genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56472244--56472305	28	2.2	28	94	0	106	24	38	14	22	1.91
56474806--56475068	40	6.6	39	86	4	287	25	27	21	25	1.99
56474806--56475068	120	2.2	119	82	4	316	25	27	21	25	1.99
56475000--56475077	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
56482244--56482327	38	2.2	40	86	4	118	27	28	20	23	1.99
56482338--56482487	40	3.8	40	80	10	155	23	28	22	26	1.99
56488166--56488246	6	15.2	5	73	19	58	75	1	4	18	1.05
56488166--56488246	11	7.6	10	72	18	58	75	1	4	18	1.05
56488191--56488246	26	2.2	25	84	9	76	76	1	3	17	1.01
56488205--56488237	15	2.2	15	89	10	50	78	0	3	18	0.87
56488204--56488243	20	2.0	21	90	5	64	80	0	2	17	0.83
56494087--56494254	47	3.6	47	90	0	255	27	30	8	33	1.86
56494479--56494570	39	2.3	39	85	5	123	26	28	21	23	1.99
56494460--56494623	40	4.1	40	79	10	158	25	27	22	25	2.00
56498559--56498591	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
56503660--56503950	14	19.3	15	63	22	69	30	5	2	60	1.33
56503919--56503977	22	2.7	21	75	17	57	32	3	3	61	1.29
56506427--56506468	21	2.0	21	85	0	57	61	4	7	26	1.42
56523873--56523959	25	3.4	25	76	13	79	49	0	3	47	1.18
56523895--56523940	14	3.1	15	78	18	51	47	0	0	52	1.00
56525102--56525216	51	2.2	54	80	7	130	17	20	20	42	1.89
56526141--56526186	11	4.6	10	82	15	51	34	2	8	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56527166--56527204	5	7.8	5	88	0	60	38	0	25	35	1.56
56531949--56532034	43	2.0	43	88	0	127	24	22	27	25	1.99
56534785--56534851	28	2.4	28	84	2	80	22	31	13	32	1.92
56543245--56543328	43	2.0	43	85	0	114	20	19	29	30	1.97
56544582--56544665	28	3.0	28	87	1	114	19	20	39	21	1.93
56548422--56548551	49	2.6	50	86	3	174	26	30	16	26	1.97
56556143--56556408	94	2.8	91	76	7	250	25	28	18	27	1.98
56565108--56565149	17	2.5	17	92	0	66	30	2	19	47	1.62
56566301--56566328	9	3.1	9	100	0	56	10	0	32	57	1.33
56570016--56570158	52	2.7	52	79	6	148	42	3	11	41	1.58
56571700--56571778	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
56571897--56572387	47	10.4	47	95	0	811	29	29	8	32	1.87
56575926--56576121	40	4.9	41	80	6	190	25	26	21	26	2.00
56576428--56576501	29	2.6	29	87	8	98	24	33	16	25	1.95
56576483--56576585	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
56578448--56578526	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
56578645--56579131	47	10.4	47	94	0	807	29	29	8	32	1.87
56588495--56588668	46	3.8	45	80	11	201	28	29	20	21	1.98
56588503--56588671	93	1.8	92	92	3	286	27	29	21	21	1.98
56611568--56611811	122	2.0	122	98	0	470	38	11	16	33	1.86
56621539--56622270	366	2.0	366	99	0	1455	29	20	15	35	1.93
56626140--56626281	74	1.9	72	90	5	223	42	12	5	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56629640--56629965	49	6.6	49	73	16	219	27	19	28	23	1.98
56629456--56629965	50	10.6	49	74	13	350	27	19	29	23	1.98
56629456--56629965	99	5.3	99	80	8	488	27	19	29	23	1.98
56637429--56637513	22	3.9	22	78	4	91	42	16	22	18	1.89
56638007--56638222	81	2.7	78	85	7	263	30	13	19	35	1.91
56638008--56638223	27	8.0	27	81	4	211	31	13	19	35	1.91
56638012--56638230	54	4.1	54	89	2	289	30	13	21	34	1.92
56639125--56639149	10	2.5	10	100	0	50	48	32	20	0	1.50
56647284--56647317	18	1.9	17	94	5	59	23	5	5	64	1.38
56647284--56647321	18	2.3	17	86	13	53	26	5	5	63	1.37
56662692--56662727	18	2.0	18	94	0	63	58	0	8	33	1.28
56665492--56665529	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
56668220--56668262	22	2.0	22	95	0	77	44	25	16	13	1.85
56668328--56668413	27	3.2	27	73	6	84	39	18	20	20	1.93
56668783--56668871	27	3.3	27	85	0	115	31	12	19	37	1.88
56668891--56669050	27	6.0	27	76	7	155	33	10	18	37	1.86
56668893--56669048	80	1.9	81	84	3	208	33	10	17	37	1.85
