genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9698641--9698697	24	2.4	24	90	0	78	28	26	5	40	1.77
9701317--9701395	28	2.8	28	94	0	131	22	15	34	27	1.94
9701317--9701405	28	3.2	27	85	9	117	22	14	35	26	1.93
9701734--9702052	27	11.8	27	78	3	302	39	19	8	31	1.83
9701745--9702052	54	5.7	54	81	5	336	39	18	9	32	1.83
9701734--9702029	107	2.7	108	83	2	362	39	20	8	31	1.83
9701761--9702084	109	3.0	109	79	5	266	38	19	9	31	1.85
9707185--9707304	28	4.3	28	91	0	186	22	14	35	28	1.93
9707621--9707744	27	4.6	27	78	2	133	40	20	9	29	1.84
9707621--9707746	54	2.3	53	84	6	148	39	20	9	30	1.84
9708300--9708367	27	2.6	27	78	2	66	22	17	26	33	1.96
9710600--9710747	28	5.3	28	88	0	215	22	16	33	26	1.96
9710600--9710747	56	2.6	56	95	0	260	22	16	33	26	1.96
9711064--9711377	27	11.7	27	77	6	224	40	20	7	31	1.80
9711084--9711377	54	5.5	54	76	2	250	40	19	7	32	1.80
9711064--9711404	81	4.2	81	80	2	337	41	20	7	31	1.80
9711682--9711747	32	2.1	32	97	0	123	25	18	21	34	1.96
9711910--9711935	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
9716207--9716231	13	1.9	13	100	0	50	52	24	8	16	1.70
9716515--9716557	22	2.0	22	100	0	86	23	25	18	32	1.97
9727103--9727180	24	3.3	23	89	5	102	32	21	16	29	1.96
9727117--9727184	24	2.9	23	93	4	109	29	20	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9727211--9727277	20	3.3	20	89	4	100	35	20	8	34	1.84
9727211--9727278	11	6.7	11	71	17	58	36	20	8	33	1.84
9727211--9727283	9	7.4	10	71	17	55	36	20	8	34	1.83
9727314--9727361	25	2.0	24	83	4	60	22	16	25	35	1.95
9729026--9729111	26	3.4	25	88	6	122	24	23	23	29	1.99
9729158--9729206	11	4.7	11	80	14	59	36	18	10	34	1.85
9736803--9736888	31	2.8	31	91	1	138	23	25	19	31	1.98
9737102--9737172	24	2.9	24	89	6	106	22	23	25	28	2.00
9737221--9737266	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
9737303--9737351	26	1.9	25	88	12	73	30	14	22	32	1.93
9740862--9740903	6	7.2	6	86	5	50	76	0	4	19	0.96
9749888--9750032	43	3.4	43	81	3	141	32	24	15	28	1.95
9770264--9770484	40	5.6	40	84	3	223	25	21	27	25	1.99
9770339--9770511	79	2.2	80	80	4	199	26	20	27	26	1.99
9772680--9772725	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
9774614--9774640	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
9785639--9785663	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
9793749--9793801	28	1.9	27	88	3	79	18	35	30	15	1.92
9800256--9800359	51	2.0	51	100	0	208	29	5	15	49	1.68
9802075--9802241	46	3.5	46	76	9	165	27	20	26	25	1.99
9802025--9802343	96	3.3	96	83	1	415	28	19	27	25	1.99
9802014--9802445	146	3.0	144	80	9	391	28	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9802025--9802391	192	1.9	191	84	5	490	27	19	26	26	1.99
9806478--9806503	6	4.3	6	100	0	52	15	15	15	53	1.73
9806543--9806567	12	2.1	12	100	0	50	16	16	20	48	1.82
9806528--9806564	18	2.0	19	89	5	58	16	18	18	45	1.85
9806707--9806745	18	2.2	18	85	0	51	33	12	17	35	1.88
9815210--9815355	27	5.4	27	88	0	193	26	22	9	41	1.85
9815183--9815355	54	3.2	54	84	0	229	28	23	9	38	1.86
9815387--9815537	27	5.6	27	85	4	189	43	21	6	27	1.77
9815354--9815536	54	3.4	53	79	5	179	42	19	8	28	1.81
9815493--9815600	27	4.0	26	77	11	92	42	17	7	32	1.77
9815654--9815714	27	2.3	27	82	5	79	36	19	24	19	1.95
9816527--9816646	25	4.8	24	93	2	159	25	23	22	28	1.99
9816527--9816646	50	2.4	50	90	0	177	25	23	22	28	1.99
9816527--9816671	75	1.9	75	81	10	172	26	22	22	27	1.99
9816793--9816884	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
9816908--9816985	31	2.5	31	97	2	149	28	19	25	26	1.99
9819002--9819034	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9830860--9830884	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
