genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41937001--41937077	24	3.2	24	83	3	93	23	38	3	33	1.73
41942850--41942952	27	3.9	27	84	2	129	36	21	25	16	1.94
41944544--41944680	24	5.7	24	88	1	136	24	35	4	35	1.76
41944544--41944680	48	2.9	49	87	2	163	24	35	4	35	1.76
41953080--41953232	76	2.0	78	84	2	202	22	18	26	32	1.97
41953080--41953232	38	4.0	38	86	1	180	22	18	26	32	1.97
41956049--41956311	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
41963992--41964254	40	6.6	40	88	3	334	26	27	20	24	1.99
41986409--41986594	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	1.99
41986462--41986627	80	2.1	79	80	7	176	26	20	27	25	1.99
41993637--41993821	79	2.3	80	81	7	207	24	22	28	25	1.99
41993637--41993821	40	4.7	40	82	6	207	24	22	28	25	1.99
41993690--41993854	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	25	1.99
42006952--42007021	26	2.8	26	76	4	72	42	18	17	21	1.89
42007094--42007215	65	1.9	64	83	5	156	37	21	16	24	1.93
42009652--42009823	45	3.9	45	87	3	235	26	29	20	23	1.99
42009610--42009823	90	2.5	86	81	7	229	27	28	19	25	1.98
42010634--42010726	47	2.0	47	91	4	152	47	12	11	27	1.77
42013979--42014010	14	2.3	14	100	0	64	34	15	6	43	1.72
42017207--42017369	45	3.7	44	84	6	206	25	27	22	25	2.00
42018191--42018286	47	2.0	47	89	0	147	43	14	12	29	1.82
42021613--42021674	31	2.0	31	90	0	97	35	30	19	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42034390--42034435	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
42034528--42034556	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
42035081--42035137	18	3.2	18	78	7	62	3	33	0	63	1.12
42036675--42036852	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
42036696--42036851	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
42036675--42036866	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
42039639--42039695	26	2.2	26	80	3	60	36	17	17	28	1.93
42045175--42045469	47	6.2	47	87	2	401	31	8	30	28	1.87
42045178--42045414	96	2.5	96	96	0	438	32	8	29	30	1.86
42047493--42047810	43	7.4	43	96	0	573	23	16	34	26	1.95
42047792--42047865	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
42047888--42048085	40	4.9	40	86	2	263	27	21	27	22	1.99
42047888--42048122	80	2.9	79	84	2	274	26	21	28	23	1.99
42047888--42048112	120	1.9	120	82	1	281	26	20	28	24	1.99
42047888--42048128	40	6.0	40	84	3	238	26	21	28	23	1.99
42051692--42051986	47	6.2	47	87	2	401	31	8	30	29	1.87
42051695--42051971	96	2.9	96	91	1	432	31	8	31	28	1.87
42062146--42062330	40	4.7	40	80	7	200	25	22	27	24	2.00
42062146--42062330	79	2.3	81	81	7	218	25	22	27	24	2.00
42062199--42062363	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
42066379--42066439	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
42067174--42067357	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42068891--42069152	39	6.6	39	88	6	320	24	27	22	25	2.00
42074470--42074692	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
42074470--42074692	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
42083263--42083376	43	2.7	42	79	6	124	25	17	25	31	1.97
42093465--42093525	30	2.0	30	90	0	95	29	24	3	42	1.70
42098726--42098771	20	2.2	22	84	7	60	45	19	0	34	1.51
42098926--42098991	28	2.3	29	81	2	71	31	24	3	40	1.70
42100720--42100799	40	2.0	40	92	0	133	47	11	22	18	1.80
42104963--42105090	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
42104963--42105090	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
42108397--42108563	45	3.9	43	72	16	139	30	28	17	23	1.97
42114467--42114632	46	3.6	46	76	12	178	22	19	27	30	1.98
42114856--42114893	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
42121393--42121429	18	2.1	18	89	0	56	35	2	27	35	1.71
42125438--42125469	9	3.4	10	91	8	50	81	0	12	6	0.87
42130521--42130576	28	1.9	29	85	7	78	69	5	3	21	1.24
