genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59428575--59428659	43	2.0	43	88	0	125	35	22	16	25	1.95
59430494--59430553	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
59430596--59430647	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
59431457--59431532	37	2.1	37	100	0	152	32	30	10	26	1.90
59437143--59437265	46	2.7	46	96	0	219	21	21	28	29	1.98
59441280--59441500	40	5.6	40	89	2	313	26	25	23	24	2.00
59447231--59447403	46	3.7	46	76	17	196	22	19	27	30	1.98
59447228--59447397	93	1.8	93	94	2	306	22	19	28	30	1.98
59452765--59452937	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
59452762--59452932	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
59456196--59456368	46	3.7	46	75	13	183	23	20	26	29	1.99
59456193--59456363	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
59459590--59459657	29	2.3	29	78	14	77	27	27	14	29	1.95
59459479--59459980	174	2.9	174	96	0	925	31	24	14	29	1.95
59459764--59459831	29	2.3	29	82	5	84	29	30	13	26	1.94
59459933--59460011	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
59466512--59466608	41	2.4	41	98	0	185	18	15	27	38	1.91
59466553--59466675	60	2.0	63	92	4	207	21	14	28	34	1.93
59466608--59466711	43	2.5	43	80	3	122	27	14	26	30	1.95
59472005--59472158	67	2.3	67	93	2	256	29	22	29	18	1.97
59472088--59472139	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
59480227--59480351	55	2.3	55	85	2	162	16	29	28	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59483962--59483990	14	2.0	15	93	6	51	62	13	6	17	1.52
59485759--59485818	24	2.4	26	77	5	61	30	3	21	45	1.68
59493587--59493756	46	3.7	46	78	7	200	30	28	20	20	1.98
59496151--59496198	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
59499162--59499333	93	1.8	93	88	2	265	28	27	20	22	1.99
59499154--59499325	46	3.7	46	70	11	136	29	27	19	23	1.98
59517351--59517415	15	4.4	15	77	9	71	9	13	13	63	1.53
59517346--59517405	30	2.0	30	90	6	95	10	11	16	61	1.55
59519787--59520005	47	4.7	46	77	14	200	22	18	28	31	1.97
59519841--59520013	46	3.8	45	79	13	190	20	17	30	31	1.96
59519793--59520005	93	2.3	93	90	0	327	22	18	28	30	1.97
59524239--59524331	45	2.1	45	91	0	150	25	12	32	29	1.93
59536282--59537264	40	24.6	40	93	1	1659	25	27	19	27	1.98
59539535--59539640	1	106.0	1	100	0	212	100	0	0	0	0.00
59547194--59547351	43	3.7	42	77	11	160	29	15	24	31	1.95
59549016--59549062	24	2.0	24	95	0	85	46	25	2	25	1.64
59559676--59559742	20	3.3	20	93	4	109	37	10	17	34	1.85
59559687--59559742	11	5.5	11	73	16	57	37	10	17	33	1.85
59559676--59559756	40	2.0	39	81	13	94	37	11	17	34	1.85
59559790--59559872	25	3.4	24	85	8	96	28	21	22	26	1.99
59560081--59560144	31	2.1	31	87	0	92	39	12	23	25	1.90
59567696--59567803	50	2.2	49	85	8	139	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59567696--59567803	25	4.4	25	83	6	123	28	19	22	29	1.98
59568012--59568075	31	2.1	31	90	0	101	37	12	21	28	1.90
59568029--59568135	38	2.8	38	94	0	178	37	13	22	27	1.91
59586614--59586788	46	3.8	45	75	13	185	28	29	20	21	1.98
59586668--59586830	47	3.5	46	77	14	199	29	30	19	21	1.97
59586621--59586833	93	2.3	93	95	0	372	28	30	19	22	1.98
59588655--59588688	8	4.2	8	84	0	50	2	29	20	47	1.65
59597330--59597363	12	2.8	12	86	0	50	26	44	0	29	1.55
59598035--59598174	43	3.3	41	80	9	138	31	25	13	30	1.94
59601384--59601414	7	4.4	7	91	0	53	16	0	35	48	1.46
59611710--59611787	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
59611765--59612038	145	1.9	145	96	0	512	29	15	23	31	1.95
59628772--59628838	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
59628888--59628991	23	4.4	24	93	3	167	27	20	23	28	1.99
59628889--59628984	47	2.1	46	94	2	165	27	20	21	30	1.98
59632107--59632176	28	2.4	29	92	2	124	30	11	28	30	1.92
59633842--59634018	55	3.3	53	79	6	194	20	24	18	37	1.94
