genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27864960--27865078	43	2.8	42	81	6	141	27	26	16	28	1.97
27875103--27875215	43	2.7	42	79	5	129	29	27	15	28	1.96
27876300--27876331	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
27876327--27876353	11	2.5	11	100	0	54	66	0	7	25	1.17
27880824--27881012	101	1.9	102	95	1	344	34	8	15	41	1.78
27881397--27881494	28	3.5	28	92	2	153	27	11	26	34	1.90
27882430--27882499	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
27889732--27889779	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
27889827--27889882	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
27889816--27889882	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
27889933--27890051	23	5.1	23	87	2	175	28	19	20	31	1.97
27890266--27890329	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
27896672--27896721	23	2.2	23	82	7	57	60	2	0	38	1.09
27900392--27900436	14	3.1	14	83	3	54	33	0	4	62	1.15
27900411--27900440	15	2.0	15	100	0	60	33	0	13	53	1.40
27901166--27901211	19	2.3	20	85	3	67	67	0	2	30	1.03
27902442--27902495	22	2.5	21	82	8	63	37	16	0	46	1.48
27907408--27907532	42	3.0	40	80	15	144	24	19	28	28	1.98
27907408--27907572	43	3.8	43	77	10	167	26	18	26	28	1.98
27907408--27907577	86	2.0	86	82	5	211	26	18	25	28	1.98
27919637--27919699	32	2.0	32	96	0	117	26	9	19	44	1.81
27923226--27923263	17	2.4	17	91	8	62	5	18	0	76	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27937080--27937186	55	1.9	55	92	0	178	30	19	23	26	1.98
27940643--27940807	79	2.1	79	84	4	208	24	21	27	26	2.00
27940591--27940774	40	4.6	39	82	9	194	23	21	27	26	1.99
27944026--27944249	40	5.7	40	85	7	264	25	22	27	25	2.00
27944026--27944249	79	2.8	80	83	9	262	25	22	27	25	2.00
27944079--27944282	79	2.6	79	84	5	218	26	21	26	25	1.99
27947786--27947963	79	2.2	79	85	7	236	25	28	23	23	1.99
27947756--27947958	40	5.1	40	85	5	245	25	27	22	24	2.00
27955080--27955264	40	4.6	39	83	7	198	23	21	28	27	1.99
27955080--27955262	79	2.3	80	83	7	212	24	21	27	26	1.99
27955109--27955289	79	2.3	79	78	5	188	27	19	25	27	1.99
27960457--27960498	18	2.3	18	100	0	84	54	11	0	33	1.37
27968496--27968549	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
27968775--27969004	49	4.6	50	77	4	241	26	17	26	29	1.97
27968782--27969004	101	2.2	98	80	7	245	26	17	26	29	1.97
27976462--27976584	45	2.7	45	85	0	174	26	22	17	34	1.96
27984960--27985007	13	2.9	18	71	28	61	22	29	33	14	1.94
27991938--27991998	21	2.8	23	73	14	67	14	24	26	34	1.94
27995095--27995275	55	3.4	53	84	8	222	22	24	18	34	1.96
27995262--27995383	47	2.6	47	90	0	190	23	22	15	37	1.93
27995355--27995518	45	3.5	46	78	5	168	22	24	18	34	1.96
27996758--27996809	27	1.9	27	96	0	95	50	17	1	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28000161--28000224	22	3.0	22	79	9	69	70	3	0	26	1.02
28000182--28000219	10	3.4	11	86	13	51	71	0	0	28	0.87
28000602--28000634	2	16.5	2	93	0	57	51	0	48	0	1.00
28012671--28012705	17	2.1	17	88	0	52	14	37	34	14	1.86
28018100--28018197	48	2.0	48	100	0	196	34	28	18	18	1.94
28023525--28023791	40	6.7	40	94	0	471	29	21	27	20	1.98
28032329--28032635	40	7.7	40	97	0	569	29	20	27	21	1.98
28046888--28046920	17	1.9	17	93	0	57	48	0	18	33	1.48
28050116--28050299	40	4.7	40	82	7	216	26	27	22	23	2.00
28050116--28050299	79	2.3	81	80	9	209	26	27	22	23	2.00
28058102--28058284	79	2.3	80	83	7	221	25	27	22	24	2.00
28058100--28058284	40	4.7	40	81	7	216	25	27	22	24	2.00
28073087--28073271	40	4.7	40	84	6	216	24	22	27	26	2.00
28073087--28073304	79	2.7	79	80	8	214	25	21	26	26	1.99
28081117--28081249	40	3.3	40	95	2	232	24	20	27	27	1.99
28081064--28081249	40	4.6	41	84	6	222	24	21	26	26	1.99
28081117--28081282	80	2.1	79	85	5	219	25	19	27	27	1.99
