genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29036883--29036943	10	5.9	10	79	12	61	63	4	0	31	1.15
29036883--29036941	21	2.8	22	82	10	79	66	5	0	28	1.13
29038638--29038792	63	2.5	63	89	2	222	25	27	22	24	2.00
29039423--29039477	27	2.1	26	86	3	74	72	3	16	7	1.21
29039428--29039477	24	2.0	26	84	7	68	72	4	16	8	1.24
29040995--29041195	46	4.3	46	80	7	183	30	19	28	21	1.98
29042871--29042918	23	2.1	23	92	0	78	50	25	16	8	1.73
29042896--29043031	41	3.3	41	90	1	202	32	21	25	21	1.98
29043644--29043692	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
29044161--29044204	8	5.8	8	84	10	65	68	0	0	31	0.90
29044161--29044251	15	6.1	15	74	7	69	69	1	0	29	0.96
29044160--29044244	23	3.8	22	83	7	109	71	1	0	27	0.93
29044161--29044218	30	1.9	30	92	0	98	72	0	0	27	0.85
29044169--29044230	14	4.3	14	80	13	63	77	0	0	22	0.77
29044176--29044231	7	7.7	7	84	7	76	80	0	0	19	0.71
29044236--29044263	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
29044297--29044321	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
29044351--29044388	8	4.9	8	90	6	51	84	0	0	15	0.63
29044351--29044388	15	2.4	16	83	16	53	84	0	0	15	0.63
29044351--29044387	18	2.1	18	94	0	65	86	0	0	13	0.57
29047555--29047616	20	3.0	20	71	21	56	58	3	0	38	1.15
29047633--29047774	43	3.3	43	86	0	176	27	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29049704--29049755	20	2.6	19	85	14	70	46	9	11	32	1.73
29051935--29052005	20	3.5	20	81	9	81	39	16	7	36	1.76
29055841--29055888	24	2.0	24	100	0	96	29	12	4	54	1.56
29057132--29057183	20	2.6	20	88	11	72	48	9	9	32	1.69
29061197--29061327	63	2.1	62	98	1	253	32	6	19	42	1.75
29061320--29061422	52	2.0	52	100	0	206	15	11	21	51	1.75
29063932--29063984	25	2.1	25	100	0	106	24	7	33	33	1.84
29065082--29065140	9	6.1	10	73	13	52	55	3	0	40	1.16
29065087--29065136	20	2.5	20	90	3	75	56	4	0	40	1.18
29065087--29065144	20	3.1	19	85	9	66	55	3	0	41	1.17
29077348--29077435	35	2.5	35	81	5	115	32	23	21	21	1.98
29079007--29079043	19	1.9	19	94	0	65	48	10	13	27	1.75
29078999--29079053	17	3.1	17	80	10	65	49	12	12	25	1.76
29087277--29087325	22	2.2	22	89	10	82	26	4	2	67	1.19
29090340--29090380	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
29093917--29093958	17	2.3	19	80	12	52	59	2	4	33	1.31
29094905--29094942	19	2.0	19	100	0	76	57	10	5	26	1.53
29095798--29095857	24	2.5	24	75	2	66	25	23	18	33	1.97
29103301--29103379	25	3.2	25	81	1	79	24	26	17	31	1.97
29109433--29109506	37	2.0	37	94	0	130	22	28	25	22	1.99
29109495--29109671	49	3.6	49	81	2	187	26	28	16	28	1.97
29109495--29109671	98	1.8	97	85	3	248	26	28	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29117755--29117799	22	2.1	21	83	4	54	8	33	28	28	1.87
29122381--29122420	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
29122389--29122455	34	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
29122404--29122443	20	2.0	20	85	0	53	30	12	10	47	1.74
29127479--29127525	24	2.0	24	91	0	76	29	8	21	40	1.83
29128905--29128969	32	2.1	32	85	5	89	36	15	15	32	1.89
29131110--29131141	3	10.7	3	100	0	64	0	0	34	65	0.93
29133723--29133764	22	2.0	20	86	9	57	66	2	2	28	1.16
29134504--29134589	40	2.2	39	85	6	120	36	36	13	13	1.85
29134514--29134590	40	1.9	40	91	0	127	36	35	14	14	1.86
29142267--29142309	18	2.4	18	100	0	86	23	34	23	18	1.96
29143256--29143721	140	3.3	139	87	3	686	51	12	12	23	1.74
29156502--29156583	39	2.1	39	100	0	164	34	18	9	37	1.84
29163379--29163406	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
29163640--29163667	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
29166129--29166158	11	2.6	12	89	10	53	66	6	0	26	1.16
