Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  198  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66122340--66122391
22
2.4
22
93
3
72
44
26
13
15
1.84
66122765--66122924
47
3.4
47
90
0
230
45
21
13
20
1.85
66129058--66129093
15
2.4
15
90
0
54
27
16
19
36
1.93
66135377--66135406
15
2.0
15
93
0
51
43
0
13
43
1.43
66136316--66136472
43
3.7
42
81
12
178
25
19
25
29
1.99
66138666--66138726
24
2.5
24
89
0
86
24
18
29
27
1.98
66145020--66145168
27
5.6
27
83
0
174
24
20
21
33
1.97
66145011--66145161
54
2.8
54
88
4
209
25
21
19
32
1.97
66147993--66148029
20
1.9
19
89
10
58
37
10
16
35
1.83
66148072--66148166
25
3.8
25
90
2
138
26
23
21
29
1.99
66148072--66148191
50
2.4
50
80
8
138
27
22
21
28
1.99
66155867--66155920
11
5.4
10
78
12
58
35
11
18
35
1.86
66155967--66156043
25
3.1
25
84
1
93
31
22
20
25
1.98
66156258--66156332
31
2.4
31
90
0
114
33
18
25
22
1.97
66176701--66176735
16
2.2
16
94
0
61
77
0
0
22
0.78
66182549--66182578
16
1.9
16
93
6
53
66
0
6
26
1.16
66185931--66185993
31
2.0
31
87
0
90
25
22
14
38
1.92
66186187--66186327
23
6.0
24
90
7
218
29
21
20
28
1.98
66186208--66186327
47
2.6
47
95
1
224
30
20
20
29
1.98
66186187--66186326
70
2.0
71
91
6
232
29
22
20
27
1.98
66186377--66186443
20
3.3
20
93
0
116
32
20
11
34
1.90
66186377--66186432
11
5.5
11
71
16
57
32
19
12
35
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66186480--66186527
25
1.9
25
82
0
60
25
14
25
35
1.94
66188629--66188750
22
5.3
22
62
21
61
25
29
11
33
1.91
66188601--66189183
47
12.3
47
90
2
868
27
29
10
32
1.89
66197842--66198019
27
6.6
27
83
3
196
26
14
28
29
1.95
66197847--66197998
82
1.9
81
87
4
225
26
14
28
30
1.95
66197839--66198019
82
2.2
81
82
2
220
27
14
28
29
1.96
66200380--66200557
27
6.6
26
79
7
169
25
16
29
28
1.97
66200379--66200559
82
2.2
81
83
2
220
24
16
30
28
1.97
66213420--66213479
30
2.0
30
87
6
86
36
8
26
28
1.85
66214113--66214331
50
4.5
49
75
8
207
26
17
24
31
1.97
66218084--66218232
46
3.2
46
81
11
164
30
17
28
22
1.97
66218035--66218253
47
4.8
48
76
11
158
28
19
30
21
1.97
66225703--66225753
23
2.1
26
82
10
63
50
7
7
33
1.60
66228623--66228774
57
2.7
56
80
7
180
27
28
15
28
1.96
66228623--66228766
29
5.1
29
80
6
161
27
29
15
27
1.96
66230148--66230324
47
3.8
45
77
11
187
21
19
29
29
1.98
66232835--66232876
8
5.2
8
91
0
66
11
2
33
52
1.51
66236488--66236594
28
3.8
28
89
0
151
29
24
10
35
1.88
66239283--66239628
47
7.3
47
92
3
500
32
9
30
27
1.89
66239479--66239600
22
5.3
22
62
21
61
33
11
29
25
1.91
66247770--66247947
27
6.6
26
80
6
169
26
16
28
28
1.97
66247771--66247926
82
1.9
81
86
3
224
26
16
28
28
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66247767--66247947
82
2.2
81
82
2
220
26
16
28
28
1.97
66255608--66255877
40
6.8
40
94
0
454
22
22
28
27
1.99
66260860--66260885
10
2.6
10
100
0
52
23
0
0
76
0.78
66261455--66261480
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
66267551--66267593
18
2.3
19
80
8
52
60
0
2
37
1.10
66267924--66267967
9
4.6
10
88
11
58
31
0
2
65
1.05
66270980--66271021
22
2.0
21
85
4
57
23
2
16
57
1.51
66271361--66271562
94
2.1
95
88
2
309
40
15
12
32
1.84
66271166--66271674
225
2.3
223
84
2
644
38
14
13
33
1.86
66271453--66271779
128
2.5
128
84
4
422
37
13
14
33
1.86
66271484--66271693
64
3.3
63
66
15
160
39
13
13
33
1.85
66278555--66278618
32
2.0
32
100
0
128
28
12
25
34
1.92
66283194--66283232
20
2.0
19
90
5
60
58
2
0
38
1.12
66283194--66283246
19
2.8
20
83
8
58
54
1
0
43
1.11
66299671--66299828
43
3.7
42
80
7
149
24
18
27
29
1.98
66307302--66307675
