genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  21  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7487086--7487118	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
7487086--7487148	21	3.0	21	82	13	60	33	0	12	53	1.39
7487722--7487764	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
7491251--7491632	126	3.0	126	91	1	595	27	19	18	34	1.95
7498328--7498352	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
7499201--7499241	14	2.9	14	85	14	57	43	2	0	53	1.13
7503982--7504032	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
7503994--7504042	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
7511507--7511551	23	2.0	23	82	8	56	37	13	0	48	1.42
7523457--7523501	22	2.0	22	95	0	81	46	22	11	20	1.81
7526854--7527026	46	3.7	45	80	11	181	28	19	28	22	1.98
7526904--7527066	46	3.6	46	80	12	178	28	19	28	23	1.98
7528092--7528156	28	2.3	28	89	0	94	20	23	38	18	1.93
7532065--7532115	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
7531987--7532208	103	2.2	103	92	1	365	18	18	32	31	1.94
7532128--7532278	71	2.1	72	90	2	234	23	15	30	30	1.96
7539538--7539760	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
7539680--7539830	71	2.1	71	90	2	232	23	15	29	31	1.96
7542471--7542533	27	2.3	27	88	0	99	33	17	1	47	1.57
7542439--7542532	13	7.0	13	75	14	93	30	18	2	48	1.59
7542442--7542532	40	2.2	40	84	5	112	31	17	2	48	1.59
7545644--7545703	17	3.5	17	72	21	54	63	0	1	35	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7546189--7546329	18	7.4	18	78	13	140	37	13	10	38	1.79
7546189--7546325	35	3.6	36	81	16	168	37	13	10	37	1.79
7546226--7546311	43	2.0	43	97	0	163	37	11	12	38	1.80
7553576--7553692	57	2.1	57	86	0	162	41	14	14	29	1.86
7555628--7555705	36	2.2	36	97	0	147	52	8	11	26	1.67
7555968--7556024	27	2.1	27	83	0	69	68	7	3	21	1.29
7562075--7562112	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
7562089--7562113	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
7562138--7562178	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
7564312--7564344	16	2.1	16	94	0	57	39	12	3	45	1.57
7565886--7565917	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
7565892--7565972	37	2.2	37	97	0	153	56	0	2	40	1.12
7567904--7567982	39	2.0	39	95	0	140	21	11	15	51	1.74
7568330--7568377	2	24.0	2	86	0	69	50	6	0	43	1.27
7568330--7568377	14	3.4	14	94	0	78	50	6	0	43	1.27
7570127--7570227	9	10.6	9	74	12	85	47	20	0	30	1.57
7570144--7570203	21	3.0	21	83	7	72	46	23	0	30	1.52
7570160--7570225	30	2.2	30	91	0	105	46	22	1	28	1.61
7570138--7570227	39	2.3	40	78	5	112	45	22	1	31	1.60
7576120--7576216	43	2.3	43	85	0	131	26	18	23	30	1.98
7577668--7577822	10	15.6	10	68	18	65	59	2	2	35	1.25
7577673--7577751	30	2.7	29	79	16	92	63	1	1	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7577668--7577773	48	2.2	50	83	10	130	61	1	0	35	1.13
7577758--7577822	30	2.1	31	88	2	96	56	3	4	35	1.35
7577789--7577841	19	2.8	19	77	5	54	64	3	1	30	1.22
7578396--7578443	19	2.5	20	76	6	55	37	2	2	58	1.22
7583640--7583681	20	2.1	20	82	8	50	33	2	2	61	1.21
7584326--7584397	30	2.4	30	81	4	83	47	8	4	40	1.53
7585720--7585770	23	2.2	24	85	3	68	27	3	0	68	1.07
7594144--7594227	43	1.9	44	80	7	100	50	4	4	40	1.45
7597595--7597767	49	3.7	45	78	9	168	28	29	18	23	1.98
7597744--7597958	46	4.6	46	79	10	213	23	27	20	28	1.99
7597744--7597958	94	2.3	94	85	6	294	23	27	20	28	1.99
7599134--7599160	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
7603586--7603635	23	2.1	24	85	7	66	24	4	18	54	1.61
7605883--7605927	16	2.7	17	79	6	56	80	6	0	13	0.91
