genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24024837--24024936	22	4.3	24	73	14	86	58	5	7	30	1.46
24025019--24025085	23	2.8	23	82	15	82	53	2	4	38	1.36
24025112--24025150	18	2.0	20	85	9	55	61	2	2	33	1.23
24025175--24025217	14	3.0	14	80	12	52	58	4	0	37	1.19
24025387--24025467	39	2.1	39	81	9	94	56	3	6	33	1.42
24030658--24030712	15	3.6	16	78	14	62	38	5	0	56	1.23
24035693--24035744	21	2.5	21	74	0	50	50	19	30	0	1.48
24037352--24037396	19	2.4	18	82	10	56	17	13	8	60	1.58
24040545--24040576	15	2.1	16	88	11	50	34	3	0	62	1.11
24048775--24048922	28	5.3	28	82	2	174	34	12	25	27	1.92
24048775--24048922	56	2.7	56	85	3	201	34	12	25	27	1.92
24051003--24051042	6	6.7	6	97	0	71	82	0	0	17	0.67
24059618--24059766	27	5.6	27	95	1	246	26	13	29	30	1.94
24059618--24059766	53	2.8	54	93	2	246	26	13	29	30	1.94
24059618--24059766	80	1.9	80	92	0	253	26	13	29	30	1.94
24067923--24068074	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
24067923--24068074	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
24076214--24076365	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
24076214--24076365	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
24094769--24094884	46	2.5	47	80	13	141	23	31	18	27	1.97
24102368--24102535	46	3.6	45	78	7	176	21	28	21	28	1.99
24102270--24102535	140	1.9	141	83	2	347	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24102368--24102538	94	1.8	92	85	7	238	21	28	21	28	1.99
24104630--24104662	17	1.9	17	100	0	66	21	18	18	42	1.89
24107232--24107295	31	2.1	31	100	0	128	40	14	9	35	1.78
24107564--24107649	29	2.9	29	75	14	70	51	10	3	34	1.53
24109581--24109632	16	3.3	16	78	5	52	32	0	7	59	1.26
24109598--24109649	25	2.1	25	82	10	63	32	0	7	59	1.26
24117974--24118022	5	10.4	5	79	16	52	79	2	18	0	0.83
24118395--24118448	24	2.2	24	90	3	81	40	9	18	31	1.82
24122683--24122726	15	3.0	14	78	12	52	6	25	15	52	1.68
24124701--24124756	27	2.0	28	86	3	78	71	7	1	19	1.18
24124860--24124925	34	1.9	35	81	9	82	62	6	3	28	1.34
24128179--24128240	29	2.1	30	93	3	108	59	14	3	22	1.49
24128271--24128301	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
24128705--24128809	42	2.5	42	85	3	131	16	35	23	24	1.95
24134175--24134217	22	2.0	22	85	0	59	27	13	4	53	1.60
24134239--24134269	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
24134250--24134311	30	2.1	30	90	0	97	29	1	9	59	1.38
24135881--24136032	74	2.1	74	97	0	286	56	9	12	21	1.64
24138610--24138656	15	3.1	15	78	6	51	46	8	0	44	1.33
24138815--24138842	6	4.7	6	100	0	56	50	50	0	0	1.00
24139089--24139138	8	6.5	8	72	9	50	40	4	0	56	1.18
24139235--24139276	17	2.7	15	76	16	50	59	4	0	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24141028--24141108	40	2.0	40	97	0	153	25	7	25	40	1.82
24155214--24155249	17	2.2	17	90	5	56	38	27	0	33	1.57
24159922--24160041	46	2.6	45	83	12	140	30	17	28	24	1.97
24170600--24170770	93	1.8	93	93	2	299	28	27	21	22	1.99
24170595--24170767	46	3.7	46	78	11	201	28	26	21	23	1.99
24192973--24193189	45	4.9	45	88	5	300	25	29	21	23	1.99
24196847--24197024	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24196848--24197003	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24196844--24197024	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24204913--24205090	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24204914--24205069	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24204910--24205090	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24212974--24213124	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96
24212973--24213124	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
24212974--24213124	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
24216709--24216740	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
