genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  71  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23027391--23027483	41	2.3	41	85	9	127	45	24	1	29	1.60
23027823--23027879	26	2.2	25	84	6	69	28	3	5	63	1.33
23029066--23029135	29	2.6	26	84	13	88	72	5	0	21	1.05
23031632--23031807	46	3.8	45	76	10	176	22	20	27	29	1.98
23031628--23031799	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
23043270--23043386	24	4.9	24	86	0	135	31	31	14	22	1.94
23044666--23044699	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
23048870--23048907	19	2.0	20	89	5	60	44	23	5	26	1.74
23049842--23049872	14	2.2	14	100	0	62	51	12	0	35	1.40
23051816--23051938	39	3.2	39	91	0	201	29	24	22	23	1.99
23059619--23059702	39	2.2	39	86	0	114	29	22	21	26	1.99
23061149--23061198	25	2.0	25	100	0	100	48	8	16	28	1.74
23063744--23063791	21	2.3	20	89	3	69	35	18	4	41	1.70
23066434--23066478	10	4.5	10	86	8	65	66	0	2	31	1.04
23068591--23068640	20	2.4	21	83	3	57	30	4	0	66	1.10
23068735--23068783	9	5.4	9	80	9	64	69	0	0	30	0.89
23068735--23068787	27	2.0	27	92	0	88	69	0	0	30	0.88
23082419--23082480	30	2.1	30	100	0	124	38	9	16	35	1.81
23089723--23089800	9	8.3	9	90	7	120	55	19	2	23	1.55
23092206--23092275	24	2.8	25	86	6	97	28	15	24	31	1.96
23092208--23092298	24	3.9	23	85	7	96	30	17	23	28	1.97
23092207--23092333	23	5.5	22	77	14	96	32	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23106327--23106450	27	4.6	27	73	9	101	43	20	8	28	1.80
23106327--23106451	54	2.3	55	79	2	146	43	20	8	28	1.80
23107431--23107500	25	2.8	25	88	0	95	28	27	20	24	1.99
23107443--23107512	25	2.8	26	83	12	85	28	27	20	24	1.99
23107648--23107739	42	2.2	42	98	0	175	30	14	21	33	1.93
23107763--23107833	31	2.3	31	95	0	124	30	18	25	25	1.98
23114082--23114146	27	2.4	27	85	7	80	26	24	7	41	1.82
23114178--23114301	27	4.6	27	70	15	87	44	20	8	27	1.79
23115281--23115350	25	2.8	25	91	0	104	27	27	21	24	1.99
23115291--23115362	25	2.9	26	84	12	89	27	26	20	25	1.99
23115498--23115589	42	2.2	42	98	0	175	30	14	21	33	1.93
23123707--23123798	5	17.2	5	70	23	55	19	2	4	73	1.10
23123953--23124003	12	4.2	12	87	0	66	13	13	0	72	1.12
23125475--23125508	5	6.6	5	90	6	50	32	0	0	67	0.91
23125474--23125509	11	3.4	11	88	7	56	30	0	0	69	0.89
23125505--23125559	26	2.2	24	84	12	67	14	1	9	74	1.14
23127401--23127480	18	4.3	18	73	17	58	32	3	3	60	1.32
23127384--23127482	27	3.6	27	74	16	78	33	4	5	57	1.39
23129484--23129548	32	2.1	32	85	5	89	26	0	13	60	1.34
23129875--23129919	22	2.1	21	87	4	63	46	0	0	53	1.00
23144589--23144625	17	2.2	17	90	0	56	51	10	18	18	1.75
23145050--23145084	17	2.0	18	88	5	54	20	25	5	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23145502--23145572	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
23148071--23148161	46	2.0	46	86	0	128	29	30	5	34	1.80
23148175--23148607	47	9.2	47	94	1	733	25	27	12	34	1.91
23151562--23151639	29	2.7	28	86	11	104	26	15	29	28	1.96
23151592--23152094	175	2.9	174	96	0	916	29	14	25	30	1.95
23155546--23155571	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
23156987--23157020	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
23162195--23162263	24	2.9	24	88	0	102	36	2	36	24	1.71
23163682--23163790	27	4.0	26	76	8	101	17	22	22	37	1.94
23165826--23165876	23	2.2	23	96	0	93	19	21	13	45	1.85
23173575--23173632	23	2.7	23	77	17	63	27	15	25	31	1.96
23179182--23179359	67	2.7	65	84	6	207	31	16	29	23	1.96
23183461--23183533	36	2.0	36	86	5	103	36	13	19	30	1.90
23200308--23200425	59	2.0	59	95	3	211	43	16	25	15	1.86
23204128--23204225	27	3.5	28	91	2	144	26	12	28	32	1.92
23204153--23204239	28	3.1	27	88	5	111	29	11	24	34	1.90
23211940--23211982	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
