genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12728262--12728321	30	2.0	31	83	9	79	56	1	5	36	1.31
12739921--12739966	17	2.7	17	90	6	67	28	23	23	23	2.00
12740693--12740748	27	2.1	27	100	0	112	33	21	12	32	1.91
12743520--12743614	33	2.8	34	85	6	131	42	1	14	42	1.53
12743715--12744230	125	4.1	124	86	3	653	38	15	15	30	1.88
12743715--12744230	250	2.1	250	86	4	729	38	15	15	30	1.88
12746290--12746336	20	2.2	20	85	7	58	72	4	4	19	1.18
12746334--12746372	15	2.5	15	87	8	51	71	5	15	7	1.26
12747528--12747572	22	2.0	23	87	12	67	48	0	20	31	1.49
12749940--12749980	18	2.3	18	95	0	73	39	9	26	24	1.86
12763421--12763465	23	2.0	23	100	0	90	40	15	17	26	1.90
12770182--12770292	27	4.1	28	74	6	104	24	23	16	36	1.94
12772060--12772194	40	3.4	40	79	3	146	23	17	23	35	1.95
12772177--12772236	28	2.1	28	87	6	86	28	10	26	35	1.89
12779623--12779710	40	2.2	40	79	4	97	26	15	25	32	1.96
12781333--12781440	40	2.9	35	81	9	85	30	24	12	32	1.93
12781375--12781463	40	2.4	38	87	9	121	29	23	11	35	1.90
12784843--12784889	21	2.3	21	82	10	53	48	2	4	44	1.34
12787091--12787118	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
12787159--12787201	17	2.4	18	77	14	54	39	6	0	53	1.28
12788865--12788897	17	1.9	17	100	0	66	30	3	6	60	1.36
12788894--12788927	15	2.3	15	85	5	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12794292--12794362	6	11.8	6	98	0	133	47	0	33	18	1.49
12803351--12803375	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
12803916--12804046	44	3.0	43	72	15	97	45	3	3	48	1.33
12806472--12806525	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
12806515--12806542	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
12808696--12808825	23	5.5	23	74	11	111	14	24	25	35	1.94
12808690--12808856	71	2.3	71	80	5	176	16	24	22	36	1.94
12813602--12813640	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
12813739--12813816	38	2.0	37	82	9	93	61	1	7	29	1.32
12815450--12815659	44	4.8	43	70	6	134	20	21	22	35	1.96
12815450--12815911	86	5.3	87	81	6	251	19	23	22	35	1.96
12815685--12815918	42	5.5	42	70	13	181	20	23	22	34	1.97
12815669--12815911	86	2.8	86	91	1	380	18	25	21	34	1.96
12815725--12815877	44	3.5	43	71	14	134	18	26	22	33	1.96
12825150--12825188	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
12825287--12825364	38	2.0	37	82	9	93	61	1	7	29	1.32
12826745--12826870	49	2.7	45	70	17	121	31	18	15	34	1.92
12827002--12827164	44	3.7	44	78	5	159	17	22	23	36	1.94
12827005--12827459	86	5.2	86	82	6	395	18	21	22	36	1.95
12827049--12827459	44	9.5	42	71	10	258	18	21	22	37	1.94
12835337--12835433	43	2.3	43	78	3	106	29	13	24	31	1.93
12839157--12839192	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12839422--12839557	56	2.4	56	93	0	218	33	25	13	27	1.93
12840455--12840487	16	1.9	18	88	11	52	45	6	0	48	1.27
12853857--12853897	22	1.9	21	90	5	64	19	12	19	48	1.80
12856279--12856348	24	3.0	23	70	13	63	48	4	21	25	1.68
12859757--12859781	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
12861411--12861441	16	1.9	16	93	0	53	25	9	22	41	1.84
12862584--12862630	18	2.6	18	80	10	51	42	12	25	19	1.86
12864075--12864129	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
12866746--12866968	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	25	2.00
12866725--12866968	40	6.1	40	85	6	291	25	27	22	25	2.00
12883759--12883814	23	2.5	22	76	2	58	55	7	1	35	1.38
12885660--12886142	205	2.4	204	87	2	682	28	21	19	30	1.97
12898654--12898695	18	2.3	18	88	8	59	59	2	7	30	1.37
12899096--12899168	28	2.4	30	74	17	71	49	6	6	36	1.56
12899153--12899208	23	2.5	22	76	2	58	55	7	1	35	1.38
12899178--12899220	9	4.6	9	81	18	52	53	9	2	34	1.46
12902963--12903035	29	2.5	29	88	6	103	47	13	15	23	1.80
12903136--12903201	35	1.9	35	90	3	107	42	10	0	46	1.38
