genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73382068--73382189	54	2.3	54	94	0	208	33	0	18	46	1.55
73382068--73382216	18	8.3	18	75	8	133	33	0	19	46	1.55
73382684--73382735	26	2.0	26	96	0	95	48	11	13	26	1.77
73384994--73385040	21	2.1	23	88	7	71	48	36	0	14	1.44
73385258--73385306	23	2.2	21	86	13	64	51	26	2	20	1.59
73385070--73385341	137	2.0	138	86	2	386	49	25	1	23	1.60
73385522--73385964	83	5.3	84	74	2	372	32	14	18	34	1.91
73385488--73385966	167	2.9	167	87	2	676	31	14	18	35	1.91
73388973--73389012	20	2.1	20	86	9	57	52	7	15	25	1.68
73394689--73394746	29	1.9	29	86	6	80	44	5	0	50	1.24
73395522--73395571	20	2.5	20	87	12	68	34	0	10	56	1.33
73395517--73395571	19	2.9	19	86	10	69	36	0	9	54	1.32
73397713--73397758	23	2.0	22	87	4	65	58	26	2	13	1.46
73401953--73402011	18	3.3	18	78	0	73	32	15	13	38	1.86
73403002--73403049	18	2.7	17	78	9	51	6	20	6	66	1.36
73403339--73403368	9	3.3	9	100	0	60	23	0	0	76	0.78
73403490--73403533	16	2.8	17	77	19	51	61	6	0	31	1.22
73408422--73408467	23	2.0	22	83	4	56	58	23	2	15	1.48
73414764--73414833	35	2.0	35	97	0	131	42	21	11	24	1.85
73420045--73420125	41	2.0	41	100	0	162	14	12	22	50	1.76
73422359--73422393	18	1.9	18	100	0	70	22	11	20	45	1.82
73425225--73425267	18	2.3	19	84	11	54	41	18	9	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73430180--73430348	94	1.8	92	85	2	239	28	18	29	23	1.98
73430180--73430392	94	2.3	93	81	4	230	29	17	29	23	1.97
73430226--73430392	50	3.5	50	77	14	172	29	16	29	24	1.97
73433492--73433649	82	1.9	82	89	2	246	36	4	11	48	1.59
73433820--73433860	21	1.9	22	85	14	59	48	0	0	51	1.00
73434949--73435006	28	2.1	28	100	0	116	31	10	22	36	1.88
73444019--73444060	19	2.2	19	82	0	57	23	33	0	42	1.55
73450679--73450758	39	2.1	39	100	0	160	27	7	17	47	1.74
73450974--73451027	26	2.1	25	83	10	65	22	5	9	62	1.45
73453365--73453603	120	2.0	120	98	0	462	42	12	11	32	1.80
73454012--73454184	90	1.9	89	97	1	328	43	8	15	32	1.76
73454292--73454354	18	3.3	18	72	20	56	23	0	26	49	1.51
73454281--73454342	18	3.0	21	68	22	60	24	0	24	51	1.48
73454281--73454361	39	2.1	39	97	0	153	24	0	23	51	1.48
73460170--73460243	36	2.1	36	84	0	94	33	16	20	29	1.94
73465350--73465403	21	2.6	20	82	8	72	31	31	7	29	1.85
73465937--73466006	20	3.5	20	80	0	77	55	17	5	21	1.62
73468068--73468156	47	1.9	45	82	15	110	60	4	1	33	1.24
73481202--73481237	14	2.7	13	87	8	54	77	8	0	13	0.98
73481312--73481380	34	2.1	34	91	2	113	11	30	5	52	1.61
73483196--73483349	55	2.8	55	85	5	195	29	34	18	17	1.94
73485865--73485922	14	4.2	14	80	10	75	74	1	13	10	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73485888--73485927	9	4.4	9	83	0	53	77	5	12	5	1.09
73485875--73485926	27	2.0	26	88	11	79	75	3	13	7	1.17
73486781--73486872	44	2.1	44	84	11	118	19	21	25	33	1.97
73487993--73488129	62	2.2	62	89	1	204	11	27	15	45	1.80
73488174--73488273	49	2.0	51	84	11	134	11	26	17	46	1.81
73493628--73493707	24	3.2	24	67	19	63	48	3	16	31	1.63
73509037--73509098	30	2.1	30	84	6	81	43	25	1	29	1.64
73511910--73511937	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
73514266--73514428	55	3.0	55	88	0	254	38	17	11	32	1.86
73525953--73526255	150	2.0	150	93	0	516	28	15	16	39	1.89
73530915--73530971	19	2.9	19	75	12	53	70	0	7	22	1.11
73534778--73534817	14	2.7	15	80	7	55	32	2	0	65	1.06
73537022--73537259	120	2.0	121	85	7	322	56	5	5	31	1.46
73537910--73537947	11	3.3	12	92	7	62	78	0	21	0	0.74
73539200--73539238	10	3.8	10	86	3	51	58	0	0	41	0.98
73541964--73541993	14	2.1	14	100	0	60	46	40	6	6	1.56
73542986--73543017	15	2.1	15	100	0	64	25	31	12	31	1.92
