genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51965580--51965628	6	8.5	6	78	13	50	83	2	14	0	0.73
51965580--51965628	23	2.1	23	88	7	73	83	2	14	0	0.73
51965579--51965628	10	5.0	10	76	13	50	84	2	14	0	0.72
51965579--51965628	17	3.0	16	85	11	57	84	2	14	0	0.72
51966251--51966309	10	5.9	10	78	7	57	23	10	1	64	1.34
51968299--51968333	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
51971011--51971054	23	2.0	22	81	4	52	31	27	4	36	1.77
51971245--51971272	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
51973106--51973173	33	2.1	33	88	5	102	25	33	8	32	1.86
51975462--51975502	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
51982883--51982919	13	2.9	13	84	15	51	21	0	0	78	0.75
52001932--52002337	47	8.6	47	90	2	623	33	8	29	29	1.87
52001932--52002337	96	4.3	96	93	2	680	33	8	29	29	1.87
52001932--52002337	143	2.9	143	89	3	640	33	8	29	29	1.87
52007483--52007507	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
52010970--52011225	40	6.4	40	90	1	363	23	21	27	27	1.99
52019606--52019647	12	3.4	12	86	3	57	9	28	38	23	1.86
52021332--52021440	54	2.0	55	85	5	150	29	18	10	42	1.83
52021421--52021479	29	2.0	29	80	6	66	37	16	5	40	1.71
52024580--52024609	15	2.1	14	93	6	51	66	0	26	6	1.16
52034045--52034119	29	2.6	29	91	4	116	28	28	18	25	1.98
52035615--52035823	46	4.4	46	76	8	181	28	19	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52035615--52035823	94	2.2	94	83	7	255	28	19	27	24	1.99
52039271--52039539	46	5.8	46	74	14	257	19	19	31	29	1.96
52039320--52039485	47	3.6	47	78	14	216	19	19	31	28	1.96
52039270--52039532	93	2.8	93	98	0	499	19	19	31	29	1.97
52039849--52039924	38	2.0	38	100	0	152	23	21	15	39	1.92
52041890--52041920	16	1.9	16	93	0	53	12	6	29	51	1.65
52045107--52045221	27	4.3	26	79	9	115	20	20	21	37	1.95
52052818--52052907	28	3.3	28	87	7	123	21	22	22	34	1.97
52052818--52052931	27	4.2	29	82	10	127	20	22	21	35	1.96
52056429--52056461	12	2.6	13	85	4	50	33	0	9	57	1.30
52058341--52058460	63	1.9	63	89	3	188	33	26	17	22	1.96
52059768--52059967	29	6.9	29	78	5	172	35	14	25	26	1.93
52066753--52066910	43	3.7	42	76	10	108	27	17	25	28	1.98
52066753--52066891	42	3.2	40	75	12	109	28	17	25	28	1.98
52069392--52069501	27	4.1	27	84	5	143	37	20	23	18	1.94
52069394--52069498	54	2.0	53	90	1	165	38	18	24	19	1.93
52070900--52070999	24	4.2	24	92	0	155	25	40	2	33	1.67
52072173--52072223	26	1.9	27	88	4	77	25	17	21	35	1.95
52076598--52076723	46	2.7	46	84	7	139	24	30	16	28	1.97
52083796--52083936	40	3.5	40	94	0	237	23	19	27	29	1.98
52083796--52083954	80	2.0	80	86	2	221	24	20	26	28	1.99
52091968--52092083	40	2.9	40	97	0	214	21	18	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52100096--52100276	40	4.5	40	95	0	308	22	17	29	30	1.97
52105425--52105649	80	2.8	79	83	4	256	24	20	28	28	1.99
52105464--52105647	40	4.6	40	90	2	246	23	20	28	27	1.99
52105501--52105682	79	2.3	80	82	1	215	25	20	28	26	1.99
52118992--52119031	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
52119900--52119939	21	1.9	21	84	0	53	27	15	5	52	1.63
52127440--52127607	40	4.2	40	82	4	106	25	27	24	22	2.00
52127463--52127607	40	3.6	40	85	4	184	23	26	25	24	2.00
52134494--52134702	41	5.2	40	87	3	125	25	27	23	23	2.00
52134517--52134702	41	4.6	41	89	3	261	24	26	24	24	2.00
52134517--52134700	81	2.3	82	84	5	257	23	26	25	24	2.00
52142404--52142572	40	4.2	40	88	5	227	24	26	24	24	2.00
52154271--52154394	27	4.6	27	92	2	194	29	29	13	27	1.94
52154271--52154394	55	2.3	54	91	1	194	29	29	13	27	1.94
52162232--52162383	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
52162232--52162408	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
