genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43958133--43958194	25	2.6	24	84	5	72	27	25	20	25	1.99
43958345--43958431	41	2.2	40	89	2	138	32	14	19	33	1.92
43958460--43958538	31	2.6	31	92	4	126	25	17	26	30	1.97
43961573--43961635	31	2.0	31	96	0	117	46	31	14	7	1.73
43968826--43968929	27	3.9	27	80	8	106	36	20	24	19	1.95
43968823--43968929	54	2.0	53	87	5	153	37	20	23	18	1.94
43970894--43971342	47	9.5	47	95	0	763	29	29	8	32	1.87
43974539--43974777	40	6.1	40	87	1	331	25	28	20	25	1.99
43990513--43990645	27	4.9	27	79	5	144	34	20	24	20	1.96
43990513--43990648	54	2.5	54	89	2	202	34	20	25	19	1.96
43992198--43992305	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
43998399--43998527	27	4.8	27	81	9	147	34	20	24	20	1.96
43998401--43998531	54	2.4	55	91	3	212	35	21	24	19	1.96
44000081--44000188	26	4.2	26	89	0	153	36	25	7	30	1.84
44004733--44005174	47	9.4	47	92	0	695	32	9	29	28	1.88
44005293--44005371	37	2.1	37	88	4	115	24	18	31	25	1.98
44007107--44007196	41	2.2	41	86	4	119	35	15	26	22	1.94
44010857--44010890	15	2.2	16	90	10	54	79	5	2	11	1.02
44016545--44016707	45	3.6	45	89	0	256	25	26	23	23	2.00
44024253--44024383	45	3.0	45	90	2	203	26	29	19	24	1.99
44031251--44031333	28	3.0	27	85	3	103	30	27	13	28	1.94
44031265--44031390	56	2.2	56	87	0	180	28	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44031265--44031390	28	4.5	28	79	0	126	28	28	14	28	1.95
44031397--44031475	40	2.0	40	82	0	95	35	25	15	24	1.94
44036693--44036771	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
44044686--44044764	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
44050181--44050230	20	2.4	22	83	6	59	22	8	20	50	1.74
44061168--44061207	13	3.1	13	85	0	53	30	5	22	42	1.75
44075128--44075495	184	2.0	184	100	0	736	37	10	8	43	1.70
44082033--44082084	26	2.0	27	85	11	72	36	0	5	57	1.23
44083641--44084091	223	2.0	223	87	3	667	41	21	11	25	1.87
44084889--44084940	13	4.0	13	78	9	52	75	1	17	5	1.10
44085848--44085892	22	2.0	22	86	0	63	26	15	31	26	1.96
44088287--44088415	47	2.7	48	79	15	144	24	26	18	31	1.98
44088051--44088415	94	3.8	92	74	7	288	23	28	19	28	1.98
44088260--44088414	48	3.3	48	75	17	151	23	28	18	30	1.97
44092543--44092712	47	3.6	47	78	11	152	21	28	21	28	1.99
44092593--44092766	94	1.9	94	87	0	258	21	29	21	28	1.98
44096016--44096282	40	6.7	40	94	0	471	29	20	27	21	1.98
44100585--44100969	40	9.6	40	92	1	628	27	20	28	23	1.99
44108239--44108861	40	15.6	40	94	1	1063	27	20	27	24	1.99
44117817--44117879	25	2.5	25	92	0	99	44	12	22	20	1.85
44118720--44118752	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
44119820--44119884	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44119990--44120064	27	2.7	28	81	8	100	21	26	21	30	1.98
44120542--44120580	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
44121130--44121195	22	3.0	22	80	8	89	34	24	21	19	1.96
44121622--44122142	27	19.3	27	84	3	522	24	20	18	37	1.94
44121626--44122133	54	9.4	54	88	0	651	24	21	18	36	1.94
44121622--44122140	81	6.4	81	87	0	698	24	20	18	36	1.94
44122160--44122410	27	9.4	26	80	8	222	29	9	21	39	1.86
44122172--44122435	53	4.9	54	78	5	277	30	9	21	39	1.85
44122190--44122435	80	3.1	79	82	6	282	30	9	20	39	1.84
44122160--44122435	80	3.5	79	82	4	279	29	9	21	39	1.85
44123778--44124010	55	4.4	54	73	16	186	37	17	23	21	1.94
44124223--44124253	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
44125892--44125993	42	2.4	43	81	6	118	28	22	19	29	1.98
44129102--44129167	34	1.9	34	81	6	80	25	19	25	28	1.99
44134442--44134721	81	3.5	81	85	3	350	41	18	12	27	1.86
44134458--44134721	27	9.8	27	81	5	266	41	17	13	27	1.87
44135130--44135160	16	1.9	16	93	0	53	29	16	9	45	1.79