12904889--12904921	17	1.9	17	88	11	50	30	9	6	54	1.56
12906619--12906888	134	2.0	135	94	0	479	24	14	25	35	1.93
12915829--12915868	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
12915972--12916044	27	2.7	27	89	0	110	34	24	24	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12915930--12916044	54	2.1	54	83	3	142	36	22	23	17	1.95
12917662--12917771	26	4.2	26	94	2	168	36	23	4	35	1.76
12921479--12921516	16	2.4	16	95	0	67	36	13	7	42	1.73
12932784--12932837	11	5.0	11	86	4	65	27	5	50	16	1.68
12936880--12936976	18	5.4	18	83	0	122	37	12	17	32	1.87
12937508--12937540	11	3.0	11	95	0	57	27	9	48	15	1.74
12939335--12939433	33	3.2	33	61	24	77	37	4	6	52	1.45
12939328--12939457	61	2.1	62	95	2	235	36	4	6	52	1.47
12943266--12943291	11	2.4	11	100	0	52	69	0	0	30	0.89
12947435--12947563	15	8.9	14	72	17	70	24	6	2	65	1.29
12947435--12947542	29	3.8	28	73	22	82	25	7	2	64	1.33
12947435--12947589	23	7.0	23	69	23	86	26	7	1	63	1.32
12947532--12947574	21	2.1	21	82	4	52	27	6	0	65	1.18
12947688--12947747	25	2.5	23	75	21	61	31	8	1	58	1.38
12967768--12967793	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
12971601--12971730	61	2.1	62	95	2	235	52	6	4	36	1.47
12976187--12976233	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
12976204--12976243	19	2.0	21	90	9	66	35	17	10	37	1.83
12982126--12982167	20	2.1	20	100	0	84	38	4	21	35	1.75
12984219--12984291	36	2.0	36	94	0	128	23	9	19	47	1.78
12984230--12984306	36	2.1	36	85	0	100	23	14	18	44	1.86
12991198--12991243	12	3.5	13	80	14	51	65	2	0	32	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12991374--12991401	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
12993769--12993838	16	4.4	16	87	0	95	38	4	24	32	1.75
12994076--12994108	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
12994516--12994600	43	2.0	43	95	0	152	30	27	11	30	1.92
12998891--12999043	66	2.2	69	82	9	197	49	5	32	13	1.63
13001097--13001130	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
13001622--13001803	37	5.0	37	93	2	298	24	21	16	37	1.93
13001622--13001850	74	3.0	74	88	7	302	25	21	15	37	1.93
13001767--13002033	46	5.6	46	82	11	322	28	22	14	34	1.93
13001810--13002027	52	4.3	52	82	10	281	27	22	13	35	1.93
13001863--13002033	44	3.6	45	82	11	209	28	22	14	34	1.93
13001767--13002033	96	2.7	98	91	2	439	28	22	14	34	1.93
13005125--13005326	49	3.9	50	81	10	228	32	30	13	23	1.93
13005207--13005325	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
13005216--13005306	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
13007741--13007927	96	1.9	97	89	1	286	31	25	13	28	1.94
13008632--13008695	10	6.4	10	81	15	53	76	1	0	21	0.87
13008646--13008696	5	9.4	5	80	16	57	78	1	0	19	0.85
13008634--13008696	15	4.3	15	76	17	51	77	1	0	20	0.85
13011451--13011483	12	2.8	12	95	0	57	69	0	6	24	1.10
13011639--13011672	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
13012910--13012962	18	2.8	18	80	13	54	69	0	7	22	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13014681--13014706	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
13017962--13017994	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
13022283--13022335	18	2.9	18	80	0	61	39	16	9	33	1.81
13022472--13022580	48	2.3	48	85	0	137	37	26	16	19	1.93
13025755--13025802	25	2.0	24	91	4	78	18	8	8	64	1.46
13026140--13026191	26	2.0	26	100	0	104	30	11	30	26	1.92
13030332--13030376	22	2.0	22	83	8	56	51	0	2	46	1.13
13032390--13032416	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
13032398--13032509	51	2.2	53	83	6	140	41	18	18	20	1.90
13033574--13033630	24	2.3	25	84	9	80	21	22	5	50	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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