genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81954813--81954850	6	6.3	6	87	0	58	21	18	13	47	1.82
81955575--81955600	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
81957895--81958058	43	3.8	43	72	12	131	26	17	26	29	1.98
81965653--81965815	43	3.8	42	80	9	170	23	16	28	31	1.96
81969537--81969584	20	2.3	20	92	3	78	25	2	20	52	1.58
81970368--81970392	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
81970915--81970949	18	1.9	18	88	0	52	57	0	5	37	1.23
81971684--81971745	28	2.2	29	82	2	72	62	3	0	33	1.11
81973873--81973901	14	2.1	14	100	0	58	48	6	20	24	1.74
81973972--81974083	56	2.0	55	82	5	136	48	5	7	39	1.54
81982630--81982667	19	1.9	19	85	15	51	42	2	5	50	1.39
81983957--81984008	26	2.0	25	82	14	61	42	1	7	48	1.43
81986100--81986147	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
81990242--81990300	14	4.2	14	78	8	57	20	33	6	38	1.79
81994112--81994195	32	2.7	32	90	9	129	57	2	4	35	1.33
81994241--81994277	18	2.1	18	90	10	58	75	0	24	0	0.80
81994253--81994286	14	2.3	15	90	5	52	70	0	29	0	0.87
82012402--82012445	22	1.9	23	81	9	54	50	0	20	29	1.49
82020587--82020623	18	2.1	18	90	10	58	0	24	0	75	0.80
82020578--82020611	14	2.3	15	90	5	52	0	29	0	70	0.87
82020669--82020752	32	2.7	32	90	9	129	35	4	2	57	1.33
82020671--82020768	32	3.0	33	82	15	116	37	5	2	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82028614--82028660	24	2.0	23	95	4	85	34	21	8	36	1.84
82045780--82045846	24	2.6	26	81	6	75	16	37	5	40	1.73
82054218--82054251	17	2.0	17	100	0	68	29	23	29	17	1.97
82059105--82059289	40	4.7	40	81	7	200	24	22	27	25	2.00
82059105--82059289	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
82059160--82059322	79	2.1	79	82	6	197	26	20	26	25	1.99
82068065--82068107	21	2.0	21	83	16	54	11	6	25	55	1.60
82071361--82071624	47	5.6	45	77	11	171	23	28	18	28	1.98
82071413--82071628	46	4.6	46	79	12	167	22	29	18	29	1.98
82079000--82079123	47	2.6	48	85	8	150	26	25	16	31	1.96
82079047--82079267	46	4.7	47	74	12	159	23	28	19	29	1.98
82082089--82082349	66	4.0	66	88	3	391	25	11	21	41	1.87
82082089--82082330	131	1.8	132	90	0	396	25	11	21	41	1.86
82083983--82084022	17	2.4	17	86	0	53	25	35	15	25	1.94
82091138--82091170	16	2.1	16	94	0	57	33	18	0	48	1.48
82091369--82091807	50	8.7	50	81	3	477	30	25	17	26	1.97
82091372--82091807	101	4.3	101	81	2	484	30	25	17	26	1.97
82091372--82091808	151	2.9	151	89	0	649	30	24	17	26	1.97
82094844--82094872	9	3.2	9	100	0	58	34	20	0	44	1.52
82105458--82105495	19	2.0	20	84	5	51	57	5	10	26	1.53
82108303--82108384	22	3.5	23	75	14	71	29	14	18	37	1.90
82110129--82110173	21	2.1	21	84	8	56	37	8	15	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82110795--82110839	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
82110804--82110849	20	2.3	20	81	7	58	8	13	6	71	1.29
82111965--82112006	10	4.4	9	82	14	50	2	2	9	85	0.77
82111963--82112006	18	2.4	19	81	14	56	4	2	9	84	0.85
82111959--82112006	21	2.3	20	76	20	53	6	2	8	83	0.88
82113453--82113521	35	1.9	37	82	11	90	27	10	5	56	1.55
82129300--82129392	37	2.5	37	77	8	89	50	7	8	33	1.61
82141061--82141104	22	2.0	22	95	0	79	31	18	11	38	1.86
82142782--82142875	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
82142792--82142869	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
82146877--82146907	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
82157356--82157614	40	6.5	39	90	1	250	24	20	28	26	1.99
82157362--82157612	80	3.1	79	88	2	349	24	21	28	26	1.99
82157362--82157612	120	2.1	120	88	1	369	24	21	28	26	1.99
82157362--82157647	80	3.6	80	85	4	337	25	20	28	25	1.99
82157389--82157647	120	2.2	120	87	0	358	24	21	28	25	1.99
82159401--82159706	47	6.5	48	72	14	176	22	29	20	27	1.99