7607685--7607734	24	2.2	22	82	7	55	22	10	4	64	1.41
7607694--7607746	22	2.3	23	87	6	72	24	9	0	66	1.21
7608388--7608420	16	2.1	16	100	0	66	39	0	18	42	1.50
7609603--7609680	41	1.9	41	86	0	111	30	17	20	30	1.96
7611336--7611399	21	3.0	20	75	18	65	65	3	12	18	1.38
7611395--7611511	28	4.4	27	70	20	95	61	0	11	25	1.36
7611296--7611616	49	6.6	47	73	13	231	59	1	14	24	1.45
7611424--7611638	27	8.4	27	71	19	158	58	0	13	27	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7611607--7611729	21	6.0	20	71	21	78	66	1	9	21	1.29
7611595--7611709	42	2.8	40	81	10	126	66	0	7	24	1.23
7611371--7611671	77	4.1	75	82	9	347	60	1	12	25	1.41
7611925--7611966	16	2.7	16	85	14	61	61	2	4	30	1.29
7611925--7611966	15	2.7	15	85	10	50	61	2	4	30	1.29
7611991--7612047	16	3.3	16	71	17	51	63	0	8	28	1.24
7612266--7612304	17	2.3	17	90	0	60	53	2	15	28	1.55
7612408--7612441	12	2.7	13	86	9	52	17	5	2	73	1.16
7614509--7614957	3	150.7	3	65	12	88	60	2	8	28	1.40
7614895--7614944	26	1.9	26	84	8	66	60	4	2	34	1.27
7615556--7615607	10	5.0	11	79	9	56	30	1	3	63	1.23
7615556--7615607	21	2.5	22	87	9	74	30	1	3	63	1.23
7616232--7616290	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
7622058--7622341	88	3.2	88	88	1	428	23	20	25	30	1.98
7622464--7622963	44	11.5	44	63	13	165	20	22	20	36	1.95
7622514--7623100	43	13.5	43	65	12	187	22	21	20	35	1.96
7622344--7623102	87	8.7	87	88	0	1004	22	22	20	34	1.97
7622935--7623065	44	3.0	43	72	12	133	24	20	18	36	1.95
7623167--7623295	66	2.0	66	95	0	231	36	10	20	32	1.87
7631535--7631559	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
7639547--7639600	28	1.9	28	88	0	81	48	27	0	24	1.52
7639831--7639925	44	2.2	44	86	0	127	24	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7643410--7643467	25	2.4	25	94	2	100	34	13	27	24	1.93
7644153--7644194	20	2.0	22	86	9	61	33	2	4	59	1.31
7644217--7644284	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
7644172--7644340	59	2.7	62	85	9	206	41	1	2	54	1.24
7644518--7644569	16	3.2	16	76	10	52	28	21	5	44	1.75
7645613--7645646	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
7650492--7650526	5	7.0	5	86	0	52	14	0	5	80	0.89
7650495--7650523	10	2.9	10	100	0	58	10	0	6	82	0.83
7651613--7651690	38	2.0	39	85	2	104	66	10	1	21	1.29
7651713--7651757	23	2.0	23	86	0	63	64	0	2	33	1.06
7653400--7653442	14	2.9	14	86	10	50	67	0	2	30	1.03
7653412--7653458	22	2.1	22	88	0	67	68	0	4	27	1.08
7679012--7679096	33	2.6	33	76	10	93	29	18	28	23	1.98
7679152--7679262	45	2.5	45	83	0	141	36	17	25	21	1.95
7679237--7679402	46	3.6	46	95	0	296	39	10	24	25	1.87
7679327--7679398	21	3.2	21	64	21	56	37	9	26	26	1.87
7679902--7680078	46	3.9	45	83	5	205	19	22	14	44	1.86
7683813--7683880	28	2.5	26	75	11	66	27	16	7	48	1.72
7683801--7683915	60	1.9	59	82	5	142	26	19	9	45	1.80
7684485--7684545	27	2.3	26	85	5	77	54	8	11	26	1.64
7684607--7684650	22	2.0	22	86	0	61	59	6	6	27	1.49
7687047--7687084	19	2.1	19	90	5	60	55	7	0	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7687574--7687612	12	3.2	12	92	0	60	2	17	0	79	0.84
7689096--7689140	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
7690223--7690269	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
7697066--7697096	6	5.2	6	92	0	53	64	0	0	35	0.94
7697022--7697076	25	2.2	26	83	3	67	40	1	3	54	1.28
7697059--7697096	12	3.2	12	88	0	58	60	2	0	36	1.11
7700246--7700367	40	3.0	40	84	4	165	23	18	22	36	1.95
7709778--7709821	17	2.6	17	92	7	72	52	9	9	29	1.64
7709841--7709874	17	1.9	18	88	5	52	55	11	11	20	1.67
7710521--7710554	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344