genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33618500--33618670	46	3.7	44	75	12	146	28	27	21	22	1.99
33622000--33622077	27	2.9	27	68	0	75	26	17	17	37	1.93
33623179--33623335	43	3.6	44	77	12	164	31	24	17	25	1.97
33635769--33636507	40	18.6	40	94	2	1206	24	22	28	25	1.99
33640801--33641345	47	11.6	47	90	1	788	32	10	31	25	1.90
33641464--33641543	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
33649366--33649399	11	3.1	11	100	0	68	26	17	29	26	1.98
33651729--33651781	25	2.1	25	92	0	88	28	26	16	28	1.97
33664197--33664228	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
33664470--33664528	26	2.3	25	77	8	64	38	27	6	27	1.81
33664635--33664697	28	2.3	28	86	8	85	17	20	22	39	1.92
33668382--33668439	26	2.2	27	84	12	84	36	27	8	27	1.86
33668548--33668627	27	2.9	27	86	1	106	20	25	20	35	1.96
33669605--33669637	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
33672166--33672229	33	2.0	32	84	3	83	39	20	20	20	1.93
33672948--33673147	27	7.4	27	79	5	199	26	20	19	34	1.96
33688544--33688617	25	3.0	25	78	11	89	28	18	20	32	1.96
33695561--33695748	40	4.7	40	93	0	306	23	27	23	25	2.00
33695528--33695748	80	2.8	80	87	2	313	23	27	23	26	2.00
33717042--33717235	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
33717071--33717142	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
33717116--33717191	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33717438--33717582	37	3.9	37	95	0	254	24	19	31	25	1.98
33718865--33719129	40	6.6	40	90	0	395	23	23	28	24	1.99
33722960--33723137	27	6.6	26	82	8	162	27	15	27	29	1.96
33722957--33723137	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33723042--33723148	27	3.9	27	85	1	79	27	14	27	30	1.95
33731057--33731234	27	6.6	26	82	8	162	27	15	27	29	1.96
33731054--33731234	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33731139--33731245	27	3.9	27	85	1	79	27	14	27	30	1.95
33734447--33734640	47	4.1	47	90	1	291	32	10	29	27	1.90
33734476--33734547	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
33734521--33734596	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
33734843--33734987	37	3.9	37	95	0	254	24	19	31	25	1.98
33736461--33736514	19	2.8	20	81	10	60	38	1	5	53	1.35
33742075--33742387	47	6.6	47	74	13	206	23	28	17	30	1.97
33742121--33742388	93	2.8	90	80	12	283	23	28	17	29	1.97
33744995--33745287	148	2.0	149	93	0	507	33	11	19	34	1.89
33746780--33746808	13	2.3	13	94	5	51	37	0	17	44	1.49
33746831--33746874	10	4.3	10	83	13	54	25	6	2	65	1.28
33748191--33748321	23	5.7	23	70	7	77	22	12	22	41	1.88
33750767--33750834	33	2.1	33	100	0	136	51	2	2	42	1.32
33751408--33751470	21	2.9	21	76	19	65	49	0	1	49	1.10
33751409--33751468	24	2.7	23	77	17	63	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33753556--33753582	7	3.9	7	100	0	54	14	29	29	25	1.95
33759085--33759138	27	2.0	27	92	0	90	29	22	18	29	1.97
33759553--33759578	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
33777977--33778005	14	2.1	14	100	0	58	58	0	20	20	1.39
33789738--33789778	22	1.9	21	85	5	55	21	26	39	12	1.89
33794760--33794825	28	2.3	29	82	7	73	69	3	19	7	1.26
33802679--33802872	47	4.1	47	89	2	291	32	10	29	26	1.90
33802708--33802779	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
33802753--33802828	23	3.2	25	60	17	61	30	13	32	23	1.93
33802708--33802976	94	2.8	95	85	7	309	33	10	28	27	1.90
33802842--33802976	48	2.8	48	97	0	252	34	7	27	30	1.84
33803123--33803267	37	3.9	37	95	0	254	24	19	31	25	1.98
33804532--33804598	23	3.2	23	60	24	56	23	23	28	23	2.00
33804525--33804989	40	11.6	40	91	0	732	24	22	28	25	1.99
33808435--33808611	46	3.8	45	72	12	117	28	20	28	22	1.98