24216987--24217051	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
24217167--24217257	27	3.2	28	75	4	67	21	26	19	31	1.98
24224848--24224912	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
24225018--24225107	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
24225028--24225118	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
24225018--24225132	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24234999--24235461	246	1.9	246	99	0	908	34	7	20	36	1.82
24237200--24237286	27	3.2	27	77	9	88	32	25	12	29	1.93
24237213--24237309	27	3.6	27	94	1	158	30	28	13	26	1.94
24237212--24237337	27	4.5	28	89	2	130	30	29	13	26	1.94
24237784--24237810	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
24244504--24244587	44	1.9	44	85	0	114	32	26	17	23	1.97
24263101--24263363	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	27	1.99
24263137--24263398	80	3.3	80	85	3	253	25	19	27	27	1.99
24270812--24271074	40	6.6	40	87	3	316	24	19	27	27	1.99
24270848--24271109	80	3.3	80	83	4	237	25	19	27	27	1.99
24278500--24278697	42	4.6	43	84	6	172	26	14	27	32	1.94
24278536--24278698	42	3.9	42	87	3	195	26	13	26	33	1.94
24282795--24283017	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
24282870--24283052	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
24285476--24285602	45	2.7	46	75	7	132	25	18	17	37	1.93
24285479--24285608	68	1.9	69	81	7	158	25	19	16	38	1.92
24285479--24285616	23	5.9	23	76	13	104	25	20	16	37	1.93
24286928--24287009	43	1.9	43	94	0	146	21	29	29	19	1.98
24289953--24290112	43	3.7	43	71	11	130	25	16	23	34	1.96
24296993--24297074	21	3.8	21	71	15	67	39	26	13	20	1.90
24296984--24297070	45	1.9	45	95	0	156	39	26	12	21	1.89
24299625--24299685	30	2.0	30	87	0	86	39	8	22	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24300421--24300604	67	2.8	64	74	11	169	28	16	30	23	1.96
24308014--24308073	27	2.3	26	82	2	66	21	20	20	38	1.94
24317276--24317308	16	2.1	16	94	0	57	75	9	6	9	1.18
24321563--24321737	94	1.9	93	83	7	230	24	26	18	30	1.98
24321610--24321725	47	2.5	47	80	17	134	22	26	20	30	1.98
24327417--24327447	8	3.9	8	95	0	53	54	6	12	25	1.62
24327822--24327978	43	3.7	42	79	7	156	26	18	23	31	1.97
24328494--24328539	23	2.0	24	82	4	58	17	4	28	50	1.65
24330022--24330137	58	2.0	58	94	0	205	36	12	16	34	1.87
24332843--24332872	15	2.0	15	100	0	60	60	6	20	13	1.55
24335533--24335632	42	2.3	43	81	8	125	30	19	20	31	1.96
24335494--24335650	43	3.7	43	74	9	133	26	19	24	29	1.99
24336160--24336204	23	1.9	24	86	4	65	15	2	28	53	1.54
24338060--24338119	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
24338855--24338972	27	4.4	27	90	0	155	26	21	17	34	1.95
24343916--24344087	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
24343909--24344084	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
24347044--24347180	66	2.1	67	88	1	204	29	22	28	18	1.98
24347111--24347161	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
24347794--24347925	27	5.0	27	85	2	151	25	20	16	37	1.93
24350793--24350923	56	2.4	56	91	3	205	27	12	25	34	1.93
24350794--24350957	55	3.0	56	84	6	176	25	14	26	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24355892--24356103	53	4.0	52	78	9	198	23	25	16	35	1.94
24356429--24356487	30	2.0	30	82	0	73	32	25	3	38	1.72
24375381--24375502	6	19.8	6	69	14	79	50	14	16	18	1.79
24375392--24375502	31	3.6	31	87	0	159	49	15	16	18	1.80
24375917--24376140	27	8.3	27	89	3	344	24	20	20	34	1.96
24375940--24376167	54	4.2	54	86	5	176	26	18	19	35	1.95
24376124--24376221	27	3.7	26	81	9	101	27	6	25	40	1.79
24377150--24377237	45	2.0	45	86	0	122	39	25	10	25	1.87
24392411--24392436	7	3.7	7	100	0	52	57	0	42	0	0.98
24393839--24393943	43	2.4	43	82	3	131	25	13	23	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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