28086153--28086236	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
28086105--28086292	50	3.8	49	84	2	223	25	18	27	28	1.98
28093015--28093045	4	7.8	4	92	0	53	22	29	0	48	1.51
28114218--28114259	20	2.1	20	86	8	59	16	7	0	76	1.00
28131491--28131945	42	11.0	42	88	2	586	21	20	23	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28132575--28132648	35	2.1	35	84	0	94	35	27	14	22	1.94
28134905--28135125	51	4.1	52	68	18	123	37	2	10	49	1.51
28134861--28135176	163	1.9	162	89	1	490	40	3	9	46	1.54
28135188--28135248	32	1.9	32	93	0	104	47	1	11	39	1.50
28136025--28136057	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
28140090--28140356	40	6.7	40	94	0	471	20	27	21	29	1.98
28171620--28171763	55	2.6	55	82	2	155	18	27	29	24	1.98
28177413--28177447	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
28178520--28178607	29	3.0	29	86	0	122	30	29	13	26	1.94
28180107--28180138	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
28180162--28180193	10	3.2	10	100	0	64	40	0	28	31	1.57
28186401--28186548	68	2.2	68	81	2	172	41	16	14	26	1.88
28188868--28189006	58	2.4	58	93	1	235	28	30	17	22	1.97
28188902--28188998	29	3.3	29	75	11	117	28	34	16	20	1.95
28189151--28189266	43	2.7	43	93	0	187	34	34	20	10	1.87
28191978--28192134	68	2.3	67	81	5	174	42	18	14	24	1.87
28194455--28194593	58	2.4	58	90	1	208	28	30	18	22	1.97
28194489--28194585	29	3.3	29	72	11	90	27	34	17	20	1.95
28194736--28194854	43	2.8	43	87	5	177	31	35	22	10	1.88
28197371--28197555	40	4.7	40	78	7	182	24	21	27	26	1.99
28197424--28197578	79	2.0	79	82	7	190	26	20	26	27	1.99
28205428--28205618	40	4.8	39	79	8	172	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28205480--28205634	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	27	1.99
28208884--28209040	68	2.3	68	83	3	192	41	17	15	26	1.88
28211797--28211822	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
28212278--28212356	27	2.9	27	90	0	113	29	17	17	35	1.93
28212295--28212475	27	6.7	26	86	2	164	30	9	20	39	1.85
28212323--28212475	54	2.8	52	83	8	191	30	8	20	40	1.82
28212297--28212455	81	2.0	81	82	5	196	30	11	19	38	1.87
28212792--28212855	32	2.0	32	87	0	92	26	35	18	18	1.94
28223379--28223493	42	2.7	42	76	8	108	27	25	19	27	1.98
28225794--28225831	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
28260886--28260927	18	2.3	18	87	0	57	26	14	35	23	1.93
28260896--28260931	18	2.0	18	100	0	72	27	11	38	22	1.88
28261115--28261239	63	2.0	62	96	1	232	20	18	16	45	1.85
28265098--28265140	18	2.2	21	84	12	56	34	16	23	25	1.95
28270828--28270887	30	2.0	30	96	0	111	31	10	6	51	1.61
28270893--28270958	33	2.0	33	100	0	132	18	36	6	39	1.75
28272637--28272830	40	4.9	40	93	0	318	22	27	22	26	1.99
28276687--28276743	30	1.9	29	92	3	96	29	26	19	24	1.98
28276691--28276754	30	2.2	29	85	2	83	32	25	17	25	1.96
28277751--28277775	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
28283935--28283998	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
28291474--28291512	20	2.0	20	85	10	53	48	10	20	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28293156--28293193	19	2.1	19	90	5	60	26	15	39	18	1.91
28293273--28293384	29	3.9	29	80	10	113	25	17	30	25	1.98
28296903--28296943	14	2.9	15	75	14	50	48	24	2	24	1.63
28299522--28299671	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28299546--28299729	67	2.8	64	76	8	185	29	16	30	22	1.96
28301627--28301718	45	2.0	45	85	0	121	16	20	17	45	1.85
28302283--28302639	180	2.0	180	86	2	493	33	20	7	38	1.81
28306561--28306894	179	1.9	181	86	2	485	33	19	6	40	1.78
28307464--28307847	50	7.6	50	77	6	337	32	23	17	26	1.97
28307515--28307806	101	2.9	101	87	0	404	32	24	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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