1	34	1.59
109092561--109092623	9	7.0	9	74	25	62	42	20	0	36	1.52
109092562--109092623	18	3.4	19	83	16	71	41	20	0	37	1.53
109095025--109095095	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
109095319--109095352	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
109095406--109095793	42	9.2	42	84	4	388	26	20	20	31	1.97
109095507--109095793	42	6.8	42	90	4	445	24	21	20	33	1.97
109095421--109095793	84	4.5	83	85	3	453	27	20	20	31	1.98
109097594--109097645	24	2.2	24	89	0	77	38	5	7	48	1.56
109097611--109097657	24	2.0	24	86	0	67	38	8	8	44	1.65
109097795--109097832	5	7.6	5	100	0	76	36	0	0	63	0.95
109098086--109098183	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
109098076--109098183	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
109106006--109106475	41	11.3	41	64	22	162	29	22	23	24	1.99
109105953--109106489	84	6.4	84	89	5	797	30	22	22	24	1.99
109106036--109106486	248	1.8	247	93	2	789	29	22	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109107172--109107283	19	5.8	19	87	9	156	37	10	15	36	1.82
109107162--109107269	36	2.9	35	76	20	103	38	10	14	36	1.80
109120329--109120450	60	2.0	60	100	0	244	39	3	14	42	1.62
109125243--109125317	24	3.2	24	90	7	118	34	25	6	33	1.82
109137305--109137497	99	1.9	99	100	0	386	33	11	13	40	1.81
109142198--109142227	8	3.8	8	95	0	51	30	3	0	66	1.07
109148965--109149069	50	2.1	50	96	1	194	40	20	7	30	1.81
109150047--109150083	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
109155412--109155436	11	2.3	11	100	0	50	36	20	0	44	1.52
109157040--109157290	129	1.9	130	90	2	398	37	20	14	27	1.92
109158977--109159243	131	2.0	131	98	0	516	23	37	16	22	1.94
109163107--109163145	15	2.6	15	83	0	51	56	5	10	28	1.54
109167559--109167605	20	2.4	19	80	16	51	42	2	2	53	1.25
109167550--109167604	21	2.6	21	83	11	60	45	1	1	50	1.22
109179088--109179126	19	2.1	19	90	9	62	33	2	0	64	1.08
109181634--109181661	10	2.8	10	100	0	56	0	7	28	64	1.20
109183648--109183703	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
109190584--109190691	26	4.2	26	92	0	180	33	7	24	35	1.83
109193416--109193498	42	2.0	42	95	0	148	37	12	22	27	1.90
109195650--109195715	27	2.4	26	85	12	80	62	1	3	33	1.20
109195825--109195868	11	3.9	11	77	16	54	61	4	2	31	1.28
109195881--109195922	20	2.2	20	87	12	61	61	0	4	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109204348--109204688	166	2.0	167	88	1	497	39	13	11	35	1.81
109205357--109205396	14	2.6	16	88	11	57	57	0	0	42	0.98
109214968--109215013	17	2.9	15	78	15	56	54	6	28	10	1.60
109223241--109223328	40	2.2	40	87	0	122	57	11	2	28	1.45
109227923--109227970	19	2.5	19	74	12	53	72	4	2	20	1.11
109228408--109228515	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
109236573--109236678	26	4.2	26	90	4	162	33	7	21	36	1.82
109236573--109236678	50	2.1	51	91	3	169	33	7	21	36	1.82
109244104--109244148	14	3.2	14	80	0	54	48	31	0	20	1.49
109244589--109244631	14	3.0	15	83	10	54	39	39	0	20	1.53
109244669--109244753	21	3.7	21	71	19	71	42	28	2	27	1.68
109244653--109244749	49	2.0	46	90	5	149	41	26	3	28	1.71
109244720--109244764	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
109244922--109245017	41	2.4	41	89	1	149	19	19	22	37	1.94
109244922--109245048	41	3.1	39	80	10	132	20	19	20	39	1.93
109247842--109247994	80	1.9	80	89	0	234	29	22	9	39	1.85
109247839--109247994	27	5.8	27	89	1	206	29	22	8	39	1.85
109247828--109248036	27	7.8	27	85	1	177	33	22	8	35	1.85
109247973--109248168	54	3.6	53	76	8	166	39	20	9	29	1.85
109247987--109248137	80	1.9	80	87	0	221	43	19	8	28	1.81