56668838--56669049	54	3.9	54	82	4	196	33	9	17	38	1.83
56668875--56669054	80	2.2	79	80	5	200	34	10	18	37	1.84
56680729--56680804	29	2.6	30	82	2	100	38	9	30	22	1.85
56680794--56680863	29	2.4	30	90	2	106	34	11	30	24	1.90
56680850--56680921	30	2.4	30	83	0	81	43	11	26	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56681289--56681322	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
56682612--56682829	40	5.5	40	92	1	341	22	22	27	27	2.00
56690054--56690128	28	2.7	28	87	0	105	36	13	22	28	1.92
56728919--56729064	29	5.1	28	75	6	116	26	14	31	27	1.95
56736712--56736862	29	5.4	28	76	3	126	27	13	31	27	1.94
56742248--56742285	20	1.9	20	84	10	51	65	0	7	26	1.19
56742229--56742297	25	2.5	28	77	11	72	59	2	5	31	1.36
56768754--56768785	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
56768996--56769577	50	11.5	50	77	6	519	31	25	15	26	1.96
56769097--56769579	101	4.8	101	80	3	528	32	26	15	25	1.96
56769097--56769577	203	2.4	202	89	3	702	32	26	15	25	1.95
56769932--56769978	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
56789929--56789961	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
56791853--56792005	28	5.5	28	96	0	263	33	28	12	26	1.92
56791853--56792030	56	3.2	55	90	3	266	33	28	12	25	1.92
56797874--56798117	40	6.1	40	89	1	357	24	20	25	29	1.99
56801116--56801162	6	7.8	6	87	0	67	14	6	0	78	0.93
56801117--56801182	24	2.7	25	81	13	75	18	6	0	75	1.00
56804084--56804116	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
56807646--56807672	14	1.9	14	100	0	54	37	7	37	18	1.79
56808116--56808288	46	3.7	46	74	10	181	23	20	26	30	1.99
56808113--56808283	93	1.8	93	91	0	279	22	21	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56815353--56815416	28	2.3	28	88	0	92	18	15	37	28	1.92
56815733--56815991	27	9.7	27	81	6	285	38	17	10	33	1.83
56815733--56815991	53	4.8	54	80	5	276	38	17	10	33	1.83
56815733--56815991	80	3.2	80	85	2	342	38	17	10	33	1.83
56815969--56816058	27	3.3	28	75	4	85	38	15	15	30	1.89
56823254--56823306	26	2.0	26	100	0	106	32	22	18	26	1.97
56823286--56823439	56	2.8	56	83	0	200	35	24	14	25	1.93
56827746--56827844	40	2.5	40	83	6	112	28	23	25	23	2.00
56829195--56829372	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
56831172--56831303	40	3.3	40	91	2	212	24	20	28	27	1.99
56839064--56839322	120	2.2	120	80	8	280	27	21	26	25	1.99
56839064--56839289	40	5.7	40	88	6	282	26	22	26	25	2.00
56849819--56849893	38	2.0	38	97	0	141	29	21	13	36	1.91
56851348--56851398	24	2.1	24	100	0	102	33	13	23	29	1.93
56855866--56855923	26	2.2	26	84	9	73	55	3	8	32	1.47
56857143--56857186	22	2.0	22	86	0	61	52	9	4	34	1.54
56859829--56859858	12	2.5	12	100	0	60	40	0	10	50	1.36
56867058--56867110	26	2.0	26	89	7	81	32	7	3	56	1.45
56879977--56880726	137	5.5	137	91	0	1180	33	19	19	27	1.96
56880007--56880630	45	13.7	45	67	13	247	33	19	19	27	1.96
56880668--56880788	62	2.0	62	88	0	179	33	22	23	20	1.97
56880531--56880912	199	1.9	199	86	0	539	33	20	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56882553--56882605	26	2.0	26	89	7	81	32	7	3	56	1.45
56884783--56884807	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
56889175--56889202	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
56890834--56890884	24	2.1	25	92	3	86	49	3	1	45	1.32
56891163--56891199	19	1.9	19	88	0	56	45	13	0	40	1.43
56892956--56893022	28	2.4	28	87	0	98	11	40	22	25	1.88
56894013--56894181	46	3.7	43	77	12	133	23	29	20	26	1.99
56895452--56895520	31	2.2	31	87	10	97	44	4	18	31	1.69
56904237--56904341	43	2.5	43	80	1	122	27	18	25	28	1.98
56904889--56904946	24	2.4	23	91	8	98	20	8	32	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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