genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85597313--85597530	79	2.7	79	81	8	230	24	27	22	26	2.00
85597327--85597530	40	5.1	40	80	8	220	24	27	22	25	2.00
85610570--85611194	40	15.6	40	94	0	1081	27	20	27	24	1.99
85614461--85614648	94	2.0	94	96	0	349	41	14	13	30	1.84
85620413--85620577	46	3.6	46	75	18	164	27	30	21	20	1.98
85620412--85620582	92	1.9	92	91	2	281	27	30	21	20	1.98
85620456--85620597	45	3.1	45	69	15	121	29	28	19	21	1.98
85622852--85622920	30	2.3	30	82	7	88	57	17	14	10	1.63
85622852--85622916	15	4.4	15	77	9	71	60	13	15	10	1.60
85625880--85626052	93	1.9	93	91	0	283	28	31	20	20	1.97
85625873--85626048	46	3.8	45	77	10	176	29	30	19	19	1.97
85628335--85628398	14	4.4	15	77	13	71	60	14	15	9	1.57
85628335--85628402	29	2.3	30	82	9	88	58	17	14	8	1.61
85631353--85631519	46	3.6	46	75	15	173	28	29	20	20	1.98
85631445--85631530	46	1.9	45	85	4	120	31	29	19	19	1.97
85634739--85634780	21	2.0	21	90	0	66	52	23	7	16	1.68
85640000--85640072	27	2.7	27	80	4	85	26	26	12	35	1.91
85643447--85643671	46	4.8	44	78	9	155	24	19	31	24	1.98
85643537--85643672	49	2.7	50	81	8	170	25	19	31	24	1.98
85646912--85647129	46	4.7	46	81	8	237	28	21	27	23	1.99
85646905--85647166	92	2.8	93	82	9	293	28	20	27	24	1.99
85647041--85647215	50	3.6	49	79	10	173	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85646905--85647215	92	3.3	95	81	10	274	28	19	27	24	1.99
85650421--85650638	79	2.7	80	81	8	232	25	26	21	26	1.99
85650435--85650638	40	5.1	41	81	8	226	25	26	22	25	2.00
85658508--85658692	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
85658509--85658692	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
85658561--85658725	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
85665815--85665999	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
85665815--85665999	40	4.6	41	82	7	222	24	22	27	24	2.00
85665868--85666032	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
85667899--85667996	49	2.0	50	89	2	153	29	7	9	54	1.59
85670436--85670467	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
85670590--85670652	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
85671540--85671612	21	3.5	21	76	12	69	30	27	28	13	1.94
85678475--85678536	29	2.2	27	82	5	70	22	22	22	32	1.98
85687411--85687534	43	2.9	43	77	7	135	32	24	15	28	1.95
85689265--85689307	21	2.1	20	83	12	52	18	0	44	37	1.50
85690776--85690957	27	6.7	27	86	1	231	31	16	16	35	1.91
85690775--85690957	81	2.3	81	86	1	260	32	16	16	34	1.91
85690944--85691011	27	2.5	27	90	0	100	38	17	23	20	1.93
85692386--85692510	29	4.3	29	89	1	180	28	32	16	24	1.96
85692720--85692757	16	2.4	16	86	0	58	10	21	21	47	1.80
85701188--85701366	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85702634--85703038	47	8.6	47	89	4	577	34	9	28	27	1.88
85707583--85707622	12	3.3	12	86	10	55	0	22	2	75	0.93
85707712--85707760	3	16.7	3	79	12	57	59	2	0	38	1.09
85707716--85707760	16	2.8	16	86	3	63	60	2	0	37	1.09
85707712--85707761	13	3.6	14	80	20	61	58	2	0	40	1.10
85707879--85707931	21	2.3	23	75	21	58	52	3	0	43	1.19
85709643--85709807	43	3.8	43	86	1	197	33	26	16	23	1.96
85714339--85714407	28	2.4	29	95	2	122	27	30	15	26	1.96
85714640--85714698	8	7.4	8	76	0	55	11	18	23	45	1.83
85718116--85718198	29	2.9	28	87	7	114	31	28	15	24	1.96
85724218--85724363	43	3.4	43	80	5	161	34	23	15	26	1.94
85727196--85727369	48	3.6	48	88	0	260	26	18	28	27	1.98
85729099--85729136	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
85731596--85731647	25	2.1	24	82	10	61	65	1	9	23	1.32
85732967--85733097	43	3.0	43	72	6	147	24	19	24	31	1.98
85732971--85733158	87	2.2	85	85	3	234	25	20	24	29	1.99
85745283--85745320	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
