genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  153  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51047852--51047915	31	2.1	31	87	0	92	40	15	21	21	1.91
51052925--51053121	40	4.9	40	83	3	227	26	23	25	24	2.00
51052925--51053116	80	2.4	81	85	3	255	26	23	25	24	2.00
51060416--51060638	53	4.2	53	73	5	162	39	18	22	19	1.92
51064196--51064242	24	2.0	24	83	8	60	42	0	29	27	1.56
51068470--51068499	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
51070738--51070918	85	2.1	85	93	0	308	27	23	12	35	1.91
51079435--51079556	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
51079407--51079813	47	8.6	47	91	3	620	28	29	8	33	1.86
51079407--51079813	96	4.3	96	89	4	623	28	29	8	33	1.86
51079421--51079813	143	2.8	142	89	4	603	28	29	8	33	1.87
51082039--51082096	30	1.9	30	82	6	73	18	27	29	24	1.98
51087048--51087145	5	18.2	5	70	17	56	72	2	6	19	1.16
51087076--51087133	6	9.3	6	74	7	53	77	3	5	13	1.07
51087075--51087143	17	4.0	16	75	21	52	76	2	5	14	1.08
51087089--51087143	21	2.6	21	91	5	85	78	1	5	14	1.02
51087088--51087137	26	2.0	25	84	4	64	78	2	6	14	1.03
51091700--51091773	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
51097627--51097700	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
51104929--51105010	6	14.0	6	78	8	80	76	1	3	18	0.99
51104929--51105030	12	9.0	11	75	10	91	75	0	3	19	1.02
51104929--51105030	18	6.0	17	75	19	81	75	0	3	19	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51108866--51108944	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
51109062--51109505	47	9.4	47	93	1	726	29	30	8	31	1.87
51109062--51109501	190	2.3	190	94	0	758	29	30	8	31	1.88
51117295--51117338	19	2.4	19	85	7	56	52	0	6	40	1.28
51117430--51117458	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
51127677--51127883	113	1.9	110	86	6	301	22	25	26	25	2.00
51128949--51129084	68	2.0	68	92	0	227	41	16	10	30	1.82
51129170--51129219	23	2.2	23	100	0	100	46	20	10	24	1.81
51132481--51132518	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
51134238--51134414	27	6.5	27	81	3	185	27	14	27	30	1.95
51134235--51134414	82	2.2	81	81	3	209	27	15	26	30	1.96
51135972--51136142	93	1.8	93	91	2	281	29	29	19	21	1.98
51135967--51136139	46	3.7	46	80	11	201	30	28	19	21	1.98
51136562--51136621	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
51143462--51143536	34	2.2	34	97	0	141	34	22	2	40	1.68
51143689--51143868	35	5.1	35	82	0	207	41	19	10	28	1.84
51146377--51146415	12	3.2	12	88	0	51	10	25	38	25	1.87
51160716--51160742	14	1.9	14	100	0	54	33	7	22	37	1.82
51161818--51161968	42	3.6	41	81	8	180	29	15	27	27	1.96
51163106--51163159	20	2.7	20	91	0	90	22	38	27	11	1.88
51164617--51164703	25	3.6	23	76	14	68	37	21	22	17	1.93
51164660--51164708	25	2.0	25	88	8	73	40	22	24	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51165160--51165436	153	1.8	154	81	3	353	29	19	22	28	1.98
51166290--51166342	21	2.5	21	81	3	61	54	24	0	20	1.44
51169209--51169445	27	8.8	27	90	0	287	30	20	8	40	1.81
51169196--51169473	81	3.4	81	82	3	220	32	20	7	39	1.81
51169465--51169561	27	3.6	27	84	2	106	41	23	10	24	1.86
51169580--51169797	27	8.0	27	83	0	265	36	19	20	24	1.95
51169573--51169789	54	4.0	54	86	2	292	37	17	20	24	1.94
51170000--51170094	25	3.8	25	88	5	147	28	25	22	24	1.99
51170000--51170107	25	4.4	24	84	9	119	30	23	22	24	1.99
51169998--51170119	50	2.5	51	80	8	153	28	24	22	24	1.99
51170315--51170387	31	2.4	30	86	4	110	30	15	27	27	1.96
51173825--51174039	40	5.4	40	86	5	260	25	26	23	24	2.00
51175908--51176145	81	2.9	81	84	1	307	32	20	7	39	1.81
51175933--51176143	27	7.8	27	88	0	260	31	19	7	41	1.79
51176164--51176290	27	4.8	26	79	10	105	38	22	11	27	1.88
51176269--51176469	81	2.5	81	86	3	271	37	17	19	24	1.94