9837119--9837151	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9837581--9837607	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
9840056--9840121	6	11.0	6	76	12	64	75	0	4	19	0.97
9841995--9842039	21	2.2	20	88	4	63	17	26	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9845435--9845467	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9874845--9875081	49	4.8	49	82	3	285	29	25	19	25	1.99
9874858--9875081	101	2.3	98	85	2	286	29	25	19	25	1.99
9888609--9888662	21	2.6	21	93	0	99	12	42	24	20	1.87
9894713--9895043	48	7.0	47	75	11	228	25	18	29	26	1.98
9894720--9895035	95	3.3	94	79	7	309	25	18	30	26	1.98
9894711--9895038	143	2.3	144	84	3	419	25	18	30	26	1.98
9897131--9897332	40	5.1	40	90	3	309	24	26	22	26	2.00
9899803--9899829	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
9899909--9899947	20	2.0	20	89	0	60	10	5	5	79	1.04
9901484--9901658	47	3.8	46	80	12	198	26	18	30	25	1.98
9901487--9901658	92	1.9	92	85	8	242	26	18	30	25	1.98
9903791--9903833	4	10.5	4	80	14	52	20	2	0	76	0.89
9903791--9903833	21	2.1	20	87	12	61	20	2	0	76	0.89
9907529--9907640	24	4.7	23	72	12	82	26	30	16	26	1.96
9919360--9919447	44	2.0	44	100	0	176	47	9	0	43	1.35
9919736--9919790	26	2.1	26	100	0	110	38	20	14	27	1.91
9931227--9931278	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
9934192--9934225	15	2.2	16	94	5	61	41	0	0	58	0.98
9934192--9934235	15	3.1	13	81	18	52	43	0	0	56	0.99
9938882--9939033	33	4.5	34	74	9	141	28	13	15	42	1.85
9938882--9939033	67	2.3	67	86	3	216	28	13	15	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9942762--9942941	35	5.3	34	72	6	139	31	13	13	41	1.84
9942829--9942940	34	3.3	34	72	10	104	30	12	14	42	1.82
9946126--9946161	15	2.3	16	95	4	65	66	0	0	33	0.92
9956174--9956289	28	4.2	28	80	2	126	28	30	12	29	1.92
9956270--9956373	40	2.6	40	84	3	129	34	25	16	24	1.95
9958845--9959134	48	6.0	48	91	0	445	36	6	25	31	1.81
9959275--9959384	37	3.0	37	93	0	184	23	20	31	24	1.98
9983210--9983248	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
9998465--9998489	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
10006616--10006640	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
10013310--10013341	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
10014623--10014654	15	2.1	15	100	0	64	37	0	12	50	1.41
10015156--10015213	23	2.5	23	97	0	107	8	3	41	46	1.51
10015318--10015358	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
10017313--10017347	17	2.1	17	100	0	70	28	42	17	11	1.83
10019993--10020017	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
10024047--10024224	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
10024068--10024223	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
10031650--10031839	85	2.2	86	83	1	238	31	18	15	34	1.92
10031921--10032022	46	2.2	46	92	1	170	39	14	11	34	1.83
10033479--10033532	24	2.3	23	81	12	65	50	27	1	20	1.59
10034051--10034216	43	3.9	42	78	10	160	33	25	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10038021--10038169	43	3.5	42	73	9	115	26	18	27	28	1.98
10043509--10043553	16	2.9	15	83	9	54	75	8	0	15	1.03
10047186--10047235	6	8.3	6	78	8	57	78	2	6	14	1.03
10048774--10048831	22	2.6	22	73	10	64	67	1	8	22	1.27
10048838--10048877	17	2.2	19	86	8	57	62	0	12	25	1.30
10056828--10056876	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
10057241--10057278	19	2.0	20	89	5	60	23	15	23	36	1.94
10057881--10057905	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
10064176--10066514	773	3.0	773	95	0	4192	30	24	17	28	1.97
10066577--10066602	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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