genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88413991--88414054	30	2.1	32	85	5	87	48	6	1	43	1.37
88415615--88415671	5	11.0	5	78	17	55	77	0	1	21	0.86
88420155--88420207	22	2.3	22	87	6	79	56	11	0	32	1.35
88420127--88420222	42	2.3	42	83	7	115	57	12	0	30	1.36
88423330--88423369	15	2.5	17	80	19	50	42	0	17	40	1.49
88424488--88424559	30	2.4	30	81	2	92	33	15	18	33	1.92
88431403--88431432	15	1.9	16	93	6	53	76	3	20	0	0.92
88432623--88432662	21	2.0	21	85	5	55	35	22	7	35	1.82
88432615--88434078	735	2.0	733	84	2	1891	35	21	14	27	1.93
88435751--88435779	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
88444057--88444085	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
88447858--88447908	27	1.9	26	88	4	75	37	13	3	45	1.63
88451301--88451414	57	2.0	57	94	0	201	18	18	16	46	1.84
88452732--88452770	12	3.3	12	82	7	53	35	0	0	64	0.94
88452887--88452949	30	2.1	30	93	0	108	55	12	4	26	1.57
88455874--88455914	18	2.3	17	84	12	55	58	0	0	41	0.98
88455871--88455920	19	2.6	19	77	3	55	58	0	0	42	0.98
88456202--88456234	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
88456195--88456251	27	2.0	29	83	6	73	31	1	1	64	1.13
88456224--88456285	20	3.2	19	74	19	56	24	4	4	66	1.31
88463004--88463051	21	2.3	21	100	0	96	29	31	14	25	1.95
88464752--88464782	7	4.4	7	91	0	53	19	51	0	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88465193--88465260	34	2.0	34	97	0	127	29	13	11	45	1.79
88468169--88468321	28	5.5	28	92	1	229	31	28	13	26	1.94
88468169--88468321	83	1.8	83	88	2	236	31	28	13	26	1.94
88471416--88471632	46	4.7	45	77	12	158	21	28	22	28	1.99
88471365--88471632	92	2.9	92	76	9	222	21	27	22	28	1.99
88478066--88478107	22	2.0	22	81	13	52	30	26	2	40	1.69
88481840--88481870	7	4.4	7	91	0	53	16	51	0	32	1.44
88485258--88485335	39	2.0	39	97	0	147	41	11	23	24	1.87
88490251--88490284	17	2.0	17	94	0	59	23	8	23	44	1.81
88502248--88502510	40	6.6	40	87	3	316	25	20	27	26	1.99
88502287--88502545	80	3.3	80	84	3	238	26	20	27	25	1.99
88504887--88504928	20	2.1	20	95	0	75	38	9	28	23	1.86
88510227--88510489	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
88510266--88510524	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
88515311--88515372	20	3.1	20	76	6	72	50	4	0	45	1.23
88519467--88519525	31	1.9	31	82	6	75	47	13	8	30	1.73
88519961--88520008	25	2.0	23	84	11	62	41	0	4	54	1.20
88519977--88520017	17	2.4	17	88	11	66	46	0	2	51	1.14
88522552--88522577	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
88523671--88523704	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
88530293--88530317	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
88531570--88531621	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88534305--88534385	39	2.1	39	100	0	162	18	9	20	50	1.75
88535809--88535863	25	2.2	24	78	9	56	23	9	14	52	1.70
88541628--88541686	25	2.4	25	97	0	109	13	8	3	74	1.17
88541637--88541682	13	3.6	13	77	16	60	10	8	4	76	1.15
88542240--88542267	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
88548997--88549111	37	3.1	37	94	1	194	53	6	20	20	1.66
88550417--88550465	25	2.0	25	88	8	73	46	26	10	16	1.78
88550929--88550956	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
88574356--88574504	25	6.0	25	78	3	138	22	22	21	34	1.97
88574326--88574473	50	3.0	50	78	5	140	24	22	22	31	1.99
88584998--88585056	19	3.1	19	70	18	50	61	1	1	35	1.16
88585262--88585318	20	2.9	20	74	12	55	29	7	5	57	1.47
88587554--88587590	19	2.0	20	84	10	51	64	5	2	27	1.28
88598851--88598876	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88598898--88599001	54	1.9	54	100	0	208	34	5	13	46	1.67
88612290--88612347	26	2.2	26	78	6	64	55	3	5	36	1.39
