genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54762504--54762555	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
54762600--54762709	27	3.9	27	74	13	78	32	8	17	41	1.79
54762665--54762761	27	3.6	26	76	8	88	25	7	21	45	1.77
54762793--54762884	27	3.4	26	76	10	96	39	8	22	29	1.84
54764480--54764515	18	1.9	18	88	5	54	47	16	5	30	1.70
54777047--54777075	12	2.4	12	100	0	58	6	31	27	34	1.83
54779456--54779539	42	2.0	44	85	4	118	26	17	22	33	1.96
54779465--54779554	42	2.1	42	81	6	101	28	15	23	32	1.95
54797886--54798093	67	3.2	64	77	8	186	31	17	28	22	1.96
54801492--54801657	40	4.2	40	93	0	271	27	27	21	22	1.99
54809403--54809528	40	3.2	40	93	1	200	26	27	22	23	1.99
54810204--54810268	32	2.0	32	100	0	130	36	15	3	44	1.62
54810204--54810252	16	3.0	17	72	22	59	38	16	2	42	1.60
54810215--54810266	16	3.2	16	75	20	63	38	15	3	42	1.65
54825228--54825609	40	9.6	40	93	1	644	28	20	28	23	1.99
54835293--54835978	47	14.6	47	89	0	998	32	10	30	25	1.90
54835307--54835966	188	3.5	188	95	0	1153	32	11	30	25	1.91
54836097--54836176	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
54838325--54838436	40	2.8	40	100	0	224	26	21	27	24	1.99
54840323--54840357	14	2.5	14	95	0	61	25	22	17	34	1.96
54844432--54844601	40	4.2	40	91	3	277	25	20	22	31	1.98
54844432--54844601	82	2.1	82	92	2	281	25	20	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54844432--54844635	82	2.5	80	85	5	259	24	21	23	30	1.99
54847965--54848034	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
54847965--54848062	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
54853525--54853749	40	5.6	40	81	5	231	26	24	26	23	2.00
54853525--54853749	80	2.8	80	83	2	281	26	24	26	23	2.00
54853525--54853749	120	1.9	121	85	4	312	26	24	26	23	2.00
54861960--54862064	42	2.5	43	89	4	151	33	15	22	28	1.95
54862016--54862152	57	2.4	56	85	4	177	29	13	22	34	1.93
54862016--54862183	57	3.0	57	80	8	150	28	14	23	33	1.94
54870499--54870628	45	2.9	45	93	2	208	28	26	21	23	1.99
54871433--54871528	47	2.0	47	92	4	158	44	12	12	30	1.79
54875869--54876131	40	6.6	40	88	3	307	26	28	20	24	1.99
54876063--54876140	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
54883161--54883423	40	6.6	40	88	3	307	26	28	20	24	1.99
54883355--54883432	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
54887687--54887858	45	3.9	45	83	3	190	29	26	18	25	1.98
54888659--54888750	47	2.0	47	89	4	141	43	11	14	30	1.81
54908829--54909095	40	6.7	40	94	0	471	29	20	27	21	1.98
54912328--54912498	93	1.8	93	88	5	265	30	28	19	22	1.98
54912330--54912497	46	3.6	47	76	15	170	30	27	19	22	1.98
54912373--54912516	46	3.1	44	75	15	123	29	27	19	22	1.98
54914886--54915005	56	2.1	56	96	0	222	45	9	23	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54916447--54917141	47	14.6	47	92	2	1029	33	8	29	28	1.87
54917013--54917091	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
54928351--54928423	38	1.9	38	94	0	128	31	15	21	31	1.94
54929473--54929548	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
54930734--54930878	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
54937517--54937592	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
54938773--54938917	40	3.6	40	83	0	182	25	24	26	24	2.00
54943850--54943910	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
54949596--54949684	39	2.3	39	86	3	126	33	16	24	24	1.96
54949681--54949847	39	4.3	39	88	0	253	19	23	28	28	1.98
54954530--54954621	39	2.4	39	88	3	141	31	19	25	23	1.98
54954615--54954775	39	4.1	39	93	0	277	22	23	26	27	1.99
54954566--54954766	78	2.6	79	85	4	223	24	22	27	25	2.00
54956069--54956114	25	2.0	24	84	16	62	71	0	15	13	1.14
54956856--54956880	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
54973853--54974035	40	4.6	40	81	7	230	23	27	24	24	2.00
