genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17710395--17710606	90	2.4	86	79	12	200	38	21	9	30	1.85
17710436--17710606	90	1.9	89	86	3	245	36	20	10	32	1.87
17710649--17710741	19	4.8	19	74	10	80	63	0	3	33	1.10
17710667--17710712	21	2.2	21	84	7	58	67	0	4	28	1.10
17710620--17710749	9	13.7	9	67	16	66	65	1	3	30	1.17
17710658--17710754	28	3.3	29	79	15	92	64	1	3	30	1.15
17710907--17711048	59	2.4	59	81	8	146	28	7	2	61	1.36
17711013--17711066	18	2.9	19	75	8	58	22	3	0	74	0.98
17711031--17711072	10	4.2	10	85	11	59	23	2	0	73	0.94
17711022--17711085	18	3.5	18	81	8	67	25	1	0	73	0.92
17711152--17711354	90	2.2	91	80	5	223	38	6	17	37	1.76
17712791--17712888	3	33.0	3	72	10	76	64	5	4	26	1.33
17712777--17712881	49	2.1	50	81	10	117	63	5	6	23	1.40
17712819--17712862	20	2.2	20	83	0	52	59	4	6	29	1.44
17713917--17713980	26	2.4	25	78	14	67	12	7	37	42	1.72
17714402--17715008	44	13.8	44	69	10	292	25	26	19	28	1.99
17714337--17714741	132	3.1	131	84	3	510	25	25	20	28	1.99
17714527--17714916	176	2.2	176	86	1	548	26	26	18	28	1.98
17714690--17715008	132	2.4	132	86	3	437	26	26	19	28	1.99
17714580--17714961	176	2.2	174	82	4	446	26	26	19	27	1.99
17716959--17717033	37	2.0	37	100	0	150	29	18	21	30	1.97
17717762--17717806	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17719648--17719920	46	6.0	46	87	1	352	39	15	23	21	1.91
17719643--17719915	91	3.0	92	87	2	388	39	15	23	21	1.91
17719658--17719938	137	2.1	136	83	4	350	40	15	22	20	1.90
17720200--17720232	17	2.0	17	88	5	50	48	3	15	33	1.60
17728586--17728661	21	3.6	21	71	5	64	13	19	21	46	1.84
17728510--17728638	42	3.1	42	83	0	150	15	20	17	46	1.84
17741556--17741640	26	3.4	25	77	4	84	41	18	18	21	1.91
17747457--17747491	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
17747643--17747761	24	4.8	23	73	15	96	56	5	5	32	1.45
17747696--17747762	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43
17747650--17747780	25	5.2	25	75	9	97	54	4	6	34	1.45
17747815--17747866	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
17748376--17748431	18	3.5	17	68	27	50	21	7	46	25	1.76
17748356--17748441	30	2.9	30	91	0	136	19	5	47	26	1.72
17753619--17753657	20	1.9	21	85	15	55	51	0	17	30	1.46
17753759--17753819	29	2.1	30	84	9	81	45	1	36	16	1.57
17758621--17758645	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
17762359--17762395	11	3.5	11	89	10	51	16	5	0	78	0.93
17763242--17763299	26	2.2	26	84	0	71	27	6	3	62	1.37
17763347--17763582	26	9.1	26	69	13	103	28	6	3	61	1.38
17763550--17763600	13	4.0	13	73	14	52	33	1	1	62	1.17
17763676--17763733	22	2.5	24	83	5	75	31	1	3	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17763626--17763735	24	4.5	24	70	17	82	28	4	5	61	1.38
17767335--17767379	19	2.3	20	81	7	58	28	22	4	44	1.72
17771045--17771116	37	1.9	37	91	5	119	27	20	0	51	1.48
17775572--17775630	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
17775713--17775740	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
17778751--17778958	44	4.7	44	77	3	204	30	22	20	25	1.98
17778751--17778958	88	2.4	88	84	3	276	30	22	20	25	1.98
17779153--17779250	51	1.9	50	82	12	119	36	19	16	27	1.93
17779929--17779966	10	4.0	10	86	10	53	10	5	0	84	0.77
17779929--17779966	14	2.6	14	87	4	58	10	5	0	84	0.77
17779930--17779966	19	2.0	18	89	5	56	8	5	0	86	0.70
17780883--17780966	30	2.9	28	79	6	87	33	4	2	59	1.31
17780752--17781094	24	13.4	25	70	14	143	29	5	4	60	1.39
17781140--17781249	24	4.5	24	70	17	82	26	4	6	62	1.38
17786297--17786334	16	2.3	17	86	13	53	42	0	2	55	1.14
17789388--17789512	65	2.0	63	85	3	169	36	6	4	53	1.45
17795088--17795216	63	2.0	64	82	4	154	41	10	6	41	1.63
17798261--17798292	16	1.9	17	93	6	57	12	18	34	34	1.89