109247973--109248145	27	6.4	26	79	6	148	39	21	8	30	1.83
109248173--109248228	27	2.1	26	84	15	71	39	10	12	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109248282--109248372	27	3.4	27	83	4	105	35	18	25	20	1.96
109249181--109249276	25	3.8	26	91	4	151	26	26	22	25	2.00
109249181--109249276	51	1.9	50	91	2	156	26	26	22	25	2.00
109249179--109249301	50	2.4	50	82	6	151	26	25	22	25	2.00
109249422--109249513	42	2.2	42	94	0	157	28	11	20	39	1.88
109252400--109252523	19	6.9	17	73	20	94	37	11	13	37	1.81
109252405--109252512	35	3.1	35	91	1	171	36	11	14	37	1.82
109265755--109265797	21	2.0	21	82	13	52	55	2	4	37	1.33
109266031--109266061	12	2.7	12	95	5	55	51	6	0	41	1.27
109266484--109266542	28	2.1	27	84	9	73	64	3	10	22	1.39
109278787--109278827	21	1.9	22	85	5	57	9	9	7	73	1.26
109283352--109283385	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
109284093--109284138	21	2.1	22	84	4	58	63	2	6	28	1.31
109284106--109284156	10	5.0	10	81	9	59	68	0	7	23	1.15
109286071--109286102	16	2.0	16	100	0	64	37	12	0	50	1.41
109286388--109286568	46	3.9	45	84	4	227	20	24	12	41	1.87
109286383--109286568	92	2.0	92	87	2	266	21	24	12	40	1.88
109289926--109290035	26	4.2	26	96	0	175	33	5	25	35	1.79
109291653--109291738	27	3.2	26	81	4	91	17	22	23	37	1.94
109302783--109302808	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
109308356--109308437	6	13.7	6	82	14	91	15	2	0	81	0.79
109308942--109309023	18	4.8	17	69	22	64	47	2	1	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109309003--109309051	22	2.3	21	82	3	53	55	0	0	44	0.99
109309240--109309292	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
109310143--109310378	118	2.0	118	91	0	382	22	18	30	28	1.97
109310501--109310539	10	3.9	10	90	10	62	89	0	10	0	0.48
109310499--109310539	12	3.6	12	83	12	59	90	0	9	0	0.46
109312186--109312298	25	4.6	23	72	14	66	19	17	14	48	1.81
109312183--109312262	31	2.6	31	83	0	106	21	16	13	48	1.80
109312183--109312310	6	20.8	6	70	13	82	19	16	13	50	1.77
109312212--109312311	43	2.3	44	86	3	141	20	16	13	51	1.77
109314035--109314068	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
109318673--109318706	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
109323461--109323501	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
109325231--109325526	39	7.5	39	95	0	520	19	23	28	28	1.98
109325576--109325658	39	2.1	39	93	0	139	19	21	30	28	1.98
109325434--109325717	142	2.0	142	97	0	541	20	18	27	33	1.96
109334073--109334141	34	2.0	34	88	5	104	50	8	18	21	1.74
109335738--109335841	51	2.0	51	96	0	190	37	21	8	32	1.84
109339491--109339528	17	2.2	17	100	0	76	21	15	5	57	1.57
109343281--109343492	114	1.9	114	91	0	352	22	24	12	41	1.88
109346343--109346398	29	1.9	29	96	0	103	14	35	16	33	1.88
109348973--109349007	17	2.1	17	100	0	70	48	5	11	34	1.63
109359363--109359391	11	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109359546--109359635	36	2.6	33	77	8	81	61	5	3	30	1.35
109359610--109359652	22	2.0	22	85	0	59	62	11	6	18	1.50
109364654--109364695	19	2.2	19	91	0	66	66	0	0	33	0.92
109366877--109366979	50	2.1	50	100	0	206	43	18	11	26	1.84
109379454--109379620	73	2.3	71	87	5	237	22	14	20	41	1.90
109379552--109380082	140	3.8	140	97	0	1008	25	16	21	36	1.94
109380186--109380223	14	2.8	13	88	4	58	28	15	5	50	1.66
109380131--109380295	87	1.9	88	85	1	233	26	17	18	36	1.93
109379965--109380328	166	2.2	164	83	6	459	28	16	19	35	1.94
109380312--109380373	30	2.1	30	87	6	90	20	9	27	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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