44138890--44138933	19	2.3	19	96	0	79	31	38	25	4	1.76
44140346--44140462	27	4.3	27	84	0	153	27	23	8	40	1.84
44140360--44140462	54	1.9	54	91	0	170	29	23	6	40	1.80
44140461--44140619	27	5.9	27	82	4	187	38	22	10	28	1.87
44140399--44140645	54	4.6	54	74	7	146	37	21	9	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44140494--44140643	81	1.9	81	85	5	214	41	22	8	28	1.83
44140610--44140702	27	3.4	27	80	14	109	43	18	6	32	1.75
44141636--44141694	25	2.4	25	80	8	66	33	22	22	22	1.97
44141852--44141939	42	2.1	42	91	0	140	27	10	20	42	1.84
44143928--44143959	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
44145279--44145317	19	2.1	19	100	0	78	25	15	41	17	1.89
44145400--44145518	29	4.2	29	83	2	152	29	13	29	27	1.94
44145404--44145516	58	2.0	57	89	1	172	29	14	30	26	1.95
44146624--44146657	17	1.9	18	88	5	52	11	29	44	14	1.81
44152466--44152516	21	2.4	21	80	3	57	13	23	0	62	1.31
44154127--44154208	34	2.4	34	85	4	103	25	28	23	23	2.00
44161585--44161757	27	6.4	26	79	12	138	39	17	10	32	1.84
44161582--44161756	54	3.2	54	81	11	198	38	17	10	33	1.84
44161817--44161910	34	2.8	34	90	3	136	19	12	23	44	1.85
44165031--44165201	27	6.3	27	79	5	134	38	21	10	29	1.87
44165029--44165133	54	1.9	54	88	7	160	39	23	9	27	1.86
44165042--44165173	54	2.5	53	81	9	151	38	20	10	30	1.86
44165031--44165201	81	2.1	81	81	4	202	38	21	10	29	1.87
44165259--44165331	34	2.1	34	87	0	101	26	6	16	50	1.70
44165276--44165357	34	2.4	34	83	0	101	23	8	20	47	1.77
44171741--44171855	57	2.0	58	91	1	187	46	7	16	29	1.75
44174030--44174077	24	2.0	24	91	0	78	12	25	2	60	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44177929--44178050	43	2.9	42	79	8	122	33	23	17	25	1.96
44178394--44178691	148	2.0	150	95	2	537	37	21	5	35	1.76
44180653--44180695	16	2.7	16	88	0	59	55	20	16	6	1.64
44180930--44181021	29	3.2	29	83	4	107	27	14	30	28	1.95
44193835--44194137	40	7.6	40	87	2	369	26	27	20	25	1.99
44194069--44194146	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
44197573--44197611	20	2.0	20	95	5	71	0	28	0	71	0.86
44215450--44215796	40	8.7	40	95	0	622	30	20	27	21	1.98
44231418--44231589	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
44231411--44231586	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
44238841--44238877	10	3.5	11	85	10	51	24	2	0	72	0.97
44240196--44240284	43	2.1	43	93	0	151	31	22	22	23	1.98
44240773--44240832	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
44247252--44247336	43	2.0	43	95	0	152	30	21	21	27	1.98
44264171--44264242	33	2.2	33	82	2	81	30	25	20	23	1.99
44264270--44264352	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
44264572--44264641	25	2.8	25	89	4	79	25	22	25	25	2.00
44265543--44265807	27	9.8	26	82	5	190	31	8	19	40	1.82
44265657--44265840	54	3.4	53	85	5	228	28	10	21	39	1.86
44265657--44265849	81	2.4	81	83	6	239	28	10	22	38	1.87
44265657--44265807	27	5.6	27	92	1	241	28	7	22	41	1.82
44265839--44265901	27	2.3	27	83	5	74	39	7	23	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44268342--44268446	40	2.6	40	84	0	120	20	17	25	36	1.94
44277837--44278014	40	4.4	40	80	6	200	23	21	27	27	1.99
44277849--44278014	81	2.1	79	87	4	235	22	21	27	28	1.99
44279947--44280023	40	1.9	40	89	5	120	22	18	24	35	1.96
44279950--44280040	40	2.3	40	84	3	112	21	18	25	34	1.96
44280030--44280096	28	2.4	28	89	0	98	19	10	34	35	1.86
44284288--44284337	21	2.4	21	89	0	82	22	30	18	30	1.97
44286751--44286811	30	2.0	31	90	3	97	34	8	24	32	1.85
44287447--44287646	48	4.3	47	81	7	149	35	20	23	21	1.96
44287539--44287646	48	2.2	48	90	0	171	37	21	22	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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