genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86220428--86220588	3	53.7	3	66	18	68	59	2	6	31	1.37
86221639--86221678	11	3.6	11	89	0	62	7	2	35	55	1.42
86221631--86221678	22	2.2	22	88	7	71	8	2	37	52	1.44
86222444--86222507	28	2.2	30	81	10	80	34	1	1	62	1.14
86235344--86235455	33	3.4	33	75	7	93	36	21	8	33	1.85
86236635--86236685	26	2.0	27	84	7	70	23	15	21	39	1.92
86238174--86238257	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
86238253--86238319	10	6.2	10	71	21	55	34	10	11	43	1.76
86238253--86238352	45	2.2	45	96	1	184	34	11	13	42	1.79
86238271--86238345	25	3.2	25	68	24	81	36	12	14	37	1.83
86257615--86257886	138	2.0	138	84	5	363	29	18	23	28	1.97
86257751--86257892	74	1.9	74	88	5	214	31	18	22	27	1.97
86257918--86258063	75	1.9	76	85	2	204	32	17	21	27	1.96
86257749--86258465	169	4.2	168	89	3	1109	30	18	19	31	1.96
86257977--86258166	93	2.1	91	81	5	213	26	20	18	34	1.96
86258067--86258232	77	2.1	78	86	2	226	28	19	18	33	1.96
86258146--86258324	94	2.0	90	89	7	272	29	18	17	34	1.94
86258257--86258401	75	1.9	76	87	5	213	33	17	22	26	1.96
86257749--86258466	339	2.1	337	93	1	1213	30	18	19	31	1.96
86258553--86258722	72	2.3	73	85	3	218	24	14	26	34	1.94
86259055--86259114	30	2.0	30	90	6	95	20	10	28	41	1.84
86259820--86259869	25	2.0	26	96	4	93	56	38	2	4	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86260669--86260758	12	6.9	13	76	11	62	34	3	7	54	1.46
86260672--86260766	25	3.7	25	76	12	86	33	3	7	55	1.43
86260827--86260905	19	4.1	19	72	16	72	32	5	6	55	1.47
86264063--86264361	127	2.4	127	88	0	445	25	18	19	36	1.95
86267234--86267348	47	2.5	46	84	4	140	33	23	13	28	1.93
86267263--86267409	47	2.9	50	79	12	142	32	26	15	25	1.95
86267202--86267407	47	4.2	47	73	11	128	33	28	14	24	1.94
86284082--86284107	11	2.4	11	100	0	52	65	7	0	26	1.20
86284101--86284189	16	5.1	16	69	22	63	62	1	3	32	1.19
86297045--86297091	21	2.3	21	82	10	53	55	2	6	36	1.37
86297264--86297296	16	2.1	16	88	11	50	69	0	6	24	1.10
86297391--86297477	11	8.3	11	68	24	55	64	2	2	31	1.18
86297396--86297437	13	3.5	12	81	18	52	66	2	0	30	1.04
86297414--86297502	16	5.1	16	69	22	63	62	1	3	32	1.19
86297398--86297511	30	3.7	30	71	20	83	64	1	2	31	1.18
86301122--86301174	22	2.4	23	75	6	56	50	1	0	47	1.12
86301645--86301704	28	2.2	26	82	5	75	63	0	0	36	0.95
86306999--86307122	48	2.6	48	85	0	167	33	20	22	23	1.98
86313361--86313628	46	5.8	46	83	6	335	21	20	28	29	1.98
86318973--86319148	46	3.8	46	74	18	184	22	19	28	30	1.98
86318969--86319139	93	1.8	93	92	2	290	22	19	28	29	1.98
86322323--86322413	40	2.3	40	83	9	123	31	25	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86323409--86323446	13	2.9	13	85	14	60	52	23	0	23	1.47
86340059--86340083	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
86344902--86345096	49	3.9	49	82	4	248	28	26	18	26	1.98
86344907--86345094	100	1.9	100	94	2	333	28	25	19	26	1.99
86347558--86347616	15	3.9	15	74	14	59	62	16	13	6	1.51
86347537--86347613	30	2.5	31	83	10	106	62	16	12	7	1.53
86350602--86350796	49	3.9	49	81	5	230	29	26	18	25	1.98
86350607--86350794	100	1.9	100	95	0	340	29	26	19	25	1.98
86358549--86358579	16	1.9	16	93	0	53	83	0	6	9	0.79
86359799--86359844	7	6.6	7	100	0	92	56	30	0	13	1.37
86363077--86363301	40	5.6	41	79	6	158	26	24	26	23	2.00
86363077--86363337	80	3.3	80	78	5	251	26	24	25	23	2.00
86363077--86363301	120	1.9	121	81	4	276	26	24	26	23	2.00
86370371--86370595	40	5.6	41	78	6	149	26	24	26	23	2.00
86370371--86370631	80	3.3	80	78	5	242	26	24	26	23	2.00
86382255--86382432	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
86382261--86382432	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
86382288--86382465	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
