genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22374533--22374581	11	4.6	11	80	10	57	8	14	6	71	1.29
22374532--22374581	20	2.4	21	83	10	66	8	14	6	72	1.27
22374542--22374584	19	2.2	20	83	4	52	6	11	9	72	1.29
22385997--22386049	13	4.1	13	78	9	63	35	24	7	32	1.84
22391796--22391835	19	2.1	19	85	4	53	37	2	5	55	1.35
22392528--22392565	5	7.8	5	83	16	53	42	0	0	57	0.98
22395604--22395640	12	3.1	13	81	18	53	43	0	0	56	0.99
22406550--22406613	22	2.8	22	90	7	92	46	10	3	39	1.55
22408280--22408326	19	2.5	19	77	16	62	46	0	0	53	1.00
22409015--22409110	10	9.9	10	69	18	60	33	3	2	61	1.23
22409009--22409101	9	9.9	9	71	21	66	33	3	2	61	1.24
22409050--22409101	19	2.9	17	81	13	52	32	1	1	63	1.16
22409173--22409206	10	3.5	10	96	4	61	44	0	5	50	1.26
22414060--22414104	23	2.0	23	95	0	81	46	20	0	33	1.51
22414062--22414115	13	4.4	13	81	13	69	48	16	0	35	1.47
22414676--22414702	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
22421070--22421197	55	2.3	55	81	2	141	23	27	30	18	1.98
22425703--22425883	96	1.9	96	87	0	263	37	17	32	13	1.89
22436354--22436380	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
22436481--22436524	13	3.6	13	76	17	58	50	13	0	36	1.42
22436482--22436533	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
22441513--22441616	42	2.5	42	75	0	100	45	20	21	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22441585--22441634	21	2.4	21	80	6	57	52	16	12	20	1.75
22467028--22467134	52	2.1	52	96	0	196	56	13	0	30	1.38
22477165--22477201	19	1.9	19	100	0	74	43	27	18	10	1.83
22478320--22478420	39	2.6	39	88	0	148	37	22	25	13	1.92
22478433--22478480	20	2.3	20	85	3	60	45	18	14	20	1.85
22482839--22482920	36	2.3	36	82	4	94	43	19	6	30	1.75
22482916--22482953	17	2.2	18	85	4	51	50	15	7	26	1.72
22484757--22484823	32	2.1	31	83	8	82	37	7	0	55	1.28
22495318--22495356	19	2.1	19	90	0	60	7	7	0	84	0.77
22495323--22495357	15	2.4	14	86	9	52	2	8	0	88	0.61
22496371--22496419	5	9.4	5	83	16	64	79	4	0	16	0.88
22498012--22498040	13	2.1	14	93	6	51	72	0	3	24	1.00
22501134--22501221	40	2.3	38	84	7	122	35	36	11	17	1.85
22501144--22501221	40	2.0	40	92	0	129	34	35	11	17	1.86
22504260--22504310	18	2.8	18	82	5	68	76	7	1	13	1.09
22504512--22504570	29	2.1	29	93	3	102	35	5	16	42	1.71
22508194--22508262	34	2.0	34	100	0	138	23	11	13	52	1.72
22508734--22508788	26	2.1	26	86	10	76	58	0	7	34	1.26
22508745--22508783	18	2.2	18	86	4	53	64	0	7	28	1.21
22508850--22508897	18	2.6	19	83	6	62	62	0	2	35	1.07
22509016--22509128	56	1.9	56	82	12	138	36	6	4	53	1.46
22509058--22509159	27	3.7	26	72	13	71	40	5	0	52	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22512381--22512684	56	5.4	56	92	0	502	33	23	13	28	1.93
22512381--22512684	111	2.7	112	93	0	520	33	23	13	28	1.93
22513516--22513549	16	2.1	17	88	5	52	8	11	0	79	0.94
22514525--22514553	5	5.8	5	100	0	58	82	17	0	0	0.66
22523757--22523860	42	2.5	42	85	7	131	29	24	19	26	1.98
22523748--22523911	43	3.8	42	75	12	136	32	26	17	24	1.96
22525649--22525697	25	2.0	25	87	0	71	34	0	20	44	1.52
22531580--22531617	20	1.9	20	84	10	51	39	7	0	52	1.31
22532046--22532103	30	1.9	30	86	6	82	36	13	10	39	1.79
22540000--22540065	25	2.6	25	87	0	96	19	12	9	59	1.59
22540850--22540900	18	2.9	18	82	8	52	25	1	21	50	1.59
22541191--22541242	15	3.4	15	76	5	50	44	0	3	51	1.19
22542565--22542650	39	2.2	40	85	4	111	41	2	5	50	1.39
22544547--22544671	63	2.0	63	100	0	250	38	8	16	37	1.78
22545028--22545210	92	2.0	92	93	0	312	32	18	10	38	1.85
22554129--22554161	2	16.5	2	93	0	57	0	48	3	48	1.17
22555687--22555733	17	2.8	16	87	12	67	31	0	0	68	0.90