17800620--17800662	14	3.0	14	82	3	59	44	41	0	13	1.44
17800630--17800698	21	3.2	22	80	10	72	43	40	0	15	1.47
17800660--17800692	14	2.3	15	89	5	50	39	45	0	15	1.46
17800687--17800749	14	4.4	14	86	4	81	49	26	0	23	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17800700--17800746	7	6.6	7	85	4	58	48	25	0	25	1.51
17800602--17800749	29	5.2	29	76	8	99	45	35	0	19	1.51
17801033--17801081	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
17801660--17801760	41	2.5	42	91	3	161	17	21	24	35	1.95
17801814--17801838	12	2.1	12	100	0	50	44	32	16	8	1.76
17808291--17808390	44	2.2	45	83	3	121	30	22	13	35	1.91
17808307--17808395	46	2.0	44	88	4	133	28	24	13	33	1.93
17815664--17815763	44	2.2	45	83	3	121	30	22	13	35	1.91
17815680--17815768	46	2.0	44	88	4	133	28	24	13	33	1.93
17817081--17817478	205	1.9	205	100	0	796	26	15	19	37	1.92
17825159--17825266	40	2.7	40	84	8	123	30	22	19	27	1.98
17825311--17825414	40	2.6	40	82	10	124	30	22	19	27	1.98
17825159--17825577	152	2.7	153	82	5	463	31	21	19	27	1.97
17825456--17825566	40	2.8	40	84	0	132	31	22	18	27	1.97
17825873--17825987	14	8.1	14	70	16	76	21	0	29	48	1.50
17825935--17825987	22	2.5	21	82	14	72	20	0	30	49	1.50
17826158--17826188	16	1.9	16	100	0	62	45	6	3	45	1.45
17826938--17826977	22	1.9	20	85	10	53	47	0	5	47	1.24
17830487--17830538	21	2.4	21	84	9	61	69	0	5	25	1.10
17830581--17830712	23	6.0	22	70	21	80	63	0	7	28	1.26
17830609--17830695	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
17830607--17830735	15	8.9	14	72	18	70	65	1	6	25	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17830628--17830735	29	3.8	28	73	22	73	64	1	7	25	1.30
17831268--17831294	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
17831737--17831888	44	3.5	44	72	16	161	22	20	23	34	1.97
17831728--17832030	88	3.5	87	87	1	396	20	20	21	36	1.95
17831773--17831931	44	3.7	43	71	15	112	21	22	22	33	1.97
17832035--17832286	134	1.9	134	91	0	414	30	23	18	28	1.97
17832138--17832458	178	1.8	172	86	4	462	30	23	19	26	1.98
17832031--17832591	306	1.8	308	88	4	862	29	22	19	28	1.98
17832322--17832941	133	4.7	133	88	2	894	31	21	19	27	1.97
17832388--17832834	45	10.1	43	65	16	164	31	21	18	27	1.97
17836072--17836103	16	2.0	16	100	0	64	56	0	12	31	1.37
17836651--17836701	17	3.1	17	70	13	52	41	3	3	50	1.39
17836976--17837013	3	12.7	3	100	0	76	65	0	34	0	0.93
17837524--17837666	44	3.2	44	67	14	123	37	18	19	24	1.94
17837482--17837665	88	2.1	88	91	0	296	34	20	18	26	1.95
17837634--17837839	45	4.6	45	68	13	129	30	23	18	28	1.98
17837549--17837857	133	2.3	133	88	0	456	32	21	18	27	1.97
17837958--17838084	64	2.0	64	92	0	209	35	15	18	29	1.93
17842160--17842223	19	3.4	19	86	4	85	43	12	20	23	1.85
17844202--17844247	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
17844168--17844238	21	3.2	24	77	20	82	61	0	8	29	1.25
17844170--17844265	29	3.3	27	71	23	70	63	0	7	29	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17844208--17844273	32	2.1	32	83	11	82	63	0	7	28	1.21
17844202--17844262	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
17844192--17844310	23	5.1	22	71	19	82	66	1	5	26	1.24
17844834--17844860	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
17845787--17845874	29	3.0	30	75	9	92	46	0	2	51	1.13
17845818--17845872	28	1.9	29	85	10	78	49	0	0	50	1.00
17851254--17851450	73	2.6	74	86	2	261	41	8	6	43	1.60
17853039--17853086	3	16.3	3	95	4	89	68	0	0	31	0.90
17853590--17853627	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
17854781--17854818	20	2.0	20	94	5	69	21	15	5	57	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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