82159490--82159709	94	2.3	94	84	3	291	21	29	22	26	1.99
82159487--82159710	47	4.8	45	74	10	182	20	30	22	26	1.98
82162713--82162868	39	4.0	39	95	0	267	23	29	26	21	1.99
82166797--82167000	27	7.5	26	84	3	183	26	16	27	28	1.97
82166797--82167000	54	3.8	53	80	6	212	26	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82166797--82167000	109	1.9	108	84	3	275	26	16	27	28	1.97
82174854--82175057	27	7.5	26	84	3	183	26	15	28	29	1.96
82174854--82175031	54	3.3	54	81	3	205	27	15	28	28	1.96
82174854--82175036	82	2.2	81	82	4	208	27	15	28	28	1.96
82174854--82175057	109	1.9	108	84	3	275	26	15	28	29	1.96
82176419--82176456	19	2.0	20	84	5	51	57	5	10	26	1.53
82179487--82179542	23	2.5	23	80	8	62	30	12	19	37	1.89
82194166--82194307	59	2.4	59	82	8	164	28	24	19	27	1.99
82201094--82201187	37	2.5	37	77	8	91	51	7	8	32	1.60
82212814--82212857	22	2.0	22	95	0	79	31	18	11	38	1.86
82214536--82214629	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
82214546--82214623	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
82226417--82226524	53	2.0	53	96	0	198	29	22	12	35	1.91
82235684--82235804	48	2.5	48	79	0	125	24	27	20	27	1.99
82236180--82236263	30	2.8	30	94	0	141	34	27	5	32	1.81
82240483--82240516	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50
82241235--82241284	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
82241951--82242209	96	2.7	96	94	0	457	32	30	15	21	1.95
82243089--82243140	17	3.1	16	75	17	52	78	0	1	19	0.84
82243094--82243144	22	2.3	23	89	3	77	78	0	1	19	0.85
82243097--82243140	8	5.1	8	84	10	52	79	0	2	18	0.83
82259530--82259567	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82260109--82260165	27	2.0	29	93	6	100	38	35	3	22	1.72
82264965--82265072	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
82266379--82267068	344	2.0	343	97	0	1308	37	9	16	36	1.82
82272728--82272766	16	2.4	16	86	0	51	38	5	23	33	1.77
82273015--82273043	10	3.0	10	95	5	51	48	0	0	51	1.00
82298110--82298164	29	1.9	29	85	3	76	47	3	12	36	1.59
82298110--82298171	29	2.1	29	82	5	72	50	3	12	33	1.57
82304805--82304831	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
82306140--82306214	38	2.1	38	82	7	93	48	0	4	48	1.20
82306157--82306218	20	3.2	20	73	17	67	45	0	1	53	1.10
82308611--82308661	25	2.0	25	100	0	102	35	3	21	39	1.72
82315087--82315136	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
82318822--82318851	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
82322902--82322958	25	2.3	24	82	11	71	33	1	1	63	1.15
82324437--82324605	40	4.3	40	87	1	207	26	28	20	24	1.99
82324435--82324605	79	2.2	79	83	2	218	26	29	20	23	1.99
82346122--82346233	43	2.6	43	90	2	163	23	13	26	36	1.92
82346109--82346283	43	4.1	42	77	9	158	28	12	25	33	1.92
82355671--82355704	17	1.9	18	88	5	52	14	8	0	76	1.01
82355999--82356049	22	2.2	21	80	16	57	31	3	9	54	1.51
82363352--82363427	39	1.9	39	94	0	134	28	18	21	31	1.97
82363863--82363892	15	2.0	15	93	0	51	50	6	3	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82368502--82368541	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
82377854--82377883	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
82378787--82378819	12	2.7	12	95	4	57	66	0	33	0	0.92
82379132--82379177	14	3.3	14	84	6	58	45	0	0	54	0.99
82389200--82389247	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
82393857--82393886	15	2.0	15	93	0	51	40	3	6	50	1.45
82394318--82394393	39	1.9	39	94	0	134	31	21	18	28	1.97
82401739--82401772	17	1.9	18	88	5	52	76	0	8	14	1.01
82415962--82415991	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
82416897--82416929	12	2.7	12	95	4	57	66	0	33	0	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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