genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  224  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74340365--74340679	156	2.0	156	96	0	576	23	22	23	30	1.99
74340758--74340798	21	2.0	21	85	0	55	34	21	2	41	1.67
74340968--74341047	18	4.6	17	71	14	65	33	0	3	62	1.13
74340986--74341069	25	3.2	24	71	15	78	30	1	3	64	1.18
74340963--74341075	52	2.1	54	95	3	203	32	0	3	62	1.18
74344446--74344517	36	2.0	36	100	0	144	16	50	2	30	1.60
74344634--74344674	21	2.0	21	95	0	73	41	36	12	9	1.76
74345018--74345049	16	2.0	16	93	0	55	12	15	18	53	1.73
74345127--74345220	47	2.0	47	93	0	161	34	13	11	40	1.81
74345217--74345289	36	2.0	36	89	0	110	32	10	9	46	1.71
74345280--74345360	42	1.9	42	90	7	128	33	18	8	39	1.81
74345304--74345582	87	3.1	87	65	23	225	33	13	11	40	1.82
74345399--74345471	36	2.0	36	89	0	110	32	8	9	49	1.65
74345166--74345681	182	2.8	182	94	0	910	33	13	11	41	1.80
74345581--74345653	36	2.0	36	89	0	110	32	9	10	46	1.71
74345505--74345827	145	2.3	141	93	4	544	34	13	13	39	1.82
74345726--74345798	36	2.0	36	89	0	110	32	9	10	46	1.71
74345323--74345991	327	2.1	323	94	2	1180	33	12	12	41	1.81
74345644--74345996	186	1.9	186	94	3	629	33	13	12	40	1.81
74345912--74345984	36	2.0	36	91	0	119	32	9	9	47	1.68
74345974--74346110	46	2.6	52	80	19	178	31	14	9	44	1.77
74346010--74346103	46	2.0	46	100	0	188	30	14	8	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74346599--74346672	36	2.1	36	100	0	148	21	8	16	54	1.68
74349525--74349566	21	2.0	21	100	0	84	33	19	9	38	1.84
74349570--74349612	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
74351815--74351852	18	2.1	18	85	9	51	34	7	0	57	1.28
74351981--74352080	3	34.3	3	76	11	84	34	7	0	59	1.25
74351981--74352079	27	3.6	27	79	14	94	34	7	0	58	1.25
74352241--74352462	3	73.7	3	68	12	80	29	9	1	59	1.40
74352958--74353003	23	2.0	23	100	0	92	26	13	30	30	1.93
74365239--74365268	10	3.1	10	90	9	53	20	20	10	50	1.76
74365240--74365272	9	3.7	9	92	8	50	21	21	12	45	1.84
74366231--74366303	38	1.9	38	100	0	146	24	20	34	20	1.97
74373377--74373792	43	9.5	44	70	7	274	35	21	24	19	1.96
74373338--74374099	87	8.7	87	87	1	859	34	21	23	20	1.97
74373771--74374126	44	8.1	44	67	14	180	33	23	21	21	1.97
74374111--74374240	45	2.9	44	81	3	145	30	20	23	26	1.98
74374249--74374326	41	1.9	41	89	5	122	33	17	21	26	1.96
74375190--74375243	29	2.0	28	85	10	76	50	1	9	38	1.45
74378292--74378544	126	2.0	126	84	1	328	28	17	17	36	1.92
74378598--74378723	34	3.9	33	83	10	138	42	14	0	42	1.51
74378588--74378743	34	4.7	34	80	12	123	44	13	1	41	1.52
74378760--74378837	34	2.3	35	86	4	106	48	24	0	26	1.51
74381495--74381619	43	2.8	46	85	8	168	19	18	32	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74386150--74386181	15	2.1	15	100	0	64	37	25	6	31	1.81
74390761--74390931	66	2.6	66	80	1	182	26	25	27	20	1.99
74391818--74391945	35	3.6	35	78	6	98	28	23	24	23	1.99
74399118--74399288	21	8.1	21	72	6	105	15	19	18	45	1.85
74399135--74399288	42	3.7	42	83	6	179	15	19	18	46	1.84
74400947--74401091	66	2.2	66	83	2	193	28	22	25	23	1.99
74407418--74407575	43	3.7	42	81	10	169	32	26	17	23	1.97
74411185--74411351	83	2.0	83	97	1	316	26	14	20	38	1.91
74411185--74411351	84	2.0	84	98	1	327	26	14	20	38	1.91
74428105--74428145	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
74441451--74441598	28	5.3	27	91	3	215	27	12	28	31	1.93
74445671--74445721	6	8.5	6	86	0	75	13	0	5	80	0.89
74453577--74453881	3	101.3	3	68	15	141	28	8	3	60	1.41
74453737--74453784	23	2.2	21	82	14	53	27	6	8	58	1.51
74453966--74454013	19	2.9	16	80	17	53	16	8	4	70	1.27
74457096--74457153	27	2.1	28	81	9	66	62	0	5	32	1.18
