genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87717414--87717440	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
87717868--87717892	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
87718969--87719009	14	2.7	16	81	11	59	31	0	0	68	0.90
87720946--87721028	21	3.9	21	75	3	58	37	26	21	14	1.92
87721401--87721458	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
87725657--87725713	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
87726097--87726146	21	2.3	21	89	6	73	14	26	26	34	1.94
87726108--87726171	21	3.0	21	86	0	83	14	23	26	35	1.93
87727721--87727775	21	2.6	22	77	16	62	65	1	3	29	1.20
87727763--87727800	9	4.2	9	83	9	51	68	0	2	28	1.03
87733565--87733605	21	2.0	21	85	9	57	19	31	19	29	1.96
87752908--87752933	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
87753729--87753770	22	1.9	22	85	0	57	35	4	14	45	1.66
87757974--87758030	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
87758244--87758270	13	2.1	13	100	0	54	48	7	0	44	1.31
87760725--87760758	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
87760847--87760883	18	2.1	18	94	0	65	24	2	0	72	0.97
87766260--87766321	29	2.1	31	82	11	76	14	16	41	27	1.87
87766947--87767038	34	2.7	34	75	9	107	33	4	16	45	1.67
87767598--87767636	20	2.0	19	95	5	69	46	5	7	41	1.55
87767974--87768007	17	1.9	17	88	5	50	47	0	0	52	1.00
87772343--87772559	39	5.6	39	84	0	245	34	17	31	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87772397--87772548	19	7.8	19	66	4	79	32	18	33	15	1.92
87772348--87772559	78	2.7	78	84	0	271	33	17	32	16	1.92
87780711--87780750	20	2.0	20	85	9	55	50	0	10	40	1.36
87782053--87782090	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
87785108--87785197	45	2.0	45	91	0	144	45	16	13	24	1.83
87786100--87786125	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
87786966--87787015	24	2.0	25	85	11	68	46	4	6	44	1.47
87788941--87788986	16	2.9	16	90	0	65	50	21	19	8	1.75
87797247--87797413	46	3.6	45	77	9	176	29	28	19	22	1.98
87797248--87797418	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	22	1.98
87804527--87804564	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
87804794--87804959	46	3.6	45	77	8	181	29	28	19	22	1.98
87804794--87804963	93	1.8	93	92	0	286	29	28	20	22	1.98
87808102--87808277	50	3.5	49	83	3	199	30	26	17	26	1.97
87808102--87808285	101	1.8	99	83	2	242	29	26	17	26	1.97
87809946--87809979	17	2.0	17	88	0	50	47	14	5	32	1.69
87815000--87815039	17	2.2	18	82	13	55	50	15	5	30	1.65
87815007--87815040	17	2.0	17	94	0	59	50	14	5	29	1.67
87820931--87821042	27	4.1	27	81	10	97	37	23	21	17	1.94
87822470--87822534	24	2.7	24	92	0	112	26	38	0	35	1.57
87822435--87822534	48	2.1	47	81	7	112	22	37	4	37	1.73
87825039--87825216	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87825060--87825215	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
87825039--87825215	54	3.3	54	81	6	196	29	28	15	27	1.96
87827571--87827747	70	2.5	70	81	0	221	29	24	22	23	1.99
87827695--87827771	34	2.2	36	79	9	88	31	20	23	24	1.98
87828664--87828706	12	3.5	12	81	6	50	20	2	2	74	1.04
87832468--87832562	47	2.0	47	91	0	154	27	22	23	27	1.99
87832773--87832854	25	3.3	25	91	5	114	40	24	13	21	1.89
87845070--87845241	93	1.8	93	89	0	272	29	29	19	21	1.98
87845062--87845237	46	3.8	46	77	10	178	30	28	19	21	1.97
87847630--87847709	30	2.6	31	77	11	85	55	13	17	13	1.70
87847621--87847700	15	5.4	15	72	12	67	57	12	17	12	1.65
87847632--87847709	15	5.2	15	72	9	61	55	14	16	14	1.70
87850680--87850726	20	2.3	20	92	0	76	27	34	19	19	1.96
87850638--87850771	66	2.0	66	92	0	223	29	29	20	20	1.98
87854427--87854677	123	2.0	123	97	0	475	33	19	16	30	1.94