54973853--54974035	79	2.3	80	85	8	232	23	27	24	24	2.00
54981912--54982096	40	4.6	40	82	6	230	25	27	22	24	2.00
54984706--54984751	13	3.5	13	96	0	83	13	17	26	43	1.85
54993491--54993551	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
54996804--54996857	22	2.2	26	84	12	71	46	0	9	44	1.35
55000606--55000715	44	2.5	43	84	7	125	20	17	28	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55001407--55001434	9	3.1	9	100	0	56	21	0	32	46	1.52
55003264--55003485	40	5.6	39	92	1	345	26	27	22	22	1.99
55008806--55008913	43	2.5	43	80	5	137	25	15	25	33	1.95
55022556--55022623	29	2.3	30	82	7	95	27	29	13	29	1.94
55022445--55022772	174	1.9	174	94	0	575	31	24	14	29	1.94
55022725--55022803	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
55027312--55027414	27	3.8	27	77	0	107	28	17	19	34	1.94
55027764--55027803	18	2.2	18	90	0	62	22	22	12	42	1.87
55043754--55043924	93	1.8	93	92	2	290	29	27	19	22	1.98
55043749--55043921	46	3.7	47	76	13	196	30	26	19	23	1.98
55056326--55056369	22	2.0	22	86	0	61	43	0	4	52	1.22
55058589--55058810	67	3.4	64	76	9	223	31	15	28	23	1.95
55060246--55060291	21	2.3	20	78	14	51	28	6	19	45	1.75
55062535--55062614	23	3.3	24	79	8	92	33	15	25	26	1.95
55062535--55062614	24	3.3	24	82	5	99	33	15	25	26	1.95
55066009--55066225	39	5.5	39	91	2	330	29	28	23	19	1.98
55066009--55066225	116	1.8	119	88	4	334	29	28	23	19	1.98
55066009--55066225	77	2.8	78	90	3	330	29	28	23	19	1.98
55066558--55066777	110	2.0	110	97	0	413	24	20	8	46	1.77
55074287--55074544	40	6.5	40	85	5	272	26	27	20	25	1.99
55081659--55081921	40	6.6	40	84	4	246	26	27	20	25	1.99
55081659--55081921	120	2.2	119	80	6	282	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55081853--55081930	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
55089317--55089464	48	3.1	48	85	0	188	25	23	24	27	2.00
55090038--55090138	24	4.2	24	91	2	141	33	2	39	23	1.70
55091553--55091625	27	2.7	27	86	0	101	16	24	21	36	1.94
55091553--55091636	27	3.1	27	87	1	98	15	22	22	39	1.92
55094011--55094237	40	5.7	40	94	0	400	29	19	27	22	1.98
55098521--55098698	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
55120225--55120317	24	3.5	27	76	10	84	29	24	16	30	1.96
55120956--55121002	19	2.3	21	82	7	62	55	2	27	14	1.51
55121616--55121646	16	1.9	16	93	0	53	9	6	32	51	1.60
55122138--55122173	14	2.6	14	95	0	63	16	36	16	30	1.91
55124555--55124668	29	4.0	29	78	11	103	28	28	14	28	1.95
55125299--55125350	21	2.6	21	81	6	63	51	1	30	15	1.54
55127891--55128070	40	4.6	40	82	4	206	26	28	21	24	1.99
55127921--55128067	79	1.9	80	88	1	224	27	28	21	23	1.99
55136248--55136429	40	4.6	40	88	0	258	25	27	22	24	2.00
55146304--55146355	26	2.0	26	100	0	104	38	7	7	46	1.61
55146986--55147291	148	2.1	148	98	0	594	36	20	19	23	1.95
55149115--55149292	27	6.6	27	83	6	198	26	15	28	29	1.96
55149112--55149292	82	2.2	81	82	4	222	27	16	27	29	1.97
55157310--55157487	27	6.6	27	83	6	198	26	15	28	29	1.96
55157307--55157487	82	2.2	81	82	4	222	27	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55162061--55162159	28	3.5	29	77	12	89	30	27	14	28	1.95
55169934--55170032	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
55176761--55176888	51	2.5	51	87	2	179	29	27	17	25	1.98
55176750--55176888	49	2.8	49	85	2	188	28	26	18	25	1.98
55183424--55183686	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
55185333--55185402	29	2.5	28	88	2	95	25	17	30	27	1.97
55185318--55185402	28	3.0	28	84	3	107	28	15	28	28	1.96
55186577--55186638	29	2.1	29	85	8	81	14	17	16	51	1.76
55190758--55190782	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
55193982--55194138	42	3.6	43	78	6	138	28	26	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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