51176278--51176468	27	7.0	27	83	0	238	36	18	20	24	1.95
51176671--51176765	25	3.8	25	88	5	147	28	25	22	24	1.99
51176671--51176778	25	4.4	24	84	9	119	30	23	22	24	1.99
51176669--51176790	50	2.5	51	80	8	153	28	24	22	24	1.99
51176986--51177068	31	2.7	31	94	3	143	28	15	26	28	1.96
51178911--51178957	24	2.0	24	91	0	76	29	21	6	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51179179--51179258	25	3.2	25	74	13	92	43	1	5	50	1.32
51179172--51179229	19	3.0	19	73	16	57	43	0	3	53	1.17
51179176--51179271	50	1.9	50	95	0	174	44	1	4	50	1.28
51179243--51179308	29	2.3	29	81	7	80	48	1	0	50	1.10
51179577--51179607	9	3.4	9	95	0	53	45	29	0	25	1.54
51179577--51179679	9	11.7	9	77	6	50	45	17	2	33	1.63
51184673--51184701	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
51185398--51185483	31	2.7	31	85	3	91	13	6	20	58	1.59
51185418--51185483	31	2.1	31	91	0	105	15	9	22	53	1.70
51185554--51185759	43	4.6	43	79	8	196	28	30	15	26	1.96
51197426--51197502	12	6.6	12	83	7	97	63	5	10	20	1.45
51197425--51197509	11	7.2	11	72	11	53	63	5	9	21	1.45
51198554--51198607	12	4.6	12	81	4	56	64	1	22	11	1.35
51198545--51198607	12	5.5	12	77	7	51	66	3	20	9	1.34
51198544--51198609	35	2.0	32	85	11	89	63	3	21	12	1.41
51198648--51198696	22	2.1	24	81	7	57	63	4	24	8	1.40
51207015--51207043	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
51210638--51210809	46	3.7	45	77	9	177	21	29	21	27	1.99
51210921--51210980	27	2.3	26	91	2	93	38	13	5	43	1.66
51213366--51213403	19	2.0	19	100	0	76	42	26	5	26	1.76
51218445--51218613	46	3.7	45	78	16	143	23	28	21	26	1.99
51219146--51219245	19	5.3	19	86	7	141	38	8	16	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51219135--51219251	36	3.1	35	77	19	112	37	7	15	39	1.76
51219146--51219260	19	5.9	21	85	7	79	37	6	17	38	1.77
51225991--51226032	13	3.4	12	87	9	50	83	0	14	2	0.75
51225991--51226038	20	2.5	17	78	21	51	83	0	12	4	0.79
51229421--51229790	47	7.7	47	92	3	546	32	8	29	29	1.87
51229442--51229790	96	3.6	96	92	3	560	32	8	29	29	1.86
51229442--51229790	49	7.3	49	91	3	545	32	8	29	29	1.86
51229909--51229987	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
51231202--51231391	40	4.8	40	86	0	272	25	21	27	25	1.99
51231665--51232020	44	8.0	45	73	10	270	31	16	23	28	1.96
51231603--51232022	132	3.2	132	89	0	633	32	17	23	27	1.97
51231969--51232376	175	2.3	175	93	0	681	32	19	19	27	1.96
51232700--51232727	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
51232850--51232906	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
51232850--51232917	19	3.7	19	92	7	122	36	11	14	36	1.83
51235540--51235582	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
51236822--51236933	27	4.1	27	82	7	120	15	22	24	38	1.92
51238340--51238372	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
51238908--51239119	88	2.4	87	87	5	302	25	28	21	24	1.99
51238913--51239119	45	4.7	44	88	4	294	26	28	21	23	1.99
51239922--51240062	47	3.0	47	92	1	212	46	14	11	27	1.78
51246585--51246803	45	5.0	45	83	9	231	26	25	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51246591--51246786	88	2.2	87	87	7	272	26	26	20	27	1.99
51246633--51246803	45	3.8	44	86	4	236	26	25	21	26	2.00
51247610--51247738	47	2.8	47	89	3	190	46	14	10	27	1.78
51252199--51252373	46	3.8	46	77	13	196	29	29	20	21	1.98
51252206--51252377	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
51252248--51252386	47	3.0	46	73	16	135	30	28	18	22	1.97
51254705--51254743	21	1.9	20	84	5	51	43	0	12	43	1.42
51258355--51258416	27	2.3	27	82	0	70	30	19	11	38	1.87
51270028--51270141	36	3.2	36	85	3	151	37	21	6	35	1.78
51270030--51270142	34	3.3	34	82	2	136	37	21	6	35	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344