87860484--87860533	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
87861161--87861199	16	2.4	17	82	8	53	28	0	0	71	0.86
87862599--87862679	26	3.1	26	84	7	110	35	23	19	20	1.96
87863648--87863689	21	2.0	21	100	0	84	47	28	9	14	1.75
87868960--87869019	20	3.0	20	78	4	68	63	5	8	23	1.42
87873228--87873315	27	3.2	27	87	6	124	19	22	21	36	1.95
87877334--87877487	38	4.0	38	83	3	184	22	19	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87877298--87877475	76	2.3	77	82	5	207	24	21	24	29	1.99
87882978--87883032	3	18.0	3	88	3	83	61	1	0	36	1.06
87883537--87883602	5	13.4	5	79	9	66	56	0	1	42	1.08
87885056--87885254	101	2.0	101	93	0	344	33	26	9	31	1.88
87889486--87889514	5	6.0	5	92	8	51	58	0	0	41	0.98
87889493--87889543	25	2.0	25	88	3	75	54	0	1	43	1.11
87893016--87893307	27	10.8	27	87	0	368	30	22	7	39	1.82
87893295--87893505	27	7.9	26	80	3	145	39	20	9	30	1.83
87893300--87893457	54	2.9	53	85	1	190	39	21	9	29	1.85
87893352--87893477	54	2.3	54	91	0	198	38	19	11	30	1.86
87893300--87893505	81	2.6	81	80	7	224	40	20	9	30	1.83
87893352--87893535	54	3.4	54	82	5	178	38	20	11	29	1.88
87893498--87893631	27	5.0	27	89	1	198	35	20	20	23	1.96
87893836--87893906	26	2.8	25	84	2	97	30	23	18	26	1.97
87893835--87893933	25	4.0	24	74	12	67	31	22	19	27	1.98
87896094--87896136	21	2.0	21	100	0	86	23	32	13	30	1.93
87898305--87898342	19	2.1	18	90	5	58	55	15	15	13	1.70
87900925--87900966	15	2.8	14	89	10	57	23	2	4	69	1.20
87900925--87900966	8	5.6	7	94	5	57	23	2	4	69	1.20
87902118--87902339	40	5.5	40	77	8	225	31	22	20	25	1.98
87902106--87902339	81	2.9	81	87	1	335	32	23	19	25	1.98
87902323--87902412	41	2.2	41	84	2	110	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87902334--87902412	41	1.9	41	86	0	113	21	24	20	34	1.97
87905052--87905090	19	2.1	19	95	0	69	43	12	20	23	1.86
87909444--87909477	17	1.9	18	88	5	52	17	29	41	11	1.85
87915262--87915296	13	2.6	14	90	4	54	8	22	0	68	1.16
87916294--87916405	27	4.2	26	79	7	116	17	23	23	35	1.95
87916294--87916405	54	2.1	54	84	3	145	17	23	23	35	1.95
87922433--87922480	7	6.9	7	90	0	69	41	37	2	18	1.63
87923225--87923332	31	3.5	31	84	3	110	48	13	17	20	1.81
87923467--87923570	27	3.9	26	85	6	109	35	22	23	19	1.96
87923729--87923793	22	3.0	22	77	8	69	33	21	24	20	1.97
87924224--87924628	27	15.0	27	87	2	537	23	21	18	35	1.95
87924617--87924686	27	2.6	27	90	0	113	28	7	22	41	1.80
87932840--87933071	96	2.4	97	89	3	335	25	29	18	27	1.98
87932840--87933071	48	4.8	48	84	1	295	25	29	18	27	1.98
87938190--87938237	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
87940554--87940586	17	1.9	17	100	0	66	27	24	36	12	1.91
87953248--87953284	16	2.2	17	90	4	58	24	24	37	13	1.91
87953541--87953591	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
87959702--87959871	46	3.7	45	75	7	162	31	30	18	20	1.96
87959711--87959881	93	1.8	93	89	0	270	29	29	19	21	1.98
87959753--87959896	46	3.1	46	69	14	116	29	28	19	22	1.98
87963072--87963246	46	3.8	45	77	15	187	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87963069--87963240	93	1.8	93	92	2	292	20	20	29	28	1.98
87970621--87970790	93	1.8	92	93	3	297	21	20	29	28	1.98
87970627--87970843	46	4.7	46	82	12	259	20	19	30	29	1.97
87972631--87972718	30	3.0	30	76	12	85	55	15	17	11	1.68
87972631--87972709	15	5.4	15	75	8	74	56	13	17	11	1.66
87972641--87972718	15	5.2	15	72	9	61	55	15	16	12	1.70
87975647--87975819	93	1.9	93	92	0	292	27	30	20	21	1.98
87975640--87975815	46	3.8	46	78	10	187	28	29	20	21	1.98
87978320--87978370	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
87991928--87992007	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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