genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61450592--61450775	67	2.8	64	76	8	185	29	16	29	23	1.96
61457600--61457634	13	2.6	13	90	4	52	60	0	8	31	1.27
61460473--61460738	139	1.9	139	87	1	390	37	18	19	23	1.94
61462999--61463039	21	2.0	20	90	4	64	36	51	4	7	1.51
61475529--61475631	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
61475772--61476061	48	6.0	48	95	0	490	30	27	5	35	1.81
61479591--61479747	28	5.5	28	75	6	145	30	28	19	21	1.97
61479618--61479718	29	3.5	29	78	8	107	29	29	17	22	1.97
61479591--61479751	57	2.8	57	90	0	232	30	29	18	21	1.97
61479779--61480030	40	6.3	40	92	0	423	27	28	19	24	1.98
61481314--61481416	37	2.8	37	95	0	179	25	31	20	23	1.98
61481557--61481846	48	6.0	48	94	0	481	30	27	6	35	1.82
61485388--61485419	14	2.3	14	100	0	64	40	0	21	37	1.54
61491743--61491803	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
61497054--61497247	47	4.2	46	76	10	182	25	19	30	24	1.98
61498450--61498542	43	2.2	43	84	0	114	26	15	27	30	1.96
61501406--61501552	57	2.6	55	79	11	145	26	34	12	26	1.93
61501437--61501552	29	4.1	29	85	3	137	26	33	13	25	1.94
61503120--61503153	10	3.4	10	87	0	50	41	23	20	14	1.89
61503145--61503193	20	2.5	20	77	16	57	30	12	36	20	1.89
61506279--61506653	47	8.0	47	91	0	581	33	12	28	25	1.92
61506627--61506763	46	3.0	46	93	0	220	34	10	32	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61509269--61509330	18	3.0	21	76	23	62	4	25	1	67	1.19
61509286--61509331	18	2.5	19	93	6	78	2	26	0	71	0.97
61509323--61509371	17	2.8	18	75	6	55	12	16	2	69	1.28
61509355--61509423	21	3.5	19	79	14	68	8	20	1	69	1.23
61509288--61509405	6	19.2	6	70	11	69	7	20	1	70	1.21
61511920--61511973	20	2.7	20	73	0	54	31	16	29	22	1.96
61514674--61514749	37	2.1	37	100	0	152	21	27	15	35	1.94
61525392--61525504	27	4.2	26	76	11	86	37	18	22	22	1.94
61529723--61529939	40	5.5	40	89	4	316	22	28	23	25	1.99
61537642--61537858	40	5.5	40	91	2	332	23	28	23	24	2.00
61540089--61540351	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
61548037--61548259	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
61548037--61548259	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
61573578--61573662	35	2.4	36	88	2	118	47	12	20	20	1.82
61573578--61573658	18	4.6	18	87	3	110	48	13	19	18	1.81
61573973--61574160	27	7.0	27	85	1	207	40	18	14	26	1.88
61574005--61574160	27	5.8	27	88	1	215	40	17	14	27	1.89
61575382--61575485	44	2.3	45	78	4	122	44	20	16	19	1.87
61575693--61575779	40	2.2	40	83	4	104	39	19	8	33	1.81
61578576--61578600	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
61589220--61589453	55	4.4	52	78	12	221	35	17	25	21	1.95
61589227--61589427	108	1.8	110	88	4	309	34	17	25	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61605393--61605570	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61605414--61605569	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61608423--61608512	28	3.2	28	87	4	128	32	22	24	21	1.98
61608619--61608687	28	2.4	28	90	2	102	30	7	28	33	1.84
61610289--61610465	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
61610289--61610440	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
61618453--61618578	28	4.6	27	86	4	162	30	30	11	27	1.92
61632612--61632669	29	2.0	29	96	0	107	13	15	10	60	1.59
61633750--61633832	33	2.5	33	80	1	96	26	13	12	48	1.77
61634160--61634212	13	4.1	13	75	0	52	37	5	16	39	1.73
61634394--61634490	33	2.8	35	72	20	89	49	1	3	46	1.24
61636226--61636280	28	2.0	27	82	10	67	3	41	3	50	1.37
61636338--61636377	20	2.0	20	85	0	53	5	30	0	65	1.14
61639294--61639347	25	2.2	25	96	0	99	51	14	25	7	1.68
61654082--61654124	16	2.7	16	88	0	68	46	25	18	9	1.79
61654338--61654450	29	4.0	29	82	2	131	27	13	28	30	1.94