73546638--73546686	21	2.3	20	82	6	53	63	0	0	36	0.95
73569930--73570005	38	2.0	38	100	0	152	28	21	5	44	1.73
73571611--73571660	24	2.1	24	81	7	57	36	12	10	42	1.76
73572317--73572398	38	2.2	38	95	0	146	26	12	9	51	1.70
73581284--73581361	37	2.1	38	87	4	113	30	10	12	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73582447--73582500	28	2.0	27	85	3	72	14	24	31	29	1.95
73583122--73583174	27	2.0	27	100	0	106	37	7	3	50	1.49
73584030--73584088	31	1.9	31	85	0	82	38	11	11	37	1.79
73589194--73589448	55	4.8	54	76	9	224	35	18	25	21	1.95
73589204--73589401	108	1.8	109	85	4	283	34	17	24	23	1.96
73589640--73589670	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
73593150--73593227	33	2.4	32	87	8	104	50	10	1	38	1.45
73593213--73593256	5	9.0	5	95	5	81	40	0	0	59	0.98
73595455--73595553	35	2.8	35	76	8	103	42	18	9	30	1.81
73603204--73603248	20	2.3	21	77	14	51	13	2	11	73	1.19
73604776--73604815	12	3.2	12	86	10	53	30	0	0	70	0.88
73612869--73612940	34	2.1	34	100	0	144	23	19	22	34	1.96
73613481--73613522	10	4.4	10	85	11	61	40	7	7	45	1.59
73613481--73613520	18	2.2	18	90	0	62	40	7	7	45	1.61
73619469--73619549	41	2.0	41	100	0	162	37	13	14	34	1.86
73620102--73620194	46	2.0	46	97	0	177	34	12	7	45	1.71
73622003--73622057	22	2.5	21	78	21	60	54	16	12	16	1.71
73625167--73625200	16	2.1	16	100	0	68	76	5	0	17	0.98
73629167--73629278	45	2.5	46	77	11	124	50	5	16	26	1.67
73633371--73633417	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
73633390--73633440	19	2.9	16	78	18	57	35	15	11	37	1.84
73633388--73633429	19	2.1	21	91	8	70	35	16	9	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73643539--73643621	36	2.3	36	83	4	87	27	9	19	43	1.82
73643567--73643631	18	3.6	17	78	10	67	27	13	20	38	1.90
73643557--73643631	36	2.1	36	84	0	96	29	12	17	41	1.85
73644368--73644423	18	3.1	18	78	0	58	25	14	14	46	1.82
73651480--73651539	31	2.0	31	96	3	113	43	11	26	18	1.84
73657209--73657240	14	2.3	14	94	0	55	62	6	3	28	1.34
73657480--73657515	18	2.0	18	88	0	54	30	47	8	13	1.73
73658047--73658093	13	3.6	13	88	8	69	25	0	4	70	1.05
73658041--73658091	9	5.8	9	76	21	54	23	0	1	74	0.92
73659663--73659712	13	3.8	13	86	5	66	20	0	2	78	0.86
73659661--73659717	23	2.5	22	78	18	64	21	0	1	77	0.86
73659676--73659714	6	6.3	6	91	5	60	17	0	2	79	0.84
73668384--73668426	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
73668383--73668425	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
73668960--73669052	18	5.2	18	93	0	159	27	23	17	31	1.97
73673100--73673141	11	3.9	11	84	6	59	21	45	4	28	1.72
73673100--73673140	21	1.9	22	90	5	66	21	46	2	29	1.64
73686863--73686930	24	2.9	23	82	4	82	50	8	1	39	1.43
73688655--73688700	23	2.0	23	82	0	56	56	8	13	21	1.63
73688687--73688734	21	2.3	20	80	16	53	75	0	10	14	1.06
73688708--73688735	13	2.2	13	100	0	56	78	0	7	14	0.95
73693593--73693649	30	1.9	30	85	7	80	10	28	38	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73700230--73700267	9	4.2	9	100	0	76	31	0	0	68	0.90
73704403--73704463	31	2.0	30	82	17	74	29	18	6	45	1.74
73709306--73709378	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
73721606--73721659	25	2.1	26	89	3	83	37	16	3	42	1.66
73725074--73725120	20	2.4	19	79	10	51	68	4	8	19	1.33
73728136--73728177	16	2.6	16	82	17	52	69	0	4	26	1.08
73742470--73742505	17	2.1	17	100	0	72	72	11	11	5	1.28
73751403--73751472	21	3.2	21	66	25	54	22	12	24	40	1.89
73751395--73751485	45	2.0	45	93	0	155	26	13	23	37	1.91
73756869--73756903	18	1.9	18	88	11	54	68	0	5	25	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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