genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62117905--62118089	80	2.3	81	83	6	216	24	27	23	24	2.00
62134809--62134862	23	2.4	22	76	14	56	62	0	14	22	1.31
62135052--62135097	17	2.7	18	80	6	51	56	0	6	36	1.25
62135349--62135399	24	2.1	25	82	10	70	35	13	3	47	1.62
62147239--62147416	97	1.8	99	83	9	240	44	1	12	40	1.53
62148626--62148688	30	2.1	30	88	5	92	41	0	38	20	1.53
62148900--62148945	9	5.1	9	86	0	56	32	10	10	45	1.74
62148995--62149029	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
62159542--62159667	46	2.7	48	85	9	172	27	31	15	24	1.96
62161789--62161830	21	2.0	22	85	4	59	54	0	0	45	0.99
62163707--62163769	28	2.2	28	88	0	90	31	3	28	36	1.73
62169117--62169179	28	2.2	28	91	0	99	33	4	28	33	1.78
62170304--62170359	16	3.5	16	82	0	76	35	5	28	30	1.80
62170341--62170434	44	2.1	46	88	4	138	32	5	26	35	1.79
62177691--62177725	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
62177885--62177979	45	2.1	44	88	1	136	33	27	6	32	1.82
62177958--62177995	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
62179299--62179567	126	2.1	126	90	1	423	29	14	17	38	1.89
62182068--62182105	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
62182084--62182178	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
62182338--62182372	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
62182993--62183023	6	5.2	6	100	0	62	16	35	16	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62192623--62192666	22	2.0	22	90	0	70	52	0	6	40	1.28
62193107--62193141	18	1.9	18	88	0	52	37	2	0	60	1.12
62193182--62193226	16	2.6	18	82	6	58	57	4	0	37	1.19
62193602--62193680	20	3.7	21	73	20	65	69	5	0	25	1.08
62193612--62193657	19	2.3	21	88	7	69	69	6	0	23	1.11
62193585--62193637	26	2.0	27	85	10	74	71	1	0	26	0.96
62193585--62193681	44	2.2	45	83	7	108	69	4	0	26	1.07
62194066--62194091	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93
62196064--62196328	47	5.7	46	74	15	174	21	28	20	30	1.98
62202287--62202311	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
62203483--62203590	46	2.4	45	81	7	121	25	15	28	29	1.96
62203563--62203737	49	3.6	48	77	9	169	27	18	28	26	1.98
62210889--62211207	46	6.7	49	75	14	242	26	19	30	24	1.98
62214528--62214565	19	2.0	19	85	10	51	42	7	10	39	1.69
62216731--62216824	46	2.1	45	93	2	161	37	15	13	32	1.88
62219178--62219269	48	1.9	48	93	0	157	31	16	22	29	1.96
62223453--62223519	26	2.8	25	72	18	70	64	16	0	19	1.30
62223453--62223529	26	3.4	22	70	20	68	64	15	0	19	1.28
62225394--62225490	49	2.0	49	83	0	122	43	7	18	30	1.77
62229955--62230154	100	2.0	100	99	0	393	42	5	3	50	1.39
62232009--62232048	19	2.1	19	90	0	62	37	25	0	37	1.56
62235266--62235335	35	2.0	36	88	2	106	30	11	22	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62238491--62238773	30	9.4	30	74	8	184	24	23	13	38	1.91
62238388--62238713	90	3.6	91	83	4	356	22	24	14	38	1.91
62238462--62238590	61	2.1	61	90	2	208	19	24	15	41	1.90
62238462--62238754	60	4.9	60	75	7	236	23	24	14	37	1.92
62238459--62238747	90	3.2	90	79	7	237	23	24	13	38	1.91
62238549--62238773	90	2.5	90	77	7	231	25	24	12	36	1.91
62248353--62248509	43	3.7	43	79	5	131	31	26	17	24	1.97
62250228--62250377	27	5.5	27	80	6	144	28	28	16	26	1.97
62258239--62258388	27	5.5	27	78	6	135	29	28	16	26	1.97
62278876--62279108	40	5.8	40	96	0	421	24	29	22	23	1.99
62280598--62280728	46	2.8	46	88	0	190	22	32	9	35	1.87
62280708--62281041	47	7.1	47	88	2	436	26	29	11	32	1.91
62280733--62281041	143	2.2	141	86	2	440	26	30	11	32	1.91
62280963--62281042	25	3.3	25	66	16	60	31	27	5	36	1.78
62284224--62284342	29	4.1	29	91	1	186	26	14	28	31	1.95
62286056--62286149	40	2.3	41	87	7	131	25	15	29	28	1.96
62289625--62289730	28	3.8	28	82	8	135	29	15	31	24	1.95
