genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78115420--78115460	7	5.9	7	81	18	50	0	24	0	75	0.80
78135838--78136006	43	3.9	43	78	3	178	24	15	28	31	1.96
78143281--78143437	43	3.7	42	76	16	155	29	26	17	27	1.97
78143960--78144011	28	1.9	26	84	7	68	25	17	5	51	1.67
78144178--78144212	18	2.0	18	94	5	63	62	11	2	22	1.41
78149360--78149514	31	5.0	31	90	1	240	30	24	16	28	1.96
78149529--78149620	42	2.2	42	92	0	148	33	21	14	30	1.93
78150712--78150797	27	3.1	27	77	14	86	33	10	16	39	1.83
78150802--78151202	27	14.9	27	80	2	180	35	8	20	34	1.84
78150866--78151047	81	2.2	81	80	3	222	40	8	23	28	1.83
78150865--78151047	54	3.4	54	85	1	251	40	8	23	27	1.83
78153388--78153541	31	5.0	31	88	3	231	31	24	16	27	1.96
78153556--78153647	42	2.2	42	92	0	148	33	21	14	30	1.93
78154622--78154699	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
78154740--78154864	27	4.6	27	74	15	96	34	9	16	39	1.82
78154831--78154900	27	2.6	27	86	4	88	25	8	21	44	1.80
78154893--78155076	27	6.9	27	83	5	221	38	8	23	29	1.85
78154893--78155076	81	2.3	81	87	2	255	38	8	23	29	1.85
78155065--78155251	27	7.0	27	77	3	144	32	9	18	39	1.82
78155066--78155227	53	3.0	53	76	4	157	32	9	18	38	1.84
78157115--78157272	43	3.7	43	74	10	153	24	17	25	32	1.96
78158499--78158530	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78160983--78161040	25	2.3	25	82	11	66	65	1	10	22	1.32
78168524--78168648	56	2.2	56	81	5	146	25	18	27	28	1.98
78171910--78171949	20	2.0	20	85	5	53	40	0	15	45	1.46
78174814--78174962	43	3.5	43	80	1	156	27	18	29	24	1.98
78174955--78175057	40	2.5	40	82	1	98	28	18	27	26	1.98
78174967--78175057	40	2.2	40	86	1	119	25	18	27	28	1.98
78179712--78179854	43	3.3	42	83	3	160	30	19	26	23	1.98
78180392--78180424	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
78184046--78184263	40	5.5	40	87	4	284	26	28	22	22	1.99
78192275--78192492	40	5.5	40	87	4	275	26	29	22	22	1.99
78206593--78207052	47	9.7	47	93	1	760	32	8	29	29	1.87
78206614--78207052	237	1.9	237	94	0	770	32	8	29	29	1.87
78207171--78207286	37	3.1	37	94	0	196	22	18	32	25	1.97
78208549--78208650	42	2.4	43	96	1	188	23	15	35	25	1.94
78208632--78208703	29	2.5	29	88	4	101	26	15	31	26	1.95
78209053--78209238	40	4.7	40	86	7	243	26	21	26	25	2.00
78211690--78211912	47	4.7	47	91	1	331	32	8	30	27	1.88
78211737--78211815	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
78212031--78212146	37	3.1	37	93	0	187	23	18	31	25	1.97
78213483--78213541	30	2.0	31	86	6	86	44	5	18	32	1.72
78225124--78225194	29	2.5	29	79	2	72	28	25	15	30	1.96
78225408--78225438	16	1.9	16	93	0	53	9	19	22	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78229219--78229521	40	7.6	40	88	2	378	27	28	20	24	1.99
78237183--78237483	40	7.7	40	88	5	339	25	27	20	25	1.99
78242336--78242487	55	2.8	55	90	0	232	30	28	13	27	1.94
78242336--78242487	27	5.6	27	91	3	223	30	28	13	27	1.94
78258580--78258882	40	7.6	40	88	2	378	27	28	20	24	1.99
78260729--78260863	43	3.2	43	74	14	127	28	22	17	30	1.97
78261844--78261942	42	2.3	43	84	8	132	25	18	27	29	1.98
78261783--78261954	43	4.0	42	77	10	177	23	16	27	31	1.96
78262726--78262764	19	2.1	19	85	9	53	38	0	17	43	1.50
78269135--78269249	43	2.7	43	90	2	169	31	27	18	22	1.97
78273929--78274014	44	1.9	45	90	2	138	44	24	9	22	1.82
78278040--78278096	27	2.1	27	100	0	114	52	19	3	24	1.61
78281234--78281401	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
78281269--78281454	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
78281271--78281454	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
78303651--78303722	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
78304489--78304515	8	3.4	8	100	0	54	55	22	22	0	1.44