39
9.5
39
90
1
525
29
29
22
18
1.98
66314040--66314243
53
3.8
53
77
3
201
36
17
24
21
1.94
66325210--66325381
79
2.2
79
84
3
220
25
21
27
25
1.99
66325157--66325379
40
5.6
39
81
8
209
25
21
27
25
1.99
66325237--66325414
79
2.2
80
80
3
191
25
21
28
24
1.99
66337598--66337769
79
2.2
79
84
3
220
25
21
27
25
1.99
66337545--66337767
40
5.6
39
81
8
209
25
21
27
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66337625--66337802
79
2.2
80
80
3
191
25
21
28
24
1.99
66348391--66348477
43
2.0
43
100
0
174
40
13
16
29
1.87
66351178--66351349
40
4.3
40
90
2
249
26
27
20
25
1.99
66351204--66351402
79
2.5
79
82
6
231
27
27
20
25
1.99
66351180--66351402
119
1.9
120
80
6
265
26
27
21
25
1.99
66352529--66352648
56
2.1
56
98
0
231
22
23
9
45
1.81
66359120--66359291
40
4.3
40
91
2
258
26
28
20
24
1.99
66359120--66359305
79
2.3
81
87
4
263
25
27
20
25
1.99
66359122--66359344
119
1.9
120
82
8
285
26
28
21
24
1.99
66359120--66359344
79
2.8
78
82
6
238
26
28
20
24
1.99
66360472--66360591
56
2.1
56
98
0
231
22
23
9
45
1.81
66366333--66366369
14
2.6
14
100
0
74
18
13
21
45
1.84
66370884--66371103
122
1.8
122
86
2
325
18
26
17
36
1.93
66370861--66371110
41
6.1
41
80
6
274
19
26
18
36
1.94
66388545--66388588
19
2.4
19
85
11
56
40
0
6
52
1.28
66392431--66392455
3
8.3
3
100
0
50
36
0
0
64
0.94
66400636--66400669
16
2.2
15
89
5
50
44
0
0
55
0.99
66400775--66400810
11
3.3
11
100
0
72
47
11
8
33
1.69
66400812--66400839
8
3.5
8
100
0
56
42
0
0
57
0.99
66412908--66412958
19
2.9
17
83
11
66
37
7
15
39
1.77
66412917--66412974
19
2.8
20
85
12
73
36
5
15
43
1.69
66418065--66418122
22
2.7
21
81
7
71
36
3
15
44
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66420558--66420597
20
2.0
20
85
5
53
40
12
10
37
1.77
66422562--66422611
21
2.4
21
86
3
66
38
24
0
38
1.56
66424957--66425087
28
4.7
28
86
0
181
25
32
16
25
1.96
66431439--66431472
18
1.9
18
88
5
52
29
17
11
41
1.85
66432724--66432826
28
3.7
28
89
0
152
27
33
14
24
1.94
66435528--66435561
6
5.5
6
93
6
59
29
0
0
70
0.87
66435955--66436014
30
2.0
30
90
0
93
26
1
13
58
1.45
66437135--66437249
59
1.9
59
86
6
162
41
5
16
36
1.71
66441289--66441322
8
4.4
8
96
3
61
32
0
0
67
0.91
66441291--66441335
16
2.7
17
83
13
58
33
0
2
64
1.06
66441349--66441400
17
3.0
17
85
2
68
15
5
5
73
1.22
66443461--66443509
25
2.0
25
84
4
64
63
8
0
28
1.23
66443473--66443537
25
2.9
23
80
15
66
66
7
0
26
1.19
66443499--66443537
19
2.0
20
90
5
62
71
7
0
20
1.10
66447850--66448108
105
2.5
105
85
3
353
30
25
12
31
1.92
66448778--66448808
3
10.3
3
100
0
62
67
0
32
0
0.91
66452402--66452498
38
2.6
38
86
3
124
28
10
4
56
1.51
66453760--66453790
13
2.3
14
94
5
55
64
9
6
19
1.45
66454224--66454716
246
2.0
245
93
0
833
25
25
17
31
1.97
66465797--66465862
34
1.9
35
93
3
116
34
10
4
50
1.58
66469917--66469969
25
2.2
24
83
6
63
39
3
1
54
1.29
66470257--66470319
32
2.0
32
90
6
101
28
1
14
55
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66471999--66472043
20
2.2
20
88
7
65
46
6
2
44
1.42
66476469--66476543
40
1.9
40
86
5
109
38
33
14
13
1.85
66478209--66478233
12
2.1
12
100
0
50
40
24
12
24
1.88
66481455--66481551
46
2.1
48
86
3
135
35
14
22
27
1.93
66482849--66482896
24
2.0
24
91
0
78
54
2
4
39
1.32
66482851--66482903
24
2.2
24
86
0
70
56
3
1
37
1.28
66484532--66484570
21
1.9
21
94
5
71
33
0
2
64
1.08
66488448--66488658
105
2.0
105
83
1
262
29
21
12
36
1.90
66494014--66494045
5
6.6
5
92
7
57
18
0
0
81
0.70
66494014--66494044
9
3.3
9
91
8
53
19
0
0
80
0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344