62289623--62289730	56	1.9	56	87	7	157	29	14	30	25	1.95
62290306--62290381	23	3.4	22	73	25	70	32	1	10	55	1.42
62293170--62293394	49	4.5	48	78	8	254	30	27	16	25	1.97
62304725--62304825	29	3.6	28	84	7	116	29	27	15	26	1.96
62305049--62305093	16	2.8	16	82	0	54	15	20	13	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62306359--62306396	16	2.3	17	90	4	60	15	5	28	50	1.66
62308054--62308085	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
62309550--62309653	28	3.7	27	82	7	127	27	13	30	27	1.94
62309548--62309653	56	1.9	56	88	3	160	28	13	30	28	1.94
62313285--62313426	40	3.6	40	84	2	189	23	22	28	25	1.99
62319985--62320052	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
62319874--62320201	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
62320154--62320232	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
62323736--62323960	40	5.6	40	84	5	283	23	21	28	26	1.99
62323736--62323960	83	2.8	80	84	8	278	23	21	28	26	1.99
62324451--62324517	31	2.2	31	100	0	134	32	11	20	34	1.90
62332116--62332286	27	6.3	27	86	1	189	37	17	19	25	1.93
62332116--62332261	55	2.7	53	83	6	193	39	17	17	25	1.92
62332117--62332275	82	2.0	81	87	1	228	37	18	17	25	1.93
62340341--62340704	47	7.7	47	95	0	595	32	7	29	29	1.86
62340823--62340901	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
62342518--62342691	27	6.4	27	85	1	213	35	18	19	25	1.95
62342518--62342673	55	2.9	53	86	7	215	36	19	19	24	1.95
62342519--62342673	82	1.9	82	89	0	238	36	19	19	24	1.95
62343433--62343492	27	2.3	26	82	2	66	21	20	20	38	1.94
62347389--62347585	38	5.1	38	86	2	277	22	22	23	30	1.99
62347389--62347585	78	2.6	76	83	3	277	22	22	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62347583--62347694	43	2.6	43	97	0	206	10	25	33	30	1.90
62351112--62351160	22	2.2	23	82	10	57	40	8	0	51	1.32
62353696--62353849	28	5.5	28	97	0	274	33	28	11	25	1.91
62355913--62356172	43	6.0	43	82	6	294	30	27	16	25	1.97
62367277--62367337	30	2.0	30	84	6	79	31	26	4	37	1.77
62373429--62373654	40	5.7	40	93	1	391	29	19	27	23	1.98
62378106--62378276	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	21	1.98
62378101--62378273	46	3.7	46	78	10	183	30	27	20	21	1.98
62380760--62380930	93	1.8	93	87	5	256	31	28	18	21	1.97
62380758--62380927	46	3.7	45	76	14	159	31	27	18	21	1.97
62384591--62384633	15	2.9	15	79	6	52	9	13	18	58	1.62
62388728--62388822	28	3.4	28	79	7	102	30	12	29	27	1.93
62394649--62394762	27	4.2	27	87	3	151	19	25	21	34	1.96
62394648--62394757	55	2.0	55	87	5	161	20	25	20	34	1.96
62418009--62418096	40	2.2	41	85	4	124	48	12	9	29	1.71
62420138--62420288	27	5.5	28	83	7	150	28	15	27	28	1.96
62420138--62420288	55	2.8	53	82	7	162	28	15	27	28	1.96
62420138--62420288	82	1.8	82	81	2	187	28	15	27	28	1.96
62424206--62424262	24	2.4	23	77	8	60	7	21	0	71	1.08
62426402--62426453	24	2.1	25	96	3	97	53	3	13	28	1.57
62427065--62427135	24	3.1	23	76	19	76	29	15	14	40	1.86
62443509--62443596	40	2.2	41	87	4	133	50	12	9	28	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62447554--62447622	22	3.1	23	83	10	90	33	21	24	20	1.97
62448397--62448519	39	3.2	39	97	0	228	28	26	19	26	1.99
62448372--62448519	78	1.9	78	87	2	217	27	26	21	25	1.99
62450820--62450942	41	3.0	41	87	2	176	27	28	21	22	1.99
62451221--62451381	27	5.9	27	81	6	96	28	9	19	42	1.82
62451255--62451568	27	11.6	27	80	6	208	30	9	20	39	1.85
62451313--62451517	108	1.9	108	81	6	245	30	10	20	39	1.86
62455551--62455600	18	2.8	18	72	9	57	38	16	22	24	1.93
62455995--62456114	27	4.4	27	80	2	125	22	20	17	39	1.93
62456103--62456261	27	5.8	27	76	7	131	36	15	16	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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