genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25699486--25699659	45	3.9	44	76	7	154	31	25	14	29	1.95
25700824--25700868	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
25706652--25706684	8	4.0	8	96	4	57	39	12	24	24	1.89
25709100--25709151	19	2.6	19	78	6	59	55	1	3	38	1.29
25709211--25709239	15	2.0	15	93	6	51	62	0	6	31	1.22
25710059--25710098	10	3.9	10	90	3	53	62	12	10	15	1.54
25710434--25710496	24	2.6	24	92	5	101	7	0	39	52	1.31
25711338--25711532	41	4.8	41	82	4	232	33	19	23	24	1.97
25711545--25711660	53	2.2	54	81	4	128	46	31	2	18	1.63
25711787--25711834	7	6.7	7	80	4	51	22	2	27	47	1.62
25711787--25711837	15	3.5	15	81	2	59	21	1	29	47	1.62
25712432--25712511	8	10.1	8	94	2	135	72	1	0	26	0.92
25712432--25712508	23	3.3	23	94	3	136	72	1	0	25	0.92
25715404--25715731	23	14.3	23	78	8	260	32	6	22	39	1.79
25715407--25715682	114	2.4	114	78	10	281	33	6	21	38	1.79
25716409--25716571	43	3.8	43	85	1	218	23	18	31	26	1.97
25716409--25716571	87	1.9	87	85	0	227	23	18	31	26	1.97
25719438--25719506	25	2.8	26	78	10	74	31	21	23	23	1.98
25719446--25719551	23	4.4	23	74	12	81	34	19	22	22	1.96
25719499--25719588	24	3.8	24	76	2	101	35	18	22	23	1.96
25719475--25719586	47	2.4	47	84	3	136	35	18	21	24	1.95
25722883--25722960	28	2.8	28	76	1	68	38	19	17	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25725598--25725726	46	2.9	44	84	7	147	24	29	22	24	1.99
25725724--25725881	38	4.1	38	90	1	217	31	24	20	23	1.98
25734212--25734351	27	5.2	27	84	1	174	27	23	7	40	1.82
25734212--25734351	53	2.6	53	86	1	190	27	23	7	40	1.82
25734195--25734371	80	2.2	79	79	4	203	31	22	8	37	1.84
25734350--25734509	27	5.9	27	81	5	189	40	20	10	29	1.85
25734511--25734596	27	3.1	27	80	14	95	40	15	9	34	1.79
25734637--25734708	26	2.8	25	78	18	67	38	22	18	20	1.93
25735522--25735588	25	2.7	25	92	0	107	28	26	22	22	1.99
25735522--25735598	25	3.1	25	88	1	93	32	23	19	24	1.97
25735875--25735929	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
25738036--25738099	26	2.4	27	86	2	85	26	23	7	42	1.81
25738131--25738254	27	4.6	27	77	7	110	41	22	8	28	1.82
25738131--25738311	54	3.3	55	80	7	149	40	19	8	30	1.81
25738211--25738317	27	3.9	27	76	13	101	41	17	8	32	1.80
25738358--25738435	27	2.9	26	75	11	77	38	21	19	20	1.94
25739228--25739297	25	2.8	25	95	0	122	25	25	24	24	2.00
25739228--25739342	25	4.5	24	80	9	106	29	21	23	25	1.99
25740489--25740517	15	1.9	15	100	0	58	13	0	31	55	1.39
25741069--25741225	86	1.8	85	85	6	219	24	17	25	33	1.96
25741069--25741233	43	3.8	43	78	7	174	23	16	26	33	1.96
25749389--25749423	17	2.1	17	94	0	61	20	8	0	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25749779--25749803	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
25751743--25751959	108	2.0	108	100	0	434	24	20	16	38	1.93
25757981--25758158	27	6.6	27	78	7	148	29	28	15	26	1.96
25758007--25758157	82	1.9	81	88	4	232	29	27	15	27	1.96
25760797--25760911	28	4.1	28	86	1	140	27	15	32	24	1.95
25763662--25763733	28	2.6	28	100	0	144	31	19	27	20	1.97
25764737--25764909	39	4.4	38	86	2	220	26	26	21	26	1.99
25770217--25770461	49	4.9	49	84	2	301	25	17	27	29	1.98
25777416--25777527	28	4.0	28	80	2	109	28	14	29	27	1.95
25782038--25782140	28	3.7	28	82	0	116	28	15	31	25	1.96
25782038--25782158	56	2.1	57	83	4	147	30	14	31	23	1.95
25782076--25782160	28	3.0	28	85	1	116	29	15	34	21	1.94
25784016--25784220	27	7.6	27	85	3	207	28	14	27	29	1.95
25799270--25799385	42	2.7	44	77	10	114	25	20	23	31	1.98
25802301--25802498	39	5.1	39	90	2	265	30	25	21	21	1.98
25816354--25816439	42	2.0	44	84	8	115	24	18	25	31	1.98
25822903--25823029	46	2.7	47	81	7	134	34	25	15	23	1.95
25823231--25823274	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