42132711--42132829	57	2.1	57	82	0	139	15	25	13	46	1.82
42137344--42137413	31	2.2	31	97	2	131	44	14	2	38	1.60
42139589--42139729	51	2.8	50	88	5	212	35	14	17	33	1.89
42139572--42139737	51	3.3	50	84	6	201	35	13	15	34	1.87
42142230--42142415	100	1.9	100	96	0	345	25	24	17	31	1.97
42150940--42151023	42	2.0	42	95	0	150	53	8	5	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42150963--42151028	19	3.3	19	70	18	53	59	4	3	33	1.33
42151363--42151403	20	2.0	20	95	0	73	26	9	7	56	1.58
42154165--42154321	43	3.7	42	71	7	120	22	17	26	33	1.96
42156846--42157068	40	5.6	39	82	5	207	25	27	21	26	1.99
42156844--42157068	80	2.8	79	80	7	231	25	27	21	25	1.99
42157000--42157077	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
42163917--42164030	27	4.2	27	80	4	106	35	19	23	21	1.95
42163972--42164024	28	1.9	27	92	3	88	37	11	24	26	1.89
42173259--42173412	28	5.5	28	96	0	256	32	28	12	25	1.93
42181638--42181788	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
42188239--42188493	101	2.5	99	79	3	267	29	24	20	26	1.99
42188226--42188465	51	4.8	51	84	2	279	29	24	20	26	1.99
42192126--42192150	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
42194590--42194640	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
42196503--42196565	27	2.3	28	75	10	67	38	22	20	19	1.94
42196545--42196690	27	5.4	27	87	0	193	24	19	19	35	1.95
42215853--42216030	28	6.4	28	87	2	234	24	13	29	32	1.93
42215878--42216030	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
42226018--42226051	16	2.1	17	88	5	52	47	2	8	41	1.50
42226423--42226492	25	2.8	25	86	0	104	27	24	21	27	1.99
42231677--42231769	36	2.6	35	83	6	109	18	6	36	38	1.76
42235671--42235850	43	4.2	42	72	12	107	28	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42242138--42242263	39	3.2	39	93	0	207	22	21	29	26	1.99
42242138--42242299	39	4.2	39	87	1	200	22	22	28	27	1.99
42250666--42250824	43	3.7	43	77	5	162	26	15	25	32	1.95
42255649--42255686	17	2.3	16	95	4	67	5	23	5	65	1.34
42259044--42259126	39	2.1	39	93	0	139	24	12	31	32	1.91
42259100--42259268	46	3.7	44	70	13	119	29	19	28	22	1.98
42259183--42259262	44	1.9	43	82	10	103	30	17	28	23	1.97
42264194--42264418	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
42264196--42264418	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
42268292--42268373	31	2.7	31	92	1	139	25	26	17	30	1.97
42268595--42268690	25	3.8	25	86	2	111	28	20	23	27	1.99
42268825--42268870	24	1.9	24	86	0	65	30	17	19	32	1.95
42275675--42275786	55	2.0	55	96	0	206	33	11	16	38	1.84
42277458--42277796	168	2.0	168	97	0	633	31	17	17	32	1.94
42282427--42282466	14	2.9	14	84	0	53	45	2	15	37	1.59
42282916--42282972	15	3.5	15	69	17	51	47	1	1	49	1.22
42283018--42283047	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
42288739--42288909	25	7.0	24	77	4	135	27	20	23	28	1.99
42291053--42291232	40	4.5	40	83	0	227	40	20	27	11	1.87
42291071--42291216	20	7.3	20	67	3	87	40	19	28	11	1.87
42301501--42301657	45	3.4	45	71	13	156	25	17	26	29	1.98
42301470--42301612	49	3.0	49	66	19	129	29	17	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42301470--42301673	94	2.2	94	95	0	372	26	18	25	28	1.98
42308408--42308444	18	2.1	18	94	0	65	13	10	13	62	1.55
42310811--42310987	94	1.9	94	92	2	302	26	19	26	27	1.99
42310766--42310960	45	4.2	45	75	15	202	26	20	25	27	1.99
42310707--42310960	139	1.8	139	94	1	456	27	20	25	27	1.99
42311923--42312000	35	2.2	35	97	0	147	5	32	29	33	1.79
42331126--42331183	29	2.0	28	84	15	75	29	22	5	43	1.75
42332921--42332958	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
42334852--42335115	46	5.7	46	92	0	413	39	14	23	22	1.91
42337256--42337431	46	3.8	45	77	11	178	21	20	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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