genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6739121--6739161	20	2.0	21	95	4	75	24	14	9	51	1.72
6743215--6743327	45	2.4	47	83	4	140	28	21	15	35	1.93
6746935--6746980	24	2.0	23	83	12	58	30	17	8	43	1.79
6773229--6773414	40	4.7	40	93	4	297	23	19	26	30	1.98
6773228--6773478	40	6.3	40	86	5	287	23	19	27	29	1.98
6777171--6777380	40	5.3	40	91	0	305	23	20	28	26	1.99
6777119--6777380	120	2.2	119	82	2	312	24	20	28	26	1.99
6784467--6784676	40	5.3	40	91	0	305	23	20	28	26	1.99
6791244--6791434	40	4.8	40	89	2	233	23	20	27	28	1.99
6791248--6791464	80	2.7	80	82	2	240	23	20	27	29	1.99
6799196--6799378	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
6799197--6799380	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	25	2.00
6799249--6799413	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
6805843--6805920	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
6806039--6806312	47	5.8	47	95	1	476	29	29	8	33	1.86
6806039--6806312	96	2.9	94	94	2	476	29	29	8	33	1.86
6806039--6806312	143	1.9	141	93	1	476	29	29	8	33	1.86
6812517--6812613	27	3.6	27	90	2	140	27	13	28	29	1.94
6812637--6812712	27	2.8	27	90	4	109	27	11	28	31	1.92
6812546--6812757	99	2.1	99	98	0	406	29	13	24	32	1.93
6814271--6814416	40	3.7	40	83	5	190	23	21	28	26	1.99
6814285--6814449	79	2.1	79	83	6	201	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6820881--6820958	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
6821077--6821397	47	6.8	47	96	1	579	29	29	8	33	1.86
6821077--6821397	143	2.3	141	96	1	579	29	29	8	33	1.86
6828016--6828394	48	7.9	48	78	3	361	25	27	19	27	1.99
6828016--6828377	96	3.8	96	81	4	435	24	28	19	27	1.99
6828015--6828394	144	2.7	141	79	7	417	25	27	19	27	1.98
6832549--6832611	23	3.0	20	88	9	83	31	0	0	68	0.90
6839991--6840173	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
6839992--6840175	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
6840044--6840208	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
6844151--6844404	54	4.8	52	78	8	205	37	15	24	22	1.93
6844159--6844357	107	1.8	109	85	2	285	36	15	24	23	1.94
6850796--6850833	16	2.4	16	95	0	67	31	26	10	31	1.90
6854856--6855009	42	3.6	42	83	5	195	29	16	23	30	1.96
6857446--6857630	40	4.7	40	80	6	198	25	27	22	24	2.00
6857446--6857630	79	2.3	80	79	8	198	25	27	22	24	2.00
6868286--6868323	16	2.4	16	95	0	67	31	26	10	31	1.90
6872336--6872488	42	3.6	42	83	6	195	29	16	23	30	1.96
6889194--6889400	54	3.8	53	80	6	213	23	23	16	35	1.95
6891667--6891791	65	1.9	67	86	4	184	59	2	11	27	1.44
6891803--6891832	3	9.7	3	92	7	51	66	0	3	30	1.07
6893715--6893760	23	1.9	25	91	8	78	80	6	2	10	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6893715--6893776	23	2.6	23	82	7	70	77	9	3	9	1.10
6901098--6901199	53	1.9	54	91	2	170	33	15	8	42	1.78
6919321--6919370	26	1.9	26	84	8	66	24	14	22	40	1.90
6920858--6920941	26	3.2	25	90	6	123	36	22	4	35	1.76
6925160--6925199	8	5.0	8	81	0	53	35	5	0	60	1.19
6925163--6925215	24	2.2	25	83	10	65	37	7	1	52	1.41
6926717--6926778	31	2.0	31	100	0	124	35	9	19	35	1.85
6929748--6929804	27	2.1	27	100	0	114	29	7	26	36	1.83
6932309--6932354	17	2.6	17	79	6	56	34	0	2	63	1.07
6933097--6933140	2	22.5	2	90	4	72	47	0	52	0	1.00
6933099--6933171	10	7.3	10	83	9	51	36	0	63	0	0.95
6933138--6933172	13	2.6	14	86	9	54	22	0	77	0	0.78
6937257--6937342	30	2.9	30	85	3	120	19	33	29	17	1.95
6939662--6939703	20	2.2	19	86	4	57	30	7	2	59	1.37
6939860--6939923	23	2.8	23	82	15	71	26	6	3	64	1.33
6941656--6941863	53	3.9	54	81	5	233	23	23	17	36	1.95
6943351--6943409	28	2.1	27	93	3	100	18	16	11	52	1.74
