genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60533775--60533862	45	2.0	45	93	0	149	39	12	14	32	1.84
60533940--60533971	16	2.0	16	93	0	55	53	18	15	12	1.73
60534266--60534306	21	2.0	21	95	0	73	9	12	36	41	1.76
60534423--60534494	36	2.0	36	97	0	135	30	4	48	16	1.65
60537416--60537577	41	3.9	41	76	15	163	22	21	27	27	1.99
60561203--60561245	18	2.4	18	84	0	50	60	2	4	32	1.30
60562103--60562217	29	4.0	29	86	1	151	30	28	15	25	1.96
60571220--60571320	27	3.8	26	89	6	148	16	24	20	37	1.93
60577554--60577582	14	2.1	14	100	0	58	48	6	13	31	1.69
60594636--60594747	27	4.2	26	79	7	116	16	23	22	38	1.93
60594639--60594745	54	2.0	54	88	3	162	16	23	20	39	1.92
60596667--60596777	27	4.1	26	76	7	105	40	20	20	18	1.91
60596669--60596775	54	2.0	54	83	7	137	41	18	21	18	1.91
60597194--60597223	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
60599588--60599653	27	2.4	28	85	7	82	36	24	21	18	1.95
60607329--60607360	11	2.8	12	90	9	50	0	12	0	87	0.54
60607323--60607362	16	2.4	17	91	8	73	0	17	0	82	0.67
60608616--60608703	27	3.3	27	81	10	108	18	22	19	39	1.92
60611654--60611715	24	2.5	25	76	10	65	53	4	6	35	1.48
60611700--60611724	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
60611948--60611976	10	3.0	10	95	5	51	62	0	0	37	0.96
60613831--60614074	43	5.6	43	73	6	179	20	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60613827--60614132	130	2.3	130	90	1	477	21	19	21	37	1.95
60615376--60615414	15	2.6	14	84	8	51	0	15	0	84	0.62
60615376--60615417	20	2.0	21	90	4	68	0	14	0	85	0.59
60623656--60623691	16	2.2	16	90	0	54	11	5	5	77	1.10
60624049--60624161	53	2.1	53	86	0	154	44	12	8	34	1.73
60626411--60626457	21	2.2	21	81	11	51	29	48	4	17	1.65
60628190--60628297	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
60629942--60630006	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
60630458--60630500	22	2.0	22	86	9	61	34	2	6	55	1.39
60630556--60630587	14	2.3	14	94	0	55	25	12	6	56	1.59
60642291--60642325	7	4.9	7	96	3	61	85	0	14	0	0.59
60645354--60645476	22	5.3	22	63	24	65	32	13	28	26	1.93
60645450--60645525	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
60645329--60645561	47	5.0	47	93	0	385	32	12	29	25	1.93
60645724--60645868	37	3.9	37	89	0	218	22	18	33	25	1.97
60647204--60647852	88	7.4	85	82	8	614	28	17	18	35	1.93
60647292--60647852	170	3.2	170	82	8	664	28	16	18	35	1.93
60647932--60647963	13	2.5	13	94	0	55	21	6	9	62	1.47
60649740--60649773	15	2.3	15	90	5	52	29	5	0	64	1.17
60649782--60649819	3	12.3	3	94	5	67	34	0	0	65	0.93
60650329--60650360	14	2.3	14	94	0	55	25	12	6	56	1.59
60652034--60652078	20	2.3	19	81	7	54	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60652219--60652291	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
60655270--60655325	27	2.1	27	82	0	67	60	3	1	33	1.24
60657556--60657629	37	2.0	37	100	0	148	45	8	16	29	1.76
60671208--60671249	19	2.2	20	83	12	52	66	4	2	26	1.23
60671332--60671377	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
60673061--60673305	84	2.9	84	92	3	399	26	20	18	34	1.96
60673061--60673305	83	2.9	83	92	2	402	26	20	18	34	1.96
60673229--60673461	119	2.0	119	85	3	317	29	18	18	33	1.95
60685550--60685595	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
60686967--60687027	21	2.9	21	76	13	63	63	1	3	31	1.20
60687146--60687192	17	2.8	16	81	9	58	70	2	0	27	0.99
60687143--60687189	18	2.7	18	87	9	62	65	2	0	31	1.04
60693228--60693306	19	4.2	19	90	9	126	37	8	16	36	1.80
60693218--60693309	36	2.6	34	82	14	116	36	9	15	38	1.80
60693228--60693323	19	4.9	20	83	11	94	35	9	17	37	1.82
60697702--60698014	47	6.6	47	93	2	509	32	8	30	28	1.87
60697702--60698014	96	3.3	96	93	2	526	32	8	30	28	1.87