85746194--85746252	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
85746467--85746514	3	16.3	3	82	4	53	56	4	2	37	1.30
85748258--85748346	28	3.2	28	91	0	142	35	25	7	30	1.85
85748452--85748541	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
85748994--85749034	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85753005--85753051	23	2.0	24	88	12	71	46	2	21	29	1.63
85753253--85753322	35	2.0	35	97	0	131	32	14	15	37	1.88
85755290--85755812	262	2.0	262	99	0	1028	30	11	23	35	1.90
85768719--85768747	9	3.2	9	100	0	58	55	0	24	20	1.44
85768925--85768960	16	2.4	14	86	13	54	19	11	0	69	1.18
85768927--85768961	15	2.2	16	95	5	63	17	11	0	71	1.14
85771579--85771687	40	2.7	41	75	10	100	31	20	21	27	1.98
85771658--85772034	116	3.3	114	88	3	558	29	20	19	30	1.97
85771965--85772064	40	2.5	40	82	3	123	30	18	22	30	1.97
85772195--85772249	28	1.9	29	82	10	69	34	1	5	58	1.32
85772709--85772767	28	2.1	28	83	3	73	18	0	30	50	1.47
85772708--85772770	29	2.2	30	80	8	76	17	0	31	50	1.46
85772733--85772791	21	2.8	21	81	0	73	16	0	37	45	1.48
85772709--85772839	14	8.9	14	71	12	66	19	1	32	47	1.59
85773084--85773151	26	2.6	27	93	4	113	42	7	4	45	1.52
85773265--85773299	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
85775205--85775342	73	1.9	72	84	1	186	35	29	12	22	1.91
85775206--85775342	24	5.7	24	81	5	143	35	29	12	22	1.91
85776496--85776528	17	1.9	17	93	0	57	39	6	0	54	1.25
85782820--85782909	24	3.8	24	94	2	139	35	31	13	20	1.91
85782775--85782901	48	2.6	48	83	0	146	34	30	11	22	1.90
85782775--85782909	72	1.9	70	83	3	171	34	30	12	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85784083--85784116	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
85787227--85787419	64	3.0	64	95	0	343	37	10	4	47	1.58
85787467--85787537	24	3.0	24	89	0	106	29	16	8	45	1.77
85787888--85788181	9	33.4	9	75	9	223	47	12	2	37	1.54
85787879--85788128	62	4.1	63	79	9	275	46	13	2	38	1.56
85787906--85788196	95	3.0	96	83	6	340	47	12	1	38	1.52
85790050--85790074	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
85793386--85793414	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
85793829--85793904	21	3.6	21	80	7	91	32	19	47	0	1.50
85794288--85794433	43	3.4	42	85	6	168	32	26	18	21	1.97
85798262--85798480	112	2.0	112	92	1	368	30	21	17	30	1.96
85801103--85801144	20	2.2	19	87	12	59	30	4	0	64	1.14
85801103--85801144	19	2.2	18	87	12	57	30	4	0	64	1.14
85801274--85801315	16	2.5	17	80	7	50	35	2	0	61	1.09
85801253--85801361	19	5.7	19	68	21	68	32	3	1	62	1.23
85803775--85803872	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
85803803--85803885	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
85803775--85803886	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
85808699--85808735	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
85808699--85808748	15	3.5	15	79	15	52	20	24	14	42	1.88
85815434--85815708	137	2.0	137	94	0	487	32	24	18	24	1.97
85817492--85817575	26	3.2	25	91	6	132	36	23	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85819926--85820478	204	2.7	205	89	1	824	31	17	21	29	1.96
85822114--85822155	20	2.2	19	87	12	59	30	4	0	64	1.14
85822263--85822331	13	4.8	15	73	21	67	33	2	0	63	1.09
85822264--85822372	38	2.9	38	80	10	91	32	3	0	63	1.18
85822263--85822429	57	2.9	61	79	15	157	33	4	0	61	1.22
85822283--85822372	19	4.8	18	71	21	69	32	3	1	63	1.18
85825960--85826000	16	2.5	17	84	8	57	31	2	21	43	1.66
85826803--85826835	15	2.2	15	100	0	66	12	0	0	87	0.53
85827074--85827126	21	2.5	22	85	14	67	39	0	7	52	1.30
85834266--85834290	9	2.8	9	100	0	50	20	12	12	56	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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