52172712--52172905	49	3.9	49	79	6	194	27	27	18	26	1.98
52172721--52172905	50	3.7	49	79	7	176	28	28	17	25	1.97
52172725--52172909	101	1.8	99	85	4	255	28	29	16	25	1.97
52175105--52175370	47	5.7	46	77	8	243	23	30	18	27	1.98
52178018--52178082	34	1.9	34	87	6	96	29	24	16	29	1.97
52180795--52180869	25	3.0	24	83	7	105	28	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52187746--52187805	27	2.2	28	87	3	86	55	13	3	28	1.54
52193333--52193649	47	6.7	45	74	12	203	27	19	29	23	1.98
52193333--52193506	94	1.9	93	85	6	244	26	20	30	22	1.98
52201499--52201667	93	1.8	93	93	0	293	27	29	20	22	1.99
52201488--52201663	46	3.8	46	76	12	189	28	28	20	22	1.98
52202088--52202148	30	2.0	30	87	0	86	31	22	9	36	1.87
52213618--52213743	44	2.7	45	82	10	148	25	20	30	23	1.99
52222993--52223043	21	2.4	22	84	15	72	33	3	3	58	1.35
52222999--52223043	20	2.2	20	88	11	74	35	2	4	57	1.31
52223722--52223789	29	2.3	29	73	14	68	50	7	11	30	1.66
52223967--52224061	44	2.1	44	96	1	172	53	0	3	43	1.16
52223997--52224064	13	4.8	13	70	22	57	50	0	2	47	1.16
52223976--52224069	16	6.2	16	62	25	53	51	0	2	46	1.13
52224099--52224169	36	2.0	35	81	8	81	45	0	2	52	1.15
52226422--52226663	50	4.8	50	79	4	247	30	26	17	24	1.97
52226476--52226663	101	1.9	101	88	2	288	30	26	18	25	1.98
52228471--52228533	30	2.1	31	84	3	83	53	11	3	31	1.52
52231691--52231822	39	3.4	39	92	0	210	30	24	17	28	1.97
52237814--52237845	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
52244004--52244041	20	1.9	20	100	0	76	42	18	0	39	1.50
52245053--52245089	19	1.9	19	100	0	74	21	5	5	67	1.31
52247471--52247530	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52248649--52248755	37	2.9	37	90	0	160	26	28	18	26	1.98
52248961--52249154	47	4.1	47	89	0	280	26	29	11	32	1.91
52249054--52249125	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
52254051--52254242	40	4.8	40	80	9	212	26	28	21	24	1.99
52254086--52254243	79	2.0	81	85	5	214	27	27	20	24	1.99
52262215--52262433	79	2.7	79	82	8	257	26	27	21	24	1.99
52262229--52262433	40	5.1	41	83	8	237	25	28	21	23	1.99
52267681--52267796	40	2.9	40	93	0	196	27	21	27	23	1.99
52279054--52279106	26	2.0	26	100	0	106	30	11	11	47	1.74
52281286--52281342	25	2.3	25	90	6	89	38	5	36	19	1.74
52282769--52282834	27	2.4	27	80	9	73	18	22	18	40	1.91
52289127--52289183	25	2.3	25	90	6	89	36	5	36	21	1.76
52290586--52290696	54	2.1	53	87	1	159	17	25	20	36	1.94
52290586--52290696	27	4.2	26	85	7	125	17	25	20	36	1.94
52292945--52293052	29	3.8	29	81	6	121	27	26	14	30	1.95
52298295--52298394	51	2.0	51	84	4	130	30	27	18	25	1.98
52303160--52303281	63	1.9	63	94	0	217	27	31	20	20	1.98
52303161--52303298	63	2.2	63	90	0	213	26	31	20	22	1.98
52304644--52304750	29	3.7	29	80	6	119	38	17	24	19	1.93
52306597--52306646	25	2.0	25	100	0	100	32	20	16	32	1.94
52308719--52308772	27	2.0	27	100	0	108	40	22	3	33	1.71
52327728--52327762	17	2.0	18	94	5	63	5	5	20	68	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52339735--52339803	34	2.0	34	83	5	86	24	27	20	27	1.99
52340961--52341006	24	1.9	24	81	0	56	54	10	10	23	1.67
52342641--52342674	18	2.0	18	88	11	54	41	17	23	17	1.90
52345823--52345951	29	4.6	29	76	12	119	23	31	16	28	1.96
52346043--52346080	19	2.0	19	89	0	58	21	39	15	23	1.92
52353591--52353725	28	4.8	28	75	8	130	24	32	14	28	1.95
52353591--52353737	29	5.2	29	77	8	142	25	31	13	29	1.94
52353804--52353850	19	2.5	19	86	3	60	21	38	17	23	1.93
52357424--52357463	21	2.0	21	95	5	73	10	35	30	25	1.88
52365814--52365996	49	3.8	49	77	6	185	24	27	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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