86388017--86388046	12	2.5	12	94	0	51	20	3	20	56	1.56
86388604--86388649	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
86388633--86388663	14	2.2	14	100	0	62	41	19	6	32	1.77
86391653--86391695	17	2.6	16	89	7	68	30	0	20	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86400264--86400298	4	8.8	4	100	0	70	22	0	0	77	0.78
86403549--86403771	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
86403703--86403780	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
86411024--86411246	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
86411178--86411255	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
86417624--86417708	41	2.1	41	97	0	161	42	23	15	18	1.88
86428642--86428678	18	2.1	18	100	0	74	21	0	10	67	1.21
86431729--86431788	30	2.0	30	100	0	120	23	36	6	33	1.81
86433321--86433403	42	2.0	43	92	2	141	33	28	16	20	1.95
86433290--86433446	43	3.7	42	80	5	138	33	22	17	26	1.96
86437645--86437690	22	2.1	22	83	0	56	19	10	13	56	1.66
86447233--86447268	10	3.5	10	85	7	54	69	25	0	5	1.10
86464434--86464499	31	2.2	30	83	5	87	36	6	6	51	1.51
86464444--86464503	31	1.9	31	93	0	102	36	6	8	48	1.60
86466012--86466048	16	2.2	17	90	4	58	18	0	21	59	1.38
86466018--86466099	28	3.0	27	78	5	85	21	2	18	57	1.52
86466287--86466419	62	2.2	61	91	1	212	24	8	18	48	1.76
86468227--86468258	16	1.9	17	93	6	57	18	6	18	56	1.62
86468213--86468503	67	4.3	67	90	3	438	25	7	17	49	1.73
86475906--86475937	12	2.7	12	95	0	55	53	15	21	9	1.70
86475889--86475937	24	2.0	24	88	7	73	55	14	22	8	1.65
86484132--86484537	134	3.0	135	81	1	478	29	17	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86484474--86484569	44	2.2	46	81	5	108	28	14	27	30	1.95
86529791--86529815	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
86538334--86538401	30	2.3	30	82	5	75	47	5	19	27	1.72
86538614--86538677	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
86538655--86538679	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
86538781--86538805	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
86539812--86539930	47	2.6	47	89	1	168	43	15	24	16	1.86
86542380--86542448	30	2.3	30	80	5	77	44	7	20	27	1.77
86542658--86542721	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
86542699--86542723	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
86545826--86545900	30	2.5	30	91	0	114	20	37	32	10	1.87
86590887--86590939	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
86592428--86592485	26	2.2	26	100	0	116	37	25	3	32	1.73
86594682--86594748	26	2.6	26	92	0	107	20	23	26	28	1.99
86598673--86598712	15	2.6	15	84	4	53	77	0	7	15	0.98
86607973--86608154	46	4.0	47	88	5	239	21	23	15	39	1.91
86607978--86608154	92	1.9	92	88	2	266	20	23	15	40	1.91
86608545--86608656	23	4.8	23	72	12	102	30	24	28	16	1.97
86608515--86608660	71	2.0	72	80	6	163	33	23	26	16	1.96
86610204--86610252	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
86610361--86610419	26	2.4	24	78	16	59	47	1	0	50	1.11
86611346--86611468	59	2.1	59	96	0	228	43	0	7	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86611431--86611479	22	2.3	20	83	13	55	46	0	0	53	1.00
86611431--86611461	13	2.4	13	94	0	53	48	0	0	51	1.00
86611964--86612004	22	1.9	21	90	5	64	70	2	12	14	1.26
86613023--86613122	38	2.5	40	73	11	107	22	20	28	30	1.98
86615188--86615220	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
86622171--86622369	105	1.9	101	85	6	274	25	27	16	31	1.96
86624632--86624776	46	3.2	45	81	6	161	20	18	13	47	1.82
86624747--86624866	45	2.7	45	83	5	136	22	23	19	35	1.96
86624856--86624900	22	2.0	22	100	0	90	17	22	24	35	1.95
86625964--86626013	9	5.6	9	75	17	50	46	14	10	30	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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