88616010--88616251	28	8.6	28	73	9	147	26	21	10	40	1.86
88616011--88616251	56	4.3	56	76	7	229	26	21	10	40	1.86
88616019--88616257	84	2.8	83	81	6	277	26	21	10	41	1.84
88622353--88622389	18	2.1	18	94	0	65	24	37	13	24	1.91
88630240--88630276	18	2.1	18	100	0	74	21	37	16	24	1.93
88638735--88638782	23	2.1	23	96	0	87	33	16	4	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88642124--88642157	17	2.0	18	88	11	54	41	8	0	50	1.34
88647274--88647580	40	7.7	40	95	0	542	21	28	20	28	1.98
88652281--88652368	33	2.6	34	87	5	101	20	29	28	21	1.98
88652302--88652368	33	2.0	33	97	0	125	23	25	26	23	2.00
88659477--88659536	11	5.5	11	86	4	86	33	13	20	33	1.91
88659470--88659538	22	3.2	21	84	10	86	30	13	20	36	1.90
88662029--88662119	43	2.1	42	81	2	101	27	15	24	32	1.95
88670088--88670141	21	2.7	21	73	21	53	35	0	46	18	1.50
88670700--88670995	26	11.5	27	74	15	216	40	22	17	18	1.91
88670903--88670995	27	3.4	27	87	3	141	35	25	20	18	1.95
88677991--88678033	16	2.8	16	83	13	54	41	0	0	58	0.98
88677995--88678033	17	2.4	17	91	4	62	43	0	0	56	0.99
88678394--88678699	162	1.9	163	86	8	437	25	16	5	53	1.63
88695715--88695771	19	3.1	18	90	10	80	49	5	0	45	1.24
88695782--88695827	23	2.1	22	84	11	60	71	4	2	21	1.14
88695838--88695872	11	3.1	11	88	8	52	62	20	2	14	1.43
88699479--88699538	13	4.7	13	78	10	70	33	5	25	36	1.78
88703038--88703209	46	3.7	46	88	1	238	22	24	13	40	1.89
88704036--88704100	34	1.9	34	87	3	96	43	9	4	43	1.57
88704271--88704416	77	1.9	77	100	0	292	32	13	13	39	1.84
88705878--88705930	24	2.1	26	86	13	76	54	16	3	24	1.59
88707086--88707143	29	1.9	30	82	6	73	44	0	6	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88707128--88707167	20	2.0	21	85	14	57	37	0	10	52	1.35
88708116--88708158	22	1.9	23	85	4	61	37	4	4	53	1.43
88709558--88709585	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
88711537--88711689	39	3.9	40	91	5	233	30	18	3	47	1.65
88712296--88712361	22	2.9	23	80	8	73	30	37	4	27	1.77
88712817--88713152	44	7.6	44	72	11	240	25	23	19	31	1.98
88712808--88713208	133	3.0	133	91	1	637	25	23	19	31	1.98
88712808--88713171	88	4.1	87	72	12	294	25	23	19	31	1.98
88713250--88714029	205	3.8	203	92	2	1215	29	22	17	29	1.97
88721997--88722046	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
88725877--88726034	26	6.0	26	71	10	97	58	3	5	32	1.37
88726047--88726095	20	2.4	20	80	12	55	69	10	0	20	1.17
88727155--88727196	21	2.0	21	86	4	59	83	2	7	7	0.89
88729676--88729718	15	2.9	15	82	0	50	25	18	27	27	1.98
88731721--88731764	21	2.1	21	86	0	61	31	0	25	43	1.55
88732101--88732327	25	9.2	25	73	12	168	18	26	21	34	1.96
88733790--88734006	39	5.5	39	89	1	317	28	24	18	28	1.98
88738938--88739052	17	6.5	18	84	6	146	37	11	10	40	1.75
88738938--88739061	35	3.5	36	91	2	198	37	12	9	40	1.75
88738938--88739052	52	2.2	52	85	6	151	37	11	10	40	1.75
88749535--88749571	3	12.7	3	94	5	67	64	0	35	0	0.94
88749813--88749842	11	2.7	11	94	0	51	40	0	10	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88750333--88750396	27	2.4	27	89	0	110	15	37	28	18	1.92
88750710--88750756	25	1.9	24	83	12	60	42	8	2	46	1.46
88762927--88762978	19	2.8	18	77	8	50	65	9	5	19	1.42
88769104--88769132	14	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
88770181--88770214	14	2.4	14	95	0	59	61	0	0	38	0.96
88770191--88770228	16	2.3	17	86	4	51	65	0	0	34	0.93
88776800--88776840	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
88786089--88786140	14	3.6	14	89	2	77	42	0	5	51	1.25
88788288--88788312	12	2.1	12	100	0	50	16	16	16	52	1.76
88788856--88788931	5	15.2	5	75	5	55	34	3	21	40	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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