59633819--59634025	55	3.8	53	79	6	193	21	24	16	37	1.94
59636312--59636440	47	2.7	47	80	13	129	29	17	28	24	1.97
59636168--59636440	46	5.8	49	74	13	143	30	17	29	22	1.97
59640736--59642929	492	4.5	491	83	4	2726	28	19	16	35	1.93
59654499--59654703	80	2.6	78	84	4	243	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59654446--59654670	40	5.7	40	81	5	251	24	21	27	26	1.99
59662489--59662713	40	5.6	41	81	6	232	25	21	26	26	1.99
59680448--59680625	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
59680449--59680604	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	28	1.96
59680445--59680625	82	2.2	81	82	2	220	27	15	28	29	1.96
59684978--59685143	40	4.2	40	91	0	253	27	25	24	23	2.00
59686521--59686546	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
59689285--59689374	29	3.1	29	91	1	137	31	28	12	27	1.93
59689587--59689629	16	2.7	16	85	0	50	9	13	16	60	1.58
59696339--59696502	24	6.7	24	73	6	114	19	25	21	33	1.97
59697099--59697138	21	1.9	21	85	10	55	35	0	27	37	1.57
59710133--59710393	40	6.6	40	88	2	384	23	21	25	29	1.99
59738296--59738358	16	4.1	16	80	12	78	55	3	0	41	1.16
59738300--59738359	8	7.6	8	71	17	54	53	3	0	43	1.17
59738494--59738539	21	2.2	21	88	7	67	34	0	34	30	1.58
59738500--59738545	14	3.3	14	82	11	58	39	0	30	30	1.57
59738507--59738585	7	11.4	7	76	2	52	44	2	25	27	1.67
59742522--59742699	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
59742543--59742698	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
59750633--59750810	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
59750654--59750809	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
59753347--59753405	26	2.3	27	82	8	77	16	23	20	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59753334--59753528	24	8.0	25	71	17	108	18	22	19	39	1.92
59763766--59763835	21	3.2	21	66	18	61	21	12	25	40	1.89
59767728--59767839	40	2.8	40	84	0	143	24	22	25	27	2.00
59775855--59776035	40	4.6	40	84	2	222	24	21	26	27	1.99
59787357--59787386	13	2.3	13	100	0	60	40	16	6	36	1.75
59787461--59787563	50	2.1	50	96	0	188	35	18	7	37	1.80
59795883--59796030	24	6.0	24	72	7	82	33	31	11	23	1.90
59797371--59797479	54	2.0	54	98	0	209	35	14	11	37	1.83
59797424--59797448	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59803148--59803307	24	6.6	23	71	13	115	31	30	13	23	1.93
59803148--59803307	50	3.3	48	73	12	119	31	30	13	23	1.93
59805246--59805428	79	2.3	81	81	7	205	25	27	22	25	2.00
59805244--59805428	40	4.7	40	80	7	207	25	27	22	24	2.00
59813146--59813369	40	5.6	40	75	12	160	26	25	20	26	1.99
59813181--59813328	79	1.9	80	84	4	201	25	27	18	28	1.98
59813181--59813328	40	3.7	40	88	1	183	25	27	18	28	1.98
59830507--59830657	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
59835719--59835748	12	2.5	12	94	0	51	40	20	13	26	1.89
59844593--59844806	53	4.0	53	81	5	214	21	23	16	38	1.93
59844610--59844794	55	3.4	54	82	5	214	21	24	17	36	1.94
59844785--59844903	47	2.5	47	88	0	175	25	22	15	36	1.93
59845204--59845228	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59849934--59849980	23	2.0	23	100	0	94	40	21	4	34	1.73
59850219--59850443	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
59850183--59850443	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	26	2.00
59853742--59853882	39	3.6	39	77	9	135	32	24	17	25	1.96
59866511--59866635	55	2.3	55	91	4	207	32	28	13	25	1.94
59866511--59866635	27	4.5	28	93	3	209	32	28	13	25	1.94
59866510--59866660	27	5.4	28	88	4	173	32	29	13	25	1.93
59874797--59874922	28	4.5	28	95	1	218	31	29	13	25	1.94
59874796--59874947	28	5.4	28	90	3	182	32	29	13	25	1.93
59878814--59878991	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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