74457431--74457466	18	1.9	18	88	5	54	63	2	5	27	1.30
74457369--74457627	132	2.0	132	80	6	301	59	2	4	33	1.31
74457487--74457561	13	5.3	15	76	19	56	60	1	1	37	1.14
74457440--74457551	22	5.4	20	74	13	68	58	2	2	35	1.26
74457488--74457646	27	5.9	27	72	19	102	61	1	2	35	1.18
74457461--74457570	34	3.0	37	75	15	104	59	1	1	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74457447--74457650	54	3.7	55	75	16	140	59	2	2	34	1.25
74457469--74457633	17	9.9	17	71	20	82	59	1	3	36	1.21
74457470--74457645	30	5.8	30	73	16	116	59	1	2	36	1.19
74457501--74457639	24	5.7	24	73	13	106	61	1	2	35	1.17
74459221--74460228	210	4.8	206	79	7	1020	29	20	18	32	1.96
74459401--74460228	416	2.0	419	91	2	1351	29	20	18	31	1.96
74461043--74461142	51	2.0	51	81	0	119	15	25	16	44	1.85
74485022--74485226	3	65.7	3	67	25	90	60	1	2	35	1.19
74485012--74485047	18	1.9	18	88	5	54	63	2	5	27	1.30
74485068--74485233	13	11.7	15	65	29	57	61	0	1	36	1.11
74485090--74485233	27	5.1	27	74	18	116	62	0	1	35	1.09
74487017--74487054	20	1.9	20	88	0	58	65	0	2	31	1.06
74487663--74487687	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
74488864--74488919	29	2.0	29	96	3	105	33	28	17	19	1.95
74496413--74496439	13	2.1	13	100	0	54	40	22	0	37	1.54
74498264--74498346	40	2.0	42	90	4	134	42	19	12	26	1.86
74500046--74500108	31	2.0	31	87	6	92	33	7	9	49	1.64
74506017--74506204	59	3.2	57	69	18	159	41	3	4	50	1.39
74506006--74506302	119	2.5	120	93	2	499	42	2	5	49	1.39
74506126--74506160	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
74506080--74506262	63	3.1	58	65	25	139	42	2	7	48	1.45
74506259--74506300	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74506250--74506291	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
74506445--74506534	45	2.0	44	89	6	137	33	28	5	32	1.80
74506514--74506570	16	3.6	16	97	0	105	22	36	7	33	1.81
74509615--74509689	37	2.1	36	87	9	109	34	6	29	29	1.83
74510006--74510046	21	2.0	21	85	0	55	41	9	9	39	1.71
74516343--74516386	6	7.3	6	100	0	88	50	34	0	15	1.45
74516850--74516904	27	2.0	27	100	0	110	34	10	21	32	1.89
74517435--74517520	27	3.2	27	78	6	102	27	6	22	43	1.79
74517435--74517520	9	9.6	9	83	7	86	27	6	22	43	1.79
74522169--74522219	26	2.0	26	84	7	68	13	15	5	64	1.46
74526709--74526826	58	2.1	57	98	1	227	44	10	5	39	1.60
74526722--74526815	29	3.2	29	65	11	84	37	12	6	43	1.69
74532386--74532700	78	4.1	77	86	5	402	34	15	12	37	1.85
74532306--74532700	155	2.4	157	80	9	438	33	15	12	38	1.86
74532696--74532862	86	1.9	87	92	3	284	37	8	11	42	1.72
74532845--74532967	57	2.1	59	95	3	223	30	11	12	45	1.77
74537292--74537334	15	2.9	15	80	16	54	48	0	6	44	1.29
74537943--74537986	16	2.8	16	80	12	56	43	4	0	52	1.22
74538089--74538133	19	2.4	19	100	0	90	42	8	11	37	1.72
74543779--74543816	14	2.7	14	88	8	51	65	0	0	34	0.93
74544713--74544761	25	2.0	25	83	0	62	55	4	0	40	1.19
74545261--74545292	11	2.6	13	80	19	50	37	0	31	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74547930--74548029	43	2.4	41	78	9	105	23	17	27	33	1.96
74555973--74556036	19	3.3	18	74	10	56	56	3	1	39	1.25
74555971--74556038	9	7.1	9	78	9	55	55	2	1	39	1.24
74555973--74556040	28	2.4	28	80	11	75	55	2	1	39	1.24
74555971--74556040	20	3.7	20	75	11	58	55	2	1	40	1.23
74556093--74556130	19	2.0	20	89	5	60	65	0	2	31	1.06
74557694--74557756	30	2.1	30	90	0	99	57	12	3	26	1.51
74558219--74558245	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
74561322--74561943	308	2.0	308	99	0	1235	25	18	29	27	1.98
74566853--74566880	10	2.8	10	100	0	56	17	39	0	42	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344