29166151--29166195	18	2.5	19	82	10	58	60	0	8	31	1.28
29169544--29169650	49	2.2	49	93	0	178	19	38	19	22	1.94
29169596--29169630	17	2.0	17	88	5	52	22	34	17	25	1.96
29171328--29171392	29	2.2	31	78	10	73	38	9	15	36	1.79
29171874--29171928	26	2.1	26	100	0	110	47	21	7	23	1.76
29172873--29173039	63	2.7	63	80	1	201	29	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29172873--29173058	63	3.0	62	78	3	192	29	18	25	26	1.98
29173428--29173512	42	2.0	42	95	4	154	29	8	17	44	1.78
29176362--29176435	37	2.0	37	94	0	130	31	9	25	33	1.88
29178330--29178383	25	2.2	25	100	0	108	33	7	14	44	1.73
29180053--29180126	32	2.3	32	88	0	103	52	2	1	43	1.23
29183790--29183987	87	2.3	87	82	0	243	30	21	14	33	1.93
29186378--29186448	5	13.8	5	73	5	52	42	18	1	38	1.59
29189755--29190053	47	6.4	46	79	8	232	29	18	27	23	1.98
29189755--29190012	140	1.8	140	81	6	317	30	18	27	23	1.98
29189755--29190051	140	2.1	140	80	6	316	29	18	27	23	1.98
29189755--29190052	94	3.2	93	75	13	281	29	18	27	23	1.98
29194072--29194139	34	2.0	34	88	0	100	35	23	22	19	1.96
29198869--29198902	17	2.0	17	94	0	59	44	35	5	14	1.70
29202970--29203024	23	2.4	23	93	0	92	50	14	29	5	1.65
29203712--29203744	17	1.9	17	100	0	66	27	6	0	66	1.15
29211427--29211460	6	5.7	6	92	0	59	38	0	44	17	1.49
29214023--29214154	27	5.0	27	78	3	133	41	18	15	24	1.89
29214030--29214154	52	2.4	53	87	2	180	41	18	16	24	1.89
29217462--29217496	18	1.9	18	94	0	61	48	17	17	17	1.81
29217813--29217951	27	5.0	29	73	13	130	40	15	15	28	1.88
29217813--29217950	57	2.5	57	83	8	185	39	15	15	28	1.88
29220579--29220649	36	2.0	36	83	5	90	40	9	22	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29222647--29222691	18	2.3	20	81	7	58	44	8	0	46	1.34
29224622--29224683	19	3.2	19	86	6	72	33	1	4	59	1.28
29224583--29224670	46	1.9	45	84	6	115	43	0	3	53	1.17
29228606--29228683	38	2.1	38	97	0	147	48	15	11	24	1.78
29230808--29230844	12	3.2	12	81	14	51	62	0	0	37	0.96
29232320--29232372	26	2.0	26	85	0	70	56	5	13	24	1.58
29233281--29233812	28	19.2	28	71	5	229	26	14	30	28	1.95
29233649--29233808	83	1.9	82	80	9	182	23	12	33	31	1.92
29234018--29234234	81	2.7	81	89	2	312	32	23	12	31	1.92
29236083--29236139	29	2.0	29	100	0	114	31	14	21	33	1.92
29236029--29236475	150	3.0	149	91	1	720	35	19	11	32	1.88
29236233--29236289	29	2.0	29	89	0	87	35	12	21	31	1.90
29246136--29246175	12	3.1	13	89	7	55	32	0	0	67	0.91
29246136--29246175	14	3.0	14	92	7	66	32	0	0	67	0.91
29256132--29256157	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
29256558--29256624	31	2.2	31	88	0	98	44	11	10	32	1.75
29257255--29257299	20	2.3	20	88	3	65	42	0	4	53	1.21
29266145--29266169	11	2.3	11	100	0	50	24	12	24	40	1.88
29266345--29266430	42	2.0	42	100	0	172	38	4	18	38	1.72
29267113--29267141	7	4.1	7	100	0	58	13	0	44	41	1.44
29268238--29268369	68	1.9	69	92	1	221	40	3	5	50	1.43
29273549--29273770	40	5.6	40	94	1	358	22	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29278004--29278119	30	3.9	30	91	0	187	26	49	6	18	1.70
29278044--29278099	18	3.4	18	63	27	52	25	46	7	21	1.76
29278692--29278829	25	5.3	27	72	11	90	33	6	4	55	1.45
29278704--29278785	28	2.8	30	76	9	80	30	6	3	59	1.39
29278991--29279038	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
29278991--29279042	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
29283437--29283461	12	2.1	12	100	0	50	24	20	24	32	1.98
29284048--29284078	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
29287593--29287813	46	4.8	46	83	4	241	34	23	17	24	1.96
29288632--29288686	20	2.8	19	76	15	58	45	7	1	45	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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