23212421--23212518	27	3.5	28	91	2	144	26	12	28	32	1.92
23212446--23212532	28	3.1	27	88	5	111	29	11	24	34	1.90
23219018--23219079	27	2.3	27	86	5	90	48	22	14	14	1.80
23222884--23222915	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
23228855--23228897	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23229873--23229904	6	5.3	6	92	0	55	21	18	12	46	1.82
23232633--23232732	43	2.3	43	96	3	182	29	21	23	27	1.99
23237465--23237502	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
23237732--23237902	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
23237727--23237899	46	3.7	46	77	10	181	30	27	19	23	1.98
23237777--23237918	46	3.1	45	73	18	123	28	27	19	23	1.99
23238322--23238381	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
23245051--23245088	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
23245317--23245483	46	3.6	45	77	12	169	29	28	19	22	1.98
23245318--23245488	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
23248447--23248558	27	4.2	26	83	7	134	37	23	22	16	1.94
23248447--23248558	54	2.1	54	86	3	154	37	23	22	16	1.94
23249968--23250014	24	2.0	24	86	0	67	23	38	4	34	1.74
23251951--23252126	46	3.8	46	80	8	212	28	29	21	21	1.98
23251959--23252131	94	1.8	93	92	1	292	27	30	21	20	1.98
23251956--23252146	46	4.1	44	69	19	111	28	28	20	21	1.98
23258681--23258706	12	2.2	12	100	0	52	7	0	23	69	1.14
23278740--23278779	19	2.2	19	86	4	55	15	0	25	60	1.35
23286420--23286701	48	5.9	48	80	4	275	28	28	15	27	1.97
23286420--23286707	96	3.0	95	84	3	355	27	28	15	27	1.97
23288462--23288641	28	6.5	28	93	0	281	26	13	27	33	1.93
23296680--23296858	28	6.4	28	94	0	288	26	11	27	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23300632--23300657	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
23304538--23304637	37	2.7	37	90	0	146	24	33	18	25	1.97
23304781--23305454	48	14.0	48	92	0	1123	31	26	6	35	1.81
23309255--23309390	46	3.0	46	81	0	164	24	31	10	33	1.89
23309405--23309581	47	3.8	47	95	0	309	25	29	11	33	1.91
23309561--23309600	19	2.1	19	100	0	80	27	30	10	32	1.89
23309514--23309647	66	2.0	66	98	0	259	26	29	11	32	1.92
23309580--23309669	47	1.9	47	95	0	162	26	28	11	33	1.91
23309467--23309689	113	2.0	110	87	6	299	29	28	10	31	1.91
23312944--23313047	55	1.9	55	85	0	145	15	33	26	24	1.95
23320728--23320773	20	2.3	19	82	17	58	47	10	8	32	1.69
23329814--23329852	11	3.5	11	82	0	51	38	5	7	48	1.54
23330567--23330603	17	2.2	17	90	0	56	35	13	13	37	1.84
23336564--23336785	40	5.6	40	89	1	313	27	23	27	22	1.99
23346518--23346553	16	2.3	16	90	4	56	36	0	22	41	1.54
23350155--23350215	30	2.0	30	84	6	79	29	22	8	39	1.83
23356541--23356654	58	2.0	58	98	0	219	31	20	13	35	1.91
23358102--23358204	44	2.4	42	81	10	127	26	18	22	33	1.97
23358146--23358248	42	2.4	42	81	3	116	29	17	21	32	1.96
23363126--23363152	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
23364508--23364674	60	2.8	60	76	5	158	15	22	26	35	1.94
23364714--23364855	60	2.4	60	79	4	144	19	18	26	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23366306--23366387	40	2.0	40	100	0	164	36	7	21	34	1.82
23366597--23366642	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
23381896--23382151	40	6.4	40	91	2	365	25	21	27	26	1.99
23385329--23385366	20	2.0	19	85	10	51	50	5	0	44	1.24
23387779--23387968	41	4.6	41	85	0	245	21	27	15	35	1.93
23387800--23387903	20	5.1	20	64	13	68	20	25	15	38	1.92
23390564--23390734	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
23390559--23390731	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
23391152--23391210	30	2.0	29	86	3	82	30	22	8	38	1.83
23397252--23397437	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344