genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78719889--78720083	49	3.9	49	81	4	239	27	20	25	27	1.99
78723979--78724006	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
78726218--78726327	6	18.3	6	89	2	150	48	16	3	31	1.63
78729366--78729538	46	3.8	46	91	0	265	23	26	19	30	1.98
78730874--78730925	18	2.9	18	80	13	63	21	34	0	44	1.52
78743902--78743975	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
78752383--78752429	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
78757020--78757309	41	7.1	41	88	5	308	37	23	21	18	1.94
78757050--78757309	82	3.2	81	90	3	380	36	23	21	17	1.94
78757049--78757309	123	2.1	121	88	4	373	37	23	21	17	1.94
78757471--78757519	21	2.3	21	75	0	53	20	4	28	46	1.68
78757544--78757736	21	8.7	21	67	20	63	22	0	37	38	1.59
78757608--78757736	7	18.1	7	71	10	75	20	0	41	37	1.53
78759015--78759045	15	2.1	15	100	0	62	6	29	12	51	1.65
78760231--78760280	12	4.2	12	73	14	50	34	0	24	42	1.55
78760239--78760284	23	2.0	23	87	8	67	30	0	23	45	1.53
78760662--78761107	23	19.4	23	77	9	378	33	6	23	36	1.80
78760672--78761107	46	9.5	45	82	5	446	33	6	23	36	1.80
78760678--78761105	92	4.7	92	85	6	510	33	6	23	36	1.81
78761100--78761142	13	3.2	13	74	6	50	27	2	30	39	1.69
78761087--78761142	27	2.1	27	100	0	112	28	3	28	39	1.73
78761087--78761132	14	3.4	14	75	6	58	32	4	26	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78762750--78762796	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
78763120--78763144	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
78764583--78764616	12	2.8	12	95	0	59	41	20	8	29	1.82
78766159--78766220	21	3.0	21	81	6	74	8	16	0	75	1.02
78766443--78766494	27	1.9	27	85	14	72	65	1	30	1	1.14
78768684--78768832	40	3.7	40	88	3	228	23	26	23	26	2.00
78776728--78776876	40	3.7	40	89	3	228	23	26	23	26	2.00
78786653--78786733	42	1.9	42	94	0	144	38	14	18	28	1.90
78789906--78789953	23	2.1	23	84	0	60	45	0	8	45	1.33
78792797--78792836	21	1.9	21	90	10	64	17	15	10	57	1.64
78795727--78795759	16	1.9	18	88	11	52	36	0	9	54	1.32
78797055--78797093	18	2.2	18	100	0	78	30	23	0	46	1.53
78797389--78797421	18	1.9	17	88	11	50	27	21	12	39	1.88
78800680--78800727	25	2.0	24	92	8	80	39	22	4	33	1.74
78817150--78817256	37	2.9	37	84	0	124	38	14	16	30	1.88
78819785--78819885	44	2.3	44	81	6	118	33	22	18	24	1.97
78819735--78819879	43	3.4	43	77	13	122	31	22	19	26	1.98
78828242--78828418	27	6.5	27	80	3	167	25	16	29	28	1.97
78828242--78828397	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
78828238--78828418	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
78836220--78836393	27	6.5	27	80	4	165	25	16	28	29	1.96
78836220--78836372	26	5.7	27	80	6	134	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78836220--78836372	81	1.9	79	85	5	209	26	16	28	28	1.97
78836216--78836393	81	2.2	80	81	4	207	26	16	28	29	1.97
78836299--78836404	54	2.0	54	83	3	133	24	16	28	30	1.97
78839176--78839322	40	3.7	40	94	1	233	23	21	26	28	1.99
78839175--78839364	40	4.8	40	88	3	224	24	21	27	26	1.99
78862102--78862183	43	1.9	43	92	5	139	29	31	15	23	1.95
78864652--78864749	49	2.0	49	97	0	187	31	18	15	34	1.92
78870347--78870461	29	4.0	29	74	9	92	26	30	13	30	1.93
78870534--78870570	19	2.0	19	89	5	58	21	40	16	21	1.91
78871963--78872082	43	2.8	43	89	5	188	23	31	20	24	1.98
78879500--78879548	24	2.0	24	81	14	57	40	8	2	48	1.44
78889971--78890146	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
78889967--78890138	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
78893022--78893075	21	2.5	21	82	11	56	57	16	0	25	1.40
78897789--78897820	16	1.9	17	93	6	57	53	3	6	37	1.42
78901899--78901932	6	5.7	6	92	0	59	14	17	0	67	1.23