22562048--22562080	16	1.9	18	88	11	52	57	0	9	33	1.30
22574458--22574603	67	2.3	63	87	4	202	28	10	13	47	1.76
22577587--22577760	46	3.8	46	78	13	176	22	19	28	29	1.98
22577581--22577752	93	1.8	93	89	0	272	22	20	29	28	1.98
22580051--22580090	18	2.1	18	86	9	53	40	17	0	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22582360--22582526	54	3.1	54	59	16	119	40	13	5	39	1.69
22582329--22582544	108	2.0	108	100	0	432	39	12	5	42	1.65
22583937--22584001	22	3.0	22	79	4	78	41	13	23	21	1.89
22585468--22585660	69	2.8	69	87	4	264	36	21	14	26	1.92
22585468--22585659	103	1.9	104	88	1	296	36	21	14	27	1.93
22585468--22585661	34	5.6	34	90	1	262	36	21	14	27	1.92
22585503--22585680	34	5.2	34	88	4	151	34	21	15	28	1.94
22589278--22589312	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
22589275--22589313	16	2.4	17	83	12	55	51	0	0	48	1.00
22596912--22597149	34	6.7	35	69	15	109	32	21	23	22	1.98
22596911--22597192	143	2.0	144	82	8	344	32	21	22	23	1.98
22600454--22600505	26	2.0	25	85	14	70	38	3	26	30	1.74
22610410--22610529	23	5.3	23	92	2	181	31	26	21	20	1.98
22612332--22612390	5	11.8	5	100	0	118	59	0	0	40	0.97
22612508--22612560	15	3.4	15	84	5	70	54	0	0	45	0.99
22612514--22612558	5	8.8	5	86	13	65	60	0	0	40	0.97
22612508--22612591	23	3.6	24	79	16	81	53	2	1	42	1.21
22614686--22614793	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
22616415--22616582	27	6.2	27	84	8	184	18	23	23	34	1.96
22616415--22616582	81	2.1	81	84	8	218	18	23	23	34	1.96
22616415--22616600	54	3.5	53	86	7	234	19	24	22	34	1.96
22616547--22616597	27	2.0	24	92	7	75	23	21	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22618982--22619016	17	2.1	17	100	0	70	34	0	22	42	1.54
22625420--22625479	18	3.4	18	80	15	65	61	0	3	35	1.12
22626803--22627060	129	2.0	129	100	0	516	24	24	13	37	1.92
22627341--22627388	18	2.5	20	80	19	57	31	2	0	66	1.03
22628171--22628249	39	2.0	39	92	0	131	37	27	6	27	1.81
22629158--22629188	15	2.1	15	94	5	55	48	0	19	32	1.49
22629139--22629203	13	4.9	13	75	17	62	38	6	15	40	1.72
22631202--22631280	40	2.0	40	89	0	122	15	15	32	36	1.88
22638479--22638554	40	1.9	40	94	0	134	13	11	36	38	1.81
22646575--22646714	27	5.2	28	88	5	166	35	20	25	19	1.96
22646575--22646714	54	2.6	54	88	2	183	35	20	25	19	1.96
22650605--22650744	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
22652357--22652414	26	2.2	26	90	6	91	36	24	3	36	1.72
22653757--22653963	46	4.5	46	76	8	172	25	28	18	28	1.98
22653696--22653973	94	3.0	92	72	15	255	25	27	19	28	1.98
22668534--22668629	49	2.0	49	93	0	165	12	16	23	46	1.81
22670737--22671017	48	5.9	48	74	12	215	25	29	16	28	1.96
22670741--22671057	46	6.8	46	72	17	194	24	29	17	28	1.97
22670742--22671055	94	3.3	94	73	13	265	25	28	16	28	1.97
22680429--22680475	19	2.5	19	96	0	85	31	6	21	40	1.78
22680734--22680758	10	2.5	10	100	0	50	48	20	0	32	1.50
22681104--22681135	11	2.8	11	95	4	55	43	21	0	34	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22683460--22683573	37	3.1	37	87	0	147	42	28	11	18	1.85
22688566--22688611	21	2.2	21	88	7	67	17	39	23	19	1.92
22689431--22689461	5	6.2	5	100	0	62	58	22	0	19	1.40
22700951--22701070	57	2.1	57	92	0	195	43	12	7	36	1.71
22704070--22704155	43	2.0	43	88	0	127	20	24	17	37	1.94
22704370--22704461	38	2.4	39	85	5	114	35	21	20	21	1.96
22704474--22704652	90	2.0	92	97	2	344	37	20	16	25	1.93
22704606--22704747	40	3.6	39	77	11	121	29	19	19	31	1.96
22704902--22705054	22	7.1	21	70	11	69	21	1	30	47	1.59
22704963--22705054	15	6.4	15	83	7	120	19	0	34	45	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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