6949031--6949072	21	2.0	21	100	0	84	52	9	14	23	1.71
6966394--6966467	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
6972845--6972874	7	4.4	7	91	8	53	73	0	0	26	0.84
6972845--6972874	13	2.2	14	94	5	53	73	0	0	26	0.84
6973241--6973303	31	2.1	29	82	5	72	46	6	11	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6978092--6978124	12	2.6	13	90	4	50	39	27	12	21	1.88
6991392--6991423	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
6995978--6996028	13	4.0	13	82	2	59	88	5	5	0	0.64
6995979--6996028	19	2.5	20	90	6	75	88	6	6	0	0.65
6999867--7000117	121	2.0	123	81	5	290	40	15	10	33	1.82
7000278--7000641	3	121.3	3	66	14	65	59	3	7	29	1.41
7000915--7000968	25	2.2	25	81	12	67	14	16	9	59	1.60
7002799--7002823	12	2.1	12	100	0	50	40	16	24	20	1.91
7004609--7004661	21	2.7	19	83	13	63	60	1	0	37	1.08
7005827--7005861	15	2.2	16	90	5	54	25	0	0	74	0.82
7005961--7005994	9	3.9	9	88	7	52	58	0	0	41	0.98
7005960--7005994	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
7006014--7006081	9	7.7	9	78	15	52	52	0	1	45	1.09
7006012--7006049	19	2.0	19	89	0	58	60	0	2	36	1.11
7006050--7006082	9	3.6	9	92	8	57	42	0	0	57	0.98
7006044--7006095	19	2.7	20	75	22	56	44	0	1	53	1.11
7008310--7008348	19	2.0	20	85	9	55	53	2	5	38	1.37
7021405--7021460	25	2.2	25	77	0	58	48	1	1	48	1.22
7032058--7032095	11	3.5	11	85	0	58	63	0	10	26	1.27
7036061--7036118	21	2.9	21	84	5	75	15	25	15	43	1.86
7043106--7043253	77	1.9	77	88	2	226	39	10	19	30	1.86
7057912--7057966	21	2.6	23	77	16	64	50	3	0	45	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7060840--7060874	16	2.1	17	89	5	54	40	0	0	60	0.97
7061730--7061772	22	1.9	23	85	4	61	58	20	0	20	1.40
7061813--7061985	83	2.1	84	83	5	217	28	24	12	34	1.92
7063280--7063312	15	2.2	15	100	0	66	36	24	6	33	1.80
7072685--7072717	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
7080646--7080703	22	2.6	23	77	2	73	43	5	0	51	1.24
7080723--7080904	89	2.1	87	84	9	230	38	18	9	33	1.83
7080723--7080993	93	3.1	86	79	9	237	39	16	9	34	1.81
7084609--7084652	22	2.0	22	86	8	63	45	4	2	47	1.35
7085927--7085969	15	2.7	16	75	13	52	65	0	4	30	1.13
7086474--7086504	6	5.2	6	100	0	62	0	67	0	32	0.91
7087288--7087342	27	2.0	27	96	0	101	32	9	23	34	1.86
7088587--7088633	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
7093562--7093599	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
7093591--7093616	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
7093917--7093986	16	4.4	16	92	0	86	32	0	32	34	1.58
7093965--7094074	45	2.6	43	77	9	120	33	5	27	33	1.80
7094220--7094254	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7094235--7094554	61	5.3	61	68	17	238	49	6	2	42	1.40
7094319--7094370	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
7094206--7094615	120	3.4	120	95	0	723	49	4	2	43	1.37
7094654--7094736	38	2.2	39	93	2	141	60	10	6	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7109705--7109752	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
7109701--7109757	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
7114527--7114567	20	2.0	20	100	0	82	39	34	9	17	1.82
7117065--7117182	57	2.1	57	96	0	218	29	16	25	28	1.96
7118664--7118706	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
7118667--7118710	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
7130658--7130695	10	3.7	10	83	16	51	0	10	0	89	0.49
7130658--7130695	11	3.4	11	96	3	67	0	10	0	89	0.49
7130658--7130695	20	1.9	20	94	0	67	0	10	0	89	0.49
7130657--7130702	20	2.2	21	80	3	58	8	8	0	82	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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