60697702--60698014	143	2.2	141	92	2	509	32	8	30	28	1.87
60703161--60703229	10	6.5	10	78	15	68	85	0	11	2	0.70
60703163--60703220	8	6.9	8	80	7	62	84	0	12	3	0.74
60704172--60705334	205	5.7	205	92	0	1879	31	18	21	28	1.97
60705191--60705678	261	1.9	261	86	1	701	32	16	23	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60705963--60706023	19	3.3	19	93	6	108	37	8	16	37	1.78
60710083--60710338	55	4.8	54	78	9	235	35	17	25	22	1.95
60710091--60710291	108	1.8	110	85	4	282	33	16	25	23	1.96
60717666--60717920	53	4.8	53	78	9	220	34	17	25	22	1.95
60717674--60717873	108	1.8	109	84	5	271	33	17	26	24	1.96
60718115--60718145	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
60719741--60719786	18	2.7	18	93	6	78	47	0	4	47	1.21
60722255--60722519	89	3.0	89	88	2	379	24	19	11	44	1.83
60722255--60722521	45	6.0	45	87	1	349	24	19	11	44	1.83
60725046--60725085	17	2.3	18	83	12	57	47	0	10	42	1.37
60731057--60731109	27	2.0	27	92	0	88	41	18	11	28	1.85
60731993--60732453	226	2.0	226	93	0	778	35	18	11	35	1.86
60734274--60734443	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
60734221--60734443	80	2.8	79	82	3	241	24	21	28	25	1.99
60734296--60734478	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
60762332--60762360	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
60769990--60770063	29	2.6	29	84	4	87	28	14	31	25	1.95
60774867--60775600	47	15.5	47	95	2	1263	32	8	29	30	1.86
60774867--60775600	190	3.9	190	94	2	1280	32	8	29	30	1.86
60775719--60775797	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60779712--60780305	47	12.6	47	89	5	903	32	7	29	30	1.85
60779712--60780250	283	1.9	283	96	1	1010	32	7	29	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60781706--60781779	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60782088--60782363	40	6.9	40	82	3	263	24	22	27	25	2.00
60782088--60782364	120	2.3	121	81	4	301	24	22	27	24	2.00
60786788--60787104	47	6.7	47	93	2	485	33	8	29	28	1.86
60786835--60786913	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
60787223--60787301	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60791216--60792289	96	11.3	96	94	3	1849	32	8	29	29	1.87
60791216--60792289	47	22.6	47	94	2	1846	32	8	29	29	1.87
60796377--60796493	31	3.8	31	89	1	173	25	26	15	32	1.95
60796776--60796824	20	2.5	20	96	0	89	32	18	12	36	1.88
60803021--60803275	55	4.8	53	80	9	254	36	16	25	21	1.94
60803028--60803228	108	1.8	110	88	4	309	33	17	25	22	1.96
60807046--60807071	12	2.2	12	100	0	52	7	15	42	34	1.75
60812785--60812887	50	2.1	50	100	0	206	31	23	3	41	1.72
60814524--60814768	49	4.9	50	79	4	273	29	25	18	26	1.98
60814536--60814768	100	2.3	98	82	4	279	30	26	18	25	1.98
60833020--60833127	40	2.7	40	85	1	144	24	28	22	25	1.99
60833102--60833152	26	2.0	25	92	3	84	19	29	23	27	1.98
60833063--60833192	66	2.0	65	96	1	242	23	29	23	24	1.99
60833128--60833354	40	5.7	40	94	1	402	25	29	21	24	1.99
60833026--60833232	106	2.0	105	90	2	326	25	28	21	23	1.99
60834624--60834732	37	2.9	37	95	0	191	27	30	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60834879--60835000	48	2.5	48	94	0	208	29	28	8	33	1.86
60834983--60835100	47	2.5	47	92	0	200	26	29	12	31	1.93
60841737--60841806	30	2.4	30	82	2	88	25	17	20	37	1.94
60847395--60847514	60	2.0	60	95	3	215	37	13	20	28	1.91
60849812--60849854	22	2.0	22	95	0	77	25	16	23	34	1.95
60850026--60850060	17	2.1	17	100	0	70	28	0	17	54	1.43
60850021--60850066	17	2.5	19	82	17	69	28	2	13	56	1.48
60853128--60853161	17	1.9	18	88	5	52	11	23	41	23	1.87
60853671--60853814	27	5.3	27	88	0	207	34	20	19	25	1.96
60853950--60854049	27	3.8	27	81	4	114	20	23	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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