genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  173  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57849649--57849884	40	5.9	40	90	0	337	25	28	22	23	1.99
57850191--57850269	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
57850251--57850353	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
57852203--57852281	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57852400--57852875	47	10.1	47	93	0	709	28	31	9	31	1.89
57858800--57858984	40	4.6	40	91	4	284	23	22	27	26	1.99
57858796--57859016	80	2.8	79	86	6	277	26	21	26	26	1.99
57866887--57867079	40	4.8	40	92	1	300	23	29	24	22	1.99
57867534--57867612	39	2.0	39	97	0	149	45	13	10	30	1.77
57870757--57870810	26	2.1	26	85	0	72	27	12	9	50	1.71
57873090--57873233	29	4.9	29	77	8	112	39	11	22	25	1.88
57873090--57873300	87	2.5	82	82	8	234	38	11	24	25	1.89
57891439--57891631	40	4.8	40	92	1	300	23	29	24	22	1.99
57892086--57892164	39	2.0	39	97	0	149	45	13	10	30	1.77
57895314--57895367	26	2.1	26	85	0	72	27	12	9	50	1.71
57897736--57898005	30	9.1	30	71	12	171	39	12	23	24	1.89
57897736--57898005	89	3.0	89	89	3	391	39	12	23	24	1.89
57897736--57898008	60	4.6	60	77	7	209	39	12	23	24	1.89
57904467--57904531	22	3.0	22	77	8	69	30	23	24	21	1.99
57904639--57904747	41	2.7	41	89	0	164	28	29	19	22	1.98
57905005--57905345	27	12.6	27	79	6	255	31	11	18	37	1.87
57908271--57908334	22	2.9	21	73	13	58	32	21	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57908477--57908555	40	2.0	41	89	2	124	26	27	21	24	1.99
57908824--57908953	55	2.4	54	79	2	145	30	10	16	43	1.80
57908793--57909181	27	14.4	27	72	6	151	31	10	19	39	1.85
57909636--57909904	27	9.9	27	75	8	109	30	10	19	39	1.85
57909737--57909911	54	3.2	54	81	5	140	30	10	20	38	1.87
57909752--57909904	81	1.9	81	83	2	200	28	9	23	38	1.86
57909887--57909992	27	4.0	26	84	6	131	33	9	17	39	1.82
57909776--57909935	54	3.0	53	82	7	196	28	9	22	39	1.85
57909736--57909936	81	2.5	81	80	3	199	30	9	20	38	1.85
57909891--57909994	54	1.9	54	90	0	163	33	10	15	40	1.82
57909918--57910002	27	3.2	26	88	3	116	31	9	16	42	1.80
57913253--57913373	40	3.0	41	82	2	154	27	28	20	23	1.99
57913671--57913984	27	11.6	27	74	5	136	30	8	18	41	1.81
57913754--57913929	54	3.3	54	91	1	228	30	7	19	41	1.80
57913750--57913961	81	2.6	81	79	1	228	32	8	19	39	1.83
57913645--57914009	54	6.8	54	77	5	220	32	9	17	40	1.81
57913897--57914000	27	3.9	27	80	0	109	32	11	18	37	1.87
57914030--57914109	27	3.0	26	85	3	97	30	22	16	31	1.96
57917581--57917923	27	12.7	28	77	6	201	30	10	19	39	1.86
57917642--57917871	80	2.8	80	78	1	208	29	8	19	43	1.80
57917689--57917898	107	2.0	107	79	5	228	28	10	20	40	1.85
57917947--57918037	27	3.4	27	78	0	92	30	18	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57918109--57918143	18	2.0	18	88	5	54	20	31	25	22	1.98
57921829--57921911	24	3.5	24	90	3	114	34	33	13	18	1.89
57929822--57929908	24	3.6	24	90	3	122	34	34	13	17	1.89
57933177--57933231	27	2.1	27	82	3	67	14	14	21	49	1.79
57933489--57933586	29	3.4	28	75	12	92	24	33	14	27	1.94
57933491--57933604	59	2.0	57	81	6	131	26	31	13	28	1.93
57935495--57935732	50	4.7	50	77	9	259	28	25	18	27	1.98
57935556--57935737	101	1.8	101	87	2	276	29	25	17	27	1.97
57935495--57935788	50	5.8	50	76	6	254	29	25	17	27	1.97
57935498--57935786	151	1.9	150	85	5	395	30	25	17	26	1.97
57937754--57937806	25	2.1	25	100	0	106	52	16	7	22	1.69
57937822--57937851	15	1.9	16	93	6	53	60	30	0	10	1.30
57939071--57939248	43	4.2	42	77	10	155	30	27	17	23	1.97
57940597--57940690	27	3.5	27	81	11	111	31	19	22	26	1.97
57940696--57940857	27	6.0	26	79	11	155	40	19	8	31	1.81
57940696--57940857	54	3.0	52	83	8	189	40	19	8	31	1.81