33824904--33825125	46	4.7	48	77	14	189	28	18	28	24	1.98
33831464--33831512	26	2.0	24	84	8	62	57	2	6	34	1.35
33833579--33834343	177	4.3	177	90	0	1190	26	23	20	29	1.99
33833594--33834341	88	8.4	89	63	12	243	25	23	20	29	1.99
33833602--33834274	44	15.2	44	70	5	284	26	23	20	29	1.99
33835968--33836016	26	2.0	24	84	8	62	57	2	6	34	1.35
33844216--33844257	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33848835--33848989	3	51.7	3	66	19	65	30	7	2	60	1.37
33848837--33848882	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
33848997--33849030	17	2.1	16	94	5	59	35	0	11	52	1.38
33849225--33849344	44	2.8	43	84	10	156	35	3	2	58	1.28
33849225--33849340	22	5.6	20	78	14	69	35	3	2	58	1.29
33849409--33849468	22	2.6	22	75	15	59	33	1	8	56	1.39
33849427--33849501	29	2.5	28	85	6	87	36	5	6	52	1.51
33849440--33849501	29	2.1	30	87	3	90	37	6	4	51	1.49
33849592--33849658	34	1.9	36	82	11	86	32	14	1	50	1.52
33856398--33856456	20	3.0	20	89	0	82	11	28	20	38	1.88
33860095--33860182	45	2.0	45	93	0	149	23	12	23	39	1.89
33866387--33866489	51	2.0	52	96	1	190	32	19	8	39	1.82
33866889--33866947	31	1.9	31	89	0	91	42	1	6	49	1.39
33867339--33867389	25	2.0	25	81	7	59	9	5	29	54	1.56
33868123--33868166	17	2.5	18	96	3	81	47	0	2	50	1.13
33868440--33868481	21	2.0	22	86	13	61	47	0	4	47	1.23
33869020--33869073	20	2.6	20	80	13	56	46	5	0	48	1.25
33870289--33870315	12	2.2	12	100	0	54	51	0	14	33	1.43
33885174--33885347	47	3.7	47	85	5	219	26	18	31	23	1.98
33885174--33885347	93	1.9	93	87	2	260	26	18	31	23	1.98
33886181--33886315	55	2.5	55	84	8	186	20	18	31	30	1.96
33890558--33890596	18	2.2	18	100	0	78	58	30	0	10	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33890580--33890612	11	2.8	12	86	13	50	48	36	0	15	1.45
33892096--33892130	18	1.9	18	88	0	52	40	2	11	45	1.55
33892273--33892319	23	2.0	23	87	0	67	25	6	4	63	1.36
33892643--33892709	18	3.6	18	72	7	53	35	16	0	47	1.47
33892679--33892724	24	1.9	24	86	0	65	30	13	2	54	1.50
33898678--33898849	93	1.8	93	86	0	245	22	20	28	27	1.99
33910923--33911074	38	4.1	39	86	12	239	21	23	31	23	1.98
33910923--33911074	71	2.1	74	91	7	247	21	23	31	23	1.98
33913444--33913544	46	2.2	46	82	3	123	26	21	14	36	1.93
33913457--33913557	46	2.2	46	87	3	141	22	23	15	37	1.93
33919373--33919489	20	5.9	20	74	2	101	12	27	19	40	1.88
33919384--33919490	40	2.7	39	78	7	117	13	27	19	40	1.88
33920738--33920809	37	1.9	37	91	5	119	26	30	19	23	1.98
33920957--33921095	48	2.9	48	97	0	260	30	28	6	34	1.82
33925302--33925418	46	2.5	47	82	6	141	24	22	15	37	1.93
33930046--33930169	45	2.8	43	80	8	119	23	27	23	25	2.00
33930502--33930699	43	4.6	43	91	0	315	31	31	24	12	1.92
33936699--33936732	5	6.6	5	93	6	59	79	2	0	17	0.86
33936699--33936732	16	2.2	15	94	5	59	79	2	0	17	0.86
33937284--33937314	12	2.6	12	94	0	53	29	29	22	19	1.98
33940005--33940221	46	4.7	45	76	11	181	24	28	20	26	1.99
33942664--33942693	15	2.0	15	93	0	51	53	16	16	13	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33943228--33943587	49	7.6	48	73	11	223	28	18	28	24	1.98
33943321--33943590	49	5.7	48	76	10	227	27	19	28	24	1.99
33950353--33950410	30	1.9	30	89	0	89	31	10	25	32	1.89
33950768--33951029	47	5.5	49	72	15	176	28	20	29	22	1.98
33952781--33952831	22	2.4	22	93	3	86	35	3	5	54	1.43
33953032--33953083	17	3.1	17	76	13	54	40	1	1	55	1.22
33954856--33954956	24	4.2	24	94	0	157	32	1	40	24	1.67
33955916--33955948	8	4.1	8	92	0	57	48	24	24	3	1.65
33956361--33956470	26	4.1	27	81	8	127	17	24	20	38	1.93
33956361--33956470	53	2.1	53	84	3	141	17	24	20	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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