Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  344  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111824117--111824385
46
5.6
46
83
11
299
35
14
21
28
1.93
111824117--111824385
98
2.7
98
92
0
448
35
14
21
28
1.93
111824349--111824494
37
4.0
37
91
1
233
36
16
22
24
1.94
111825749--111825892
49
2.9
49
92
1
225
23
13
29
32
1.94
111829017--111829285
46
5.6
46
83
11
299
35
14
21
28
1.93
111829017--111829285
98
2.7
98
92
0
448
35
14
21
28
1.93
111829249--111829394
37
4.0
37
91
1
233
36
16
22
24
1.94
111835346--111835410
10
6.6
10
74
8
53
69
1
0
29
0.98
111835346--111835410
30
2.2
29
89
8
96
69
1
0
29
0.98
111835686--111835724
19
2.2
19
86
9
55
56
5
0
38
1.22
111835783--111835833
21
2.7
20
80
14
63
33
0
3
62
1.13
111839067--111839164
42
2.3
42
92
0
160
45
14
13
26
1.81
111851341--111851375
14
2.4
14
95
4
61
34
8
0
57
1.29
111858981--111859009
14
2.0
15
93
6
51
79
6
13
0
0.93
111861263--111861287
9
2.8
9
100
0
50
8
0
0
92
0.40
111892010--111892109
50
2.0
50
94
0
173
30
8
17
45
1.77
111892093--111892219
50
2.5
52
85
5
177
17
8
11
62
1.53
111893716--111893821
51
2.1
51
98
0
203
48
13
7
31
1.70
111923067--111923093
11
2.5
11
100
0
54
62
7
7
22
1.46
111925014--111925068
21
2.6
21
91
0
74
12
20
21
45
1.84
111925014--111925062
21
2.3
21
96
0
89
14
22
20
42
1.88
111927985--111928084
47
2.1
47
87
5
141
34
7
25
34
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111929452--111929552
48
2.1
48
96
0
184
22
9
11
55
1.65
111952229--111952345
58
2.0
58
90
3
182
20
23
17
38
1.93
111952518--111952627
20
5.5
19
76
12
96
10
18
24
46
1.81
111952522--111952627
40
2.7
39
77
9
126
11
18
23
46
1.82
111952634--111952985
7
49.0
7
88
7
287
11
4
47
36
1.61
111952952--111953237
7
40.9
7
89
6
150
6
17
56
19
1.61
111952931--111953330
14
28.3
14
84
9
208
5
15
55
23
1.60
111952881--111953339
21
21.6
21
81
8
227
5
13
55
25
1.57
111953251--111953339
7
12.7
7
90
3
135
1
10
57
31
1.39
111952839--111953482
14
45.4
14
83
6
202
4
11
56
27
1.55
111953335--111953363
8
3.6
8
100
0
58
10
0
41
48
1.37
111953362--111953502
7
19.9
7
93
2
201
0
9
60
29
1.33
111953266--111953556
21
13.6
21
84
4
179
3
7
56
32
1.43
111953509--111961792
7
1163.7
7
93
5
14083
13
0
42
43
1.44
111953750--111953787
16
2.4
16
90
0
58
0
0
78
21
0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344

The End!