57940718--57940857	54	2.6	53	88	3	190	40	20	7	31	1.81
57940886--57940958	27	2.7	27	80	4	67	30	23	23	23	1.99
57941686--57941744	26	2.3	26	85	5	75	22	22	20	35	1.96
57946357--57946463	27	4.0	27	85	0	133	32	18	21	27	1.97
57946449--57946569	27	4.5	27	89	0	170	41	19	9	30	1.82
57946430--57946545	54	2.1	54	85	3	153	40	21	10	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57946474--57946606	54	2.5	54	82	4	144	40	21	9	29	1.83
57946449--57946653	27	7.6	27	77	4	108	40	20	7	30	1.81
57946638--57946691	27	2.0	27	96	0	99	37	16	18	27	1.93
57946645--57946717	27	2.7	27	84	0	83	32	21	21	23	1.98
57947445--57947503	26	2.3	26	85	5	75	22	22	20	35	1.96
57950028--57950184	43	3.7	44	74	12	130	26	16	24	31	1.96
57954838--57954957	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
57956092--57956276	40	4.7	40	79	7	191	24	21	28	25	1.99
57956147--57956311	79	2.1	79	80	6	183	26	19	27	26	1.99
57962740--57962859	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
57962930--57962962	10	3.4	10	91	4	50	81	0	18	0	0.68
57963964--57964188	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
57968044--57968472	86	5.1	85	84	4	469	32	13	10	43	1.78
57968090--57968472	166	2.3	168	85	6	472	31	13	10	44	1.79
57972156--57972261	27	3.9	27	86	4	142	37	22	10	29	1.87
57972187--57972314	54	2.4	54	78	3	125	41	22	7	28	1.80
57973046--57973106	31	1.9	32	86	3	88	22	24	16	36	1.94
57973069--57973127	27	2.2	26	84	3	73	25	22	15	37	1.93
57979748--57979852	27	3.9	27	87	3	140	37	23	10	28	1.88
57979833--57979907	27	2.8	26	72	8	78	40	26	4	29	1.74
57979752--57979869	54	2.2	54	80	3	130	39	23	9	27	1.85
57980652--57980711	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57996166--57996321	39	3.9	39	85	7	201	24	23	26	25	2.00
57996166--57996320	79	2.0	79	86	7	217	24	22	27	25	2.00
58004161--58004376	40	5.5	39	87	6	269	24	22	27	25	2.00
58004157--58004343	79	2.4	79	89	3	279	24	22	27	25	2.00
58004157--58004343	40	4.7	40	88	4	281	24	22	27	25	2.00
58011978--58012177	53	3.7	54	81	5	226	22	25	18	34	1.96
58011989--58012182	55	3.6	54	81	5	214	22	25	18	34	1.96
58012164--58012285	47	2.6	47	94	0	208	27	22	13	36	1.92
58018585--58018773	55	3.5	53	83	5	218	21	24	19	34	1.96
58018760--58018881	47	2.6	47	94	0	208	26	23	13	36	1.93
58026465--58026621	78	2.0	78	98	0	305	27	9	19	43	1.81
58026650--58026692	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
58029878--58029920	18	2.4	18	96	0	77	37	4	20	37	1.74
58033158--58033200	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
58043106--58043194	45	2.0	45	95	0	160	21	21	15	41	1.90
58047205--58047262	30	1.9	30	82	6	73	24	34	24	17	1.96
58058025--58058050	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
58058045--58058082	20	1.9	20	89	10	60	52	13	5	28	1.61
58059191--58059233	21	2.0	22	82	13	54	37	0	0	62	0.95
58060577--58061703	587	1.9	580	85	5	1488	22	14	19	43	1.87
58064529--58064586	18	3.2	18	77	22	59	34	0	3	62	1.12
58068426--58068488	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58072572--58072740	93	1.8	93	93	2	295	26	29	21	22	1.99
58072562--58072737	46	3.8	46	77	16	202	27	28	21	22	1.99
58076499--58076669	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
58076491--58076666	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
58092765--58092798	18	1.9	18	88	5	52	55	29	11	2	1.50
58095144--58095408	131	2.0	131	82	1	316	29	20	17	32	1.95
58095171--58095478	131	2.4	130	79	4	307	27	20	19	33	1.96
58100275--58100329	22	2.5	22	96	0	101	12	25	34	27	1.92
58106949--58107126	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
58115070--58115247	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344