78912532--78912587	26	2.2	26	80	6	60	26	19	17	35	1.94
78924388--78924559	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
78924380--78924555	46	3.8	46	80	10	205	28	28	21	21	1.98
78929914--78930085	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
78929906--78930081	46	3.8	46	78	10	196	28	28	20	21	1.98
78929957--78930100	46	3.1	46	71	14	134	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78949193--78949424	40	5.8	40	90	0	347	25	27	21	25	2.00
78950640--78950718	37	2.1	37	85	0	104	24	31	18	25	1.98
78950837--78951139	47	6.4	47	91	1	462	28	29	7	33	1.86
78950887--78950965	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
78950837--78951135	143	2.1	143	93	1	503	28	29	8	33	1.86
78957306--78957376	35	2.0	35	97	0	133	25	19	11	43	1.84
78957437--78957510	38	1.9	38	100	0	148	35	21	13	29	1.92
78961190--78961217	5	5.6	5	100	0	56	39	0	60	0	0.97
78963404--78963620	80	2.7	79	86	6	285	26	26	22	24	2.00
78963433--78963608	40	4.4	40	89	1	264	27	26	22	23	1.99
78971446--78971658	40	5.4	40	86	5	274	24	27	23	24	2.00
78971446--78971658	80	2.7	79	87	4	320	24	27	23	24	2.00
78973766--78973941	46	3.8	46	76	12	180	28	27	19	23	1.99
78976482--78976657	27	6.5	27	79	5	158	26	16	29	27	1.97
78976481--78976657	54	3.3	55	81	4	182	26	16	29	27	1.97
78976482--78976636	82	1.9	80	83	7	197	26	16	29	27	1.97
78984460--78984636	27	6.5	27	78	3	140	27	15	29	27	1.96
78984514--78984636	55	2.3	54	84	4	149	26	17	30	26	1.97
78986366--78986471	44	2.5	42	77	9	108	33	26	18	21	1.97
78987278--78987315	16	2.3	16	95	4	67	31	15	18	34	1.92
78990243--78990641	47	8.4	47	95	2	683	27	31	7	33	1.85
78990243--78990641	143	2.8	143	94	3	682	27	31	7	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78990243--78990641	190	2.1	190	95	0	719	27	31	7	33	1.85
79000472--79000516	21	2.1	21	88	8	65	75	0	15	8	1.03
79012896--79013060	56	2.9	56	90	1	242	35	27	15	21	1.94
79013927--79013957	16	1.9	16	100	0	62	0	19	3	77	0.90
79014012--79014168	20	8.7	18	85	10	119	57	0	0	42	1.03
79014028--79014172	5	29.0	5	89	8	206	57	0	0	42	0.98
79014693--79014726	6	5.7	6	85	0	50	35	20	11	32	1.89
79014693--79014735	12	3.5	12	83	3	59	39	18	11	30	1.86
79017153--79017220	30	2.3	29	94	2	118	23	16	25	35	1.95
79023580--79023610	16	1.9	16	100	0	62	35	19	12	32	1.90
79028909--79028986	41	1.9	42	84	5	106	32	14	28	25	1.94
79028861--79029022	88	1.8	88	84	2	218	30	16	29	24	1.97
79036981--79037021	13	3.2	13	85	0	55	19	29	31	19	1.96
79050445--79050503	30	2.0	30	89	0	91	32	13	25	28	1.94
79050804--79051014	46	4.5	47	79	8	198	29	18	28	23	1.98
79050848--79051065	47	4.6	49	73	13	147	28	17	29	24	1.97
79050801--79051066	94	2.8	93	76	11	226	28	18	28	24	1.98
79056216--79056328	55	2.1	55	84	0	145	29	24	30	15	1.96
79061487--79061544	29	2.0	28	87	9	82	20	20	41	17	1.90
79064688--79064744	3	20.3	3	82	13	68	0	28	0	71	0.86
79064689--79064768	11	7.5	11	77	9	69	0	31	0	68	0.90
79064688--79064768	14	6.0	14	76	16	82	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79064684--79064768	25	3.5	25	89	7	124	0	29	0	70	0.87
79064996--79065024	14	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
79066248--79066285	18	2.1	18	90	0	58	55	7	5	31	1.51
79072216--79072360	43	3.4	42	78	7	123	29	26	19	24	1.98
79077246--79077417	43	4.0	42	76	14	154	30	27	18	22	1.97
79077246--79077405	86	1.9	86	81	7	200	30	28	18	23	1.98
79078546--79078574	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
79082088--79082172	44	1.9	44	85	4	118	41	21	7	30	1.79
79095988--79096102	24	4.8	24	72	7	99	33	20	20	26	1.96
79099242--79099298	26	2.5	22	72	22	62	52	7	10	29	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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