61654351--61654461	58	1.9	57	90	1	177	26	13	29	30	1.94
61657364--61657454	29	3.2	29	87	1	112	28	16	26	28	1.97
61657377--61657456	29	2.8	29	90	0	115	27	18	26	27	1.98
61658724--61658788	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
61658863--61659083	39	5.6	39	92	1	345	18	22	29	29	1.97
61661872--61661946	36	2.1	36	100	0	150	44	14	10	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61663488--61663574	43	2.0	43	86	0	120	29	33	13	22	1.93
61667088--61667272	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
61667088--61667272	40	4.6	41	84	7	231	24	22	27	25	2.00
61667141--61667305	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
61688348--61688406	30	2.0	30	93	0	100	44	10	22	23	1.83
61688561--61688625	27	2.4	27	84	5	87	35	24	23	16	1.95
61688749--61688800	27	1.9	27	84	7	70	38	17	21	23	1.93
61689017--61689048	16	2.0	16	93	0	55	25	15	28	31	1.96
61689190--61690159	27	35.6	27	82	2	1080	25	20	19	35	1.95
61689190--61690159	54	17.8	54	86	2	1213	25	20	19	35	1.95
61689190--61690159	81	11.9	81	86	2	1213	25	20	19	35	1.95
61690261--61690629	27	13.7	26	82	5	378	31	9	20	38	1.85
61693267--61693439	93	1.9	93	91	0	283	28	30	20	20	1.98
61693260--61693435	46	3.8	46	77	10	187	29	30	20	19	1.97
61701038--61701091	26	2.1	25	83	10	65	22	14	1	61	1.43
61702936--61702974	19	2.1	19	90	0	60	25	10	12	51	1.71
61702910--61703039	54	2.4	54	89	1	199	33	8	12	45	1.72
61705933--61706067	41	3.3	41	80	4	148	25	17	25	32	1.96
61706990--61707044	19	2.8	20	77	2	58	32	29	16	21	1.95
61726542--61726766	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
61726544--61726766	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
61729851--61729948	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61729879--61729961	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
61729851--61729962	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
61730943--61730984	20	2.1	20	100	0	84	30	14	16	38	1.89
61737663--61737687	13	1.9	13	100	0	50	76	0	16	8	1.02
61738988--61739159	52	3.3	54	75	14	162	26	14	28	30	1.95
61738988--61739159	27	6.6	27	77	11	151	26	14	28	30	1.95
61751311--61751374	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
61751567--61751686	24	5.0	24	84	9	129	27	20	20	30	1.98
61751587--61751686	24	4.2	24	89	6	150	28	20	20	32	1.97
61751588--61751685	47	2.1	47	90	5	153	28	20	20	30	1.98
61751743--61751799	9	5.9	9	73	15	51	35	22	7	35	1.82
61751739--61751801	20	3.2	20	90	0	108	31	20	11	36	1.88
61751838--61751885	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61753673--61753738	33	2.0	33	100	0	132	27	3	36	33	1.72
61757407--61757559	38	4.0	38	86	1	180	20	22	25	30	1.98
61760925--61761031	28	3.8	28	91	0	151	29	25	11	33	1.90
61767498--61767621	46	2.7	46	92	3	205	21	18	27	32	1.97
61770225--61770337	44	2.6	43	77	6	111	29	26	18	25	1.98
61770451--61770585	28	4.8	28	92	0	189	28	25	12	34	1.92
61772753--61772841	34	2.6	34	81	0	106	42	16	7	32	1.77
61773780--61773822	16	2.7	15	82	13	50	41	2	2	53	1.26
61773792--61773825	16	2.1	16	89	10	52	35	2	2	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61775507--61775532	13	2.0	13	100	0	52	53	7	23	15	1.67
61778042--61778080	14	2.8	13	88	11	60	74	0	0	25	0.82
61782493--61782714	40	5.7	40	89	5	323	24	27	21	26	1.99
61782493--61782699	114	1.8	115	92	1	353	25	28	20	25	1.99
61784699--61784735	16	2.3	16	90	9	58	81	0	18	0	0.70
61784799--61784826	13	2.2	13	100	0	56	78	0	0	21	0.75
61785134--61785490	184	1.9	184	99	0	705	34	29	12	24	1.91
61788933--61789107	43	4.1	43	78	9	180	30	25	14	29	1.95
61788941--61789097	86	1.8	85	86	4	226	30	24	15	29	1.95
61791597--61791774	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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