25830815--25830890	29	2.6	29	91	0	125	39	14	21	25	1.91
25848865--25848944	29	2.8	29	92	0	133	37	15	22	25	1.93
25857180--25857328	40	3.6	42	81	6	144	24	30	22	23	1.99
25857232--25857341	43	2.6	42	89	1	157	24	30	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25859263--25859292	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
25868548--25868582	6	5.8	6	90	10	54	17	0	0	82	0.66
25868548--25868582	11	2.9	12	87	12	54	17	0	0	82	0.66
25868549--25868582	17	1.9	18	94	5	61	17	0	0	82	0.67
25870543--25870591	20	2.5	20	86	0	62	24	16	38	20	1.92
25872262--25872304	20	2.2	19	87	4	59	20	16	34	27	1.94
25890610--25890777	46	3.6	46	77	9	187	25	29	18	26	1.98
25894364--25894769	47	8.8	45	66	19	137	27	19	30	22	1.98
25894419--25894766	47	7.5	46	72	12	216	27	19	30	22	1.98
25894375--25894769	94	4.3	95	83	9	406	26	19	30	22	1.98
25894500--25894766	85	3.0	87	82	11	294	27	19	30	22	1.98
25894596--25894775	97	1.9	97	88	6	276	27	22	29	21	1.99
25894601--25894766	49	3.4	47	74	7	165	27	21	29	21	1.99
25895517--25895633	55	2.1	54	81	6	137	23	26	26	23	2.00
25896320--25896344	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
25899660--25899837	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25899661--25899816	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25899657--25899837	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25907843--25908020	27	6.6	27	83	3	205	27	14	27	30	1.95
25907842--25907991	82	1.8	81	88	4	230	28	16	26	29	1.96
25907840--25908020	82	2.2	81	84	2	229	27	14	27	30	1.95
25909456--25909494	19	2.1	19	90	0	60	38	10	23	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25909518--25909594	21	3.5	20	68	16	55	20	14	25	38	1.91
25909523--25909613	45	2.0	45	91	4	148	24	14	23	38	1.91
25917292--25917324	10	3.4	10	83	8	50	36	3	27	33	1.72
25917362--25917447	45	1.9	45	90	0	136	24	12	23	39	1.89
25917602--25917670	27	2.6	27	83	0	84	39	20	14	26	1.91
25922330--25922363	17	1.9	17	88	5	50	11	29	44	14	1.81
25932906--25933193	41	7.0	41	83	0	315	20	29	15	35	1.93
25932907--25933193	123	2.3	124	86	2	391	20	29	15	34	1.93
25937306--25937365	13	4.5	14	75	21	58	18	6	13	61	1.53
25937306--25937346	13	2.9	15	89	10	61	17	7	14	60	1.55
25945401--25945441	13	2.9	15	82	10	52	17	4	14	63	1.47
25947478--25947531	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
25947495--25947570	26	2.8	27	82	4	82	27	11	22	38	1.89
25949017--25949124	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25952725--25952899	46	3.8	46	77	15	189	29	29	20	21	1.98
25952733--25952904	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
25958234--25958294	27	2.3	27	85	2	79	50	1	11	36	1.48
25958729--25958795	27	2.4	28	80	7	75	59	8	2	28	1.42
25960178--25960283	44	2.4	44	80	3	115	27	16	17	37	1.92
25960488--25960692	55	3.8	55	89	3	308	37	16	13	32	1.88
25960650--25961232	86	6.8	85	69	18	361	38	18	16	27	1.92
25960892--25961207	79	3.9	78	75	15	302	35	19	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25966514--25966592	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
25966711--25967133	47	8.8	47	90	5	650	29	29	8	32	1.87
25966762--25967133	198	1.9	198	99	0	735	30	29	8	32	1.87
25966711--25967133	151	2.9	141	88	7	650	29	29	8	32	1.87
25970366--25970543	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25970367--25970522	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25970363--25970543	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25978446--25978623	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25978447--25978602	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25978443--25978623	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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