78304489--78304524	16	2.2	16	90	0	54	55	22	19	2	1.56
78309240--78309303	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
78309511--78309662	24	6.4	24	93	3	245	28	21	21	28	1.98
78309511--78309663	71	2.1	71	93	1	261	28	21	21	28	1.99
78309511--78309662	47	3.2	48	91	3	245	28	21	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78309720--78309776	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
78309708--78309778	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
78309713--78309767	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
78311021--78311098	27	2.9	26	81	14	95	23	21	21	33	1.97
78311139--78311190	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
78311227--78311367	54	2.6	54	84	4	185	31	8	20	39	1.83
78311147--78311421	27	10.1	27	78	7	155	34	8	18	38	1.82
78311116--78311367	81	3.1	79	71	10	186	32	9	19	38	1.84
78311317--78311542	54	4.2	54	84	1	211	39	9	21	29	1.84
78311319--78311549	81	2.9	81	81	2	205	40	9	20	29	1.84
78311345--78311556	27	7.9	27	86	5	259	40	8	23	27	1.84
78311345--78311549	54	3.8	54	88	1	295	40	9	21	28	1.84
78311562--78311650	27	3.3	27	84	6	101	33	10	16	39	1.83
78311581--78311659	26	2.9	27	85	9	99	34	10	16	39	1.82
78313380--78313458	31	2.5	31	95	0	149	22	26	18	31	1.97
78313675--78313771	26	3.8	26	90	1	135	26	22	23	26	2.00
78313819--78313857	11	3.7	11	80	13	55	30	17	12	38	1.88
78315161--78315185	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
78322096--78322179	25	3.4	25	79	12	77	28	21	20	29	1.98
78322227--78322274	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
78338325--78338367	13	3.3	13	96	0	77	55	16	4	23	1.59
78339947--78339987	5	8.4	5	97	2	75	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78340882--78340954	32	2.2	33	82	4	85	54	4	6	34	1.46
78342341--78342391	21	2.4	21	93	0	84	33	52	9	3	1.53
78343830--78344271	221	2.0	221	95	0	785	36	29	9	24	1.88
78348105--78348150	13	3.5	13	77	16	58	60	4	2	32	1.28
78348105--78348157	16	3.6	16	71	23	62	62	3	1	32	1.24
78348105--78348165	21	2.9	20	76	9	59	63	3	3	29	1.26
78348107--78348172	27	2.6	27	85	7	75	65	4	3	27	1.27
78358130--78358224	47	2.0	47	100	0	190	35	16	14	32	1.90
78359117--78359175	25	2.4	25	97	2	111	27	16	5	50	1.66
78367253--78367294	18	2.2	19	84	16	52	59	4	4	30	1.39
78370862--78370909	5	9.6	5	91	8	80	60	0	0	39	0.97
78372461--78372506	22	2.1	22	100	0	92	43	0	23	32	1.54
78372963--78373231	48	5.6	48	74	7	199	28	16	28	26	1.97
78372960--78373232	96	2.8	95	74	7	248	28	17	28	26	1.97
78380990--78381027	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
78381004--78381028	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
78381053--78381105	6	8.5	6	87	8	61	75	7	0	16	1.02
78381125--78381192	9	7.6	9	86	0	91	23	8	23	44	1.81
78381125--78381193	36	1.9	36	90	0	111	23	8	23	44	1.80
78382085--78382176	5	18.4	5	91	8	152	59	0	0	40	0.97
78397794--78397818	12	2.1	12	100	0	50	24	0	68	8	1.16
78400036--78400075	21	2.0	20	85	5	53	17	2	20	60	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78402299--78402346	24	2.0	24	100	0	96	29	8	25	37	1.85
78409331--78409534	40	5.1	40	80	5	209	24	27	25	22	1.99
78410851--78410886	10	3.7	10	85	7	56	2	16	0	80	0.83
78417514--78417742	40	5.7	40	78	8	234	24	26	24	24	2.00
78417514--78417699	79	2.3	81	85	2	241	24	26	25	23	2.00
78417514--78417738	120	1.9	120	81	5	276	24	27	24	23	2.00
78419061--78419097	10	3.7	10	92	0	65	0	18	0	81	0.70
78419068--78419097	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
78439308--78439387	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
78439506--78440087	47	12.4	47	94	0	959	26	31	10	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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